genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57340943--57341039	51	1.9	49	93	4	167	49	10	15	24	1.76
57341929--57342082	27	5.7	27	86	3	177	40	11	25	22	1.88
57341929--57342085	54	2.9	53	83	5	199	40	12	24	22	1.88
57341929--57342078	81	1.8	82	84	7	207	41	12	24	22	1.87
57343887--57343964	29	2.7	28	73	15	68	47	1	21	29	1.59
57344432--57344542	43	2.6	44	82	7	147	28	16	24	30	1.96
57353069--57353251	48	3.8	47	74	11	154	25	32	18	24	1.97
57353217--57353430	46	4.6	46	77	12	172	24	27	18	29	1.98
57358376--57358539	43	3.8	43	78	7	156	27	15	24	32	1.96
57363836--57364251	86	4.8	86	90	1	575	33	10	12	43	1.76
57373019--57373066	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
57374662--57374695	17	2.1	17	94	5	61	61	5	2	29	1.34
57375181--57375205	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
57375388--57375456	27	2.5	27	78	17	79	63	0	0	36	0.94
57375406--57375457	26	2.0	26	88	3	77	65	0	0	34	0.93
57375466--57375513	19	2.5	19	72	0	60	60	0	4	35	1.16
57375700--57375790	19	4.7	19	71	19	57	32	6	2	58	1.36
57375722--57375790	19	3.7	20	75	12	67	34	5	0	59	1.21
57375730--57375783	27	2.0	27	85	3	72	31	5	0	62	1.18
57375758--57375803	19	2.4	19	88	3	65	34	8	2	54	1.43
57377075--57377110	18	1.9	18	88	5	54	47	11	13	27	1.77
57377246--57377286	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57377249--57377288	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
57377306--57377355	9	5.6	9	85	0	64	30	10	16	44	1.80
57383995--57384112	60	2.0	60	91	0	191	27	14	29	28	1.95
57387774--57387805	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
57388049--57388080	12	2.6	12	95	5	55	43	0	0	56	0.99
57388038--57388076	15	2.6	15	91	0	60	43	0	0	56	0.99
57388942--57388978	18	2.1	18	89	0	56	48	2	24	24	1.64
57389520--57389554	13	2.6	13	95	4	61	82	0	0	17	0.66
57390610--57390658	18	2.7	18	78	9	55	67	0	0	32	0.91
57391364--57391412	23	2.1	23	84	0	62	42	2	0	55	1.11
57391429--57391465	18	2.1	18	89	0	56	72	2	2	21	1.09
57391646--57391687	19	2.2	19	86	0	57	33	2	2	61	1.21
57393459--57393632	86	2.0	86	92	0	285	25	25	20	28	1.99
57394225--57394250	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
57394232--57394349	51	2.3	51	86	5	175	26	18	6	48	1.73
57395685--57395733	24	2.0	24	96	0	89	22	18	22	36	1.95
57397806--57397835	12	2.6	12	94	5	53	30	0	0	70	0.88
57398223--57398275	27	1.9	28	88	3	81	54	3	0	41	1.18
57402366--57402553	26	7.2	26	98	0	349	32	6	25	35	1.83
57404849--57404877	14	2.1	14	100	0	58	37	34	6	20	1.80
57413637--57413867	51	4.7	50	84	8	285	41	13	6	38	1.71
57413754--57413778	5	5.0	5	100	0	50	40	20	0	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57413673--57413858	95	2.0	95	94	0	327	41	15	5	37	1.71
57415018--57415165	73	2.1	72	82	8	178	49	8	10	31	1.67
57418752--57418796	15	2.9	15	83	6	54	26	8	0	64	1.23
57420172--57420244	30	2.4	30	88	0	110	32	23	13	30	1.93
57424881--57424994	47	2.5	46	80	1	129	27	14	27	30	1.95
57424922--57425093	42	3.7	48	79	12	189	28	12	27	31	1.93
57425001--57425128	42	3.0	42	85	3	168	28	12	28	30	1.93
57432380--57432554	65	2.7	66	84	4	237	56	5	9	28	1.55
57434614--57434678	32	2.1	32	94	2	114	26	10	0	63	1.27
57434669--57434727	27	2.1	29	84	12	79	5	22	1	71	1.15
57435368--57435406	16	2.3	17	86	8	53	28	5	2	64	1.28
57438029--57438099	10	7.1	10	71	9	56	38	2	1	57	1.22
57438001--57438099	39	2.5	40	85	1	119	34	6	2	57	1.35
57438071--57438171	11	9.1	11	73	10	71	33	3	0	62	1.14
57438117--57438166	21	2.4	22	83	10	68	30	2	0	68	1.01
57438108--57438171	32	2.0	33	84	9	87	29	3	0	67	1.06
57438116--57438149	9	3.7	9	92	4	50	32	0	0	67	0.91
57440264--57440319	27	2.1	27	82	0	67	33	7	1	57	1.37
57452361--57452482	64	1.9	64	89	0	190	30	16	15	37	1.90
57452550--57452868	44	7.2	45	74	15	222	28	17	23	30	1.97
57452537--57452800	89	3.0	87	76	12	261	29	15	25	29	1.96
57452983--57453092	45	2.4	45	80	8	125	32	20	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57454658--57454703	25	1.9	24	86	8	67	30	6	2	60	1.34
57462401--57462719	129	2.5	128	91	2	507	37	20	15	25	1.93
57462896--57462940	24	1.9	23	95	4	81	62	11	0	26	1.29
57467274--57467432	44	3.6	44	76	4	133	28	22	19	29	1.98
57467519--57467661	43	3.3	43	70	5	144	29	18	18	33	1.95
57467519--57467707	87	2.2	87	82	10	226	29	19	19	31	1.96
57467781--57467890	44	2.5	45	75	1	114	30	20	20	28	1.98
57469682--57469714	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
57469995--57470310	46	6.9	46	85	2	341	21	24	14	40	1.90
57473953--57474031	38	2.1	38	95	0	140	20	25	8	45	1.79
57473972--57474031	20	3.1	20	68	18	63	23	23	10	43	1.83
57475365--57475413	26	2.0	25	84	8	64	12	14	2	71	1.23
57481172--57481753	292	2.0	290	99	0	1146	37	15	10	36	1.82
57483934--57483970	19	1.9	19	89	10	58	0	13	0	86	0.57
57487201--57487342	44	3.2	44	81	9	157	26	22	17	33	1.96
57487356--57487452	45	2.2	44	83	7	115	28	19	17	34	1.95
57487294--57487624	178	1.9	178	89	1	520	28	21	17	32	1.96
57489082--57489121	20	2.0	20	95	0	71	25	22	10	42	1.84
57497783--57497825	19	2.3	19	84	8	52	39	6	23	30	1.81
57499511--57499567	24	2.4	24	96	0	105	40	3	14	42	1.62
57507553--57507622	33	2.1	33	82	15	83	40	0	5	54	1.24
57507542--57507644	33	3.0	33	74	9	82	45	0	4	48	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57507858--57507901	12	3.6	12	81	3	52	75	0	25	0	0.81
57510352--57510418	30	2.2	31	82	10	86	40	1	1	56	1.17
57510649--57510676	12	2.3	12	100	0	56	35	14	0	50	1.43
57511499--57511527	14	2.0	15	93	6	51	6	3	13	75	1.13
57515149--57515213	34	1.9	35	84	6	89	55	4	0	40	1.21
57518159--57518193	18	1.9	18	94	0	61	11	20	45	22	1.82
57518621--57519099	238	2.0	238	100	0	958	28	20	18	32	1.96
57520651--57520686	18	2.0	18	94	0	63	41	11	30	16	1.83
57522399--57522493	40	2.4	41	83	3	113	65	9	1	24	1.29
57523125--57523241	31	3.8	31	89	0	171	27	28	18	25	1.98
57524661--57524711	26	2.0	26	96	0	93	49	3	13	33	1.61
57528647--57528717	24	3.0	24	82	12	76	19	14	33	32	1.92
57528657--57528727	24	3.0	24	87	0	88	21	12	32	33	1.91
57533750--57536002	565	4.0	566	98	0	4332	42	17	12	27	1.85
57538102--57538143	16	2.5	17	92	3	68	35	0	0	64	0.94
57538103--57538136	5	6.6	5	86	6	50	35	0	0	64	0.94
57539848--57539950	45	2.3	45	87	0	143	18	19	20	41	1.90
57540130--57540298	18	9.4	18	72	7	110	36	13	13	36	1.84
57540114--57540222	54	2.0	54	82	7	132	38	11	13	35	1.82
57552508--57552584	29	2.6	29	75	2	82	40	0	2	57	1.13
57552603--57552680	18	4.3	18	69	16	54	28	1	1	69	1.04
57556710--57556753	24	2.0	21	86	13	61	36	13	15	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57567189--57567237	25	2.0	25	95	0	89	36	8	14	40	1.75
57572564--57572661	45	2.2	43	84	10	133	29	3	11	56	1.50
57573499--57573538	7	5.4	7	88	11	62	40	0	0	60	0.97
57574368--57574433	21	3.1	22	69	8	64	21	18	22	37	1.94
57577806--57577855	21	2.4	21	75	0	55	46	20	6	28	1.74
57586151--57586206	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
57587394--57587430	19	1.9	19	94	0	65	24	32	21	21	1.98
57593519--57593741	115	2.0	113	93	1	383	21	17	13	47	1.82
57593866--57593938	36	2.0	36	97	0	137	36	15	17	30	1.91
57596340--57596374	13	2.7	13	100	0	70	14	14	25	45	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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