genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73868242--73868654	47	8.7	47	95	1	727	32	7	30	29	1.86
73872503--73872685	79	2.3	81	82	9	216	24	27	22	25	2.00
73872482--73872685	40	5.1	40	80	8	220	24	27	22	25	2.00
73889709--73889739	16	1.9	16	100	0	62	25	19	16	38	1.92
73889712--73889747	16	2.2	16	90	0	54	27	16	13	41	1.87
73890732--73890826	45	2.1	45	94	0	163	24	10	27	37	1.88
73899067--73899154	27	3.3	26	85	4	104	19	22	21	36	1.95
73900901--73900925	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
73902960--73903051	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
73902941--73903104	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
73905406--73905468	32	2.0	32	96	0	117	39	17	6	36	1.75
73906053--73906171	41	2.8	41	79	6	132	36	22	14	26	1.93
73906053--73906220	84	2.0	85	80	3	187	35	22	14	27	1.93
73908459--73908569	27	4.2	26	80	12	118	18	25	21	35	1.95
73908461--73908566	53	2.0	53	83	7	135	18	25	20	34	1.96
73910533--73910703	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
73910525--73910700	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
73913092--73913180	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
73913092--73913171	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
73913103--73913180	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
73916109--73916280	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	21	1.99
73916101--73916276	46	3.8	46	81	10	223	28	28	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73922573--73922603	16	1.9	16	93	0	53	6	29	3	61	1.37
73923342--73923371	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
73923788--73923926	27	5.1	27	82	7	133	17	23	21	37	1.94
73923800--73923926	54	2.3	54	82	7	150	18	23	19	38	1.93
73928239--73928458	45	5.0	45	86	4	279	23	22	27	26	1.99
73932098--73932156	31	1.9	31	85	0	82	28	5	18	47	1.70
73932278--73932385	41	2.6	42	77	2	110	27	15	24	32	1.95
73937602--73937655	23	2.3	23	96	0	99	38	20	3	37	1.70
73945750--73945826	40	1.9	40	91	0	127	53	14	14	18	1.73
73951354--73951405	27	2.0	26	84	3	68	36	19	25	19	1.95
73952058--73952147	27	3.3	26	81	9	92	28	20	13	37	1.90
73955541--73955982	47	9.4	47	96	0	769	27	30	7	33	1.85
73955604--73955726	22	5.3	22	62	18	61	26	29	9	34	1.88
73955858--73955930	16	4.6	17	69	20	50	31	31	4	32	1.77
73959729--73960045	40	7.9	40	94	0	528	25	31	22	21	1.98
73969855--73970116	89	3.0	89	90	1	411	25	29	20	24	1.99
73969855--73970111	44	5.8	44	83	6	342	25	29	20	24	1.99
73971530--73971798	134	2.0	134	97	0	511	38	20	5	34	1.77
73991158--73991373	43	5.0	43	81	4	256	26	17	25	30	1.97
73991158--73991373	86	2.5	86	83	0	288	26	17	25	30	1.97
73994303--73994525	40	5.6	40	86	2	261	23	23	26	26	2.00
74012835--74012968	29	4.7	29	93	0	216	26	13	30	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74017838--74017941	27	3.9	27	89	0	145	29	20	8	41	1.82
74017865--74018224	27	13.3	27	75	10	112	39	19	8	32	1.82
74017825--74017967	54	2.6	54	82	0	169	34	19	8	37	1.82
74017933--74018101	80	2.1	81	82	5	209	40	19	10	29	1.84
74017985--74018135	54	2.8	53	84	3	176	41	19	10	28	1.85
74018269--74018342	27	2.7	27	76	12	71	36	20	20	22	1.95
74018282--74018346	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
74023355--74023508	42	3.6	42	83	1	173	31	12	24	31	1.93
74028160--74028189	13	2.2	14	94	5	53	23	43	0	33	1.54
74032537--74032688	42	3.6	42	78	7	155	28	13	25	31	1.94
74040954--74041092	50	2.8	50	92	4	226	32	15	14	38	1.87
74042736--74042843	25	4.2	26	68	13	78	34	18	14	32	1.91
74042790--74042894	25	4.1	25	65	20	72	34	20	12	33	1.90
74042734--74042894	78	2.1	78	97	0	304	33	19	13	33	1.91
74042852--74042922	26	2.8	25	83	10	81	38	23	8	29	1.85
74046413--74046473	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
74047855--74047914	28	2.1	28	90	0	93	35	15	6	43	1.72
74054295--74054357	26	2.4	26	86	0	90	28	25	14	31	1.95
74060251--74060350	27	3.7	27	79	11	107	38	15	16	31	1.89
74075464--74075610	41	3.6	41	90	0	213	19	17	26	36	1.94
74075464--74075629	41	4.0	41	87	4	201	20	18	25	35	1.95
74089221--74091072	926	2.0	926	100	0	3704	35	20	11	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74099214--74099323	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
74113254--74113280	5	5.4	5	100	0	54	0	0	18	81	0.69
74116675--74116887	40	5.4	40	93	2	342	25	23	27	24	2.00
74121087--74121240	28	5.4	27	68	20	100	31	35	16	16	1.92
74121060--74121216	29	5.4	28	72	15	124	31	35	15	17	1.91
74121060--74121246	57	3.2	57	91	1	284	31	35	16	17	1.92
74123464--74123579	39	3.0	39	92	0	196	25	31	23	19	1.98
74125441--74125681	121	2.0	121	98	0	464	31	17	7	43	1.77
74130202--74130238	18	2.0	19	89	5	58	54	2	35	8	1.44
74133547--74133585	20	2.0	20	84	0	51	69	17	0	12	1.19
74140527--74140580	27	2.0	27	88	0	81	27	29	16	25	1.97
74140563--74140677	43	2.7	42	79	5	115	35	24	13	26	1.93
74146826--74146873	22	2.2	22	88	7	71	35	18	22	22	1.96
74146831--74146915	23	3.7	23	77	12	68	36	15	23	24	1.93
74160414--74160453	21	1.9	21	90	10	64	47	2	0	50	1.14
74171748--74171837	40	2.2	40	86	0	126	25	27	25	21	1.99
74173579--74173617	19	2.1	19	85	9	53	53	10	0	35	1.35
74173607--74173662	25	2.1	27	87	6	80	32	5	1	60	1.29
74174098--74174122	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
74181567--74181611	22	2.0	22	91	0	72	42	11	2	44	1.52
74189020--74189204	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
74189001--74189204	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74196970--74197192	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
74196970--74197192	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
74204240--74204301	7	8.9	7	100	0	124	27	14	0	58	1.37
74211350--74211385	16	2.2	17	90	5	56	19	0	19	61	1.35
74231142--74231198	28	2.0	28	100	0	114	28	10	7	54	1.60
74234104--74234277	48	3.6	48	88	0	240	27	31	14	25	1.95
74234477--74234611	48	2.8	48	79	0	126	24	22	20	31	1.98
74239746--74240010	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
74239713--74240010	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
74239942--74240019	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
74247704--74247881	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
74247725--74247880	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
74254006--74254120	49	2.5	47	84	7	146	25	21	28	24	1.99
74257825--74257957	27	5.0	26	76	14	87	29	20	18	32	1.96
74257837--74257955	54	2.2	54	89	0	175	28	21	16	33	1.95
74260655--74260882	94	2.4	92	79	10	237	28	20	28	22	1.98
74263791--74263934	49	2.9	49	81	5	182	25	20	27	27	1.99
74272738--74272765	9	3.1	9	100	0	56	46	21	10	21	1.81
74273041--74273148	46	2.4	45	85	6	137	26	18	31	23	1.97
74273041--74273171	46	2.9	44	77	15	133	27	16	32	23	1.96
74274079--74274159	42	2.0	40	83	9	101	24	24	35	14	1.94
74276960--74277144	48	3.9	48	86	0	244	27	29	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74277343--74277526	48	3.8	48	80	0	179	23	22	21	31	1.98
74278886--74278964	32	2.5	32	91	4	124	29	27	18	24	1.98
74279195--74279225	16	1.9	16	93	0	53	29	19	25	25	1.99
74282170--74282331	81	2.0	81	90	0	252	32	21	16	29	1.95
74295053--74295090	19	2.0	19	85	10	51	26	44	15	13	1.83
74302079--74302301	48	4.6	48	80	6	229	26	30	16	26	1.97
74302080--74302301	96	2.3	96	82	3	277	27	30	16	26	1.97
74302507--74302686	48	3.8	48	84	0	243	21	27	24	26	1.99
74302505--74302695	96	2.0	96	90	0	301	21	27	23	27	1.99
74310722--74310931	105	2.0	105	100	0	420	36	12	20	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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