genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30050058--30050185	30	4.3	30	97	0	229	17	6	50	25	1.69
30051037--30051072	18	1.9	19	88	5	56	58	2	0	38	1.13
30052414--30052484	29	2.4	30	83	9	83	39	1	21	38	1.62
30052833--30053151	75	4.1	77	86	6	400	32	16	17	33	1.93
30065857--30065897	18	2.2	18	86	4	55	75	7	12	4	1.16
30066433--30066503	29	2.4	30	79	11	74	38	1	21	39	1.62
30068030--30068068	14	3.1	14	72	27	50	38	20	5	35	1.75
30068019--30068068	24	2.1	24	96	0	91	40	20	4	36	1.71
30070805--30070899	25	3.8	25	80	1	102	30	22	24	23	1.99
30070868--30070920	25	2.2	24	86	3	70	33	15	26	24	1.95
30073153--30073178	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
30074019--30074107	29	3.3	28	70	20	82	42	2	13	41	1.56
30079865--30080006	34	4.3	33	72	12	94	53	3	1	41	1.27
30085362--30085400	21	1.9	20	89	5	60	25	30	33	10	1.89
30086645--30086760	47	2.5	45	85	10	146	21	26	20	31	1.98
30099740--30099865	46	2.7	46	92	0	207	28	26	23	21	1.99
30102529--30102750	47	4.7	48	77	5	197	22	31	19	26	1.98
30102529--30102750	93	2.4	93	79	9	229	22	31	19	26	1.98
30104525--30104635	51	2.2	51	88	0	168	23	33	24	18	1.97
30105700--30105828	50	2.6	50	81	3	145	27	27	19	25	1.99
30105744--30106015	46	5.8	48	74	11	199	23	29	19	26	1.98
30105746--30106013	94	2.9	91	80	11	269	23	29	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30105744--30106015	140	1.9	141	81	7	329	23	29	19	26	1.98
30116282--30116495	46	4.6	47	78	10	210	22	30	19	27	1.98
30117545--30117627	43	1.9	43	97	0	157	44	14	7	33	1.73
30122334--30122366	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
30130114--30130273	26	6.2	26	96	0	293	35	26	7	31	1.84
30135145--30135175	12	2.6	12	94	0	53	12	48	25	12	1.77
30146549--30146663	58	2.0	58	98	0	221	40	15	20	24	1.91
30147636--30147691	28	2.0	28	100	0	112	42	0	10	46	1.38
30149728--30149760	13	2.5	13	95	0	57	21	18	33	27	1.96
30156813--30156952	41	3.4	41	83	2	174	21	30	16	32	1.95
30156813--30156879	21	3.2	21	65	12	57	22	31	17	28	1.97
30156825--30156983	82	2.0	81	83	6	205	20	31	16	30	1.95
30160762--30160812	26	2.0	26	88	0	75	25	15	19	39	1.91
30160762--30160818	26	2.2	26	83	3	69	26	19	17	36	1.94
30174053--30174245	40	4.8	40	89	3	264	24	29	21	24	1.99
30180623--30180674	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
30180604--30180846	67	3.6	67	89	0	342	18	26	21	34	1.96
30185421--30185577	43	3.7	43	80	7	185	25	19	25	29	1.98
30210649--30210688	21	2.0	20	85	5	53	25	0	27	47	1.52
30224249--30224299	15	3.3	15	81	10	59	58	0	3	37	1.16
30225876--30225911	5	7.2	5	100	0	72	22	0	0	77	0.76
30241442--30241485	19	2.3	19	80	7	54	56	2	25	15	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30268156--30268193	19	2.0	20	89	5	60	65	0	7	26	1.19
30273827--30273860	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
30277367--30277400	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
30279842--30279879	18	2.1	18	100	0	76	26	10	10	52	1.68
30280185--30280245	20	3.0	18	73	21	50	70	0	29	0	0.88
30280730--30280983	98	2.5	102	86	8	333	31	0	16	51	1.47
30280864--30280915	23	2.3	22	75	12	52	23	0	17	59	1.37
30283305--30283534	76	3.0	75	86	8	324	29	6	8	56	1.54
30286580--30286615	18	2.0	18	100	0	72	22	27	33	16	1.95
30286583--30286624	18	2.3	18	91	0	66	23	35	23	16	1.95
30288644--30288689	22	2.1	22	95	0	83	43	2	26	28	1.66
30295394--30295466	10	7.2	10	73	18	62	60	0	5	34	1.20
30295624--30295660	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
30295624--30295657	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
30295653--30295693	18	2.3	19	80	16	52	65	0	2	31	1.05
30297280--30297451	44	3.9	43	85	7	215	28	28	13	29	1.94
30297425--30297487	32	2.0	32	100	0	126	25	30	19	25	1.98
30297383--30297531	76	2.0	76	98	0	289	26	28	17	26	1.98
30297428--30297496	32	2.2	32	89	5	106	27	28	17	26	1.97
30297457--30297590	44	3.0	44	97	0	250	26	26	15	31	1.96
30297338--30297575	120	2.0	120	93	0	404	27	27	15	29	1.96
30307925--30307951	14	1.9	14	100	0	54	59	0	18	22	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30307951--30308096	15	9.7	15	68	19	56	58	2	3	34	1.29
30307983--30308036	11	4.9	11	73	8	56	64	1	3	29	1.21
30313340--30313374	15	2.4	15	90	4	54	0	34	0	65	0.93
30315920--30315971	17	3.1	16	72	8	50	30	7	0	61	1.24
30317814--30318051	131	1.8	132	81	4	302	32	15	21	29	1.95
30317751--30318085	131	2.6	131	76	3	291	34	18	20	27	1.96
30323228--30323283	22	2.6	21	75	13	53	12	25	41	21	1.88
30323339--30323399	32	1.9	32	96	0	113	16	31	31	21	1.95
30329772--30329901	31	4.2	31	77	4	120	43	4	5	46	1.47
30330495--30330544	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
30331461--30331512	25	2.1	25	96	0	95	51	17	1	28	1.56
30332878--30332952	22	3.3	22	75	10	69	60	5	5	29	1.41
30332884--30332946	25	2.5	24	84	7	72	58	6	4	30	1.43
30332968--30333099	23	5.6	24	75	8	110	55	3	6	35	1.40
30333048--30333099	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
30333580--30333677	30	3.3	30	95	0	169	19	6	50	24	1.70
30343501--30343555	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
30343611--30343685	22	3.3	22	75	10	69	60	5	5	29	1.41
30343617--30343679	25	2.5	24	84	7	72	58	6	4	30	1.43
30343701--30343832	23	5.6	25	72	12	91	55	3	5	36	1.38
30344314--30344381	30	2.3	30	92	0	109	17	7	50	25	1.72
30345310--30345342	16	2.1	16	94	0	57	51	15	3	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30345923--30345983	18	3.5	18	72	17	65	75	16	4	3	1.11
30345923--30345986	16	3.8	16	72	10	56	75	15	4	4	1.14
30347268--30347354	44	2.0	44	97	0	165	25	18	17	39	1.92
30357465--30357974	74	6.6	74	73	14	262	30	16	21	31	1.96
30357522--30357696	91	2.0	88	85	5	235	27	18	20	33	1.96
30357465--30357974	165	3.3	161	79	11	564	30	16	21	31	1.96
30357611--30357974	74	4.8	74	82	7	423	30	15	21	32	1.95
30358727--30358786	17	3.5	17	71	15	61	75	16	5	3	1.12
30358727--30358789	16	3.8	16	72	14	56	74	15	4	4	1.16
30359488--30359626	5	27.6	5	99	0	269	59	0	0	39	1.02
30360150--30360183	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
30364789--30364822	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
30365834--30365859	12	2.2	12	100	0	52	26	26	23	23	2.00
30370919--30371139	47	4.7	47	91	0	370	36	12	20	30	1.90
30370919--30371139	94	2.4	94	100	0	442	36	12	20	30	1.90
30373653--30373759	22	4.9	22	78	0	88	15	24	18	41	1.90
30378743--30378774	12	2.8	11	90	9	55	65	9	0	25	1.22
30380384--30380634	45	5.6	44	79	2	261	32	19	16	31	1.95
30380392--30380630	89	2.7	89	88	1	336	32	19	17	31	1.95
30380391--30380823	45	9.5	45	72	7	165	31	18	17	32	1.94
30380391--30380823	89	4.7	89	74	9	323	31	18	17	32	1.94
30387428--30387465	19	2.0	19	89	0	58	39	7	18	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30388015--30388047	15	2.2	15	94	0	57	75	3	0	21	0.93
30389282--30389356	29	2.5	30	80	8	73	62	2	4	30	1.27
30389540--30389571	9	3.6	9	100	0	64	78	0	0	21	0.76
30397234--30397273	18	2.2	19	86	4	55	32	2	2	62	1.22
30399235--30399299	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
30401220--30401258	15	2.6	15	100	0	78	20	23	33	23	1.97
30402443--30402473	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
30407320--30407384	32	2.0	32	96	0	121	32	6	23	38	1.79
30408866--30408918	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
30409981--30410095	40	2.9	41	79	8	121	26	26	17	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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