genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  196  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64143287--64143332	21	2.2	21	84	7	58	65	2	0	32	1.05
64148466--64148507	16	2.6	16	81	11	50	0	50	0	50	1.00
64148731--64148757	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
64148731--64148777	18	2.6	18	80	12	51	6	12	0	80	0.88
64159460--64159581	50	2.5	49	84	5	151	26	22	14	36	1.93
64159577--64159606	5	6.0	5	100	0	60	0	40	20	40	1.52
64162529--64162605	39	2.0	39	92	0	127	29	29	7	32	1.86
64169255--64169309	29	1.9	28	96	3	101	21	20	27	30	1.98
64172032--64172060	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
64174564--64174597	17	2.1	17	89	10	54	26	14	0	58	1.36
64175658--64175683	13	2.0	13	100	0	52	23	15	0	61	1.33
64177405--64177471	33	2.0	33	94	0	116	40	20	13	25	1.89
64178369--64178405	7	5.4	7	90	3	58	62	0	0	37	0.96
64180490--64180536	23	2.0	24	95	4	87	34	12	8	44	1.73
64184740--64184788	21	2.3	21	100	0	98	18	8	30	42	1.79
64185997--64186035	12	3.2	12	78	7	51	5	5	12	76	1.11
64185997--64186068	22	3.1	23	80	8	65	8	6	11	73	1.24
64187652--64187696	19	2.4	19	81	7	56	62	2	0	35	1.08
64188281--64188340	29	2.1	29	87	0	84	31	8	16	43	1.78
64195880--64196862	40	24.6	40	96	0	831	26	20	25	27	1.99
64195956--64196862	80	11.4	80	98	0	1708	27	20	25	27	1.99
64195956--64196862	120	7.6	120	98	0	1708	27	20	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64210383--64210414	15	2.1	15	100	0	64	50	6	18	25	1.70
64218838--64218955	59	2.0	59	88	0	173	32	5	11	51	1.59
64224479--64224553	5	14.2	5	74	18	55	22	2	2	72	1.11
64225401--64225444	23	1.9	23	95	0	79	31	25	25	18	1.97
64226306--64226362	6	9.0	6	83	11	69	19	1	3	75	1.04
64227334--64227365	12	2.6	13	90	9	50	84	6	6	3	0.86
64234315--64234365	6	8.0	6	83	12	66	78	3	1	15	0.99
64234315--64234396	42	2.0	39	83	6	101	74	6	3	15	1.16
64239421--64240361	67	14.0	67	100	0	1882	28	16	16	39	1.90
64244151--64244215	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
64244318--64244410	28	3.3	27	86	7	125	19	23	23	33	1.97
64244318--64244435	55	2.1	55	84	7	150	18	23	22	35	1.96
64244864--64244903	18	2.2	18	86	0	53	25	2	5	67	1.23
64252029--64252093	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
64252199--64252288	28	3.2	27	81	10	94	23	21	23	32	1.98
64252199--64252261	27	2.3	29	86	8	87	20	20	25	33	1.97
64252245--64252299	29	1.9	28	81	3	65	25	23	20	30	1.98
64252742--64252782	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
64255043--64255088	23	2.0	23	84	16	60	45	2	2	50	1.26
64255042--64255088	21	2.1	21	84	11	58	46	2	2	48	1.25
64257162--64257369	40	5.2	39	86	5	224	24	27	22	25	1.99
64257162--64257369	80	2.6	81	84	5	255	24	27	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64257162--64257422	80	3.3	80	81	7	239	24	27	21	26	1.99
64257354--64257431	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
64262221--64262589	92	4.0	92	99	0	720	43	9	19	27	1.82
64270879--64271066	40	4.7	40	96	0	340	21	26	20	31	1.98
64272257--64272440	27	6.6	27	77	9	163	29	28	15	26	1.96
64272310--64272401	33	2.9	33	78	10	88	25	30	16	28	1.96
64273003--64273456	226	2.0	229	92	1	761	37	17	10	34	1.84
64282125--64282253	46	2.8	46	91	0	195	21	21	27	29	1.99
64284890--64285065	50	3.5	49	82	3	172	29	26	18	25	1.98
64287855--64288113	101	2.6	101	83	1	297	28	23	15	31	1.96
64289998--64290050	22	2.7	18	74	23	52	66	5	0	28	1.15
64290240--64290318	39	2.0	39	100	0	158	30	17	5	46	1.70
64293670--64293712	15	2.9	15	83	16	63	23	6	0	69	1.12
64294686--64294725	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
64294691--64294733	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
64297114--64297276	35	4.7	35	100	0	326	49	14	7	28	1.72
64297529--64297697	43	4.0	43	78	4	173	33	26	12	27	1.92
64308864--64308933	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
64308979--64309017	10	3.8	10	86	6	60	30	15	20	33	1.94
64308979--64309018	21	1.9	21	94	0	71	30	15	20	35	1.93
64309057--64309107	25	2.0	25	92	0	84	25	19	23	31	1.98
64315702--64315771	35	2.0	35	94	0	122	28	37	20	14	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64316704--64316773	25	2.8	25	93	0	113	27	22	24	25	2.00
64316819--64316857	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
64316819--64316858	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
64316897--64316944	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
64325316--64325397	40	2.1	39	84	6	103	29	25	15	29	1.96
64337528--64337846	47	6.8	46	78	10	249	23	30	18	27	1.98
64337671--64337886	46	4.7	45	74	15	156	25	29	18	26	1.98
64337526--64337886	47	7.7	47	75	12	237	23	29	19	27	1.98
64337628--64337886	140	1.8	140	83	5	344	24	30	18	27	1.98
64338595--64338619	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
64343852--64343900	24	2.0	24	100	0	98	36	24	12	26	1.91
64344250--64344286	13	2.8	13	95	0	65	8	48	24	18	1.75
64344321--64344376	28	2.0	28	82	10	69	17	37	21	23	1.94
64345355--64345483	47	2.7	49	80	6	138	26	29	15	28	1.96
64345449--64345618	46	3.7	47	81	9	156	25	31	17	25	1.97
64346373--64346397	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
64357473--64357693	40	5.6	40	85	3	232	25	28	21	24	1.99
64357625--64357702	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
64359396--64359445	24	2.0	25	82	17	61	38	4	6	52	1.45
64363350--64363474	62	2.0	62	100	0	250	33	24	16	26	1.95
64375459--64375675	40	5.4	40	88	1	303	26	27	21	24	1.99
64376883--64376998	55	2.1	56	90	3	182	18	25	9	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64383592--64383795	40	5.1	40	96	1	356	25	27	23	23	2.00
64384140--64384222	42	2.0	42	97	0	157	12	27	9	50	1.70
64384149--64384217	21	3.2	23	64	29	60	11	27	10	50	1.70
64388452--64388513	21	3.0	21	90	0	88	35	14	12	37	1.85
64388451--64388525	11	7.1	11	76	7	66	32	16	13	38	1.87
64388625--64388731	54	2.0	54	81	3	126	25	21	19	33	1.97
64388767--64388807	21	2.0	21	90	0	64	31	24	2	41	1.68
64388636--64388853	27	8.3	27	75	7	162	25	18	18	37	1.93
64388809--64389395	27	21.7	27	83	2	615	31	7	21	39	1.82
64388811--64389394	81	7.2	82	82	2	696	30	7	21	39	1.82
64392058--64392091	14	2.4	14	100	0	68	29	26	11	32	1.92
64400288--64400471	67	2.8	64	74	8	176	29	16	29	24	1.96
64403096--64403397	41	7.3	41	84	5	396	20	18	23	37	1.94
64403096--64403397	84	3.6	84	88	4	436	20	18	23	37	1.94
64405861--64405915	26	2.1	26	100	0	110	21	3	32	41	1.71
64417446--64417588	27	5.3	27	83	4	164	32	13	15	38	1.87
64417460--64417623	27	6.1	27	80	7	138	32	10	17	39	1.84
64421838--64421896	19	3.2	19	82	4	75	30	20	25	23	1.98
64422231--64422430	27	7.4	27	89	1	258	38	20	13	28	1.90
64422545--64422578	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
64426709--64426790	26	3.2	26	98	0	155	31	7	25	35	1.84
64427965--64427994	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64428383--64428511	27	4.8	28	82	10	160	20	24	21	34	1.97
64428380--64428509	54	2.4	54	92	0	215	19	24	22	33	1.97
64430023--64430098	24	3.2	24	90	0	116	32	1	43	22	1.62
64431525--64431629	27	3.9	27	80	9	115	18	23	20	37	1.94
64431525--64431636	54	2.1	54	83	3	136	17	23	21	37	1.94
64432691--64432725	10	3.4	10	84	7	52	28	8	8	54	1.60
64433650--64433684	18	1.9	19	88	11	56	31	11	40	17	1.85
64437906--64437976	24	3.0	24	93	0	115	36	1	38	23	1.64
64437906--64437999	48	1.9	48	81	10	111	36	4	37	22	1.74
64439418--64439526	27	4.0	27	80	8	114	14	22	22	39	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310