genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25238575--25238599	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
25239122--25239156	18	1.9	18	88	0	52	57	0	5	37	1.23
25239891--25239952	28	2.2	29	82	2	72	62	3	0	33	1.11
25242080--25242108	14	2.1	14	100	0	58	48	6	20	24	1.74
25242179--25242290	56	2.0	55	82	5	136	48	5	7	39	1.54
25250837--25250874	19	1.9	19	85	15	51	42	2	5	50	1.39
25252164--25252215	26	2.0	25	82	14	61	42	1	7	48	1.43
25254307--25254354	24	2.0	24	100	0	96	37	8	20	33	1.83
25258449--25258507	14	4.2	14	78	8	57	20	33	6	38	1.79
25262298--25262381	32	2.7	32	90	9	129	57	2	4	35	1.33
25262428--25262464	18	2.1	18	90	10	58	75	0	24	0	0.80
25262440--25262473	14	2.3	15	90	5	52	70	0	29	0	0.87
25272583--25272649	24	2.6	26	81	6	75	16	37	5	40	1.73
25281021--25281054	17	2.0	17	100	0	68	29	23	29	17	1.97
25282660--25283025	183	2.0	183	100	0	732	26	15	23	33	1.95
25294426--25294468	21	2.0	21	83	16	54	11	6	25	55	1.60
25297722--25297985	47	5.6	45	77	11	171	23	28	18	28	1.98
25297774--25297989	46	4.6	46	79	12	167	22	29	18	29	1.98
25305361--25305484	47	2.6	48	85	8	150	26	25	16	31	1.96
25305408--25305628	46	4.7	47	74	12	159	23	28	19	29	1.98
25308450--25308710	66	4.0	66	88	3	391	25	11	21	41	1.87
25308450--25308691	131	1.8	132	90	0	396	25	11	21	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25310344--25310383	17	2.4	17	86	0	53	25	35	15	25	1.94
25316401--25316758	179	2.0	179	100	0	716	35	20	13	30	1.92
25317477--25317509	16	2.1	16	94	0	57	33	18	0	48	1.48
25317708--25322593	50	97.7	50	98	0	9324	33	25	14	26	1.94
25325632--25325660	9	3.2	9	100	0	58	34	20	0	44	1.52
25327193--25327260	30	2.3	30	97	0	127	27	27	23	20	1.99
25330705--25330793	42	2.1	42	87	2	126	26	22	16	33	1.96
25332747--25332952	106	1.9	106	90	1	324	38	24	10	26	1.87
25334180--25334349	49	3.5	49	86	3	261	24	30	18	27	1.98
25334132--25334390	98	2.7	96	88	3	369	24	29	18	27	1.98
25335213--25335307	43	2.2	43	88	0	145	30	13	22	33	1.93
25336547--25336641	43	2.2	43	88	0	145	30	13	22	33	1.93
25339085--25339123	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
25340388--25340430	15	3.0	15	77	22	56	67	0	6	25	1.15
25340384--25340441	28	2.2	26	87	6	80	63	0	5	31	1.16
25342927--25342952	8	3.2	8	100	0	52	0	15	0	84	0.62
25343795--25343844	25	2.0	25	100	0	100	36	24	8	32	1.84
25351866--25351893	14	2.0	14	100	0	56	28	21	7	42	1.79
25354956--25354999	21	2.0	22	86	4	63	34	2	4	59	1.30
25356077--25356376	152	2.0	153	97	0	575	42	12	15	29	1.83
25362726--25362888	43	3.8	43	79	5	170	27	15	25	31	1.96
25368127--25368190	21	3.3	19	75	24	62	31	34	7	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25369989--25370064	21	3.6	21	79	12	75	15	32	27	23	1.95
25377435--25377462	14	2.0	14	100	0	56	28	14	21	35	1.92
25380462--25380655	46	4.2	46	74	10	155	22	29	19	28	1.98
25380485--25380658	94	1.9	92	81	4	215	22	29	20	27	1.98
25383520--25383592	36	2.0	36	100	0	146	39	19	5	35	1.75
25386901--25386990	26	3.4	27	73	11	78	37	1	1	60	1.12
25393291--25393330	13	3.1	13	88	0	62	27	7	25	40	1.82
25404472--25404546	24	3.2	23	71	19	66	12	20	9	58	1.60
25406906--25406968	18	3.6	18	78	8	76	31	9	23	34	1.87
25408700--25408743	9	4.9	9	91	0	61	0	31	0	68	0.90
25422090--25422114	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
25426746--25426772	13	2.1	13	100	0	54	29	14	0	55	1.40
25426821--25426870	24	2.2	22	82	10	57	32	6	10	52	1.59
25429353--25429434	27	3.0	27	72	0	74	31	12	29	26	1.92
25448750--25448798	6	8.2	6	95	0	71	57	0	26	16	1.40
25448942--25449014	26	2.8	26	77	4	67	43	6	19	30	1.76
25450942--25451126	43	4.3	43	83	2	210	30	30	15	23	1.95
25450947--25451126	86	2.1	86	86	2	245	29	30	15	24	1.96
25451079--25451221	74	1.9	74	79	0	160	38	23	13	24	1.91
25451221--25451246	10	2.6	10	100	0	52	65	0	0	34	0.93
25451197--25451290	46	2.0	48	83	10	122	59	4	4	31	1.36
25455194--25455222	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25455697--25455727	15	2.1	15	100	0	62	67	6	0	25	1.14
25455999--25456152	7	21.3	7	71	9	67	40	36	1	21	1.62
25456005--25456126	37	3.3	35	72	18	97	38	37	0	22	1.60
25456462--25456512	15	3.5	15	78	5	59	47	29	1	21	1.62
25456465--25456528	7	9.0	7	75	3	56	46	28	1	23	1.61
25456651--25456733	37	2.2	39	89	4	125	19	1	31	48	1.57
25456752--25456842	41	2.2	42	86	7	125	23	21	17	37	1.94
25460743--25460788	6	7.7	6	95	4	76	32	0	2	65	1.05
25461388--25461984	298	2.0	293	97	1	1113	39	9	10	40	1.72
25462699--25462737	19	2.2	17	86	9	51	56	2	2	38	1.27
25462731--25462774	19	2.4	19	81	14	56	61	0	6	31	1.22
25462958--25463026	9	7.4	9	80	4	75	30	1	4	63	1.22
25462957--25463026	28	2.5	28	88	4	97	31	1	4	62	1.23
25463014--25463058	21	2.1	21	91	0	72	35	0	0	64	0.94
25463003--25463070	21	3.2	20	73	21	57	32	0	1	66	1.01
25463868--25463925	29	2.0	29	83	6	73	25	8	25	39	1.84
25465760--25465917	68	2.3	68	77	11	160	20	28	15	34	1.94
25472000--25472068	30	2.3	30	82	9	79	27	23	14	34	1.94
25473336--25473407	30	2.4	30	88	0	99	31	11	26	30	1.91
25489198--25489302	27	3.9	26	82	5	120	19	25	20	34	1.96
25492925--25492986	31	2.0	31	90	0	97	24	12	17	45	1.84
25496751--25496814	28	2.3	27	80	17	69	31	4	28	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25496758--25496814	28	2.0	28	83	12	73	33	5	28	33	1.79
25501013--25501233	40	5.6	40	80	2	223	24	27	22	25	2.00
25513570--25513719	26	6.0	25	70	14	87	17	26	22	34	1.95
25513631--25513699	24	2.8	24	74	12	77	18	30	20	30	1.97
25514131--25514176	15	2.9	17	78	12	53	47	0	19	32	1.50
25520305--25520405	48	2.1	48	86	0	139	28	20	22	27	1.99
25523223--25523310	25	3.5	25	71	0	77	23	15	23	36	1.94
25523350--25523397	25	1.9	25	86	0	69	22	12	22	41	1.88
25529495--25529546	20	2.6	20	96	0	95	17	32	32	17	1.93
25531516--25531586	36	2.0	36	100	0	142	19	30	11	38	1.87
25535702--25535885	40	4.7	40	80	11	186	26	21	27	25	2.00
25535756--25535918	79	2.1	79	82	9	199	26	20	26	25	1.99
25538639--25538707	30	2.3	30	97	0	129	15	36	24	23	1.94
25543511--25543549	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
25543976--25544102	48	2.6	48	86	2	175	23	14	32	29	1.95
25549975--25550017	4	10.2	4	97	2	68	30	0	23	46	1.52
25570443--25570520	38	2.1	38	97	2	149	47	0	19	33	1.50
25570599--25570636	20	1.9	20	88	0	58	34	2	2	60	1.24
25575341--25575401	6	9.8	6	94	3	68	24	0	3	72	1.00
25575337--25575401	20	3.4	19	83	6	69	26	0	3	70	1.01
25575550--25575583	9	3.8	9	84	0	50	29	0	0	70	0.87
25579130--25579201	34	2.1	34	87	5	101	29	23	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25580961--25581230	47	5.8	45	70	12	154	24	30	18	25	1.98
25580960--25581217	94	2.8	93	80	5	245	25	29	18	25	1.98
25585509--25585547	13	3.0	13	78	14	53	30	0	23	46	1.53
25588103--25588135	15	2.1	17	88	11	52	6	15	6	72	1.24
25594944--25595014	35	2.0	35	97	0	133	23	18	25	32	1.97
25596410--25596492	41	2.0	41	92	0	139	18	21	19	40	1.91
25599123--25599537	207	2.0	207	100	0	830	41	15	7	35	1.75
25601899--25601954	28	2.0	28	100	0	112	42	10	21	25	1.85
25603339--25603493	71	2.3	63	79	10	166	52	10	5	30	1.59
25603769--25603819	19	2.7	19	82	8	59	56	5	1	35	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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