genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.158.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51715799--51716040	120	2.0	120	98	0	466	23	23	14	38	1.92
51720686--51720813	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	46	1.57
51720686--51720813	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
51720761--51720829	27	2.6	26	80	11	68	39	0	14	46	1.45
51737838--51737897	23	2.6	23	86	0	84	16	26	30	26	1.97
51744567--51744677	55	2.0	55	80	3	125	18	35	27	18	1.95
51755909--51756071	46	3.5	47	77	12	151	28	19	28	23	1.98
51757480--51757651	49	3.5	49	77	7	215	30	26	17	25	1.97
51757467--51757650	97	1.9	98	93	1	316	29	26	17	25	1.98
51771103--51771280	27	6.6	26	79	7	142	26	15	27	30	1.96
51771103--51771280	54	3.3	54	76	10	166	26	15	27	30	1.96
51771131--51771280	55	2.8	54	83	4	167	27	15	28	28	1.96
51771104--51771259	82	1.9	81	84	6	208	26	16	27	30	1.96
51771100--51771280	82	2.2	81	80	4	204	26	16	27	30	1.96
51771185--51771291	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
51774756--51774828	36	2.0	36	94	0	128	28	23	23	24	1.99
51780303--51780933	315	2.0	315	100	0	1262	28	21	13	36	1.92
51783450--51783555	53	2.0	53	85	3	142	24	24	15	35	1.94
51783528--51783649	47	2.6	47	92	0	208	25	25	13	36	1.92
51783787--51783873	44	2.0	44	88	0	129	25	26	12	35	1.92
51790032--51790239	55	3.9	54	83	6	251	23	25	16	34	1.95
51790986--51791043	30	1.9	30	85	3	80	29	25	8	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51797199--51797331	46	2.8	46	75	13	121	31	17	27	23	1.97
51797346--51797407	31	2.0	31	90	0	97	32	20	22	24	1.98
51797412--51797541	47	2.8	47	93	0	224	26	18	32	23	1.97
51805478--51805694	46	4.7	46	97	0	407	19	24	29	26	1.99
51821851--51821878	13	2.2	13	100	0	56	14	35	32	17	1.90
51824910--51825002	46	2.0	46	100	0	186	23	32	17	26	1.96
51826993--51827104	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
51826993--51827104	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
51828142--51828175	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
51834515--51834626	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
51834515--51834626	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
51860199--51860247	25	2.0	25	84	8	64	26	18	18	36	1.94
51861894--51861996	20	5.2	20	59	0	53	19	30	18	32	1.96
51861878--51862086	40	5.2	40	89	0	319	22	26	19	31	1.98
51862809--51862873	31	2.1	31	100	0	130	30	6	26	36	1.81
51875254--51875328	30	2.5	29	85	12	98	20	32	33	14	1.92
51875423--51875476	21	2.6	21	90	0	81	27	29	20	22	1.98
51875439--51875489	21	2.4	21	93	0	84	21	25	21	31	1.98
51880196--51880251	26	2.2	26	87	6	78	60	17	0	21	1.36
51880417--51880451	18	1.9	18	94	0	61	45	5	0	48	1.26
51881100--51881133	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
51885739--51885772	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51886334--51886367	17	2.0	17	88	0	50	35	0	5	58	1.22
51893366--51893406	21	2.0	21	85	0	55	21	58	2	17	1.50
51894550--51894701	79	1.9	79	81	7	184	26	13	19	40	1.89
51903204--51903236	14	2.5	13	90	9	50	60	0	6	33	1.21
51904729--51904955	88	2.6	88	91	4	325	26	25	16	31	1.96
51904767--51904955	44	4.3	44	98	1	362	26	25	16	30	1.97
51904679--51905001	132	2.4	132	75	10	388	28	23	19	29	1.98
51904685--51904976	88	3.3	88	83	5	254	27	24	18	29	1.98
51904899--51905411	176	2.9	177	86	1	760	29	20	19	31	1.97
51905322--51905410	45	2.0	45	88	4	135	29	21	17	31	1.96
51905481--51905533	23	2.3	22	78	15	54	39	18	16	24	1.91
51912711--51912764	19	2.8	20	83	5	67	42	11	18	27	1.84
51919750--51919790	19	2.2	19	95	0	73	39	4	12	43	1.63
51923170--51923248	41	1.9	41	92	0	131	29	6	16	48	1.71
51929423--51929450	9	3.1	9	100	0	56	10	21	10	57	1.63
51942792--51942963	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
51942785--51942960	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
51952353--51952382	15	2.0	15	93	0	51	50	0	16	33	1.46
51952769--51952833	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
51960525--51960756	43	5.5	42	84	5	272	33	25	16	24	1.96
51969599--51969640	21	2.0	21	85	0	57	40	4	30	23	1.75
51972486--51972533	25	1.9	25	83	8	62	52	6	20	20	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51974269--51974304	9	4.1	9	85	7	56	72	0	27	0	0.85
51974269--51974302	4	8.0	4	87	12	50	73	0	26	0	0.83
51974269--51974304	13	2.8	13	91	0	63	72	0	27	0	0.85
51974527--51974583	30	2.0	28	86	13	80	42	1	19	36	1.62
51984552--51984576	13	1.9	13	100	0	50	76	0	24	0	0.80
51990000--51990048	25	2.0	25	84	8	64	46	4	24	24	1.69
51997984--51998041	29	2.0	30	83	10	75	46	12	8	32	1.71
52000563--52000670	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
52010995--52011063	17	4.0	17	73	12	52	24	8	20	46	1.79
52013007--52013032	10	2.6	10	100	0	52	19	0	7	73	1.07
52013172--52013224	19	2.9	18	74	17	56	39	1	0	58	1.09
52026589--52026632	21	2.1	21	91	8	72	18	9	0	70	1.12
52027052--52027287	78	3.0	78	100	0	472	48	10	7	33	1.65
52030645--52030678	18	1.9	18	88	5	52	35	5	14	44	1.70
52032667--52032928	29	9.3	28	73	14	184	37	22	16	23	1.93
52032716--52032928	55	3.8	55	83	4	239	38	22	16	22	1.93
52032723--52032940	84	2.6	85	78	12	225	37	22	16	23	1.94
52037437--52037566	65	2.0	65	98	0	251	36	20	2	41	1.65
52039156--52039215	28	2.2	26	77	11	66	28	28	10	33	1.89
52039163--52039241	28	2.8	28	86	0	113	29	26	11	32	1.91
52043348--52043403	11	5.6	10	79	12	62	35	10	17	35	1.85
52043365--52043416	20	2.5	22	87	12	83	36	13	17	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52043449--52043517	25	2.8	25	93	2	113	24	27	21	26	1.99
52049453--52049762	103	3.0	103	98	0	595	33	15	13	38	1.86
52055702--52055992	28	10.4	28	97	0	512	35	28	10	25	1.90
52057899--52058074	46	3.8	46	79	10	196	30	28	19	21	1.97
52071298--52071507	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
52071245--52071507	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
52071246--52071542	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
52073888--52074063	68	2.6	68	78	12	175	21	28	16	34	1.95
52080718--52080841	52	2.4	52	89	2	196	32	37	13	16	1.87
52082745--52082779	17	2.1	17	100	0	70	45	5	17	31	1.71
52087542--52087620	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
52087741--52088662	49	18.9	49	98	0	1753	30	30	8	30	1.86
52091345--52091375	16	1.9	16	93	0	53	38	12	6	41	1.69
52091593--52091782	56	3.4	56	91	0	281	31	25	14	28	1.94
52099398--52099531	43	3.1	41	79	11	153	29	15	23	30	1.96
52104898--52105076	27	6.6	27	82	7	184	27	15	27	29	1.96
52104900--52105055	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
52104896--52105076	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	29	1.96
52113467--52113517	26	2.0	26	100	0	102	23	3	31	41	1.73
52115624--52115678	21	2.6	21	77	13	58	32	5	0	61	1.19
52115573--52115713	41	3.4	40	69	18	110	34	3	1	60	1.22
52118634--52119096	47	9.9	47	98	0	856	26	28	11	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52120205--52120324	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
52122563--52122604	14	2.9	15	79	10	52	0	19	4	76	0.96
52123487--52123525	11	3.5	11	92	0	60	17	2	7	71	1.21
52125927--52125969	21	2.1	20	86	4	59	11	18	23	46	1.82
52139600--52139664	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
52141327--52141501	86	2.0	86	100	0	350	42	14	24	18	1.88
52141588--52141724	21	6.7	21	72	14	51	8	18	2	70	1.26
52141587--52141643	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
52141608--52141734	12	10.6	12	71	12	55	9	18	2	69	1.27
52141605--52141708	18	5.6	18	76	5	91	7	18	2	71	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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