genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14570147--14570197	25	2.0	26	88	3	77	70	3	0	25	1.04
14570179--14570214	11	3.4	11	92	7	65	63	8	0	27	1.23
14573006--14573046	20	2.0	20	90	9	66	60	2	0	36	1.10
14575406--14575448	22	2.0	21	82	13	52	53	6	4	34	1.49
14581304--14581530	40	5.7	41	83	2	259	27	28	20	24	1.99
14584313--14584437	48	2.6	48	96	0	232	25	14	30	29	1.95
14596676--14596761	23	3.8	23	76	6	68	18	25	18	37	1.94
14596722--14596778	23	2.5	24	80	8	73	19	24	21	35	1.96
14598801--14598858	15	3.5	17	77	15	59	68	1	3	25	1.14
14600292--14600322	16	2.0	16	93	6	55	32	3	0	64	1.09
14621984--14622011	12	2.3	12	100	0	56	85	0	0	14	0.59
14653990--14654115	55	2.3	55	81	10	150	25	26	30	17	1.97
14669289--14669344	16	3.5	16	95	0	103	14	12	23	50	1.77
14669289--14669344	8	7.0	8	74	22	55	14	12	23	50	1.77
14673980--14674020	21	2.0	21	90	0	64	39	14	12	34	1.84
14674494--14674564	37	1.9	37	82	0	88	35	4	26	33	1.76
14676959--14677001	16	2.7	16	96	0	77	9	6	11	72	1.29
14687132--14687163	16	2.0	16	93	0	55	25	9	6	59	1.52
14688531--14688582	27	2.0	27	82	10	65	32	0	23	44	1.54
14704766--14704902	69	2.0	69	97	0	256	28	35	20	15	1.93
14707496--14707551	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
14708405--14708439	17	2.1	17	88	0	52	25	17	5	51	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14715059--14715141	40	2.0	41	95	2	150	32	10	3	53	1.53
14715626--14715684	29	2.0	29	86	0	82	57	13	6	22	1.59
14718572--14718675	36	2.9	36	94	0	181	31	17	15	35	1.91
14721598--14721644	24	2.0	23	84	12	60	44	10	14	29	1.79
14722099--14722123	8	3.1	8	100	0	50	24	12	24	40	1.88
14729358--14729385	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
14754268--14754336	36	1.9	36	100	0	138	27	23	18	30	1.98
14762168--14762369	100	2.0	100	100	0	404	41	13	13	31	1.83
14763720--14764428	37	19.3	35	80	7	639	26	23	13	36	1.92
14763765--14764428	38	18.1	38	81	7	657	26	22	13	36	1.92
14763765--14764428	75	9.1	74	81	7	678	26	22	13	36	1.92
14766374--14766540	43	3.9	43	81	3	149	32	23	15	28	1.95
14770290--14770333	15	2.9	15	83	6	54	2	31	9	56	1.43
14775955--14775999	15	3.1	15	80	3	56	33	0	11	55	1.35
14778277--14778326	23	2.2	23	88	0	73	26	16	12	46	1.81
14778516--14778558	23	2.0	23	86	9	63	37	16	11	34	1.85
14786192--14786248	19	3.2	18	68	27	50	52	26	1	19	1.55
14786174--14786254	34	2.4	34	87	0	108	49	27	4	18	1.68
14787241--14787361	60	2.0	59	96	1	224	38	12	7	42	1.71
14789755--14789796	11	3.8	11	81	9	50	33	0	23	42	1.55
14791346--14791437	44	2.1	44	81	4	105	23	22	21	31	1.98
14791426--14791526	47	2.1	47	81	3	114	21	20	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14792706--14792819	55	2.1	55	98	0	219	28	9	19	42	1.82
14792967--14793031	32	2.0	32	100	0	130	43	21	9	26	1.82
14801715--14801789	21	3.6	21	78	3	80	14	22	16	46	1.83
14802034--14802072	8	5.0	8	84	15	55	38	0	15	46	1.46
14807983--14808110	63	2.0	63	90	0	202	42	17	10	28	1.83
14808734--14808964	98	2.3	99	81	5	254	26	24	16	32	1.96
14810944--14810977	11	3.2	11	87	4	52	61	2	0	35	1.11
14830085--14830149	18	3.2	22	64	31	63	29	6	4	60	1.41
14830073--14830154	38	2.2	38	100	0	164	29	4	6	59	1.42
14830089--14830176	38	2.3	38	84	3	97	36	4	5	53	1.45
14831377--14831432	3	19.0	3	77	3	51	66	0	33	0	0.92
14831392--14831439	20	2.5	20	86	10	64	64	0	35	0	0.94
14835225--14835278	21	2.6	21	84	0	72	22	9	42	25	1.83
14835980--14836159	43	4.3	43	90	2	269	43	20	10	26	1.83
14837804--14837847	15	2.9	15	100	0	88	40	38	6	13	1.71
14838149--14838269	47	2.5	48	85	1	163	45	18	13	23	1.84
14838162--14838269	48	2.3	47	81	1	135	46	18	12	23	1.82
14838355--14838399	12	3.8	12	87	0	63	55	11	11	22	1.66
14838352--14838403	24	2.2	23	86	6	77	55	9	13	21	1.66
14839519--14839558	4	9.8	4	94	5	71	22	2	0	75	0.93
14849640--14849679	19	2.1	19	85	0	53	12	10	30	47	1.74
14851791--14851831	14	3.0	14	80	16	50	19	26	0	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14851791--14851837	13	3.5	13	78	16	51	23	25	0	51	1.49
14851904--14851933	15	2.0	15	93	0	51	23	0	6	70	1.11
14860945--14861018	25	3.0	25	89	0	112	21	17	8	52	1.70
14869111--14869207	30	3.3	30	73	2	97	30	39	17	12	1.87
14872881--14873344	126	3.7	126	87	1	628	29	17	16	37	1.91
14873808--14873838	15	2.1	15	93	0	53	22	9	0	67	1.19
14873988--14874388	125	3.2	125	88	2	610	30	17	14	36	1.90
14876980--14877005	4	6.5	4	100	0	52	76	23	0	0	0.78
14882366--14882483	25	4.8	24	73	17	68	33	6	2	56	1.39
14882397--14882442	20	2.3	20	79	17	51	34	4	4	56	1.39
14882398--14882449	22	2.5	21	87	12	72	34	3	3	57	1.35
14882394--14882462	26	3.0	22	68	25	52	37	2	2	56	1.29
14882506--14882547	22	1.9	22	85	0	57	23	2	4	69	1.20
14885836--14885918	41	2.0	41	95	2	150	36	6	9	48	1.61
14885995--14886029	7	5.0	7	100	0	70	28	0	0	71	0.86
14907446--14907486	21	2.0	21	90	0	64	19	26	4	48	1.69
14911117--14911227	49	2.3	49	79	3	125	23	27	18	30	1.98
14911240--14911413	46	3.7	46	82	8	183	23	29	19	27	1.98
14919428--14919567	41	3.5	41	73	8	119	30	25	19	24	1.98
14925648--14925733	41	2.1	41	93	0	145	43	19	4	32	1.72
14930793--14930842	23	2.2	23	100	0	100	38	14	12	36	1.83
14934079--14934186	54	2.0	54	98	0	207	32	19	20	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14938477--14938519	16	2.7	16	82	10	52	55	2	0	41	1.12
14939067--14939110	21	2.0	22	86	4	63	31	0	11	56	1.35
14939731--14939788	27	2.1	28	81	9	66	29	3	3	63	1.27
14940328--14940363	19	1.9	19	88	5	56	38	5	2	52	1.39
14940742--14940774	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
14943236--14943373	68	2.0	68	95	0	249	40	18	9	31	1.83
14947913--14947952	16	2.5	17	80	19	50	55	12	5	27	1.58
14955665--14955708	3	14.7	3	85	0	61	34	4	2	59	1.30
14956433--14956479	24	2.0	24	91	0	76	31	17	4	46	1.67
14958664--14958712	24	2.0	24	100	0	98	28	26	16	28	1.97
14958825--14959135	48	6.5	49	81	6	323	27	29	16	26	1.97
14958817--14959143	144	2.3	144	85	4	419	28	29	16	25	1.97
14958857--14959144	48	6.0	48	86	3	382	28	29	16	25	1.97
14972777--14973001	45	5.0	45	79	4	247	33	27	14	24	1.94
14972777--14973001	90	2.5	90	92	0	360	33	27	14	24	1.94
14975845--14975953	58	1.9	57	86	1	155	32	24	15	27	1.96
14977186--14977216	14	2.2	14	94	0	53	41	3	25	29	1.71
14979924--14980128	96	2.1	96	81	1	241	26	20	17	35	1.95
14980373--14981074	346	2.0	348	95	0	1273	30	14	15	39	1.87
14981430--14981480	21	2.3	23	77	12	63	41	0	0	58	0.98
14994154--14994231	39	2.0	39	87	5	113	43	24	2	29	1.67
15000666--15000691	13	2.0	13	100	0	52	84	0	15	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15001517--15001557	22	1.9	21	85	5	55	53	7	0	39	1.29
15010710--15010861	52	2.9	52	81	6	182	27	16	25	30	1.97
15011649--15011705	20	2.8	20	89	0	87	19	28	33	19	1.96
15016719--15016751	14	2.3	15	89	5	50	36	9	18	36	1.82
15018103--15018254	52	2.9	53	79	6	148	26	19	24	29	1.98
15018849--15018995	74	2.0	74	98	0	285	34	5	17	42	1.73
15019122--15019179	20	2.9	20	78	0	71	22	32	27	17	1.96
15033244--15033318	28	2.7	27	89	4	123	18	24	25	32	1.97
15033531--15033705	61	2.9	60	81	10	180	28	18	24	28	1.98
15039905--15039942	8	5.0	8	90	9	62	60	0	0	39	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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