genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36596271--36596321	3	16.7	3	79	4	57	5	31	0	62	1.19
36600141--36600177	12	3.1	12	96	0	65	21	8	10	59	1.56
36600963--36601007	17	2.8	16	80	16	56	57	0	11	31	1.33
36601099--36601137	17	2.2	19	86	9	55	35	17	2	43	1.63
36602654--36602712	28	2.2	26	78	6	64	52	1	1	44	1.21
36603127--36603151	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
36606040--36606125	43	2.0	42	88	6	129	36	24	16	23	1.94
36612745--36612792	26	1.9	24	83	8	60	10	14	4	70	1.29
36617228--36617275	25	1.9	25	83	8	62	56	2	8	33	1.41
36617789--36617876	46	1.9	46	88	4	133	37	12	25	25	1.91
36617850--36617881	16	2.0	16	100	0	64	37	12	25	25	1.91
36617863--36618084	46	4.8	47	84	1	252	42	15	22	19	1.89
36617804--36617927	62	2.0	62	95	0	221	37	12	23	25	1.91
36617863--36618084	93	2.4	93	83	2	232	42	15	22	19	1.89
36619654--36619732	37	2.1	37	85	0	104	27	31	16	24	1.96
36619851--36620825	47	20.7	47	98	0	1835	29	30	8	32	1.87
36636186--36636325	48	2.9	48	79	2	147	27	17	27	26	1.98
36636329--36636499	42	3.9	42	78	4	126	28	16	25	30	1.97
36639699--36639723	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
36643843--36643904	15	4.2	15	75	4	63	51	16	17	14	1.76
36643843--36643904	29	2.1	30	85	8	83	51	16	17	14	1.76
36645079--36645163	28	3.0	28	84	3	107	28	28	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36646795--36647096	40	7.6	39	76	9	218	25	19	27	26	1.99
36646910--36647146	119	2.0	119	100	0	474	27	18	27	27	1.98
36653632--36653765	49	2.7	49	85	2	187	24	19	26	29	1.98
36659636--36659713	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
36659666--36659993	174	1.9	174	96	0	602	30	14	24	31	1.94
36666325--36666378	25	2.3	25	78	18	62	51	7	3	37	1.48
36670951--36671004	25	2.1	26	83	10	67	61	1	5	31	1.30
36673486--36673531	13	3.4	14	80	14	51	26	6	0	67	1.15
36682552--36683465	5	182.8	5	98	0	1747	39	19	0	39	1.56
36690427--36690466	21	1.9	21	84	0	53	27	15	7	50	1.70
36690797--36690843	2	23.5	2	95	0	85	48	0	48	2	1.13
36695069--36695246	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
36695090--36695245	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
36704951--36704997	17	2.8	17	79	20	62	57	6	2	34	1.36
36704951--36705031	17	4.7	16	71	25	51	55	3	3	37	1.35
36708176--36708232	23	2.5	24	86	13	84	40	8	38	12	1.74
36710021--36710064	23	1.9	23	81	9	54	47	6	13	31	1.69
36714652--36714874	40	5.6	40	85	3	227	24	20	27	26	1.99
36714727--36714909	79	2.3	80	81	1	217	25	20	27	26	1.99
36716434--36716470	18	2.1	18	100	0	74	32	10	5	51	1.60
36718259--36718323	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
36718861--36718912	12	4.4	12	75	22	56	75	9	15	0	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36718850--36718909	22	2.8	21	87	7	84	73	11	15	0	1.10
36718883--36718914	13	2.5	13	94	0	55	75	9	15	0	1.05
36720131--36720198	34	2.0	34	94	0	118	25	16	19	39	1.91
36732411--36732467	28	2.0	28	89	0	87	40	22	14	22	1.90
36739273--36739474	112	1.8	112	88	0	314	30	16	14	38	1.89
36740826--36741034	43	4.9	43	83	5	244	19	19	28	33	1.96
36743199--36743266	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
36743373--36743440	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
36743548--36743620	29	2.5	30	82	13	98	27	28	16	27	1.97
36743088--36743589	174	2.9	174	96	0	914	30	24	14	29	1.95
36745499--36745722	40	5.6	40	83	6	240	25	27	21	25	1.99
36745654--36745731	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
36752701--36752925	40	5.7	40	81	6	197	27	27	20	25	1.99
36752857--36752934	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
36753514--36753621	56	2.0	53	89	10	168	46	18	16	18	1.85
36754469--36754583	57	2.0	57	96	0	212	40	20	9	29	1.84
36760881--36761065	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
36760848--36761065	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
36764808--36764979	45	3.9	45	83	3	190	29	26	18	25	1.98
36765819--36765910	47	2.0	47	89	4	141	43	11	14	30	1.81
36766123--36766214	47	2.0	47	89	4	141	43	11	14	30	1.81
36765809--36766417	304	2.0	304	99	0	1191	39	19	8	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36775632--36775692	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
36775687--36775830	72	2.0	72	91	0	234	18	26	15	40	1.90
36776146--36776700	278	2.0	278	98	0	1074	32	20	8	37	1.84
36784168--36784226	28	2.1	28	96	0	109	22	30	11	35	1.90
36786673--36787019	40	8.7	40	92	0	577	29	20	28	21	1.98
36790252--36790422	93	1.8	93	88	5	265	30	28	19	22	1.98
36790254--36790421	46	3.6	47	76	15	170	30	27	19	22	1.98
36790297--36790440	46	3.1	44	75	15	123	29	27	19	22	1.98
36792810--36792929	56	2.1	56	96	0	222	45	9	23	21	1.80
36794371--36794685	49	6.6	49	89	5	468	33	8	29	28	1.86
36794437--36794512	22	3.3	22	66	16	64	28	11	32	26	1.92
36794371--36794685	96	3.3	95	88	6	456	33	8	29	28	1.86
36794371--36794685	145	2.2	145	90	3	496	33	8	29	28	1.86
36805896--36805968	38	1.9	38	94	0	128	31	15	21	31	1.94
36807023--36807098	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
36808285--36808429	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
36816312--36816456	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
36821394--36821454	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
36827140--36827228	39	2.3	39	86	3	126	33	16	24	24	1.96
36827225--36827391	39	4.3	39	88	0	253	19	23	28	28	1.98
36833120--36833165	25	2.0	24	84	16	62	71	0	15	13	1.14
36833908--36833932	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36834480--36834658	27	6.6	27	82	7	184	27	15	27	29	1.96
36834482--36834637	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
36834478--36834658	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	29	1.96
36837442--36837599	43	3.7	43	70	8	117	26	25	18	29	1.98
36837444--36837599	85	1.8	85	83	2	206	26	25	19	29	1.98
36842319--36842677	180	2.0	182	87	1	524	26	11	28	33	1.91
36844292--36844405	27	4.2	27	88	2	149	39	21	8	30	1.83
36844384--36844658	27	10.2	27	87	1	331	30	21	5	42	1.76
36844344--36844658	81	3.9	81	81	3	213	33	20	6	40	1.77
36844957--36845016	27	2.3	27	85	2	77	20	21	21	36	1.95
36844927--36845326	98	4.1	98	98	0	757	20	26	21	32	1.97
36845020--36845278	50	5.3	50	62	17	155	20	27	20	32	1.97
36845429--36845513	6	13.8	6	74	14	75	18	17	14	49	1.80
36845429--36845513	43	2.0	43	90	0	134	18	17	14	49	1.80
36848249--36848410	45	3.6	45	88	4	247	22	20	28	28	1.99
36856075--36856235	45	3.6	44	83	4	196	23	22	24	28	1.99
36856214--36856292	42	1.9	42	84	2	106	27	17	26	27	1.98
36858017--36858058	20	2.1	20	90	0	66	21	9	23	45	1.81
36859121--36859336	95	2.3	95	82	4	262	26	18	29	25	1.98
36870094--36870134	21	2.0	21	100	0	82	43	14	2	39	1.59
36876164--36876690	27	19.5	27	85	2	619	29	21	8	41	1.81
36876728--36876884	27	5.9	27	85	5	185	38	21	9	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36876872--36877096	27	8.3	27	92	0	351	33	20	22	23	1.97
36879940--36880125	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
36887875--36888059	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
36887856--36888059	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
36897993--36898059	33	2.0	33	100	0	134	35	14	17	31	1.91
36908758--36908975	46	4.7	46	94	1	366	21	19	27	31	1.97
36919434--36919518	43	2.0	43	88	0	125	35	22	16	25	1.95
36921353--36921412	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
36922029--36922104	37	2.1	37	100	0	152	32	30	10	26	1.90
36924825--36925528	351	2.0	351	100	0	1408	28	24	18	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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