genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  221  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72574235--72574498	101	2.6	101	87	1	377	25	18	25	31	1.98
72589194--72589364	46	3.7	46	74	13	179	22	19	27	30	1.98
72589189--72589358	93	1.8	93	90	0	277	21	20	28	30	1.98
72589589--72589626	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53
72593170--72593283	57	2.0	57	98	0	219	35	17	11	35	1.86
72593503--72593548	16	3.0	16	75	6	51	41	8	15	34	1.78
72599176--72599290	43	2.7	43	80	8	126	27	16	26	28	1.97
72599294--72599380	42	2.1	42	80	4	95	28	18	21	31	1.97
72605426--72605598	93	1.9	93	91	0	283	28	31	20	19	1.97
72605427--72605588	46	3.5	46	78	5	191	29	30	20	19	1.97
72605472--72605613	46	3.1	45	74	10	126	30	30	18	20	1.96
72614506--72614777	23	11.7	23	97	1	501	30	20	21	26	1.98
72614777--72614817	20	2.0	20	100	0	82	34	19	9	36	1.85
72622427--72622490	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
72622683--72622825	24	6.0	24	87	7	202	27	20	20	30	1.98
72622697--72622825	47	2.7	49	88	9	194	27	20	19	31	1.97
72622878--72623120	20	12.1	20	91	0	396	32	21	10	35	1.87
72622880--72623118	40	6.0	40	99	0	469	33	22	9	35	1.86
72623393--72623466	36	2.1	36	100	0	148	44	17	8	29	1.77
72631092--72631122	8	4.0	8	95	4	55	12	0	0	87	0.55
72633989--72634053	26	2.5	27	80	7	71	35	21	24	18	1.96
72635131--72635243	27	4.2	27	83	0	136	37	16	18	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72635975--72636034	27	2.3	27	88	2	86	21	21	20	36	1.95
72652477--72652542	6	10.8	6	82	9	80	45	15	18	21	1.85
72652477--72652552	37	2.1	37	87	0	107	46	15	18	19	1.85
72652702--72652803	27	3.8	28	83	10	104	37	20	22	19	1.95
72653470--72653826	27	13.3	27	87	3	452	24	19	21	34	1.96
72653839--72654062	81	2.8	81	86	3	310	39	8	23	28	1.83
72653829--72654063	27	8.7	27	81	2	249	39	8	23	29	1.83
72655612--72655643	17	1.9	16	93	6	55	56	15	6	21	1.62
72662009--72662240	49	4.7	49	77	6	216	31	25	16	25	1.97
72662065--72662245	100	1.8	101	86	3	267	30	25	17	25	1.97
72665386--72665424	18	2.1	19	85	9	53	43	17	5	33	1.72
72667077--72667301	40	5.7	40	85	5	287	24	21	27	26	2.00
72667084--72667334	119	2.1	119	83	7	305	27	20	25	26	1.99
72673142--72673292	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
72678134--72678447	158	2.0	158	97	0	592	30	28	14	26	1.94
72683158--72683309	27	5.6	27	91	3	214	28	13	28	30	1.94
72683158--72683309	55	2.8	55	91	0	241	28	13	28	30	1.94
72685023--72685173	28	5.4	28	90	1	205	33	27	13	25	1.93
72688588--72688866	140	2.0	140	95	0	504	24	18	31	25	1.98
72694202--72694555	176	2.0	176	98	0	690	30	23	5	40	1.78
72694646--72694934	145	2.0	145	98	0	560	28	22	13	36	1.92
72694899--72695130	49	4.7	49	75	6	198	32	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72694955--72695135	100	1.8	101	87	1	274	32	25	17	24	1.97
72695118--72695437	159	2.0	159	98	0	622	30	24	11	33	1.91
72695369--72695506	69	2.0	69	98	0	267	33	18	7	41	1.78
72701148--72701306	72	2.2	72	94	2	275	34	21	8	35	1.84
72702324--72702493	40	4.3	40	88	0	207	24	21	28	25	1.99
72702271--72702493	80	2.8	79	82	3	232	24	21	28	25	1.99
72702346--72702528	79	2.3	80	82	1	226	25	21	28	24	1.99
72704939--72705080	40	3.6	40	90	2	216	23	22	26	26	2.00
72708573--72708620	22	2.3	21	86	10	71	22	6	18	52	1.68
72708579--72708622	22	2.0	22	95	0	79	22	6	20	50	1.72
72711357--72711423	27	2.5	28	80	7	75	52	2	0	44	1.16
72711456--72711493	18	2.1	19	85	5	51	55	2	0	42	1.14
72714055--72714113	31	1.9	31	83	10	77	52	1	3	42	1.28
72714040--72714134	39	2.3	40	81	13	97	52	1	2	44	1.19
72714127--72714152	9	2.9	9	100	0	52	34	0	0	65	0.93
72735143--72735205	30	2.1	30	84	0	81	31	26	7	33	1.85
72738406--72738577	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
72738430--72738612	67	2.8	64	78	8	201	28	16	31	23	1.96
72739616--72739645	16	1.9	16	93	6	53	50	0	13	36	1.42
72740423--72740691	47	5.7	47	77	13	193	27	19	30	22	1.98
72740428--72740685	140	1.8	140	85	4	360	28	18	30	22	1.98
72744622--72745560	51	18.6	51	97	1	1759	29	29	7	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72753423--72753545	47	2.6	45	80	13	135	22	30	18	28	1.98
72753843--72753905	30	2.1	30	84	0	81	30	25	9	34	1.88
72755076--72755107	11	2.9	11	95	0	55	34	3	28	34	1.73
72756643--72756714	33	2.2	33	85	7	94	25	0	13	61	1.33
72756909--72756989	30	2.8	29	79	7	94	62	2	0	34	1.08
72756920--72756977	20	2.8	19	84	10	62	60	3	0	36	1.14
72756907--72756991	10	8.8	10	69	14	54	62	2	0	35	1.08
72756947--72756984	20	2.0	20	89	5	60	65	2	0	31	1.06
72759139--72759210	36	2.0	36	97	0	135	25	23	15	36	1.94
72759982--72760075	47	2.0	47	100	0	188	29	8	10	51	1.66
72764985--72765016	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
72765328--72765667	180	1.9	180	86	0	482	38	10	19	31	1.85
72776315--72776352	17	2.2	18	86	13	53	57	2	2	36	1.26
72777723--72777781	22	2.6	23	81	8	75	30	18	28	22	1.97
72798676--72798774	52	1.9	52	89	0	153	36	19	26	18	1.94
72798678--72798800	52	2.4	52	84	0	147	39	18	24	17	1.92
72805976--72806085	42	2.6	42	88	0	166	23	30	27	19	1.98
72807361--72807501	57	2.4	58	82	5	153	28	19	18	34	1.95
72808853--72809154	150	2.0	150	96	0	559	28	13	16	41	1.86
72817280--72817318	20	2.0	20	89	0	60	15	5	2	76	1.06
72818966--72818997	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
72822796--72822831	17	2.1	17	100	0	72	30	27	11	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72823167--72823373	103	2.0	103	96	0	378	29	27	15	26	1.96
72827946--72828281	47	7.1	47	88	2	429	31	11	30	27	1.91
72828044--72828165	23	5.2	23	63	24	67	28	10	32	27	1.90
72828045--72828169	25	5.2	24	62	21	66	28	10	32	28	1.90
72828255--72828391	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
72839732--72839810	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
72843016--72843054	20	2.1	19	85	9	53	2	28	17	51	1.59
72847665--72847758	6	15.3	6	72	12	75	50	14	18	17	1.79
72847686--72847755	25	2.8	26	85	10	92	48	15	20	15	1.81
72847686--72847758	31	2.4	31	85	0	92	49	15	19	16	1.80
72847877--72847936	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
72847898--72847961	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
72848065--72848283	27	8.1	27	90	0	285	40	5	21	31	1.77
72848065--72848283	54	4.1	54	87	2	314	40	5	21	31	1.77
72848065--72848342	81	3.4	81	83	4	265	38	6	23	31	1.81
72848309--72848517	27	7.7	28	84	3	153	30	8	22	39	1.83
72848304--72848517	82	2.6	81	82	4	234	30	8	21	39	1.83
72848294--72848517	54	4.1	54	78	4	200	30	8	20	39	1.83
72848365--72848517	27	5.6	27	89	1	189	30	7	20	41	1.80
72848422--72848533	27	4.2	27	88	1	91	32	7	19	41	1.79
72849354--72849486	48	2.8	48	82	0	149	28	20	29	21	1.98
72853351--72853644	39	7.5	39	94	1	484	19	23	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72862378--72862560	79	2.3	79	83	7	210	26	27	21	24	1.99
72862357--72862560	40	5.1	40	80	8	220	25	27	21	24	1.99
72863771--72863890	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
72874645--72874750	54	2.0	54	96	0	194	29	22	16	32	1.95
72878497--72878609	40	2.8	40	95	0	199	23	30	23	23	1.99
72883150--72883268	29	4.1	29	91	1	186	26	14	28	31	1.95
72884982--72885075	40	2.3	41	87	7	131	25	15	29	28	1.96
72888551--72888656	28	3.8	28	82	8	135	29	15	31	24	1.95
72888549--72888656	56	1.9	56	87	7	157	29	14	30	25	1.95
72889232--72889307	23	3.4	22	73	25	70	32	1	10	55	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310