genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6931893--6931992	12	9.2	11	67	28	54	62	3	4	31	1.29
6932052--6932114	23	2.9	22	73	17	60	49	0	4	46	1.23
6933764--6934311	205	2.7	206	89	2	859	27	22	17	31	1.97
6937055--6937590	268	2.0	268	100	0	1072	27	22	16	32	1.96
6942712--6942740	14	2.1	14	93	6	51	48	27	3	20	1.66
6945286--6945329	21	2.0	21	82	4	52	38	9	29	22	1.85
6945842--6945896	14	4.2	13	77	11	51	50	1	3	43	1.30
6945891--6945944	24	2.1	26	83	10	67	70	1	3	24	1.13
6948212--6948251	6	6.7	6	94	0	71	62	2	0	35	1.09
6951452--6951535	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
6956762--6956845	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
6960272--6960442	48	3.6	47	76	6	166	28	19	25	26	1.99
6970270--6970399	18	6.7	18	68	17	73	41	13	10	34	1.78
6970515--6970545	6	5.2	6	96	0	53	48	16	19	16	1.81
6970533--6970696	47	3.5	47	92	3	251	40	21	19	18	1.92
6972150--6972196	21	2.2	22	77	11	53	27	0	19	53	1.45
6976201--6976241	6	6.7	6	91	5	64	14	0	2	82	0.76
6976201--6976241	19	2.2	19	91	4	66	14	0	2	82	0.76
6978110--6978320	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
6978076--6978362	137	2.1	137	98	0	547	31	25	18	24	1.98
6978610--6978662	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
6980149--6980300	26	5.8	26	98	0	286	35	25	7	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6985204--6985229	12	2.2	12	100	0	52	42	26	7	23	1.81
6985799--6985836	19	2.0	20	84	5	51	63	5	7	23	1.42
6987434--6987493	29	2.1	29	100	0	120	46	26	0	26	1.53
7003133--7003185	26	2.0	26	82	13	65	60	7	15	16	1.57
7010097--7010481	192	2.0	192	97	0	734	26	14	16	43	1.85
7011262--7011315	12	4.6	12	78	17	51	74	1	16	7	1.14
7011497--7011572	31	2.5	31	85	6	102	23	11	21	43	1.85
7015583--7015660	40	2.0	40	86	0	111	35	20	19	24	1.95
7016290--7016341	14	3.6	14	74	5	59	17	1	36	44	1.60
7016290--7016329	21	1.9	21	84	0	53	15	2	37	45	1.59
7016290--7016343	15	3.7	15	78	7	67	16	1	37	44	1.59
7016329--7016398	29	2.4	29	76	6	72	20	4	41	34	1.72
7016345--7016385	15	2.7	15	88	0	64	19	4	51	24	1.66
7016701--7016754	23	2.3	23	83	6	63	46	5	1	46	1.37
7017059--7017096	13	2.9	13	92	0	58	78	0	0	21	0.74
7017059--7017112	7	7.6	7	81	10	56	75	1	1	20	0.98
7017219--7017259	19	2.2	19	86	8	57	68	0	7	24	1.15
7017218--7017261	20	2.2	20	80	15	56	68	0	6	25	1.14
7017257--7017347	41	2.2	42	82	2	103	43	12	17	26	1.84
7019561--7019625	31	2.1	31	97	0	121	44	10	7	36	1.68
7021153--7021213	18	3.2	18	70	9	50	22	4	3	68	1.23
7022035--7022072	20	1.9	20	88	0	58	18	0	39	42	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7022286--7022933	126	5.1	126	87	2	895	37	16	16	29	1.90
7026502--7026536	18	1.9	18	94	0	61	40	11	28	20	1.87
7026593--7026659	30	2.3	29	81	2	80	8	20	40	29	1.83
7027156--7027205	7	7.0	7	88	2	73	56	12	4	28	1.54
7028388--7028437	25	2.0	25	100	0	100	44	20	4	32	1.70
7028540--7028606	27	2.5	27	92	0	116	20	25	11	41	1.87
7031140--7031222	26	3.4	26	70	20	88	61	2	7	28	1.35
7031168--7031244	22	3.3	22	68	19	66	58	1	9	31	1.37
7031144--7031248	48	2.2	48	98	0	201	59	1	7	31	1.37
7031152--7031230	26	3.2	26	69	20	87	59	2	7	30	1.38
7043576--7043600	13	1.9	13	100	0	50	64	0	20	16	1.30
7047106--7047136	12	2.6	12	94	0	53	77	0	16	6	0.97
7047315--7047445	13	10.6	13	70	17	93	36	48	0	14	1.44
7047324--7047358	9	3.9	9	100	0	70	34	54	0	11	1.37
7047364--7047445	35	2.3	35	87	8	130	37	48	0	13	1.42
7047835--7047926	3	30.3	3	73	18	68	29	3	1	66	1.14
7047835--7047930	18	5.1	18	79	12	95	30	3	1	65	1.15
7047835--7047930	30	3.0	30	74	20	88	30	3	1	65	1.15
7048126--7048172	12	4.0	12	80	2	51	31	0	6	61	1.21
7048272--7048301	12	2.5	12	94	0	51	46	6	0	46	1.29
7050155--7050201	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81
7053604--7053778	82	2.1	83	96	2	327	37	17	16	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7054267--7054391	61	2.0	60	89	7	187	32	16	13	38	1.87
7055009--7056368	132	10.3	132	93	1	2302	31	18	23	25	1.98
7055001--7056368	655	2.1	656	93	1	2303	31	18	23	25	1.97
7056477--7056618	13	11.5	13	76	20	121	37	48	0	14	1.43
7056486--7056544	9	6.1	9	85	14	82	35	52	0	11	1.38
7056477--7056627	31	4.9	31	81	16	197	37	49	0	13	1.43
7056548--7056629	35	2.3	35	86	12	123	37	47	0	14	1.45
7057306--7057367	17	3.4	19	78	13	67	32	0	6	61	1.21
7057425--7057488	19	3.2	20	76	13	51	32	3	7	56	1.44
7060453--7060482	11	2.9	10	90	9	51	30	0	0	70	0.88
7061545--7061625	31	2.6	30	77	9	83	44	13	7	34	1.72
7062260--7062314	20	2.8	20	71	23	53	56	0	1	41	1.10
7064217--7064248	16	2.0	16	93	0	55	65	6	0	28	1.16
7064679--7064760	25	3.1	25	73	23	71	32	0	0	67	0.91
7065500--7065551	24	2.1	25	82	3	61	40	5	0	53	1.25
7069375--7069460	17	4.9	17	71	17	61	47	3	2	46	1.32
7069426--7069484	25	2.3	26	80	11	68	50	5	1	42	1.34
7069360--7069510	68	2.2	72	84	10	215	49	5	1	43	1.36
7071352--7071408	27	2.1	27	86	3	78	57	5	5	31	1.43
7072026--7072074	23	2.1	23	85	7	64	65	10	8	16	1.46
7072183--7072242	24	2.5	24	86	8	77	60	0	8	31	1.27
7072184--7072242	23	2.6	23	87	12	79	59	0	8	32	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7073949--7074239	74	3.9	75	94	0	478	26	21	18	32	1.97
7073949--7074239	149	2.0	149	91	1	476	26	21	18	32	1.97
7080820--7080847	13	2.2	13	100	0	56	46	25	7	21	1.76
7083292--7083540	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
7083291--7083540	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
7083635--7083666	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
7083878--7083935	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
7090885--7091133	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
7090884--7091133	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
7091228--7091259	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
7091471--7091528	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
7097584--7097650	30	2.2	30	86	0	89	28	16	1	53	1.52
7097584--7097650	15	4.5	15	78	10	66	28	16	1	53	1.52
7101258--7101288	16	1.9	16	93	0	53	35	3	22	38	1.71
7102390--7102423	14	2.6	14	90	9	54	73	0	0	26	0.83
7119674--7119714	22	1.9	21	90	5	64	34	0	0	65	0.93
7122503--7122547	21	2.1	21	100	0	90	28	17	20	33	1.95
7123662--7123696	17	2.1	16	89	5	52	51	0	0	48	1.00
7131696--7131756	9	6.8	9	75	17	56	27	1	1	68	1.08
7131703--7131757	27	2.0	28	82	10	69	27	1	1	69	1.09
7135129--7135160	16	1.9	17	93	6	57	50	0	0	50	1.00
7136540--7136596	29	1.9	30	85	3	80	29	3	14	52	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7136517--7136596	31	2.7	29	80	5	79	32	5	13	48	1.64
7136754--7136832	29	2.6	31	76	7	74	41	17	6	34	1.75
7137583--7137636	22	2.5	22	75	0	54	11	14	11	62	1.53
7138593--7138627	13	2.7	13	95	0	61	20	45	5	28	1.73
7143549--7143578	16	1.9	16	93	6	53	40	0	3	56	1.16
7143565--7143600	19	1.9	18	88	5	54	55	0	2	41	1.14
7143568--7143634	22	3.2	22	74	15	63	52	0	1	46	1.09
7148400--7148489	45	2.0	45	97	0	171	24	12	26	36	1.91
7162779--7162835	28	2.0	30	86	6	82	49	1	3	45	1.29
7162798--7162865	26	2.5	27	76	11	68	50	0	2	47	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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