genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2526620--2526664	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
2530396--2530440	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
2534684--2534760	24	3.4	22	76	16	61	54	1	0	44	1.08
2534704--2534765	12	5.2	12	75	7	54	51	1	0	46	1.10
2534865--2534911	23	2.0	23	91	0	76	34	12	0	53	1.39
2536373--2536492	62	1.9	62	89	3	188	40	23	5	30	1.78
2537368--2537546	89	2.0	89	98	0	349	39	10	15	35	1.80
2537714--2537747	17	2.0	17	100	0	68	41	11	11	35	1.78
2540121--2540428	130	2.4	128	81	3	352	38	19	15	25	1.91
2542416--2542691	133	2.1	133	93	1	464	25	23	20	31	1.98
2542256--2543132	310	2.8	310	89	1	1355	25	22	20	31	1.98
2542727--2543044	133	2.4	132	88	3	451	25	23	20	30	1.99
2543057--2543220	88	1.9	88	92	0	274	29	20	19	31	1.97
2543292--2543418	64	2.0	64	85	3	175	35	14	18	31	1.91
2554135--2554178	21	2.0	22	87	12	65	54	4	9	31	1.52
2556653--2556685	9	3.7	9	100	0	66	45	0	24	30	1.53
2558389--2558830	114	3.9	113	90	3	676	30	0	15	52	1.49
2558885--2558946	22	2.8	20	72	15	52	33	0	3	62	1.11
2558892--2558955	22	2.9	23	79	13	71	32	0	3	64	1.10
2565382--2565448	22	3.0	22	97	0	125	49	0	1	49	1.10
2566397--2566427	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
2570176--2570206	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2573775--2573813	17	2.4	16	84	16	53	56	0	12	30	1.37
2575666--2575728	22	3.0	22	73	17	62	11	6	4	77	1.10
2575658--2575715	31	1.9	30	89	3	89	8	6	3	81	0.98
2579239--2579447	41	5.1	41	82	4	174	38	24	18	18	1.93
2579269--2579447	82	2.2	82	80	4	200	37	25	18	18	1.93
2579742--2579811	28	2.5	28	77	9	70	20	0	41	38	1.52
2579773--2579869	50	1.9	50	87	0	140	24	0	34	41	1.55
2579802--2579841	21	1.9	21	84	0	53	30	0	20	50	1.49
2579830--2579877	7	6.7	7	81	13	53	20	0	39	39	1.53
2580219--2580281	19	3.3	19	93	2	99	68	6	3	22	1.27
2580306--2580357	15	3.5	15	78	5	61	21	0	32	46	1.52
2581136--2581179	18	2.5	17	85	7	61	9	36	0	54	1.32
2581385--2581516	65	2.1	63	87	7	187	21	8	10	59	1.56
2584641--2584742	23	4.4	23	88	0	150	38	3	17	40	1.68
2585221--2585323	42	2.4	43	78	1	118	21	15	28	34	1.94
2588876--2588959	41	2.0	43	81	9	102	39	32	4	23	1.76
2601052--2601170	23	5.2	21	73	16	71	54	5	5	35	1.44
2601059--2601135	22	3.4	22	79	16	70	57	6	3	32	1.43
2601059--2601137	25	3.5	22	74	15	72	56	6	3	32	1.42
2601213--2601259	23	2.1	22	84	7	60	53	6	4	36	1.46
2601258--2601286	3	9.7	3	100	0	58	34	31	0	34	1.58
2601634--2601704	9	7.3	10	71	17	60	57	2	2	36	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2601778--2601841	23	2.7	25	74	13	64	56	6	4	32	1.45
2601889--2601978	21	4.2	21	76	19	73	58	4	1	35	1.25
2601919--2601972	14	3.9	14	83	13	51	62	5	0	31	1.18
2601941--2601977	3	12.7	3	94	5	67	64	0	0	35	0.94
2602604--2602642	18	2.2	18	86	9	53	76	0	12	10	1.01
2603721--2603990	75	3.6	73	83	10	291	32	19	16	31	1.94
2611289--2611333	22	2.0	22	95	0	81	46	4	20	28	1.69
2614930--2615023	23	4.1	23	97	0	179	57	11	8	22	1.61
2615226--2615274	14	3.3	14	88	11	71	57	6	0	36	1.24
2615328--2615388	22	2.9	21	80	9	70	59	4	3	32	1.35
2615335--2615411	22	3.4	22	79	16	70	57	6	3	32	1.43
2615335--2615413	25	3.5	22	74	15	72	56	6	3	32	1.42
2615536--2615563	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
2615889--2615959	9	7.3	10	71	17	60	57	2	2	36	1.28
2616033--2616096	23	2.7	25	74	13	64	56	6	4	32	1.45
2616853--2616887	18	1.9	18	88	11	54	77	0	11	11	1.00
2617976--2618245	75	3.6	73	83	10	291	32	19	16	31	1.94
2625407--2625469	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
2630953--2631002	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
2631521--2631572	23	2.3	22	83	9	70	71	1	13	13	1.24
2632264--2632411	47	3.0	49	82	7	201	32	25	17	25	1.97
2633810--2633864	21	2.7	21	82	2	76	25	20	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2635290--2635319	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
2640415--2640490	17	4.3	16	72	23	55	55	2	1	40	1.22
2640446--2640485	21	2.0	21	90	5	64	52	2	0	45	1.14
2646801--2646902	23	4.3	23	74	13	75	22	21	19	36	1.95
2652305--2652359	26	2.0	28	86	6	78	63	5	0	30	1.17
2663958--2664016	31	1.9	31	92	0	100	23	20	10	45	1.81
2664769--2664825	26	2.1	26	81	12	62	33	3	17	45	1.65
2666221--2666294	16	4.5	15	71	18	51	35	1	2	60	1.19
2666240--2666312	20	4.0	18	78	16	71	35	0	2	61	1.10
2666173--2666312	55	2.6	54	79	10	142	32	1	2	63	1.15
2666198--2666330	55	2.4	54	79	9	128	32	2	2	63	1.19
2665671--2667102	715	2.0	716	98	0	2751	26	14	14	44	1.83
2666936--2667009	16	4.5	15	71	18	51	35	1	2	60	1.19
2666955--2667027	20	4.0	18	78	16	71	35	0	2	61	1.10
2666892--2667027	55	2.5	54	80	9	141	33	1	2	63	1.16
2666913--2667045	55	2.4	54	79	9	128	32	2	2	63	1.19
2667169--2667231	25	2.6	25	82	2	74	25	1	3	69	1.12
2676339--2676401	27	2.3	26	94	5	99	34	15	4	44	1.68
2681397--2681466	22	3.2	22	71	18	74	51	4	1	42	1.30
2684989--2685038	19	2.6	19	82	14	59	18	8	0	74	1.06
2690946--2691179	124	1.9	124	79	7	269	26	22	30	21	1.99
2693739--2693789	18	2.8	18	83	16	61	17	1	5	74	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2701734--2701761	14	2.0	14	100	0	56	21	14	7	57	1.61
2701906--2701996	44	2.1	44	85	4	121	42	8	2	46	1.47
2704728--2704794	25	2.8	24	72	17	66	14	22	20	41	1.89
2704920--2704973	23	2.3	23	84	9	74	16	24	22	37	1.94
2704957--2705011	24	2.2	25	81	15	62	14	25	25	34	1.94
2704967--2705023	25	2.3	24	80	16	64	19	28	21	31	1.97
2705492--2705624	68	2.0	68	84	3	178	29	24	23	23	1.99
2705682--2706324	86	7.5	88	80	7	581	21	23	20	33	1.97
2705682--2706306	176	3.6	169	81	5	537	21	24	21	33	1.97
2706058--2706281	44	5.1	43	63	12	116	20	24	20	35	1.96
2706374--2706497	64	1.9	64	86	3	178	36	15	18	29	1.92
2707715--2707781	25	2.8	24	72	17	66	14	22	20	41	1.89
2719445--2719644	44	4.6	43	77	6	177	28	22	22	27	1.99
2719756--2719889	68	2.0	68	88	2	198	29	23	23	22	1.99
2719997--2720295	86	3.6	79	82	9	328	20	24	22	32	1.98
2719946--2720570	176	3.6	169	81	5	537	21	24	20	33	1.97
2720071--2720570	86	5.7	88	80	4	505	21	24	20	33	1.97
2720322--2720545	44	5.1	43	62	12	107	20	24	19	36	1.95
2723977--2724278	45	6.8	44	73	7	198	29	22	16	32	1.95
2723986--2724278	134	2.2	134	91	0	478	29	21	16	32	1.95
2729697--2729914	46	4.7	46	97	0	400	21	21	27	29	1.98
2735098--2735138	19	2.2	19	86	8	57	41	7	19	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2741342--2741447	37	2.8	38	77	16	105	50	0	13	34	1.47
2745845--2745875	15	2.1	15	93	0	53	64	3	0	32	1.09
2746530--2746574	24	1.9	23	81	4	54	44	8	4	42	1.56
2749940--2749970	1	31.0	1	93	0	53	96	0	3	0	0.21
2749921--2749962	16	2.9	15	86	10	52	80	0	4	14	0.86
2750041--2750086	19	2.2	22	88	11	71	17	0	2	80	0.81
2750041--2750086	22	2.2	20	88	7	65	17	0	2	80	0.81
2750039--2750092	20	2.7	19	79	17	65	20	0	1	77	0.86
2750296--2750320	12	2.1	12	100	0	50	80	0	20	0	0.72
2757187--2757234	6	7.7	6	77	9	51	22	2	0	75	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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