genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1050593--1050645	28	1.9	27	88	3	79	28	22	26	22	1.99
1051643--1051700	29	2.0	29	96	0	107	56	10	5	27	1.54
1054470--1054522	28	1.9	27	88	3	79	28	16	26	28	1.97
1054955--1054987	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
1059967--1060022	27	2.1	27	96	0	103	30	14	10	44	1.79
1060731--1060832	47	2.2	47	96	1	188	57	8	5	27	1.52
1079986--1080021	18	2.1	18	89	5	56	50	0	0	50	1.00
1080145--1080184	21	1.9	21	94	0	71	37	17	0	45	1.49
1080062--1080288	124	1.8	124	92	0	384	33	13	9	43	1.75
1083747--1083803	29	2.0	29	89	0	87	50	17	7	24	1.70
1086684--1086734	14	4.0	13	73	12	52	54	0	1	43	1.11
1086749--1086809	29	2.2	27	83	16	72	62	1	4	31	1.26
1089358--1089412	27	2.0	27	96	0	101	36	21	23	18	1.95
1097961--1098075	52	2.1	54	85	9	153	50	5	11	33	1.60
1098629--1098683	28	2.0	28	82	10	69	47	7	7	38	1.59
1102553--1102590	13	2.8	13	88	4	58	42	0	13	44	1.43
1102615--1102654	20	2.0	20	95	0	71	27	5	0	67	1.11
1103982--1104168	96	1.9	97	91	1	304	29	25	16	28	1.96
1104909--1104978	14	5.2	13	77	19	65	77	2	0	20	0.90
1104913--1104981	6	11.5	6	80	16	65	76	2	0	20	0.91
1104908--1104978	29	2.5	29	84	13	94	77	2	0	19	0.89
1104916--1104974	14	4.1	14	79	14	66	77	3	0	18	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1105707--1105736	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
1105761--1105792	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
1113365--1113412	20	2.4	20	82	6	62	64	2	8	25	1.32
1113429--1113465	13	2.8	13	87	4	56	43	13	0	43	1.44
1117120--1117167	20	2.4	20	82	6	62	64	2	8	25	1.32
1117184--1117220	13	2.8	13	87	4	56	43	13	0	43	1.44
1121985--1122022	18	2.1	19	90	5	60	52	5	21	21	1.66
1125704--1125737	17	2.0	17	94	0	59	79	0	0	20	0.73
1125706--1125782	19	4.2	18	71	15	59	64	1	2	31	1.15
1126116--1126152	16	2.2	18	90	9	60	81	0	0	18	0.70
1126268--1126471	9	21.6	9	67	16	76	30	3	3	61	1.32
1126268--1126357	47	1.9	46	82	13	112	26	4	5	63	1.36
1126342--1126425	10	8.5	10	68	24	54	35	3	1	59	1.22
1126332--1126425	21	4.8	20	77	15	72	34	3	2	60	1.24
1132530--1132567	9	4.2	9	89	0	58	52	10	5	31	1.58
1132530--1132567	18	2.1	18	100	0	76	52	10	5	31	1.58
1133071--1133114	17	2.6	17	79	10	54	38	4	6	50	1.50
1134893--1134924	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
1136015--1136094	9	8.4	9	73	13	54	68	3	1	26	1.13
1136014--1136095	19	4.4	18	70	16	60	67	3	1	28	1.15
1136062--1136159	9	10.4	9	68	21	51	60	0	1	38	1.04
1136650--1136701	10	5.2	10	90	0	86	3	30	55	9	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1136652--1136701	20	2.5	20	100	0	100	4	30	56	10	1.51
1136745--1136794	22	2.3	22	82	0	55	0	42	0	58	0.98
1137098--1137140	11	3.9	11	81	0	50	34	0	4	60	1.17
1138809--1138963	10	15.8	10	69	18	76	38	3	3	55	1.32
1138844--1138981	20	7.2	18	71	21	70	36	3	2	57	1.28
1147693--1147722	15	2.0	15	100	0	60	46	0	20	33	1.51
1148379--1148443	22	3.0	21	75	8	67	13	23	21	41	1.89
1150503--1150587	26	3.3	26	96	0	152	34	4	24	36	1.77
1155515--1155624	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
1168529--1168558	14	2.2	13	94	5	51	76	3	20	0	0.92
1168627--1168653	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
1168919--1168975	26	2.2	25	84	3	69	31	3	3	61	1.30
1191300--1191358	29	2.0	29	86	0	82	25	8	18	47	1.77
1193604--1193644	20	2.0	20	85	0	55	4	26	2	65	1.25
1215155--1215214	26	2.4	25	83	8	68	65	3	1	30	1.19
1218240--1218393	52	2.9	52	76	4	157	25	16	25	31	1.96
1225607--1225816	52	4.2	49	74	16	128	25	13	27	33	1.93
1227920--1228090	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
1227915--1228087	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
1228510--1228569	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
1230345--1230554	52	4.2	49	74	16	128	25	13	27	33	1.93
1233128--1233398	137	2.0	137	86	1	382	26	23	8	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1242435--1242490	27	2.2	26	87	6	78	44	5	12	37	1.65
1242443--1242497	27	2.0	27	100	0	110	40	3	10	45	1.57
1243280--1243310	14	2.2	14	100	0	62	32	6	19	41	1.77
1243313--1243427	33	3.2	33	67	30	92	24	10	19	46	1.81
1244566--1244718	79	1.9	79	94	0	270	22	22	14	39	1.90
1245955--1246015	21	2.9	21	97	0	113	32	19	14	32	1.92
1246173--1246218	19	2.3	20	92	3	76	26	10	15	47	1.78
1248741--1248790	25	2.0	25	96	0	91	58	4	34	4	1.36
1255618--1255704	26	3.3	25	72	12	84	33	8	3	55	1.46
1256029--1256082	27	2.0	27	82	10	67	40	5	0	53	1.24
1256449--1256476	6	4.7	6	100	0	56	53	0	0	46	1.00
1274513--1274595	10	8.8	10	73	15	61	66	2	1	30	1.12
1274514--1274595	19	4.4	18	76	8	65	65	2	1	30	1.13
1274528--1274689	49	3.4	48	68	17	129	59	4	1	33	1.29
1274638--1274674	9	3.9	10	86	6	51	59	2	0	37	1.12
1274637--1274678	19	2.3	18	84	8	57	61	4	0	33	1.17
1276504--1276711	113	1.9	112	88	5	323	46	6	5	41	1.51
1278232--1279634	701	2.0	701	100	0	2806	43	12	11	31	1.79
1279587--1279658	22	3.3	22	74	1	56	59	13	9	16	1.60
1279608--1279665	21	2.7	21	75	2	53	58	18	10	12	1.61
1280000--1280117	60	2.0	60	81	3	139	22	18	20	38	1.93
1283777--1283821	14	3.3	14	84	3	56	44	22	2	31	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1287687--1287715	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
1290780--1290823	22	2.0	22	95	0	79	22	34	4	38	1.75
1291707--1291756	26	1.9	26	84	8	66	66	2	2	30	1.14
1296255--1296290	19	1.9	19	94	5	65	47	0	27	25	1.52
1296660--1296709	22	2.3	21	77	19	50	32	0	4	64	1.12
1296675--1296704	15	1.9	16	93	6	53	30	0	3	66	1.07
1297122--1297173	10	5.4	9	78	17	52	53	1	0	44	1.11
1297117--1297173	19	2.9	19	87	7	80	56	1	0	42	1.10
1301351--1301431	42	2.0	41	85	4	110	27	27	32	13	1.94
1317804--1317963	49	3.8	41	85	11	175	26	27	15	30	1.96
1317870--1318006	49	2.9	48	90	4	197	29	27	13	28	1.95
1317885--1318060	54	3.5	50	83	9	150	30	27	15	27	1.96
1318082--1318168	31	2.8	31	89	0	138	26	27	19	26	1.99
1318144--1318320	50	3.5	50	89	0	264	25	21	16	36	1.94
1322086--1322130	23	2.0	23	82	8	56	17	8	2	71	1.23
1327264--1327316	22	2.4	22	100	0	106	47	15	0	37	1.45
1334160--1334324	46	3.6	45	79	11	138	24	28	18	28	1.98
1339057--1339126	28	2.5	28	88	0	95	31	8	27	32	1.87
1339066--1339138	28	2.6	28	86	0	101	35	6	26	31	1.83
1340963--1341001	16	2.4	17	95	4	71	12	5	33	48	1.63
1343178--1343410	49	4.7	50	83	2	290	24	17	27	30	1.97
1351623--1351659	18	2.0	19	89	5	58	48	2	13	35	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1354259--1354311	12	4.4	12	79	9	54	0	22	28	49	1.50
1355534--1355624	25	3.6	25	70	19	73	39	0	0	60	0.97
1355534--1355600	23	2.8	23	86	8	82	40	0	0	59	0.97
1358680--1358742	33	1.9	32	90	3	99	42	15	25	15	1.87
1361639--1361691	19	2.8	19	80	8	65	47	0	0	52	1.00
1364360--1364423	34	1.9	33	90	3	101	40	14	10	34	1.80
1365696--1365732	17	2.1	18	90	5	58	27	5	2	64	1.28
1367432--1367488	21	2.7	21	78	10	62	57	8	10	22	1.59
1369480--1369517	16	2.4	16	87	12	53	47	13	7	31	1.71
1369615--1369682	30	2.3	29	78	14	77	22	2	2	72	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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