genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75277192--75277543	80	4.4	80	99	0	695	27	27	20	24	1.99
75280493--75280706	107	2.0	106	99	0	419	26	22	18	32	1.97
75288361--75288418	25	2.3	25	85	11	75	20	10	1	67	1.29
75291339--75291487	41	3.6	41	76	10	151	22	22	27	27	1.99
75291319--75291474	41	3.8	40	74	18	140	22	22	26	28	1.99
75302512--75302607	44	2.2	44	92	3	160	36	22	12	28	1.91
75302533--75302604	20	3.4	20	67	14	54	37	25	13	23	1.92
75310674--75310827	28	5.5	28	96	0	265	25	12	28	33	1.92
75310649--75310827	56	3.2	56	91	1	270	25	12	28	33	1.92
75313346--75313570	40	5.7	40	83	5	260	25	21	27	25	1.99
75313420--75313603	80	2.3	80	82	5	205	26	20	27	25	1.99
75317123--75317193	23	3.1	23	70	22	60	22	19	16	40	1.91
75317162--75317222	23	2.5	24	81	7	70	24	24	21	29	1.99
75319476--75319644	45	3.8	45	75	3	162	23	11	28	36	1.90
75319574--75319660	44	2.0	45	93	2	149	18	14	32	34	1.92
75323649--75323744	44	2.2	44	90	3	151	36	21	13	28	1.92
75323660--75323741	20	3.9	20	73	14	67	36	23	14	25	1.93
75325289--75325457	46	3.7	46	91	1	250	34	29	16	19	1.94
75329422--75329584	43	3.8	43	82	5	170	27	15	25	30	1.96
75331526--75331689	46	3.5	46	74	15	149	29	19	28	23	1.98
75332812--75332889	26	2.9	26	73	7	66	29	15	16	38	1.90
75336633--75336746	39	2.9	39	93	0	183	24	33	24	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75350733--75350778	25	1.9	23	86	8	65	73	2	17	6	1.14
75351901--75352200	150	2.0	150	100	0	600	32	14	22	31	1.94
75353724--75353846	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
75353724--75353846	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
75353749--75353859	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
75354009--75354318	155	2.0	155	98	0	602	35	8	22	33	1.84
75361986--75362136	28	5.4	28	92	1	223	25	11	28	33	1.92
75362011--75362151	28	5.0	27	92	2	138	28	11	26	34	1.91
75364164--75364283	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
75371680--75371740	24	2.5	25	71	7	63	31	8	4	55	1.50
75378168--75378300	49	2.7	49	82	4	151	20	30	22	27	1.98
75378320--75378440	46	2.6	48	88	5	176	20	27	23	28	1.99
75379143--75379167	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
75390676--75390724	25	2.0	25	87	0	71	32	18	14	34	1.91
75396808--75399603	932	3.0	932	99	0	5520	33	17	17	31	1.93
75410988--75411012	8	3.1	8	100	0	50	28	0	24	48	1.52
75413609--75413877	46	5.8	46	78	15	286	21	20	28	29	1.98
75413606--75413870	93	2.8	93	97	1	487	21	20	29	28	1.98
75424004--75424181	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
75424005--75424160	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
75424001--75424181	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
75430157--75430273	59	2.0	59	94	0	207	31	17	28	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75431255--75431437	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
75431256--75431439	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
75431308--75431472	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
75435495--75435711	68	3.3	64	78	7	143	30	16	28	24	1.97
75449768--75449822	20	2.8	19	77	2	56	21	16	29	32	1.95
75450745--75450879	41	3.3	41	80	4	148	32	25	17	25	1.96
75453773--75453899	54	2.4	54	90	1	193	44	12	8	33	1.73
75463427--75463602	46	3.8	46	77	10	187	19	20	30	29	1.97
75463423--75463595	93	1.9	93	91	0	283	20	20	30	28	1.98
75466233--75466546	27	11.6	27	85	0	412	38	19	9	32	1.84
75466233--75466618	54	7.1	54	83	1	443	38	19	9	32	1.84
75466233--75466618	81	4.8	81	83	2	409	38	19	9	32	1.84
75466233--75466618	27	14.3	27	82	4	359	38	19	9	32	1.84
75466703--75467672	27	35.6	27	85	2	1186	35	19	20	25	1.95
75467814--75467845	16	2.0	16	93	0	55	31	28	15	25	1.96
75468020--75468078	22	2.7	22	78	5	57	23	27	18	30	1.98
75468062--75468113	27	1.9	27	84	7	70	23	21	17	38	1.93
75468237--75468301	27	2.4	27	84	5	87	16	23	24	35	1.95
75468456--75468514	30	2.0	30	93	0	100	23	22	10	44	1.83
75483166--75483336	40	4.3	40	81	6	206	23	21	28	26	1.99
75483168--75483323	79	2.0	79	87	3	224	23	20	29	26	1.99
75491098--75491234	40	3.5	40	88	3	188	24	24	27	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75507609--75507766	43	3.7	44	77	13	150	25	18	25	29	1.98
75507608--75507763	85	1.8	85	81	8	192	25	18	26	30	1.98
75510810--75510925	40	2.8	42	86	5	173	27	20	20	31	1.98
75510810--75510941	42	3.2	42	85	4	178	27	18	21	32	1.97
75520216--75520281	32	2.1	32	94	0	114	37	21	19	21	1.94
75520313--75520373	32	1.9	32	96	0	113	39	19	14	26	1.90
75523126--75523196	24	3.0	24	91	0	106	38	1	35	25	1.65
75524615--75524693	27	2.9	27	85	5	90	18	22	21	36	1.95
75532447--75532550	27	3.9	27	79	8	97	18	24	20	37	1.94
75532447--75532557	54	2.1	53	83	5	134	17	23	21	37	1.93
75545044--75545155	45	2.5	46	87	8	153	24	26	25	24	2.00
75546916--75547066	78	1.9	78	97	0	284	38	20	13	27	1.91
75549347--75549404	30	2.0	30	82	3	73	39	12	12	36	1.80
75576425--75576648	40	5.6	40	85	3	279	23	22	26	26	2.00
75576429--75576648	83	2.7	80	84	5	275	23	23	27	26	2.00
75584650--75584873	40	5.6	40	84	5	272	23	22	27	26	2.00
75584650--75584873	83	2.8	80	84	8	276	23	22	27	26	2.00
75587208--75587292	25	3.2	25	64	23	66	23	24	15	36	1.93
75587055--75587579	54	9.9	54	81	7	502	23	24	15	37	1.93
75587078--75587631	263	2.1	263	94	0	966	23	23	14	37	1.93
75587133--75587531	209	1.9	210	87	4	592	24	23	14	38	1.92
75587116--75587619	209	2.4	202	77	11	530	24	23	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75587558--75587679	47	2.6	47	87	5	183	25	21	13	40	1.89
75590789--75590955	43	4.0	42	82	6	194	30	26	18	23	1.98
75601761--75601820	15	4.0	15	80	0	75	10	11	16	61	1.55
75601762--75601821	30	2.0	30	93	0	102	10	13	16	60	1.59
75607530--75607602	36	2.0	36	100	0	146	39	16	5	38	1.72
75608083--75608170	32	2.8	32	91	3	133	32	27	15	23	1.95
75608113--75608180	32	2.4	26	72	25	73	33	25	14	26	1.94
75612130--75612224	42	2.2	43	83	1	120	28	18	21	31	1.97
75618199--75618312	33	3.9	28	76	13	106	27	23	22	26	2.00
75618197--75618321	60	2.1	61	86	4	173	28	24	21	25	1.99
75628288--75628442	43	3.6	42	70	14	120	27	18	24	29	1.98
75630696--75630788	35	2.7	35	86	0	132	26	13	17	41	1.87
75633960--75634042	25	3.3	25	82	0	94	27	20	19	32	1.97
75635800--75635942	28	5.1	28	81	8	141	27	13	32	26	1.94
75635802--75635942	57	2.5	56	82	7	144	27	13	32	26	1.94
75637015--75637052	18	2.2	17	95	4	67	55	7	10	26	1.61
75645035--75645060	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
75646638--75646695	16	3.9	16	73	26	56	51	0	0	48	1.00
75646637--75646697	29	2.1	29	93	6	106	50	0	0	49	1.00
75646638--75646687	16	3.3	16	74	25	63	48	0	0	52	1.00
75646663--75646753	39	2.4	39	94	1	157	51	4	0	43	1.21
75646693--75646753	20	3.2	19	71	15	63	50	6	0	42	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75646673--75646738	20	3.3	20	73	12	73	54	3	0	42	1.15
75646690--75646756	19	3.5	19	74	11	73	52	5	0	41	1.26
75646865--75646932	29	2.3	29	92	7	111	52	0	0	47	1.00
75646876--75646935	15	4.0	15	76	22	63	53	0	0	46	1.00
75646881--75646988	39	2.8	39	90	2	155	53	0	0	45	1.06
75646894--75646998	20	5.5	19	69	6	70	56	0	0	42	1.06
75646908--75646973	20	3.4	19	77	6	78	57	0	0	42	0.98
75647107--75647164	16	3.9	16	73	26	56	51	0	0	48	1.00
75647106--75647166	29	2.1	29	93	6	106	50	0	0	49	1.00
75647107--75647156	16	3.3	16	74	25	63	48	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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