genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60240015--60240039	10	2.5	10	100	0	50	48	0	0	52	1.00
60240269--60240315	24	2.0	23	88	8	69	36	0	23	40	1.55
60244368--60244416	14	3.8	13	82	15	66	55	0	0	44	0.99
60245110--60245158	14	3.8	13	82	15	66	55	0	0	44	0.99
60243751--60245235	742	2.0	742	100	0	2970	47	10	9	31	1.70
60245457--60245520	21	3.0	20	80	13	65	65	1	4	28	1.21
60245501--60245618	13	9.3	13	70	18	56	62	0	3	33	1.12
60245503--60245631	16	8.3	15	71	17	68	63	0	3	32	1.12
60245550--60245612	8	7.7	9	68	24	50	63	0	1	34	1.04
60245457--60245614	23	6.8	23	72	21	100	62	0	4	32	1.19
60245457--60245618	24	7.0	24	72	20	96	62	0	4	32	1.19
60245504--60245618	32	3.6	31	72	21	96	62	0	3	33	1.12
60245457--60245628	77	2.3	78	76	14	184	63	0	4	31	1.19
60245835--60245883	14	3.8	13	82	15	66	55	0	0	44	0.99
60247276--60248029	205	3.7	206	92	1	1176	29	21	18	31	1.97
60253573--60253656	43	2.0	43	87	0	123	32	28	22	16	1.96
60253649--60253964	40	7.9	40	88	0	454	27	28	21	22	1.99
60253644--60253964	80	4.0	80	93	0	518	27	28	21	22	1.99
60256430--60256513	43	2.0	43	90	0	132	32	29	22	15	1.95
60256506--60256821	40	7.9	40	89	0	463	27	28	21	22	1.99
60256501--60256821	80	4.0	80	93	0	527	27	28	21	22	1.99
60258674--60258827	47	3.3	47	93	0	272	29	29	7	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60259387--60259531	73	2.0	73	93	0	245	29	18	9	42	1.82
60260737--60260761	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
60271145--60271193	14	3.8	13	82	15	66	57	0	0	42	0.99
60271495--60271657	45	4.0	39	70	22	120	62	0	4	32	1.19
60271542--60271658	13	9.3	13	69	25	58	62	0	3	34	1.12
60271585--60271655	23	3.2	22	77	18	76	64	0	1	33	1.02
60271490--60271658	20	8.3	20	71	21	104	62	0	4	32	1.18
60278760--60278863	42	2.5	42	93	0	172	29	16	25	28	1.97
60278760--60278885	42	3.0	42	88	5	159	30	15	24	29	1.96
60279772--60279828	24	2.5	21	76	17	60	24	3	26	45	1.69
60286082--60286159	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
60286112--60286439	174	1.9	174	96	0	602	30	14	24	31	1.94
60290542--60290611	26	2.7	27	84	6	99	25	27	22	24	2.00
60291126--60291150	13	1.9	13	100	0	50	56	0	20	24	1.43
60295756--60295809	27	2.0	26	85	3	72	33	22	16	27	1.95
60302757--60302808	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
60302847--60302905	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
60305280--60305542	40	6.6	40	87	3	309	26	28	20	23	1.99
60311244--60311626	40	9.6	40	90	3	504	26	27	20	25	1.99
60311558--60311635	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
60315118--60315181	22	2.9	22	72	19	62	57	0	1	40	1.08
60315123--60315170	8	6.2	8	85	4	64	60	0	2	37	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60325273--60325325	20	2.7	19	81	16	63	58	0	0	41	0.98
60326060--60326103	23	1.9	23	95	0	79	36	13	31	18	1.90
60331335--60331392	30	1.9	30	92	0	98	12	25	41	20	1.87
60333242--60333286	22	2.0	22	83	8	56	75	0	4	20	0.97
60333252--60333289	3	13.3	3	88	5	53	73	0	0	26	0.83
60333336--60333385	22	2.3	22	86	10	75	76	4	8	12	1.15
60333402--60333439	16	2.4	16	87	12	60	73	0	0	26	0.83
60333375--60333439	17	3.9	16	78	11	60	73	1	1	23	1.00
60337865--60337921	30	1.9	30	85	0	78	14	28	36	21	1.92
60348487--60348589	37	2.8	37	95	0	179	25	32	19	23	1.98
60348730--60348864	48	2.8	48	96	0	243	29	28	6	34	1.83
60354561--60354663	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
60361065--60361093	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
60370980--60371064	5	16.8	5	71	24	63	18	7	0	74	1.04
60370982--60371064	25	3.5	24	75	21	79	19	7	0	73	1.06
60384787--60384834	22	2.2	22	100	0	96	50	27	0	22	1.50
60392859--60393954	549	2.0	555	90	2	1720	26	22	21	29	1.99
60408495--60409050	278	2.0	278	98	0	1067	29	22	16	31	1.96
60414160--60414327	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
60414183--60414327	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
60424530--60424617	42	2.1	42	95	0	158	31	22	20	25	1.98
60431348--60431559	110	1.9	111	99	0	417	36	16	7	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60431772--60431901	42	3.1	42	94	0	215	32	21	20	26	1.97
60437660--60437814	46	3.4	46	76	12	165	23	22	25	28	1.99
60455540--60455581	22	2.0	20	86	9	57	38	4	21	35	1.75
60456176--60456209	18	1.9	17	88	5	50	38	0	26	35	1.57
60458002--60458029	13	2.2	13	100	0	56	17	35	32	14	1.90
60461376--60461495	42	2.8	42	74	10	102	31	17	21	29	1.96
60465363--60465436	23	3.4	23	72	7	66	37	14	16	31	1.89
60465485--60465519	17	2.1	17	88	0	52	31	25	20	22	1.98
60465547--60465603	17	3.4	17	80	0	60	42	19	15	22	1.89
60467969--60468009	21	2.0	21	90	9	66	39	24	17	19	1.92
60477014--60477070	30	1.9	30	92	0	96	42	10	3	43	1.56
60477341--60477379	20	2.0	20	85	10	53	43	5	10	41	1.61
60486920--60486978	31	1.9	31	93	6	102	32	27	13	27	1.94
60488847--60488871	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
60488947--60489015	30	2.2	33	82	12	92	50	2	0	46	1.16
60504098--60504134	18	2.1	18	100	0	74	10	0	37	51	1.37
60505387--60505421	15	2.2	16	90	5	54	68	0	0	31	0.90
60506451--60506475	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
60510083--60510351	45	5.8	46	77	11	221	27	19	29	23	1.98
60513977--60514147	38	4.4	38	86	5	211	21	21	26	30	1.98
60513991--60514185	76	2.5	77	85	5	241	21	20	26	31	1.98
60514007--60514185	38	4.7	38	86	2	198	20	20	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60516720--60516773	15	3.6	15	80	20	60	33	1	1	62	1.16
60516719--60516765	15	2.9	16	84	15	62	36	2	2	59	1.21
60517937--60517977	14	2.9	14	92	7	66	41	9	19	29	1.83
60518431--60518474	15	3.2	15	72	24	51	45	0	0	54	0.99
60518469--60518495	7	3.9	7	100	0	54	44	0	11	44	1.39
60518515--60518555	14	3.0	14	89	10	59	43	0	0	56	0.99
60518559--60518620	22	2.9	21	80	4	61	48	0	1	50	1.10
60519109--60519215	55	2.0	54	94	1	187	13	30	7	48	1.69
60520476--60520512	14	2.6	14	95	0	65	35	5	32	27	1.79
60524153--60524192	15	2.7	15	96	0	71	27	15	15	42	1.86
60525715--60525787	32	2.5	27	76	19	83	27	5	16	50	1.67
60525728--60525788	32	1.9	32	96	0	113	29	4	16	49	1.66
60527094--60527130	17	2.2	18	90	9	60	54	5	0	40	1.24
60530093--60530127	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
60530237--60530271	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
60530433--60530527	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
60530506--60530580	16	4.4	16	76	15	60	36	33	1	29	1.66
60530538--60530582	16	2.8	16	93	0	72	40	31	4	24	1.75
60530972--60530998	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
60536874--60536898	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
60538359--60538393	9	3.8	9	96	3	61	28	0	11	60	1.32
60544731--60544771	17	2.4	17	88	8	57	60	2	0	36	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60546574--60546861	133	2.2	133	89	1	443	27	22	20	29	1.98
60546638--60546825	44	4.2	44	66	16	127	27	22	21	29	1.99
60546682--60546985	89	3.4	87	66	8	216	27	22	20	30	1.98
60553456--60553493	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
60560754--60560803	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
60560774--60560832	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
60562843--60562885	19	2.4	17	88	7	59	60	2	0	37	1.10
60563037--60563066	13	2.3	13	94	0	51	60	3	6	30	1.39
60568024--60568053	15	2.1	15	93	6	53	53	6	0	40	1.27
60568747--60568784	14	2.6	15	80	19	53	76	2	0	21	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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