genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27080961--27081105	29	5.1	29	78	3	125	28	15	29	26	1.96
27085428--27085481	26	2.1	26	85	0	72	42	27	14	14	1.85
27086068--27086187	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
27087327--27087507	40	4.6	40	79	8	165	25	20	27	25	1.99
27094435--27094571	47	2.9	48	80	5	172	45	18	13	22	1.85
27097141--27097310	40	4.3	40	89	2	236	25	27	20	26	1.99
27103213--27103241	6	5.0	6	91	8	51	34	17	0	48	1.47
27105813--27105856	22	2.2	20	84	12	54	75	4	2	18	1.09
27109421--27109461	20	2.0	21	90	4	66	73	4	4	17	1.19
27110868--27110919	24	2.2	24	100	0	104	26	21	7	44	1.79
27113649--27113737	44	2.0	44	88	0	133	46	6	12	34	1.68
27117941--27118006	33	2.0	33	93	0	114	34	19	25	19	1.96
27119774--27119800	13	2.1	13	100	0	54	14	29	40	14	1.86
27123200--27123392	40	4.8	40	84	2	246	24	19	27	27	1.98
27123211--27123383	79	2.2	80	87	4	251	25	19	26	28	1.99
27123211--27123418	79	2.6	79	81	9	244	25	19	26	27	1.99
27130453--27130638	40	4.7	40	85	2	214	24	19	27	28	1.99
27130455--27130638	79	2.3	80	84	3	255	23	20	27	28	1.99
27140403--27140453	25	2.0	25	96	0	93	52	13	3	29	1.58
27145059--27145093	14	2.5	14	95	0	61	45	25	5	22	1.74
27147099--27147316	40	5.5	40	86	2	280	22	23	27	25	2.00
27152471--27152567	29	3.5	28	85	5	117	34	27	13	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27152471--27152567	28	3.5	28	87	5	108	34	27	13	24	1.93
27153188--27153317	40	3.3	39	85	3	170	23	21	28	26	1.99
27153188--27153352	79	2.1	79	80	2	179	25	21	28	24	1.99
27156219--27156323	40	2.6	41	89	3	158	25	16	25	32	1.96
27159067--27159227	43	3.8	42	77	6	128	26	17	24	32	1.97
27164233--27164306	34	2.2	34	82	2	87	21	22	24	31	1.99
27172075--27172118	16	2.8	15	80	10	52	43	0	2	54	1.12
27175115--27175158	3	14.7	3	100	0	88	68	0	31	0	0.90
27177684--27177736	19	2.7	19	80	11	63	13	30	13	43	1.82
27178159--27178240	26	3.2	26	72	14	71	45	3	17	34	1.66
27182338--27182470	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
27183857--27184870	47	21.6	47	98	0	1920	32	8	29	29	1.87
27199815--27199928	52	2.2	50	81	3	129	24	14	27	33	1.95
27202566--27202698	28	4.7	27	72	16	99	33	24	12	28	1.92
27202594--27202627	17	2.0	17	100	0	68	29	23	17	29	1.97
27202619--27202649	15	2.1	15	100	0	62	41	12	12	32	1.81
27202634--27202720	28	3.1	28	93	1	138	35	25	11	27	1.90
27205519--27205572	27	2.0	27	96	0	99	48	20	11	20	1.80
27205513--27205576	27	2.6	24	77	15	76	43	21	10	23	1.84
27214555--27214579	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
27227832--27227872	13	3.2	13	96	0	73	26	0	21	51	1.48
27227824--27227872	26	1.9	26	84	12	66	26	0	22	51	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27235219--27235425	38	4.9	40	72	17	143	30	24	14	30	1.95
27235257--27235395	48	2.9	48	89	1	217	30	22	15	31	1.95
27237311--27237335	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
27238175--27238213	18	2.1	19	85	4	53	35	2	0	61	1.10
27238388--27238420	14	2.3	15	89	5	50	51	6	3	39	1.42
27238974--27239145	54	3.2	54	98	0	326	25	15	26	32	1.95
27239283--27239329	22	2.1	22	92	0	76	12	10	27	48	1.74
27242444--27242652	92	2.3	91	85	5	260	44	3	4	46	1.42
27242706--27242916	66	3.4	62	69	21	172	42	3	5	48	1.43
27242675--27242960	120	2.4	120	92	3	470	44	2	4	48	1.37
27242789--27242823	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27242909--27242943	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27243109--27243199	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
27243180--27243248	16	4.2	16	88	3	111	36	36	1	26	1.66
27243180--27243248	33	2.1	32	91	2	111	36	36	1	26	1.66
27244566--27244613	20	2.5	20	96	3	89	33	6	4	56	1.44
27247265--27247294	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
27248685--27249272	44	13.5	43	66	16	180	20	20	21	37	1.94
27248621--27249272	89	7.5	86	76	10	497	20	20	21	37	1.94
27248685--27248931	132	1.9	130	80	6	284	20	19	22	38	1.93
27248624--27249272	349	1.9	349	95	0	1181	20	20	21	37	1.94
27255569--27255618	24	2.1	24	92	0	82	28	24	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27267998--27268182	40	4.7	40	87	7	236	25	21	26	25	2.00
27268050--27268215	80	2.1	79	84	5	210	26	20	27	25	1.99
27272909--27273030	46	2.7	46	82	6	140	28	27	20	23	1.99
27280100--27280189	40	2.3	39	92	5	153	45	12	14	27	1.80
27280490--27280636	46	3.2	48	70	18	123	28	28	20	22	1.98
27288094--27288205	19	5.7	19	69	24	81	12	22	23	41	1.87
27288106--27288251	78	1.9	78	90	5	233	12	23	23	40	1.88
27288106--27288232	39	3.3	39	90	0	209	11	22	24	40	1.87
27294501--27294568	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
27294390--27294717	174	1.9	174	98	0	629	30	24	14	30	1.95
27294670--27294748	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
27302647--27302714	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
27302536--27302863	174	1.9	174	96	0	602	30	24	14	29	1.95
27302816--27302894	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
27304459--27304804	27	12.9	27	81	3	367	42	20	16	20	1.89
27304459--27304806	107	3.2	107	82	6	407	41	20	16	20	1.90
27304619--27304806	80	2.3	80	85	2	216	43	20	15	20	1.88
27304899--27304948	25	2.0	25	100	0	100	32	12	12	44	1.78
27307965--27308067	51	2.0	51	92	0	170	27	23	19	30	1.98
27313079--27313301	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
27313154--27313336	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
27320729--27320824	44	2.2	44	85	7	126	35	27	15	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27323817--27323951	43	3.1	44	83	6	184	25	17	28	28	1.98
27324248--27324412	38	4.3	38	92	1	269	21	20	25	32	1.98
27324394--27324431	19	2.0	19	100	0	76	21	15	26	36	1.93
27324356--27324469	57	2.0	57	92	0	192	20	21	24	34	1.97
27324413--27324514	38	2.7	38	87	0	141	18	21	25	34	1.96
27324318--27324507	95	2.0	95	91	2	310	20	21	24	33	1.97
27324505--27324631	45	2.8	44	86	2	173	22	22	28	26	1.99
27329358--27329417	25	2.4	24	74	17	59	13	6	13	66	1.43
27330508--27330667	85	1.9	85	86	2	232	38	18	16	26	1.92
27344366--27344400	3	11.7	3	93	0	61	62	0	37	0	0.95
27345217--27345250	16	2.2	15	89	5	50	61	0	0	38	0.96
27347120--27347169	23	2.1	24	81	3	57	50	2	2	46	1.24
27347856--27347881	6	4.3	6	100	0	52	34	15	15	34	1.89
27348183--27348224	15	2.7	16	85	7	59	40	9	2	47	1.49
27354291--27354342	20	2.6	20	84	0	77	11	28	34	25	1.91
27356025--27356114	45	2.0	45	95	0	162	37	24	13	24	1.91
27356043--27356114	21	3.3	21	69	17	65	37	23	13	25	1.92
27359481--27359543	27	2.3	27	76	10	65	36	17	25	20	1.94
27367884--27367923	17	2.4	17	91	4	64	42	12	0	45	1.42
27371233--27371302	27	2.6	27	93	2	113	31	27	12	28	1.93
27371232--27371328	27	3.5	28	85	2	106	31	27	12	27	1.93
27371783--27371814	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27374792--27374863	31	2.3	31	90	0	117	29	12	15	43	1.83
27376249--27376307	28	2.1	28	90	0	91	20	16	38	23	1.92
27376623--27376988	27	13.6	27	80	9	329	38	21	9	30	1.86
27376645--27376988	54	6.4	54	85	3	399	38	20	9	30	1.86
27376623--27376984	134	2.7	134	82	5	410	38	20	9	30	1.86
27376674--27377057	27	14.3	27	82	5	150	38	19	11	30	1.88
27376645--27377015	81	4.6	81	84	5	405	38	20	9	31	1.85
27377568--27377635	27	2.6	27	76	6	68	22	19	27	30	1.97
27385623--27385742	43	2.8	42	81	7	152	29	20	16	33	1.95
27388589--27388619	4	7.8	4	100	0	62	0	25	0	74	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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