genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6645815--6645948	71	1.9	71	81	3	155	37	20	21	20	1.95
6646172--6646216	20	2.2	20	84	0	54	44	33	15	6	1.73
6646493--6646878	27	14.3	27	80	1	380	25	17	19	37	1.93
6646860--6646934	27	2.8	26	82	8	87	29	8	21	41	1.81
6646495--6646878	54	7.1	54	85	1	493	26	17	19	37	1.93
6646920--6647014	27	3.5	27	91	0	145	24	8	20	47	1.77
6646896--6647014	54	2.2	54	84	3	150	26	9	20	44	1.81
6651872--6651916	23	2.0	23	86	8	65	24	0	26	48	1.51
6651897--6651936	15	2.6	16	84	8	55	20	0	27	52	1.46
6652023--6652101	38	2.1	39	88	7	117	29	1	26	43	1.63
6652642--6653147	125	4.0	126	87	1	719	36	18	17	26	1.94
6652642--6653147	251	2.0	252	87	1	728	36	18	17	26	1.94
6655700--6655742	18	2.4	18	84	0	59	44	9	25	20	1.81
6656339--6656363	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
6657341--6657451	48	2.3	47	79	10	118	53	6	9	31	1.57
6657365--6657475	48	2.3	47	83	11	136	46	4	10	37	1.59
6666365--6666404	21	1.9	21	85	10	55	45	5	12	37	1.64
6692951--6693060	29	3.8	29	89	4	150	31	11	24	31	1.91
6693742--6693790	13	3.8	13	81	13	57	32	2	0	65	1.04
6693742--6693791	25	2.0	25	85	14	68	32	2	0	66	1.03
6696754--6696803	25	2.0	25	88	0	73	38	16	10	36	1.82
6699515--6699546	15	2.1	15	94	0	55	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6708764--6708893	47	2.8	47	84	2	172	24	16	25	33	1.95
6711342--6711527	55	3.4	54	80	7	234	34	18	25	20	1.96
6713027--6713214	40	4.7	40	81	6	229	24	23	26	26	2.00
6713027--6713240	40	5.4	40	81	6	213	24	23	26	25	2.00
6714455--6714488	16	2.1	16	94	0	59	20	11	23	44	1.84
6714643--6714673	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
6721955--6722176	67	3.4	67	75	13	203	23	29	16	30	1.96
6722871--6722931	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
6725389--6725451	30	2.1	30	93	0	108	23	4	12	58	1.53
6728284--6728318	18	1.9	18	94	0	61	8	11	5	74	1.22
6732417--6732519	28	3.6	28	89	3	145	25	13	28	33	1.94
6740459--6740581	28	4.4	28	88	2	167	26	13	27	33	1.93
6740484--6740594	28	4.0	27	89	3	107	28	12	25	33	1.92
6745872--6746042	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
6745867--6746039	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
6746462--6746521	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
6753064--6753093	15	2.0	15	93	0	51	76	0	20	3	0.92
6753182--6753265	18	4.6	17	78	14	80	27	0	3	69	1.05
6753186--6753284	47	2.1	48	81	9	114	25	3	3	68	1.18
6755035--6755077	20	2.2	20	100	0	86	37	9	0	53	1.33
6757921--6757973	26	2.0	26	96	0	97	32	20	22	24	1.98
6763949--6764217	142	1.9	142	86	3	389	40	20	14	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6773721--6773768	10	4.8	10	86	0	60	27	6	2	64	1.28
6777446--6777529	25	3.3	26	80	9	86	15	4	3	76	1.10
6778560--6778735	92	1.9	92	86	0	253	24	13	28	33	1.93
6782518--6782547	14	2.1	15	93	6	53	30	23	26	20	1.98
6786754--6786786	12	2.6	13	90	4	50	63	0	0	36	0.95
6791014--6791317	118	2.6	118	95	0	563	27	31	18	22	1.97
6792333--6792394	5	10.5	6	81	14	60	80	0	0	19	0.71
6792333--6792392	19	3.4	18	82	14	72	80	0	0	20	0.72
6792333--6792394	12	5.2	12	78	17	60	80	0	0	19	0.71
6794761--6795544	397	2.0	397	93	1	1356	27	23	17	31	1.97
6799089--6799127	19	2.1	19	95	0	69	10	7	10	71	1.30
6798843--6799912	538	2.0	533	89	2	1646	32	10	13	43	1.77
6802922--6802974	21	2.5	21	82	11	56	18	47	1	32	1.60
6812499--6812564	18	3.8	18	67	15	57	27	3	16	53	1.58
6814088--6814220	60	2.2	60	90	0	203	28	12	12	46	1.78
6814640--6814687	14	3.2	14	77	13	51	81	2	8	8	0.96
6820385--6820448	31	2.1	31	88	8	96	26	4	10	57	1.52
6825334--6825394	30	2.0	30	100	0	122	40	13	16	29	1.86
6831402--6831571	21	8.2	21	82	2	128	18	20	15	45	1.85
6831557--6831619	21	3.0	21	68	11	58	17	22	12	47	1.81
6831571--6831636	21	3.2	20	71	12	62	18	19	13	48	1.81
6833943--6834133	50	3.8	50	77	11	185	32	8	16	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6833949--6834137	100	1.9	100	83	4	247	32	10	16	40	1.82
6837538--6837666	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
6837642--6837790	31	4.8	31	91	0	226	27	19	27	25	1.99
6837815--6837980	47	3.7	46	81	7	162	28	15	25	29	1.96
6837909--6838020	42	2.7	43	85	4	147	30	14	25	29	1.95
6838249--6838313	29	2.3	27	90	10	112	56	10	10	21	1.63
6838255--6838312	29	2.0	29	100	0	116	58	10	10	20	1.60
6838434--6838481	21	2.3	22	79	17	57	68	0	6	25	1.12
6838434--6838481	20	2.3	20	85	7	60	68	0	6	25	1.12
6838691--6838721	3	10.3	3	92	0	53	64	0	3	32	1.09
6838844--6839006	3	54.3	3	75	10	129	62	3	6	27	1.36
6840101--6840152	25	2.1	25	100	0	104	25	7	48	19	1.75
6842689--6842730	15	2.8	15	89	7	59	42	4	16	35	1.69
6842689--6842736	15	3.2	15	80	11	53	43	6	16	33	1.73
6842946--6842980	18	2.0	18	94	5	63	31	0	0	68	0.90
6843044--6843119	28	2.7	27	88	8	107	36	13	23	26	1.91
6843275--6843316	15	2.8	15	82	10	50	52	2	0	45	1.13
6852605--6852752	47	3.3	47	64	21	116	27	16	26	29	1.97
6852569--6852792	88	2.6	88	91	0	360	27	16	27	28	1.97
6852754--6852986	44	5.4	44	86	4	323	28	18	30	22	1.98
6853282--6853323	9	4.6	9	85	5	57	85	0	7	7	0.73
6853282--6853323	19	2.3	19	87	4	59	85	0	7	7	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6854495--6854532	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
6860630--6860666	19	1.9	19	100	0	74	32	5	0	62	1.18
6872622--6872671	25	2.0	25	100	0	100	32	12	32	24	1.91
6877726--6877778	25	2.1	25	86	6	72	43	7	0	49	1.31
6877740--6877780	13	3.2	13	74	19	50	43	7	0	48	1.30
6881266--6881314	16	3.0	17	82	5	66	40	6	26	26	1.79
6881270--6881321	16	3.2	16	81	5	61	42	3	23	30	1.72
6881512--6881556	20	2.2	20	96	0	81	64	0	0	35	0.94
6887943--6887968	6	4.3	6	100	0	52	34	30	19	15	1.93
6890873--6890902	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
6898622--6898651	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
6904795--6904865	35	2.0	35	94	0	124	29	33	22	14	1.93
6905625--6905703	11	6.5	11	72	16	50	6	8	5	79	1.04
6913856--6913912	24	2.5	23	75	11	55	26	3	3	66	1.24
6915630--6915897	134	2.0	134	100	0	536	35	20	16	28	1.94
6919104--6919164	20	3.2	20	65	21	58	39	27	6	26	1.81
6919090--6919164	37	2.0	37	100	0	150	38	29	8	24	1.83
6919512--6919746	43	5.5	43	84	4	305	31	28	17	22	1.97
6923303--6923406	53	2.0	51	85	7	138	38	24	9	27	1.86
6924279--6924364	15	5.5	15	73	14	66	32	0	4	62	1.15
6924286--6924339	22	2.5	22	84	6	74	27	0	3	68	1.06
6924286--6924364	7	9.9	8	76	15	67	30	0	5	64	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6925197--6925243	21	2.2	21	84	0	67	55	27	0	17	1.42
6925810--6925920	41	2.8	40	82	8	136	28	18	21	30	1.97
6926083--6926167	40	2.1	40	86	0	116	20	17	18	43	1.88
6926616--6926654	12	3.0	13	88	7	53	51	0	2	46	1.14
6929240--6929375	19	6.9	19	77	21	147	36	14	11	38	1.82
6929254--6929310	17	3.5	15	86	11	53	35	17	10	36	1.84
6929336--6929373	17	2.5	15	87	12	51	34	15	10	39	1.82
6930637--6930680	21	2.0	21	82	4	52	38	9	29	22	1.85
6931638--6931692	14	4.2	13	77	11	51	50	1	3	43	1.30
6931687--6931740	24	2.1	26	83	10	67	70	1	3	24	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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