genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15039905--15039948	15	3.0	15	84	15	65	61	0	0	38	0.96
15039905--15039948	7	6.1	7	92	7	63	61	0	0	38	0.96
15040390--15040562	6	28.8	6	100	0	346	66	0	0	33	0.92
15044333--15044450	54	2.2	54	78	0	128	22	22	23	31	1.98
15058087--15058158	35	2.1	35	100	0	144	40	25	18	16	1.91
15066178--15066545	47	7.8	46	69	16	193	27	19	29	23	1.98
15066181--15066541	94	3.9	94	78	6	331	27	18	29	23	1.98
15076723--15076985	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
15076762--15077020	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
15079729--15079941	47	4.6	47	76	12	188	27	20	27	24	1.99
15079732--15080088	94	3.8	93	74	12	277	27	20	29	22	1.99
15079868--15079987	47	2.5	46	80	11	120	26	20	31	21	1.98
15087474--15087507	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
15090032--15090220	63	3.0	63	99	0	369	39	16	15	27	1.90
15103418--15103468	11	4.7	10	86	13	66	27	33	0	39	1.57
15103461--15103500	21	1.9	22	90	10	66	25	22	7	45	1.78
15104643--15104710	7	9.7	7	96	0	127	29	0	14	55	1.40
15105328--15105370	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
15105777--15106139	129	3.0	118	86	10	525	35	5	4	54	1.44
15107497--15107555	30	2.0	30	89	0	91	42	22	16	18	1.89
15107619--15107719	38	2.6	39	76	9	98	26	24	22	25	2.00
15107778--15107873	40	2.4	40	89	1	149	30	21	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15108391--15108560	43	4.0	43	67	11	100	26	1	24	47	1.59
15110441--15110553	56	2.0	56	98	0	217	31	12	19	36	1.89
15113457--15113641	43	4.3	41	82	6	156	21	16	30	31	1.95
15115547--15115980	126	3.5	126	89	2	615	27	18	15	38	1.91
15120174--15120203	15	2.0	15	93	0	51	40	13	16	30	1.87
15120321--15122108	892	2.0	892	100	0	3576	27	20	16	35	1.94
15121455--15123155	849	2.0	849	100	0	3402	26	20	16	36	1.94
15133261--15133702	44	9.7	44	67	16	154	30	21	17	31	1.96
15133225--15133708	228	2.1	227	84	3	650	28	21	18	31	1.97
15133591--15133839	44	5.6	44	73	5	124	28	21	18	31	1.97
15141930--15141972	19	2.2	20	83	4	52	48	4	16	30	1.66
15153447--15153496	12	4.0	12	84	5	64	56	0	28	16	1.41
15153448--15153496	6	7.8	6	83	2	53	55	0	28	16	1.42
15161459--15161764	153	2.0	153	100	0	612	36	10	23	29	1.88
15171794--15171978	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
15171775--15171978	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
15179744--15179966	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
15179744--15179966	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
15185440--15185517	39	2.0	39	100	0	156	25	28	20	25	1.99
15185837--15185866	14	2.1	14	100	0	60	53	20	0	26	1.46
15189999--15190110	28	4.0	28	80	2	109	27	15	31	25	1.95
15202939--15203081	62	2.3	61	86	6	198	39	1	2	55	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15202939--15203095	58	2.6	62	84	7	198	40	1	2	55	1.21
15214800--15214899	50	2.0	50	94	1	175	47	13	16	24	1.81
15223799--15224219	210	2.0	210	97	0	797	40	13	16	28	1.87
15227993--15228127	43	3.1	43	80	10	134	33	25	17	23	1.96
15233305--15233364	25	2.4	25	88	0	93	26	25	21	26	2.00
15233414--15233461	25	2.0	25	88	8	73	35	20	12	31	1.90
15233362--15233576	76	2.9	75	80	8	258	39	24	10	25	1.87
15233509--15233609	48	2.0	51	88	5	154	38	24	9	26	1.87
15238816--15238854	6	6.5	6	90	0	51	48	12	17	20	1.80
15239349--15239397	3	17.0	3	76	16	50	34	0	2	63	1.06
15242638--15242760	46	2.7	46	89	0	183	24	21	25	28	1.99
15245473--15245532	15	4.0	15	80	0	75	10	11	16	61	1.55
15245474--15245533	30	2.0	30	93	0	102	10	13	16	60	1.59
15247468--15247578	46	2.4	46	93	0	195	22	22	27	27	1.99
15251597--15252024	39	11.0	39	95	0	775	23	29	25	21	1.99
15256880--15257097	47	4.7	46	74	16	159	27	19	29	22	1.98
15259540--15259615	25	3.0	25	84	0	98	19	22	30	27	1.98
15261839--15261882	18	2.4	18	85	7	63	25	0	4	70	1.06
15265380--15265453	10	7.4	10	79	13	73	20	2	1	75	1.00
15265405--15265454	25	2.0	25	88	7	75	26	0	0	74	0.83
15265386--15265445	14	4.1	14	79	10	59	21	1	1	75	0.99
15265386--15265452	14	4.9	14	75	17	54	22	1	1	74	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15265616--15265695	6	13.3	6	73	13	58	16	7	2	73	1.16
15265645--15265695	18	2.7	18	87	9	66	17	5	3	72	1.20
15271878--15272142	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
15271845--15272142	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
15272074--15272151	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
15279819--15280003	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
15279800--15280003	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
15287785--15287952	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
15287808--15287952	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
15303755--15304228	27	17.7	27	78	7	441	38	19	9	31	1.85
15303755--15304201	54	8.3	54	85	3	490	39	19	9	31	1.84
15303755--15304201	161	2.8	159	83	6	562	39	19	9	31	1.84
15303755--15304200	134	3.3	134	83	3	515	39	19	9	31	1.84
15304180--15304246	27	2.5	27	87	0	89	38	14	17	28	1.90
15309742--15309820	39	2.0	39	85	0	104	18	18	24	37	1.94
15312398--15312553	50	3.1	50	80	7	199	37	27	12	22	1.90
15312398--15312560	25	6.5	25	72	12	120	37	26	12	23	1.90
15333729--15333821	23	4.0	23	81	0	105	47	23	16	12	1.81
15336394--15336489	43	2.2	43	90	0	147	34	11	18	35	1.87
15343843--15343871	13	2.2	13	100	0	58	58	13	13	13	1.63
15344514--15344685	25	6.9	25	74	10	127	36	20	15	27	1.93
15347474--15348778	40	32.6	40	99	0	2394	27	20	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15356572--15356794	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
15356572--15356794	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
15356572--15356827	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
15360763--15360788	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
15362438--15362470	11	2.8	12	86	9	50	36	0	0	63	0.95
15365371--15365877	49	10.6	49	95	3	860	32	8	29	29	1.86
15365371--15365877	145	3.5	143	95	3	862	32	8	29	29	1.86
15376294--15376357	31	2.1	31	96	0	119	34	10	32	21	1.89
15384883--15385020	57	2.4	56	83	9	165	30	15	23	31	1.95
15390274--15390445	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
15390266--15390441	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
15392791--15392823	16	2.0	17	88	5	50	69	15	6	9	1.34
15396465--15396532	32	2.1	32	94	0	118	48	5	13	32	1.66
15400106--15400130	10	2.5	10	100	0	50	36	12	12	40	1.79
15400509--15400645	66	2.1	65	83	4	168	23	26	24	25	2.00
15402502--15402535	16	2.1	17	89	10	54	61	0	14	23	1.33
15407070--15407254	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
15407037--15407254	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
15414941--15415203	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
15414941--15415203	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
15415135--15415212	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
15417823--15417935	43	2.7	42	82	5	147	32	19	22	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15432689--15432716	6	4.7	6	100	0	56	0	50	0	50	1.00
15436082--15436120	18	2.2	18	90	0	60	12	7	10	69	1.37
15436087--15436132	18	2.5	19	75	10	51	10	10	8	69	1.37
15443568--15443597	9	3.4	9	95	4	53	73	0	0	26	0.84
15450317--15450389	24	3.0	24	91	0	119	38	24	19	17	1.93
15456292--15456567	138	2.0	138	100	0	552	36	12	18	33	1.88
15468517--15468551	16	2.2	16	90	10	54	60	0	11	28	1.32
15469358--15469409	26	2.0	25	85	14	70	40	3	25	30	1.73
15469888--15470005	42	2.8	43	82	5	143	28	16	24	30	1.96
15486230--15486301	32	2.3	32	90	4	112	16	22	40	20	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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