genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67893476--67893500	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
67893594--67893665	36	2.1	34	82	12	85	19	18	8	54	1.68
67893931--67894002	23	2.9	24	76	15	74	47	29	4	19	1.68
67893945--67894033	28	3.1	28	85	1	115	47	26	4	21	1.70
67894069--67894112	13	3.3	13	83	3	52	36	36	2	25	1.69
67894134--67894180	23	2.0	23	95	0	85	36	17	21	25	1.94
67894205--67894243	17	2.3	17	90	0	60	30	23	0	46	1.53
67894203--67894250	23	2.0	24	88	4	71	33	20	0	45	1.52
67894231--67894276	16	2.8	17	77	12	51	39	23	0	36	1.55
67894250--67894297	22	2.1	22	81	11	53	39	27	0	33	1.57
67895095--67895134	21	1.9	21	84	0	53	50	5	0	45	1.23
67895522--67895555	17	2.0	17	88	11	52	61	5	0	32	1.20
67897269--67897323	20	2.7	20	75	13	58	36	25	14	23	1.93
67906431--67906470	20	2.2	18	86	13	55	22	10	5	62	1.46
67907042--67907325	131	2.2	131	79	3	313	30	19	15	34	1.93
67922078--67922132	27	2.0	27	100	0	110	34	14	32	18	1.91
67924047--67924084	19	2.0	20	84	5	51	60	0	0	39	0.97
67924501--67924533	17	1.9	17	88	11	50	24	0	6	69	1.10
67924502--67924532	12	2.7	11	90	9	53	22	0	6	70	1.09
67924510--67924573	31	2.1	31	85	8	87	26	3	10	59	1.46
67925418--67925457	12	3.5	11	83	12	53	32	2	2	62	1.22
67929618--67929746	46	2.8	45	89	2	177	31	29	20	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67930699--67930878	49	3.7	48	77	8	159	24	26	19	30	1.98
67930699--67930878	98	1.8	97	82	3	227	24	26	19	30	1.98
67930897--67931016	46	2.6	46	82	2	132	26	28	15	29	1.96
67946609--67946715	53	2.0	53	100	0	214	31	7	14	45	1.73
67949206--67950285	539	2.0	540	98	0	2108	41	17	19	22	1.91
67953188--67953230	21	2.0	20	86	13	59	62	0	6	30	1.21
67954540--67954603	30	2.1	29	85	5	83	48	4	1	45	1.32
67956999--67957129	21	6.3	20	76	3	102	16	21	16	46	1.84
67956998--67957107	42	2.6	42	91	0	175	17	21	15	45	1.85
67965332--67965378	23	2.0	23	100	0	94	48	17	12	21	1.79
67972989--67973147	53	3.1	50	84	5	201	24	15	28	31	1.96
67978392--67978439	19	2.7	17	73	20	53	62	0	0	37	0.95
67978405--67978440	16	2.2	17	90	5	56	66	0	0	33	0.92
67979487--67979524	20	2.0	20	85	15	53	10	7	2	78	1.04
67979586--67979670	29	2.8	32	82	15	117	38	0	0	61	0.96
67979586--67979635	17	3.1	16	77	16	59	38	0	0	62	0.96
67979587--67979641	10	5.4	10	74	20	51	34	0	0	65	0.93
67979586--67979670	30	2.8	31	85	10	113	38	0	0	61	0.96
67979629--67979679	19	2.7	19	84	6	50	43	1	0	54	1.11
67979727--67979781	23	2.4	23	84	6	67	40	0	1	58	1.09
67981912--67982026	40	2.9	39	84	5	142	34	15	10	39	1.82
67982881--67982911	14	2.1	15	94	5	55	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67983171--67983210	21	1.9	21	85	10	55	55	2	2	40	1.27
67985614--67985902	149	1.9	149	94	0	506	29	20	18	31	1.97
67987647--67987693	19	2.4	21	82	13	64	36	8	6	48	1.59
67988091--67988141	22	2.3	23	89	3	77	56	0	0	43	0.99
67988080--67988135	13	4.5	13	76	19	57	60	0	0	39	0.97
67988195--67988243	21	2.3	21	92	3	80	57	0	0	42	0.99
67988224--67988262	17	2.5	15	88	12	53	56	0	0	43	0.99
67988198--67988284	39	2.4	35	86	11	113	58	0	0	41	0.98
67988374--67988406	15	2.2	16	89	10	52	78	6	9	6	1.08
68000286--68000416	35	3.6	35	76	11	129	33	22	10	32	1.89
68002119--68002179	32	1.9	32	93	0	104	50	18	0	31	1.47
68002822--68002869	25	1.9	25	91	0	78	2	25	6	66	1.26
68002932--68002966	5	7.0	5	100	0	70	60	0	0	40	0.97
68005551--68005575	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
68005503--68005622	54	2.3	53	86	5	163	65	3	25	5	1.31
68020034--68020073	21	2.0	21	85	5	55	42	2	0	55	1.13
68023203--68023235	14	2.4	14	90	5	50	45	6	0	48	1.27
68027432--68027515	43	2.0	43	83	9	109	28	26	17	27	1.98
68034221--68034250	15	2.0	15	100	0	60	40	13	20	26	1.89
68043226--68043278	27	1.9	27	84	3	70	47	1	0	50	1.12
68049675--68049718	23	1.9	23	100	0	88	22	13	31	31	1.93
68056001--68056041	14	2.7	16	85	11	59	53	29	0	17	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68056001--68056049	8	6.5	8	77	13	59	53	30	0	16	1.43
68056001--68056049	23	2.2	22	88	3	71	53	30	0	16	1.43
68058808--68058850	21	2.0	21	95	0	77	46	32	11	9	1.72
68065232--68065272	14	3.1	14	76	20	52	4	0	36	58	1.20
68072614--68072646	16	2.1	16	88	5	50	42	0	0	57	0.98
68074030--68074076	23	2.1	23	84	11	62	63	4	2	29	1.25
68075922--68075984	19	3.4	19	80	6	67	52	4	0	42	1.22
68078238--68078293	18	3.2	16	80	16	58	26	1	7	64	1.29
68080381--68080541	52	3.3	48	77	10	173	29	27	16	25	1.97
68083344--68083388	21	2.1	21	83	0	54	26	20	28	24	1.99
68083898--68083927	4	7.2	4	96	3	51	53	23	0	23	1.46
68085485--68085540	5	11.2	5	100	0	112	58	0	0	41	0.98
68091304--68091355	26	2.0	25	85	3	68	48	0	3	48	1.20
68091316--68091354	20	2.0	20	85	10	53	46	0	2	51	1.14
68091310--68091412	44	2.3	46	80	12	135	53	0	2	43	1.15
68091342--68091382	17	2.3	18	84	12	50	53	0	2	43	1.13
68091359--68091409	27	1.9	26	88	11	77	52	0	1	45	1.12
68091340--68091430	44	2.0	45	91	2	148	50	0	3	46	1.17
68095045--68095070	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
68096807--68096834	3	9.3	3	100	0	56	0	67	0	32	0.91
68105301--68105372	29	2.5	29	93	0	117	26	29	19	25	1.99
68109670--68109780	58	1.9	58	85	1	152	27	30	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68109690--68109793	29	3.7	29	78	7	106	28	30	12	27	1.93
68111555--68111623	29	2.4	29	87	0	93	24	17	30	27	1.97
68117331--68117501	46	3.8	45	91	3	256	21	23	14	40	1.90
68117331--68117505	90	1.9	91	89	4	273	22	23	14	40	1.90
68119663--68119714	20	2.5	20	87	3	77	26	11	11	50	1.73
68134466--68134637	18	9.6	18	78	2	103	36	18	12	32	1.88
68134531--68134637	54	2.0	54	85	3	144	35	17	15	30	1.92
68134528--68134637	36	3.1	36	82	2	141	36	17	15	30	1.91
68134762--68134877	51	2.2	54	83	7	141	43	18	19	18	1.89
68135950--68135983	13	2.7	13	86	4	52	2	14	5	76	1.09
68135993--68136024	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
68136439--68136481	14	3.0	14	80	16	52	51	2	0	46	1.13
68138262--68138287	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
68148511--68148562	25	2.1	25	96	0	95	40	3	26	28	1.74
68149052--68149120	34	2.0	34	100	0	138	53	14	23	8	1.68
68150847--68150956	45	2.4	45	90	0	166	34	18	25	21	1.96
68150928--68151031	46	2.3	46	89	3	156	42	13	24	20	1.87
68150994--68151055	30	2.1	30	84	0	79	43	16	22	17	1.87
68151043--68151272	46	5.3	45	66	15	117	40	14	22	21	1.90
68150960--68151104	76	1.9	76	92	0	245	42	13	24	19	1.88
68150923--68151276	125	2.9	121	84	4	442	40	14	23	21	1.90
68157864--68158095	21	11.0	21	72	6	128	43	15	22	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68157859--68158100	42	5.7	42	80	3	236	43	15	22	18	1.87
68159248--68159328	40	2.0	40	97	0	153	35	6	17	40	1.74
68160535--68160599	19	3.4	19	80	17	64	72	1	4	21	1.11
68161698--68161735	15	2.4	16	78	8	51	60	0	2	36	1.11
68161719--68161744	11	2.4	11	100	0	52	57	0	0	42	0.98
68170333--68170381	7	7.0	7	100	0	98	42	28	0	28	1.56
68176697--68176771	37	2.0	39	81	5	91	48	1	8	42	1.41
68177146--68177228	30	2.9	30	79	12	93	42	0	34	22	1.54
68189271--68189345	3	25.7	3	81	8	84	34	1	0	64	1.02
68189308--68189844	138	3.8	138	84	7	637	32	3	5	59	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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