genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29797817--29798040	43	5.3	41	80	4	178	23	18	22	35	1.96
29803539--29803595	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
29803539--29803617	36	2.1	38	90	9	126	37	10	16	35	1.82
29803539--29803617	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
29809225--29809289	7	9.9	7	72	24	61	83	0	15	1	0.73
29809215--29809289	16	4.9	15	79	6	71	82	0	16	1	0.73
29809226--29809289	24	2.8	22	83	9	83	84	0	14	1	0.70
29810237--29810932	84	8.3	84	91	3	1048	29	22	21	26	1.99
29811672--29811750	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
29811662--29811749	36	2.4	36	80	17	119	38	10	15	35	1.82
29812209--29812262	26	2.2	24	84	12	74	24	7	5	62	1.42
29812417--29812627	106	2.0	106	99	0	413	34	12	13	40	1.82
29816003--29816816	44	18.5	44	96	0	1450	25	25	15	33	1.95
29816003--29816960	132	7.4	132	92	3	1536	25	25	15	33	1.95
29816788--29816845	29	2.0	29	96	0	107	20	32	13	32	1.92
29816656--29816960	161	1.9	161	92	0	511	25	27	15	31	1.95
29816700--29816933	117	2.0	117	92	0	387	25	28	14	32	1.95
29816746--29816889	73	2.0	73	91	0	234	25	29	13	31	1.94
29816817--29816960	44	3.3	44	91	0	225	27	27	15	29	1.96
29828942--29829027	5	17.4	5	71	20	56	59	0	3	37	1.15
29828944--29829028	22	3.8	22	70	20	61	58	0	3	37	1.15
29846062--29846104	22	2.0	22	81	4	52	46	2	4	46	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29850541--29850698	78	2.0	79	90	1	246	46	6	8	39	1.59
29851216--29851287	36	2.0	36	86	0	99	36	19	13	30	1.91
29854126--29854175	3	16.7	3	87	0	73	34	2	2	62	1.18
29862421--29862532	48	2.3	47	83	11	138	35	8	5	50	1.57
29862421--29862555	48	2.8	45	80	14	137	31	8	6	52	1.58
29863545--29863569	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
29867698--29868079	126	3.0	126	89	0	593	28	17	17	36	1.93
29868606--29868690	19	4.6	20	80	15	101	43	23	0	32	1.54
29868606--29868695	35	2.4	37	85	7	112	43	22	0	34	1.53
29868817--29868874	16	3.6	16	70	9	55	55	27	0	17	1.42
29868786--29868838	23	2.3	23	86	0	70	47	30	0	22	1.52
29869714--29869757	19	2.2	21	84	8	56	43	2	6	47	1.42
29878157--29878194	18	2.2	17	86	9	51	21	7	2	68	1.28
29878338--29878375	17	2.3	17	86	4	51	28	0	2	68	1.03
29887687--29887861	47	3.7	49	77	9	150	24	28	20	26	1.99
29889508--29889533	10	2.6	10	100	0	52	11	15	19	53	1.71
29892481--29892511	16	1.9	16	93	0	53	16	12	16	54	1.71
29896403--29896436	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
29896637--29896679	22	2.0	21	81	4	50	60	0	6	32	1.23
29899476--29899500	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
29906077--29906111	18	1.9	18	94	0	61	85	0	14	0	0.59
29912764--29912830	33	2.0	33	100	0	134	28	14	14	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29914777--29914949	93	1.9	93	90	0	274	20	19	30	30	1.97
29914784--29914955	46	3.8	44	74	13	150	20	18	29	31	1.96
29915346--29915443	19	5.2	19	90	7	155	38	10	15	35	1.81
29915336--29915419	36	2.4	35	88	11	111	38	10	14	36	1.81
29918054--29918348	147	2.0	147	98	0	572	40	8	14	37	1.75
29922028--29922071	6	7.2	6	79	5	52	43	18	20	18	1.89
29922329--29922414	40	2.2	40	84	0	109	38	16	11	33	1.85
29924363--29924434	26	2.8	26	91	2	110	29	22	20	27	1.99
29924484--29924558	20	3.8	20	91	6	111	34	18	9	37	1.83
29924484--29924539	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
29924501--29924557	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
29926165--29926342	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
29926186--29926341	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
29934228--29934405	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
29934249--29934404	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
29936828--29936868	17	2.4	17	95	0	73	21	34	31	12	1.91
29936855--29936894	21	2.0	21	90	5	64	22	40	20	17	1.92
29938550--29938599	3	16.3	3	83	4	64	58	0	4	38	1.17
29944286--29944330	22	2.0	22	95	0	81	11	20	17	51	1.75
29945230--29945272	17	2.5	17	96	0	77	48	18	16	16	1.81
29951425--29951477	18	2.9	18	74	0	52	41	11	9	37	1.73
29951431--29951487	18	3.2	18	70	9	53	40	14	8	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29951497--29951567	18	3.9	18	74	3	61	46	14	7	32	1.71
29951513--29951567	18	2.9	19	78	5	67	50	10	5	32	1.60
29951698--29951810	47	2.4	47	92	1	181	39	23	21	15	1.91
29951845--29951869	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
29954141--29954303	45	3.6	45	90	2	222	23	17	9	50	1.74
29954211--29954289	24	3.4	24	63	10	65	26	16	8	48	1.75
29955100--29955133	16	2.2	16	89	5	52	26	5	0	67	1.13
29958307--29958454	46	3.2	46	91	0	226	50	10	6	33	1.61
29961532--29961559	14	2.0	14	100	0	56	21	42	14	21	1.88
29963044--29963337	45	6.5	45	73	7	148	43	15	20	20	1.88
29963221--29963337	46	2.5	46	83	0	126	49	14	20	15	1.79
29963726--29963776	26	2.0	26	100	0	102	43	5	27	23	1.77
29966587--29966694	26	4.2	26	95	0	198	32	7	25	35	1.84
29967238--29967499	131	2.0	131	94	0	461	38	11	21	28	1.88
29967712--29967887	88	2.0	88	100	0	352	36	9	21	32	1.85
29968400--29968452	26	2.0	26	82	7	63	37	20	11	30	1.88
29973892--29973970	31	2.5	31	95	0	140	26	24	18	30	1.98
29973994--29974085	42	2.2	42	88	0	130	33	20	15	30	1.93
29974230--29974352	26	4.8	26	92	1	205	25	23	24	26	2.00
29975153--29975217	27	2.4	27	84	5	78	21	26	18	33	1.96
29975308--29975612	27	11.4	25	72	10	119	31	8	20	39	1.83
29975338--29975571	81	2.9	80	85	1	315	29	8	20	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29975336--29975585	54	4.6	54	77	6	222	30	8	20	40	1.83
29975536--29975693	54	2.9	54	82	2	165	40	8	18	32	1.81
29975563--29975693	27	4.9	27	84	3	165	41	8	19	29	1.81
29975839--29975976	27	5.1	27	87	5	163	31	6	22	39	1.80
29975973--29976094	27	4.5	27	84	4	156	42	9	20	27	1.82
29975974--29976094	54	2.2	54	88	2	172	42	9	19	28	1.82
29975433--29976239	401	2.0	404	92	3	1349	33	13	20	32	1.91
29986353--29986399	23	2.0	23	100	0	94	31	8	21	38	1.83
29997370--29997411	16	2.6	16	85	11	59	52	0	47	0	1.00
29997370--29997411	11	3.9	11	79	17	52	52	0	47	0	1.00
29997376--29997411	5	6.8	5	90	9	54	55	0	44	0	0.99
29998072--29998138	34	2.0	32	85	5	89	44	1	2	50	1.26
29998160--29998196	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
30002879--30002947	29	2.3	30	85	5	86	21	13	14	50	1.76
30003339--30003363	9	2.8	9	100	0	50	56	0	36	8	1.29
30005833--30005871	10	3.9	10	89	0	60	0	33	0	66	0.92
30005833--30005871	15	2.6	15	91	0	60	0	33	0	66	0.92
30010861--30010897	16	2.3	16	100	0	74	40	10	0	48	1.38
30013254--30013324	34	2.1	34	100	0	142	46	22	5	25	1.73
30018337--30018427	46	2.0	45	95	0	155	25	16	20	36	1.93
30022619--30022673	27	2.0	27	100	0	110	27	10	7	54	1.61
30035038--30035137	27	3.7	27	74	5	85	38	20	21	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30036867--30036896	6	5.0	6	91	0	51	20	16	13	50	1.78
30040048--30040083	18	1.9	18	88	5	54	47	0	30	22	1.52
30041278--30041331	27	2.0	27	100	0	108	55	18	0	25	1.43
30042816--30042868	26	2.0	26	100	0	106	26	22	16	33	1.96
30044874--30044936	31	2.0	31	100	0	126	34	3	15	46	1.62
30048316--30048595	141	2.0	141	94	0	488	32	16	18	32	1.93
30049292--30049346	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
30049412--30049621	25	8.6	25	70	15	100	56	4	5	33	1.42
30049483--30049604	50	2.4	50	77	5	131	55	3	5	35	1.40
30049861--30049899	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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