genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26357228--26357302	28	2.7	28	77	4	80	29	12	29	29	1.92
26361390--26361526	46	3.0	45	74	12	152	29	29	18	22	1.98
26361402--26361545	46	3.1	45	72	21	120	29	29	19	22	1.98
26361716--26361833	40	3.0	40	97	0	218	28	30	19	21	1.97
26362868--26362977	54	2.0	54	98	0	211	32	20	7	39	1.80
26364182--26364270	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
26364182--26364264	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
26364193--26364270	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
26370066--26370239	46	3.8	46	78	11	187	29	27	20	22	1.98
26370073--26370242	93	1.8	93	89	2	270	29	27	20	22	1.98
26377798--26377851	24	2.3	24	87	3	74	31	22	29	16	1.96
26377963--26378028	27	2.5	27	85	9	91	34	19	25	19	1.96
26378440--26378478	21	1.9	20	89	5	60	38	15	0	46	1.46
26381770--26381853	32	2.6	32	82	0	105	28	29	17	23	1.97
26390196--26390343	40	3.7	40	82	5	201	25	27	22	25	2.00
26398207--26398350	40	3.6	40	89	3	220	25	28	23	22	1.99
26399614--26399758	40	3.7	40	81	10	172	24	27	23	24	2.00
26406303--26406608	47	6.5	48	72	14	176	22	29	20	27	1.99
26406392--26406611	94	2.3	94	84	3	291	21	29	22	26	1.99
26406389--26406612	47	4.8	45	74	10	182	20	30	22	26	1.98
26409615--26409731	39	3.0	39	93	0	189	23	29	26	21	1.99
26423982--26424019	19	2.0	20	84	5	51	57	5	10	26	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26427050--26427105	23	2.5	23	80	8	62	30	12	19	37	1.89
26448681--26448774	37	2.5	37	77	8	91	51	7	8	32	1.60
26460449--26460492	22	2.0	22	95	0	79	31	18	11	38	1.86
26462173--26462266	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
26462183--26462260	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
26474088--26474248	53	3.0	53	98	0	304	29	21	13	36	1.91
26483408--26483528	48	2.5	48	79	0	125	24	27	20	27	1.99
26483904--26483987	30	2.8	30	94	0	141	34	27	5	32	1.81
26488207--26488240	18	1.9	18	88	5	52	55	2	11	29	1.50
26488959--26489008	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
26489675--26489933	96	2.7	96	94	0	457	32	30	15	21	1.95
26490813--26490864	17	3.1	16	75	17	52	78	0	1	19	0.84
26490818--26490868	22	2.3	23	89	3	77	78	0	1	19	0.85
26490821--26490864	8	5.1	8	84	10	52	79	0	2	18	0.83
26497257--26497294	10	3.8	10	83	13	51	65	2	7	23	1.32
26497836--26497892	27	2.0	29	93	6	100	38	35	3	22	1.72
26502692--26502799	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
26504106--26505483	344	4.0	344	99	0	2686	37	9	16	36	1.81
26511143--26511181	16	2.4	16	86	0	51	38	5	23	33	1.77
26511430--26511458	10	3.0	10	95	5	51	48	0	0	51	1.00
26512344--26512420	38	2.0	38	97	0	145	36	20	16	25	1.94
26521129--26521273	50	3.0	49	84	2	175	28	19	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26524162--26524269	43	2.5	43	87	3	164	35	24	14	25	1.94
26525398--26525423	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
26528714--26528799	43	2.0	43	97	0	163	29	22	4	44	1.73
26547783--26547960	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
26555968--26556145	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26555989--26556144	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26569718--26569772	29	1.9	29	85	3	76	47	3	12	36	1.59
26569718--26569779	29	2.1	29	82	5	72	50	3	12	33	1.57
26576413--26576439	13	2.1	13	100	0	54	55	14	0	29	1.40
26577748--26577822	38	2.1	38	82	7	93	48	0	4	48	1.20
26577765--26577826	20	3.2	20	73	17	67	45	0	1	53	1.10
26580219--26580269	25	2.0	25	100	0	102	35	3	21	39	1.72
26586731--26586780	24	2.0	25	81	11	59	8	36	2	54	1.42
26590466--26590495	15	2.0	15	93	0	51	50	13	23	13	1.77
26594547--26594602	25	2.2	25	87	6	78	30	1	1	66	1.12
26596083--26596345	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
26604033--26604295	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
26606610--26606662	26	2.0	26	88	0	79	32	22	22	22	1.98
26616830--26616941	43	2.6	43	90	2	163	23	13	26	36	1.92
26616817--26616991	43	4.1	42	77	9	158	28	12	25	33	1.92
26626380--26626413	17	1.9	18	88	5	52	14	8	0	76	1.01
26626709--26626759	22	2.2	21	80	16	57	31	3	9	54	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26629631--26629701	35	2.1	34	89	5	115	12	36	8	40	1.74
26634106--26634181	39	1.9	39	94	0	134	28	18	21	31	1.97
26634617--26634646	15	2.0	15	93	0	51	50	6	3	40	1.45
26639275--26639314	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
26647423--26647487	19	3.3	19	72	10	67	20	15	9	55	1.67
26648673--26648702	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
26657796--26657847	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
26657925--26657966	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
26657916--26657957	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
26658183--26658250	16	4.2	16	96	0	127	36	36	0	26	1.57
26658662--26658811	75	2.0	75	98	0	291	20	13	6	60	1.53
26659271--26659341	34	2.1	34	97	0	133	43	11	9	35	1.74
26675346--26675391	13	3.5	13	84	0	65	52	13	2	32	1.52
26675346--26675396	26	1.9	27	88	4	77	52	13	1	31	1.51
26677011--26677123	40	2.8	41	87	4	174	19	21	31	27	1.97
26677395--26677502	54	2.0	54	100	0	216	29	11	29	29	1.91
26684366--26684603	119	2.0	118	96	0	440	41	10	18	29	1.84
26684733--26684839	42	2.6	41	83	7	119	19	20	32	27	1.97
26687241--26687285	23	2.0	23	82	8	56	64	11	13	11	1.50
26691406--26691461	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
26692724--26692798	26	2.8	26	85	4	87	34	22	12	30	1.91
26692904--26693035	27	4.9	27	78	10	117	21	23	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26692904--26693009	54	2.0	55	88	3	162	20	22	22	33	1.97
26696754--26697102	85	4.1	85	98	0	671	38	8	26	26	1.85
26699284--26699427	47	3.1	47	91	0	225	32	11	30	25	1.91
26699636--26699780	37	3.9	37	93	0	236	24	19	31	25	1.98
26703060--26703094	17	2.1	17	94	0	61	22	5	28	42	1.76
26703421--26703673	26	9.7	26	88	0	380	36	7	23	32	1.82
26703421--26704275	52	16.6	52	79	12	534	36	8	22	31	1.85
26703856--26704275	26	16.2	26	89	0	642	35	7	23	33	1.83
26703239--26704108	435	2.0	435	99	0	1722	38	10	21	30	1.86
26705537--26705611	26	2.8	26	79	4	69	34	20	12	33	1.89
26705713--26705857	54	2.7	53	88	5	193	17	24	21	36	1.95
26705736--26705857	27	4.5	27	83	10	151	18	24	20	36	1.95
26707629--26707679	20	2.5	20	81	9	59	11	7	13	66	1.43
26720213--26720272	19	3.0	20	68	22	54	45	10	10	35	1.71
26723046--26723077	12	2.7	12	90	0	55	46	6	18	28	1.73
26726200--26726227	14	2.0	14	100	0	56	42	7	28	21	1.79
26726485--26726515	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
26726680--26726711	11	2.9	11	95	0	55	75	0	0	25	0.81
26733979--26734015	9	4.0	9	92	3	56	32	13	13	40	1.84
26741896--26741935	21	2.0	20	85	14	55	27	0	22	50	1.50
26753147--26753214	3	22.7	3	96	0	127	33	30	0	35	1.58
26757836--26757891	21	2.7	21	75	5	60	17	30	28	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26761195--26761306	34	3.3	34	92	1	188	25	17	25	31	1.97
26761195--26761326	34	3.6	39	77	17	124	26	18	26	28	1.98
26772427--26772599	46	3.7	46	76	13	183	23	20	26	29	1.99
26772424--26772593	93	1.8	93	93	0	295	22	21	27	28	1.99
26775811--26775952	52	2.9	52	80	8	156	30	26	19	23	1.98
26778734--26778785	15	3.5	15	84	2	61	57	15	15	11	1.65
26778761--26778791	15	2.1	15	93	0	53	58	19	9	12	1.62
26782619--26782722	52	2.0	52	88	3	156	31	24	17	26	1.97
26788811--26788891	34	2.4	34	85	2	108	28	18	20	32	1.97
26792428--26792528	48	2.1	48	94	0	175	24	28	15	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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