genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  62  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19524249--19524289	21	1.9	22	85	14	59	34	2	26	36	1.70
19524249--19524296	21	2.3	20	82	13	53	35	2	22	39	1.66
19525202--19525266	32	2.0	32	100	0	130	27	9	18	44	1.80
19532287--19532359	37	2.0	37	100	0	146	39	19	16	24	1.91
19536221--19536344	47	2.6	48	79	14	141	25	30	16	27	1.96
19537832--19537927	48	2.0	48	93	0	165	27	21	21	29	1.99
19548264--19548321	30	1.9	31	96	3	109	37	0	6	55	1.27
19551084--19551219	41	3.3	41	79	4	148	38	21	19	21	1.94
19573776--19574115	39	8.6	39	91	4	485	25	22	27	24	2.00
19578087--19578229	41	3.5	41	84	1	171	36	20	20	22	1.95
19583442--19583619	50	3.6	48	78	9	173	24	32	17	24	1.97
19583449--19583619	48	3.5	48	78	10	168	24	32	18	24	1.97
19596802--19596896	46	2.1	46	93	0	163	25	7	14	52	1.67
19602303--19602368	32	2.1	32	94	0	114	54	10	19	15	1.69
19602476--19602517	21	2.0	21	100	0	84	23	28	9	38	1.86
19606164--19606299	40	3.4	40	92	0	218	27	19	24	27	1.99
19606164--19606343	80	2.3	79	83	2	218	27	20	25	27	1.99
19613849--19614035	40	4.7	40	84	2	225	27	20	24	27	1.99
19616377--19616418	19	2.2	19	83	8	50	21	45	0	33	1.52
19618741--19618870	40	3.3	39	85	3	170	23	21	28	26	1.99
19618741--19618905	79	2.1	79	80	2	179	25	21	28	24	1.99
19626560--19626822	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19626599--19626857	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
19628833--19629056	48	4.7	47	80	10	208	25	29	16	28	1.97
19628836--19629108	46	5.8	44	77	13	160	26	30	16	27	1.97
19632290--19632518	40	5.7	40	97	0	413	21	25	20	32	1.98
19635581--19635664	35	2.5	34	86	7	118	26	21	26	26	1.99
19639116--19639473	175	2.0	175	96	1	655	33	23	8	34	1.84
19645849--19645930	23	3.6	23	84	0	110	23	18	15	42	1.88
19645892--19645943	23	2.3	23	86	0	68	21	19	21	38	1.94
19664311--19664533	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
19664311--19664533	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
19671499--19671676	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
19671520--19671675	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
19672160--19672185	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
19690768--19690879	47	2.4	48	85	7	135	40	18	14	26	1.89
19690791--19690884	47	2.0	47	95	0	170	40	17	15	26	1.89
19690967--19691026	23	2.6	23	79	10	77	18	16	16	48	1.82
19693773--19693904	37	3.6	37	79	1	140	46	28	9	15	1.77
19695895--19696019	40	3.2	40	82	5	155	23	22	27	27	1.99
19696247--19696288	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
19703772--19703919	80	1.9	80	91	0	242	25	21	27	25	2.00
19703776--19703952	40	4.4	40	80	4	198	24	20	27	27	1.99
19704180--19704221	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19706493--19706525	16	2.0	17	88	5	50	51	18	3	27	1.60
19707157--19707193	19	1.9	19	94	0	65	35	29	0	35	1.58
19709260--19709359	44	2.3	43	78	8	105	34	21	21	24	1.97
19709198--19709332	43	3.1	43	74	12	125	35	22	17	24	1.95
19710175--19710291	42	2.8	42	76	6	103	33	23	14	29	1.94
19715781--19715879	46	2.2	46	92	0	162	39	18	14	28	1.89
19725884--19725970	43	2.0	43	93	0	147	17	21	31	29	1.96
19731921--19731946	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
19732280--19732337	19	3.1	19	73	14	57	31	8	0	60	1.27
19733764--19733825	32	1.9	33	83	9	83	24	20	25	29	1.99
19740876--19740916	18	2.3	17	87	8	55	14	19	43	21	1.87
19741343--19741423	26	3.1	26	89	3	119	18	19	25	35	1.95
19745769--19746112	45	7.6	45	87	0	411	26	20	16	36	1.94
19765878--19766144	48	5.6	48	75	0	228	27	19	28	24	1.98
19765782--19766144	96	3.8	96	73	2	291	29	19	27	23	1.98
19765878--19766144	144	1.9	144	82	3	340	27	19	28	24	1.98
19765767--19766140	192	1.9	192	87	2	545	29	18	27	24	1.98
19776695--19776719	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
19785638--19786405	382	2.0	383	94	0	1342	35	18	7	38	1.79
19786499--19786540	20	2.1	20	86	0	57	40	7	2	50	1.43
19787287--19787330	10	4.5	10	88	5	54	52	0	0	47	1.00
19787296--19787333	5	8.0	5	88	11	62	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19790484--19790669	67	2.8	67	80	9	177	31	16	29	22	1.95
19790508--19790691	67	2.8	64	77	8	194	29	16	29	23	1.96
19791759--19791864	29	3.7	28	75	10	99	29	32	12	26	1.92
19791773--19791864	29	3.2	29	80	7	107	30	32	10	26	1.90
19793320--19793351	16	2.0	16	93	0	55	21	6	21	50	1.71
19796060--19796109	18	2.5	19	81	15	57	14	38	30	18	1.89
19800915--19801348	85	5.1	85	98	0	832	26	27	8	37	1.85
19803325--19803349	12	2.1	12	100	0	50	8	8	44	40	1.63
19808502--19808533	14	2.4	14	90	10	50	43	6	28	21	1.77
19810391--19810495	29	3.7	29	76	3	79	28	35	10	25	1.89
19810705--19810756	24	2.2	23	83	10	61	13	25	13	48	1.79
19815087--19815157	31	2.4	30	81	6	81	42	9	8	39	1.69
19818348--19818401	6	9.3	6	88	8	58	75	0	7	16	1.01
19818348--19818401	12	4.7	11	90	4	72	75	0	7	16	1.01
19818348--19818401	17	3.1	17	86	5	81	75	0	7	16	1.01
19820262--19820311	15	3.2	16	80	8	59	68	0	28	4	1.08
19826878--19826910	11	3.1	11	95	4	59	33	18	30	18	1.94
19827484--19827579	33	2.9	33	83	7	106	22	21	25	30	1.99
19830740--19830822	34	2.5	34	90	5	125	22	25	22	28	1.99
19830806--19830850	12	3.7	12	76	5	54	24	26	15	33	1.95
19842591--19842776	94	2.0	94	97	0	354	39	11	10	38	1.75
19846550--19846679	47	2.8	47	79	13	151	22	28	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19848963--19848989	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
19849473--19849650	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19849474--19849629	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19849470--19849650	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
19857663--19857840	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19857664--19857819	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19857660--19857840	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
19868753--19868833	41	2.0	41	95	0	144	46	3	11	38	1.57
19869361--19869427	31	2.2	31	86	0	89	50	8	8	31	1.64
19874766--19874823	19	3.1	19	90	5	82	37	0	5	56	1.21
19880963--19881025	27	2.3	27	78	10	74	33	25	19	22	1.97
19882379--19882561	38	4.8	38	83	0	213	17	17	27	37	1.92
19895790--19896040	87	2.9	87	89	1	371	26	15	21	35	1.94
19898326--19898357	16	2.0	16	93	0	55	0	21	0	78	0.76
19900303--19900388	43	2.0	43	93	0	145	26	32	19	20	1.97
19903986--19904172	41	4.6	41	95	2	315	25	19	24	30	1.98
19903986--19904214	82	2.8	82	86	6	322	26	19	24	29	1.99
19903986--19904214	123	1.9	123	82	9	297	26	19	24	29	1.99
19914154--19914240	43	2.1	41	86	4	120	29	32	16	21	1.95
19914164--19914252	43	2.1	43	81	4	101	31	31	16	20	1.95
19917568--19917599	13	2.4	14	89	10	57	59	25	0	15	1.36
19924739--19924856	4	29.2	4	92	0	173	46	26	1	25	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19924896--19924991	13	7.1	14	72	17	62	56	18	2	22	1.52
19924950--19924996	23	2.0	24	91	4	78	55	21	2	21	1.54
19925841--19925899	29	2.1	28	87	3	82	42	11	22	23	1.86
19929070--19929132	27	2.3	27	86	2	81	44	7	6	41	1.59
19929216--19929259	23	1.9	23	82	17	56	52	0	4	43	1.22
19929378--19929437	22	2.6	22	78	19	61	46	1	5	46	1.34
19929403--19929448	22	2.0	22	83	8	56	45	6	2	45	1.41
19942206--19942232	13	2.1	13	100	0	54	44	22	0	33	1.53
19942829--19942896	33	2.2	30	82	12	75	52	1	4	41	1.30
19948355--19948380	13	2.0	13	100	0	52	69	0	23	7	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310