genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3311658--3311901	126	1.9	126	92	0	407	29	16	15	38	1.90
3318873--3319049	50	3.5	50	88	2	257	35	16	21	26	1.94
3319027--3319228	31	6.5	31	91	0	314	28	18	26	26	1.98
3319261--3319477	47	4.6	47	93	2	339	28	15	24	31	1.95
3322959--3323007	12	3.8	13	84	12	66	75	0	24	0	0.80
3322952--3323016	25	2.5	25	80	11	78	78	0	20	1	0.83
3324321--3324596	133	2.1	134	86	1	383	29	19	21	30	1.97
3325118--3325257	61	2.3	60	82	7	158	29	2	5	62	1.30
3325164--3325211	20	2.4	21	79	10	55	33	0	0	66	0.92
3325225--3325261	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
3325233--3325263	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
3327463--3327510	24	2.0	23	84	8	60	39	18	6	35	1.76
3327681--3327788	37	2.8	40	77	9	123	32	23	17	26	1.97
3327930--3327968	15	2.6	14	88	11	60	53	10	0	35	1.35
3327941--3327990	24	2.1	24	85	14	68	52	14	2	32	1.53
3331417--3331593	47	3.8	46	77	12	182	23	18	27	31	1.97
3332513--3332895	192	2.0	191	94	3	664	39	13	16	30	1.87
3333063--3333152	43	2.1	43	91	0	144	24	31	17	26	1.97
3337489--3337548	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
3337971--3338192	46	4.8	46	83	10	263	22	20	28	28	1.98
3340036--3340061	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
3342614--3342679	26	2.5	26	80	7	80	50	3	7	39	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3342906--3342982	25	3.2	24	70	25	65	59	6	3	29	1.40
3342885--3343061	87	2.0	88	82	8	220	57	5	3	33	1.37
3342966--3343001	16	2.2	17	90	5	56	63	0	0	36	0.94
3342968--3343061	25	3.8	24	80	9	91	59	4	1	35	1.24
3343112--3343149	18	2.2	18	90	4	60	60	2	0	36	1.11
3343116--3343167	18	2.7	18	85	8	59	59	5	0	34	1.21
3343153--3343191	3	12.7	3	94	5	69	64	0	0	35	0.94
3343416--3343458	19	2.1	21	87	8	63	55	9	4	30	1.52
3343154--3343611	140	3.3	140	83	8	522	58	5	5	30	1.42
3345320--3345348	14	2.1	14	100	0	58	65	6	13	13	1.45
3345133--3345702	76	7.3	76	77	13	525	33	19	16	30	1.94
3345328--3345702	151	2.5	149	87	4	522	33	18	16	32	1.93
3355512--3355639	63	2.0	63	81	6	150	33	24	20	21	1.97
3360494--3360544	25	2.1	24	82	10	59	41	25	19	13	1.88
3362676--3362700	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
3363446--3363486	22	1.9	21	85	5	55	17	19	2	60	1.46
3369558--3369629	9	8.2	9	77	9	69	36	0	16	47	1.47
3369562--3369636	34	2.2	34	85	4	98	34	0	16	49	1.46
3369762--3369922	9	17.9	9	67	21	88	39	2	14	44	1.58
3369800--3369848	16	3.1	15	91	5	71	34	2	18	44	1.61
3370030--3370498	99	4.7	98	87	10	694	50	4	6	38	1.47
3370023--3370495	194	2.3	201	90	6	730	50	4	6	38	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3370312--3370498	62	3.2	60	71	20	171	53	3	5	36	1.43
3370377--3370409	14	2.4	14	95	5	59	60	6	0	33	1.21
3370279--3370494	112	1.9	113	90	2	346	50	4	6	38	1.47
3373469--3373494	12	2.2	12	100	0	52	50	23	7	19	1.73
3375151--3375379	80	2.8	80	84	3	255	25	22	13	38	1.90
3375201--3375387	80	2.3	82	86	7	265	27	20	13	37	1.90
3375739--3375791	28	1.9	27	85	11	72	45	22	3	28	1.70
3376396--3376480	40	2.1	40	88	0	125	23	20	20	36	1.95
3376669--3376800	41	3.2	41	90	2	185	17	25	21	36	1.94
3379216--3379250	18	1.9	19	88	11	56	22	8	0	68	1.16
3380376--3380404	14	2.1	14	100	0	58	27	13	17	41	1.87
3380893--3381121	116	2.0	116	96	0	422	36	26	12	25	1.91
3390041--3390096	28	2.0	28	89	0	85	39	8	28	23	1.85
3393268--3393299	16	2.0	16	93	0	55	40	0	18	40	1.51
3398101--3398202	45	2.2	47	85	5	136	38	20	22	18	1.94
3403858--3403892	18	2.0	17	88	5	52	65	0	5	28	1.15
3404046--3404110	29	2.2	30	83	5	78	49	7	1	41	1.41
3406414--3406456	21	2.0	22	82	8	54	25	0	23	51	1.49
3407472--3407537	33	2.0	33	96	0	123	33	6	16	43	1.73
3411174--3411212	20	2.0	20	85	5	53	35	0	2	61	1.10
3412771--3412813	18	2.4	18	88	0	59	23	25	9	41	1.84
3417339--3417377	18	2.2	18	86	9	53	38	12	0	48	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3422777--3422803	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
3425928--3425961	4	8.2	4	87	6	50	73	0	2	23	0.97
3428022--3428663	125	5.1	126	84	3	807	28	16	15	39	1.89
3428024--3428663	249	2.6	251	84	4	846	28	16	15	39	1.89
3428748--3428880	34	4.0	33	77	8	110	43	15	0	40	1.47
3428847--3428904	28	2.1	27	83	3	71	44	15	0	39	1.47
3440744--3440782	6	6.5	6	94	5	62	0	12	0	87	0.55
3445978--3446022	18	2.5	18	85	7	65	22	46	20	11	1.81
3451497--3451542	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
3451504--3451548	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
3451723--3451835	57	2.0	57	98	0	217	38	16	24	20	1.93
3461579--3461614	15	2.4	16	90	9	58	41	27	11	19	1.85
3465832--3465865	16	2.1	16	94	0	59	67	0	32	0	0.91
3476130--3476274	68	2.1	71	83	7	181	51	4	2	40	1.37
3480943--3480979	18	2.1	17	90	5	56	40	13	2	43	1.58
3487034--3487303	47	5.5	46	80	11	200	31	28	15	24	1.95
3487034--3487294	54	5.2	51	85	5	238	32	28	14	24	1.95
3491185--3491311	26	4.9	26	80	5	89	18	15	31	33	1.93
3491222--3491337	52	2.2	52	85	0	151	20	13	26	38	1.90
3491222--3491343	26	4.7	26	85	0	136	20	13	27	39	1.89
3491249--3491357	52	2.1	52	84	0	137	22	13	24	39	1.90
3492481--3492569	29	3.1	29	81	1	99	22	30	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3499801--3499937	48	2.9	47	83	4	166	36	28	16	18	1.93
3500500--3500538	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
3512444--3512477	17	2.0	17	88	0	50	29	29	11	29	1.92
3513558--3513587	8	3.6	8	91	8	51	26	0	33	40	1.57
3527733--3527788	26	2.3	25	79	11	62	46	3	1	48	1.30
3530362--3530387	13	2.0	13	100	0	52	15	0	23	61	1.33
3549013--3549045	18	1.9	18	88	11	52	33	0	12	54	1.37
3549912--3549966	27	2.0	27	96	0	101	60	0	7	32	1.24
3551727--3551751	9	2.8	9	100	0	50	92	0	8	0	0.40
3552990--3553052	29	2.1	29	85	11	83	23	14	20	41	1.89
3570242--3570495	39	6.4	40	84	2	264	22	24	26	27	2.00
3570242--3570493	79	3.2	79	84	2	292	22	24	26	27	2.00
3578311--3578584	45	5.8	44	74	14	228	34	15	18	31	1.92
3578357--3578626	51	5.5	51	74	13	289	35	16	17	31	1.92
3578312--3578626	96	3.3	96	97	0	576	35	15	17	31	1.92
3578628--3578737	44	2.5	44	84	0	139	30	13	24	31	1.94
3579310--3579338	15	1.9	15	100	0	58	17	0	6	75	1.01
3579339--3579393	27	2.0	28	86	10	78	74	7	3	14	1.17
3580029--3580069	21	1.9	22	90	5	66	21	4	2	70	1.18
3580217--3580267	3	17.3	3	76	11	52	31	1	5	60	1.31
3580217--3580267	12	4.3	12	80	11	61	31	1	5	60	1.31
3580363--3580399	12	3.0	13	88	7	51	21	8	0	70	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3580453--3580501	3	16.3	3	83	8	64	28	2	2	67	1.13
3584038--3584339	144	2.1	144	92	1	498	34	19	22	23	1.97
3584038--3584390	144	2.5	144	86	3	399	34	18	21	25	1.96
3585584--3585651	34	2.0	34	100	0	136	41	5	14	38	1.70
3585597--3585652	17	3.3	17	72	18	62	42	7	12	37	1.70
3586068--3586095	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
3586196--3586247	20	2.7	20	76	8	54	55	0	0	44	0.99
3588746--3588794	25	1.9	26	91	4	82	12	18	20	48	1.79
3594487--3594537	19	2.5	20	73	17	52	39	1	15	43	1.58
3594779--3594825	24	1.9	25	91	4	78	76	2	10	10	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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