genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73501207--73501257	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
73501299--73501358	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
73504695--73504784	29	3.1	29	90	1	128	26	16	28	27	1.97
73504708--73504817	56	1.9	58	85	3	152	27	16	30	26	1.97
73505092--73505144	27	2.0	26	85	3	70	45	24	16	13	1.83
73509322--73509486	87	1.9	87	88	5	253	24	15	23	36	1.93
73524978--73525046	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
73524969--73525056	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
73527446--73527619	46	3.8	45	73	8	163	22	19	28	29	1.98
73527906--73527970	32	2.0	32	100	0	130	23	9	21	46	1.80
73531242--73531506	46	5.7	47	80	10	269	21	31	20	26	1.98
73531238--73531512	94	2.9	95	81	12	363	22	30	19	26	1.98
73534943--73534998	27	2.1	26	87	6	85	60	7	26	3	1.39
73543256--73543362	29	3.7	29	77	6	119	24	30	15	28	1.96
73543258--73543370	58	2.0	57	85	5	156	24	28	15	31	1.95
73543435--73543471	19	1.9	19	88	0	56	16	37	18	27	1.92
73546125--73546282	70	2.3	70	85	0	199	28	25	15	30	1.96
73549836--73549959	40	3.1	40	94	1	205	26	28	21	23	1.99
73560134--73560262	46	2.8	46	92	2	206	19	21	28	30	1.98
73567196--73567296	27	3.8	26	79	12	109	32	16	22	27	1.96
73567285--73567656	27	13.9	27	80	8	255	40	19	9	30	1.84
73567285--73567678	53	7.4	53	75	9	282	40	19	9	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73567915--73568037	41	3.0	41	90	0	201	22	22	28	26	1.99
73570216--73570349	44	3.1	42	77	8	128	35	24	16	23	1.94
73570185--73570357	43	4.0	43	73	11	147	34	23	17	24	1.96
73570185--73570354	86	2.0	85	81	5	200	34	24	17	24	1.96
73572061--73572152	45	2.0	45	93	0	157	36	9	28	25	1.87
73572203--73572378	46	3.8	46	75	15	182	21	18	28	31	1.97
73572200--73572370	93	1.8	93	88	2	263	21	19	28	30	1.97
73575315--73575368	15	3.6	15	76	0	63	11	18	12	57	1.64
73575311--73575370	30	2.0	30	90	0	93	10	18	16	55	1.69
73577785--73577958	46	3.8	45	78	11	192	21	20	28	29	1.98
73577781--73577950	92	1.8	92	92	1	277	21	20	28	28	1.98
73582526--73582677	27	5.6	27	91	3	223	28	13	28	30	1.94
73582526--73582677	55	2.8	55	91	0	232	28	13	28	30	1.94
73586368--73586534	70	2.4	70	89	4	257	29	26	14	29	1.96
73597072--73597452	47	8.1	47	92	1	568	34	10	28	26	1.90
73597072--73597452	187	2.0	188	89	1	577	34	10	28	26	1.90
73597423--73597605	46	4.0	46	91	0	267	33	9	31	25	1.87
73597097--73597495	187	2.1	185	84	5	543	34	10	29	25	1.90
73599541--73599587	22	2.1	22	88	7	69	48	29	0	21	1.50
73600366--73600465	44	2.3	42	88	8	148	31	27	21	21	1.98
73604737--73604933	50	3.9	50	83	1	243	26	19	25	27	1.99
73616780--73616841	28	2.2	28	82	5	72	19	20	22	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73622140--73622649	255	2.0	255	96	0	948	38	9	21	30	1.85
73627161--73627220	30	2.0	30	90	6	95	18	25	20	36	1.94
73629004--73629166	83	2.0	83	95	0	290	25	17	30	27	1.97
73629835--73629898	32	2.0	33	84	9	87	21	20	29	28	1.98
73633170--73633225	28	2.0	28	96	0	103	30	19	32	17	1.95
73633904--73633967	32	2.0	33	84	9	87	23	20	28	28	1.99
73636633--73636865	27	8.5	28	81	4	237	26	15	28	29	1.96
73636632--73636839	82	2.5	82	85	2	265	26	16	27	28	1.97
73636633--73636865	55	4.3	55	86	3	267	26	15	28	29	1.96
73636632--73636865	82	2.9	80	82	3	261	26	15	28	29	1.96
73641597--73641755	43	3.7	42	76	9	115	33	25	15	24	1.95
73641643--73641756	44	2.6	42	79	8	122	34	27	15	22	1.95
73646087--73646128	19	2.3	19	88	8	61	35	4	14	45	1.66
73647629--73647734	27	3.9	28	85	9	139	39	21	21	16	1.92
73647628--73647734	54	2.0	54	87	3	153	40	21	21	16	1.91
73654239--73654350	27	4.2	26	79	14	104	37	21	24	16	1.94
73654239--73654350	54	2.1	54	84	3	145	37	21	24	16	1.94
73660139--73660223	27	3.1	27	86	8	111	36	23	23	16	1.94
73662329--73662363	11	3.2	11	91	0	52	40	20	22	17	1.92
73662327--73662378	22	2.4	22	77	6	61	38	19	23	19	1.93
73671751--73671785	18	2.0	18	88	5	54	28	17	11	42	1.83
73672885--73673009	29	4.4	28	83	5	151	29	29	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73672892--73673001	58	1.9	58	88	1	168	29	30	15	24	1.96
73675235--73675474	121	2.0	122	98	0	464	44	15	5	34	1.70
73677663--73677726	30	2.2	30	91	2	103	35	25	14	25	1.93
73679075--73679246	45	4.0	44	76	11	160	31	27	16	23	1.96
73694461--73694632	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
73694453--73694628	46	3.8	46	78	10	196	30	28	19	21	1.97
73694460--73694647	46	4.1	44	69	21	109	29	28	19	22	1.98
73702112--73702172	31	2.0	31	84	9	81	21	22	19	36	1.95
73702130--73702198	30	2.3	31	85	7	88	21	18	20	39	1.93
73702274--73702318	18	2.5	17	80	13	54	35	4	15	44	1.67
73703104--73703139	11	3.3	11	92	0	54	38	19	25	16	1.92
73703102--73703153	22	2.4	22	80	0	59	34	17	26	21	1.95
73706084--73706261	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
73706105--73706260	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
73706084--73706275	82	2.3	83	77	11	216	30	27	14	28	1.95
73708309--73708356	17	2.6	19	77	12	55	31	2	16	50	1.57
73710455--73710488	16	2.1	16	94	0	59	35	20	14	29	1.93
73711269--73711306	16	2.4	16	86	4	51	26	2	5	65	1.27
73716171--73716297	28	4.6	28	97	1	229	32	28	12	26	1.93
73723408--73723492	22	3.9	22	76	0	89	14	29	24	31	1.94
73730772--73730949	27	6.6	27	81	3	160	30	28	14	26	1.95
73733617--73733680	32	2.0	33	84	9	87	28	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73739405--73739582	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
73739426--73739581	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
73743452--73743543	46	2.0	46	97	0	175	42	14	13	30	1.83
73746167--73746309	40	3.6	40	89	5	211	25	26	22	25	2.00
73751421--73751597	40	4.4	40	78	6	182	23	20	27	28	1.99
73766366--73766565	43	4.7	42	78	10	201	28	29	17	25	1.97
73766366--73766564	84	2.3	88	79	8	214	28	29	17	25	1.97
73767990--73768054	34	1.9	34	93	0	112	30	24	23	21	1.99
73770512--73770541	14	2.1	14	93	0	51	33	36	6	23	1.81
73774420--73774626	53	3.8	54	78	1	200	20	23	16	38	1.93
73774438--73774627	54	3.5	54	77	5	204	20	23	18	38	1.93
73779704--73779764	23	2.7	23	75	5	63	31	24	11	32	1.91
73779747--73779802	25	2.2	25	81	9	69	26	26	17	28	1.98
73789252--73789301	25	2.0	25	88	3	75	28	24	22	26	1.99
73790847--73790967	39	3.1	39	93	0	206	22	24	29	23	1.99
73792656--73792743	26	3.4	26	82	0	122	28	21	18	31	1.97
73792793--73792867	20	3.8	20	91	6	111	34	18	9	37	1.83
73792793--73792848	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
73792810--73792866	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
73800184--73800290	22	4.7	22	85	8	117	21	16	21	40	1.91
73811694--73811983	50	5.7	50	82	5	334	32	25	16	25	1.97
73811690--73811981	101	2.9	100	80	6	329	31	25	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73811896--73811980	26	3.3	26	66	18	68	36	25	12	24	1.92
73811680--73811979	151	2.0	151	86	5	417	32	26	16	25	1.96
73814878--73815093	40	5.4	40	89	2	287	24	22	27	25	2.00
73831004--73831169	83	2.0	83	98	0	323	20	25	15	37	1.92
73833318--73833542	113	2.0	113	98	0	432	32	17	16	34	1.92
73836605--73836665	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
73849917--73849977	27	2.3	27	91	0	95	27	19	16	36	1.93
73851346--73851378	16	2.0	17	88	5	50	57	21	21	0	1.41
73856076--73856374	40	7.5	40	90	4	435	26	29	23	20	1.98
73856076--73856374	80	3.7	80	95	1	503	26	29	23	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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