genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89191090--89191295	27	7.6	27	85	1	270	30	8	20	40	1.82
89198128--89198260	48	2.8	48	81	4	144	33	29	18	18	1.95
89201902--89202126	40	5.7	40	87	5	278	25	28	22	24	2.00
89201902--89202126	119	1.9	120	83	6	296	25	28	22	24	2.00
89215293--89215382	28	3.3	28	83	7	105	40	18	22	18	1.92
89216608--89216664	18	3.2	18	75	7	62	64	0	31	3	1.10
89221167--89221287	40	3.0	41	79	7	158	26	22	27	23	2.00
89231881--89231962	27	3.0	26	77	13	85	35	18	24	21	1.96
89233193--89233244	18	2.9	18	73	15	54	61	0	34	3	1.14
89237305--89237447	42	3.4	42	80	4	146	32	22	15	30	1.95
89246141--89246842	27	25.9	27	76	5	225	37	21	8	32	1.84
89246860--89246933	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
89247646--89247709	20	3.2	20	88	4	94	40	10	17	31	1.84
89247762--89247949	26	7.3	26	83	4	231	28	19	22	29	1.98
89247762--89247949	52	3.7	52	89	3	258	28	19	22	29	1.98
89248082--89248173	42	2.2	42	86	0	121	32	14	19	33	1.92
89250761--89250808	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
89250856--89250911	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
89250845--89250911	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
89250962--89251059	23	4.2	23	89	3	135	27	22	22	27	1.99
89251272--89251335	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
89273160--89273337	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89273161--89273316	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
89273157--89273337	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
89278352--89278462	27	4.2	26	87	5	150	36	22	26	14	1.92
89279849--89279949	24	4.2	24	93	0	157	25	39	0	33	1.63
89286167--89286277	27	4.1	27	81	5	127	37	19	25	17	1.93
89286690--89286722	8	4.1	8	92	0	57	3	24	24	48	1.65
89287684--89288522	24	35.0	24	99	0	1642	28	37	0	33	1.60
89290299--89290350	17	3.1	17	76	13	54	55	1	1	40	1.22
89290551--89290598	22	2.2	22	92	0	78	58	4	4	33	1.36
89290551--89290601	21	2.4	22	93	3	86	54	5	3	35	1.43
89292354--89292615	47	5.5	47	73	14	175	22	29	20	28	1.98
89292973--89293030	30	1.9	30	89	0	89	32	25	10	31	1.89
89299796--89300062	49	5.6	48	74	13	230	24	28	19	27	1.98
89300690--89300719	15	2.0	15	93	0	51	13	16	16	53	1.73
89303162--89303378	46	4.7	45	76	11	181	26	20	28	24	1.99
89306069--89306099	12	2.6	12	94	0	53	19	22	29	29	1.98
89306651--89306684	5	6.6	5	93	6	59	17	0	2	79	0.86
89306651--89306684	16	2.2	15	94	5	59	17	0	2	79	0.86
89312684--89312881	43	4.6	43	91	0	315	12	24	31	31	1.92
89317965--89318081	46	2.5	46	82	8	139	37	15	22	24	1.93
89322528--89322599	37	1.9	37	91	5	119	23	19	30	26	1.98
89323848--89323964	20	5.9	20	74	2	101	40	19	27	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89323844--89323961	39	3.0	38	76	4	128	39	18	27	14	1.89
89329783--89329883	46	2.2	46	87	3	141	37	15	23	22	1.93
89329783--89329895	46	2.5	46	85	2	129	38	15	23	23	1.92
89332337--89332453	20	5.9	20	70	2	83	41	18	26	13	1.88
89332333--89332450	39	3.0	38	71	4	110	40	17	26	15	1.89
89334052--89334164	61	1.9	60	92	5	194	51	6	2	39	1.41
89336873--89337016	46	3.1	45	74	21	129	28	29	20	22	1.98
89348037--89349125	362	3.0	362	99	0	2169	26	22	23	27	2.00
89352233--89352348	50	2.3	50	92	2	189	29	24	19	26	1.99
89358572--89358605	16	2.1	17	88	5	52	41	11	11	35	1.78
89358810--89358890	42	1.9	42	82	5	101	30	25	14	28	1.95
89358876--89359027	50	3.0	49	90	3	223	30	24	17	26	1.97
89366142--89366408	47	5.7	48	78	7	221	23	28	18	29	1.98
89366140--89366405	140	1.9	141	84	3	358	23	28	18	29	1.98
89373803--89373973	46	3.7	47	79	7	170	20	28	22	28	1.98
89377476--89377653	27	6.6	27	82	3	196	26	15	27	30	1.96
89377477--89377632	82	1.9	81	86	3	224	26	15	27	30	1.96
89377473--89377653	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	30	1.96
89379059--89379270	50	4.2	49	77	5	219	40	16	11	32	1.84
89379061--89379270	100	2.1	100	85	1	278	40	16	10	31	1.83
89383094--89383118	12	2.1	12	100	0	50	36	24	0	40	1.55
89391588--89391698	42	2.6	42	84	2	143	32	14	22	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89399811--89399844	3	11.3	3	87	0	50	67	0	29	2	1.05
89401473--89401577	49	2.1	49	91	0	165	27	16	24	31	1.96
89420909--89421084	27	6.5	27	83	3	174	30	27	15	26	1.96
89420930--89421084	82	1.9	81	86	4	222	30	27	15	27	1.96
89420909--89421084	54	3.2	54	80	6	194	30	27	15	26	1.96
89423166--89423244	40	2.0	40	94	0	140	45	10	22	21	1.81
89424051--89424182	54	2.4	54	92	0	219	17	25	22	34	1.96
89424051--89424188	27	5.1	26	84	6	168	17	24	22	35	1.95
89427198--89427266	36	1.9	36	88	5	104	33	11	26	28	1.91
89430381--89430488	26	4.2	26	90	0	171	32	8	23	36	1.84
89432071--89432209	27	5.1	28	84	9	164	17	23	24	34	1.96
89440410--89440488	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
89448532--89448610	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
89453480--89453526	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
89455196--89455301	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
89458688--89458750	27	2.3	28	86	5	92	38	23	19	19	1.93
89459982--89460038	18	3.2	18	77	5	62	63	0	33	3	1.12
89461985--89462052	33	2.1	33	97	0	127	30	5	30	32	1.81
89464619--89465253	47	13.5	47	90	0	946	31	12	29	25	1.93
89464861--89464935	23	3.1	25	63	24	61	29	13	33	24	1.93
89465021--89465097	25	3.2	25	62	23	65	29	10	31	28	1.90
89465416--89465530	37	3.1	37	92	0	185	20	20	31	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89469083--89469210	64	2.0	64	98	0	247	39	21	15	23	1.91
89477592--89477721	47	2.8	43	80	11	134	26	16	30	25	1.97
89486889--89486938	22	2.3	22	86	6	66	38	28	10	24	1.87
89493101--89493308	48	4.3	48	76	4	186	29	18	26	25	1.98
89493047--89493308	144	1.8	144	85	0	371	29	18	26	25	1.98
89500754--89501029	48	5.7	48	80	7	301	27	18	28	25	1.98
89500754--89501032	95	2.9	97	81	5	316	27	18	28	25	1.98
89505510--89505561	22	2.4	22	90	0	77	13	1	34	50	1.53
89505534--89505573	14	2.9	14	80	0	53	15	0	30	55	1.41
89506097--89506135	18	2.2	17	86	4	51	53	2	0	43	1.14
89515902--89516018	28	4.2	28	81	4	137	32	29	10	27	1.90
89516002--89516095	40	2.3	40	83	0	125	35	27	14	22	1.94
89519490--89519723	64	3.6	64	82	5	256	24	29	15	30	1.96
89523787--89523848	25	2.5	25	84	5	81	29	19	24	27	1.98
89524966--89525015	26	1.9	27	84	8	68	26	4	42	28	1.73
89526339--89526385	20	2.3	20	100	0	94	36	10	19	34	1.86
89526431--89526497	26	2.6	26	90	0	107	26	20	22	29	1.99
89528957--89529189	50	4.8	49	77	7	208	26	17	30	25	1.97
89537983--89538031	24	2.0	24	96	0	89	42	10	28	18	1.83
89543988--89544012	9	2.8	9	100	0	50	0	44	0	56	0.99
89547334--89548157	40	20.6	40	90	1	1231	24	22	25	27	2.00
89547336--89548157	80	10.3	80	96	0	1425	24	22	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89560376--89560436	21	3.0	21	87	2	88	22	29	37	9	1.87
89561610--89561786	49	3.6	48	75	13	132	24	28	17	29	1.97
89561664--89561824	49	3.4	47	76	9	148	23	28	16	31	1.96
89564607--89564684	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
89564637--89564963	173	1.9	174	92	0	557	29	14	24	31	1.95
89566759--89566794	17	2.1	17	100	0	72	44	11	16	27	1.82
89568921--89568985	28	2.3	28	89	0	94	24	15	26	33	1.95
89572744--89572838	47	2.0	47	95	0	172	31	24	8	35	1.85
89574527--89574569	13	3.4	13	77	3	52	37	9	16	37	1.81
89577815--89578041	101	2.2	101	84	0	283	30	13	25	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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