genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20799992--20800032	18	2.3	18	95	4	75	58	4	17	19	1.56
20804393--20804469	19	4.1	19	74	12	77	61	1	1	36	1.13
20804768--20804809	21	2.0	21	90	0	66	52	2	11	33	1.51
20807570--20807734	58	3.0	55	85	8	212	32	15	23	28	1.95
20807623--20807737	51	2.3	51	92	0	185	33	13	22	29	1.93
20810461--20810500	21	1.9	21	85	10	55	25	2	10	62	1.39
20815496--20815530	4	8.8	4	100	0	70	0	74	0	25	0.82
20819013--20819101	45	2.0	45	93	4	153	43	12	25	17	1.84
20825223--20825278	22	2.5	22	88	0	85	12	19	5	62	1.49
20826296--20826369	39	1.9	38	88	2	112	47	5	13	33	1.66
20829637--20829759	61	2.0	61	98	0	237	23	16	8	52	1.70
20839321--20839361	21	1.9	22	90	5	66	21	19	19	39	1.93
20843938--20843973	16	2.2	16	90	0	54	44	0	19	36	1.51
20844001--20844193	56	3.3	56	68	11	163	30	8	23	37	1.84
20844052--20844091	16	2.5	16	83	0	53	40	5	25	30	1.77
20843919--20844275	118	3.0	118	91	0	579	31	7	22	38	1.81
20844170--20844209	16	2.5	16	87	0	53	40	7	22	30	1.81
20844396--20844515	62	1.9	63	86	9	176	52	2	1	43	1.24
20844390--20844526	62	2.3	58	79	15	152	53	3	2	40	1.31
20849340--20849381	5	8.6	5	89	10	61	83	0	0	16	0.65
20855749--20855793	22	2.0	24	82	8	58	51	28	0	20	1.48
20857141--20857199	28	2.1	27	87	3	82	28	10	5	55	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20858537--20858588	10	5.1	10	75	11	52	65	1	1	30	1.14
20860008--20860283	126	2.2	126	90	1	421	38	16	17	27	1.91
20863297--20863329	9	3.6	9	92	8	57	63	0	0	36	0.95
20863354--20863729	128	2.9	129	90	2	587	54	4	5	35	1.43
20865913--20865955	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
20865920--20865960	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
20866558--20866599	11	3.8	11	90	6	59	52	0	21	26	1.47
20872838--20872980	42	3.4	42	68	5	126	29	18	25	26	1.98
20875847--20875888	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
20876062--20876108	23	2.0	23	100	0	94	42	10	12	34	1.78
20878717--20878757	15	2.8	15	75	17	50	34	0	0	65	0.93
20878723--20878779	25	2.3	26	78	6	64	31	1	0	66	1.02
20878869--20878905	5	7.8	5	82	11	51	59	0	0	40	0.97
20886761--20886836	19	4.2	19	65	19	54	30	1	2	65	1.14
20886744--20886838	29	3.4	29	74	14	110	28	2	2	67	1.13
20887575--20887744	85	2.0	85	94	0	295	41	7	9	41	1.64
20888386--20888475	30	3.0	30	88	0	117	32	40	14	13	1.85
20889487--20889527	17	2.4	17	88	8	57	75	0	17	7	1.02
20889558--20889589	16	2.0	16	93	0	55	71	0	28	0	0.86
20891613--20892440	46	18.0	46	99	0	1620	41	14	21	21	1.90
20905624--20905715	46	2.0	46	95	0	166	21	22	29	26	1.99
20910016--20910078	31	2.0	32	84	9	85	46	0	4	49	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20911886--20912005	53	2.3	53	91	0	186	17	16	21	44	1.87
20912127--20912193	18	3.7	18	81	0	89	35	10	14	38	1.81
20913311--20914067	126	6.0	126	97	1	1268	27	15	18	38	1.91
20914120--20914207	28	3.0	29	81	8	108	46	15	1	36	1.54
20928310--20928355	16	3.0	15	84	12	58	73	4	0	21	1.00
20941790--20941820	4	7.8	4	92	0	53	0	25	0	74	0.82
20942675--20942931	131	2.0	131	86	3	365	30	20	22	26	1.98
20942722--20943754	44	22.8	44	71	13	578	31	18	22	28	1.97
20942724--20943478	219	3.4	219	92	4	1242	30	18	22	27	1.97
20943029--20943514	232	2.1	232	95	0	873	31	18	22	28	1.97
20943334--20943790	142	3.2	142	99	0	905	32	17	21	28	1.96
20946404--20946479	31	2.4	33	78	14	88	47	9	18	25	1.78
20949083--20949145	29	2.1	31	82	11	87	61	0	4	33	1.17
20949096--20949218	9	13.4	9	67	13	56	64	3	4	28	1.27
20949096--20949218	19	6.7	18	69	15	56	64	3	4	28	1.27
20949086--20949145	28	2.1	30	87	6	88	61	0	5	33	1.17
20949174--20949223	19	2.6	19	81	12	66	62	4	2	32	1.25
20949244--20949429	9	18.8	9	65	23	56	59	1	4	34	1.27
20949655--20949692	20	1.9	19	89	5	58	23	0	2	73	0.95
20952878--20952944	35	1.9	35	81	6	82	58	2	2	35	1.29
20969629--20969676	26	1.9	25	91	8	80	29	4	12	54	1.56
20973131--20973308	45	4.0	45	77	15	183	52	8	14	24	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20973145--20973308	90	1.8	88	86	10	235	51	9	14	25	1.70
20973655--20973702	17	2.8	17	70	0	51	35	0	0	64	0.94
20973894--20973932	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
20973913--20973958	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
20975721--20975761	18	2.3	18	86	0	55	48	9	12	29	1.72
20979304--20979343	22	1.9	20	90	10	62	15	27	15	42	1.86
20979533--20979586	28	1.9	28	88	7	83	38	1	16	42	1.59
20989891--20990153	40	6.6	40	87	3	325	26	27	20	24	1.99
20997844--20998106	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
20999824--20999905	39	2.2	38	86	8	114	56	4	15	23	1.59
21000632--21000681	10	5.0	10	83	9	66	70	2	6	22	1.20
21002478--21002520	3	14.3	3	100	0	86	67	0	32	0	0.91
21003231--21003270	15	2.7	14	88	7	53	0	22	0	77	0.77
21017052--21017159	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
21018297--21018386	27	3.3	27	96	0	162	20	24	24	31	1.98
21025504--21025611	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
21032624--21032679	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
21034107--21034185	27	2.9	27	85	7	90	18	24	22	34	1.97
21039677--21039716	20	1.9	22	90	10	66	47	0	0	52	1.00
21039913--21039962	23	2.2	23	85	7	66	72	0	28	0	0.86
21043935--21043985	21	2.4	21	100	0	102	47	3	9	39	1.55
21046652--21046700	7	7.0	7	81	9	64	20	0	36	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21056565--21056783	46	4.7	46	82	7	246	22	29	20	27	1.98
21056565--21056784	94	2.3	92	82	11	252	22	29	20	27	1.99
21060039--21060065	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
21061525--21061552	13	2.2	13	100	0	56	46	0	7	46	1.30
21064190--21064230	12	2.9	15	75	24	52	63	12	2	21	1.40
21073034--21073066	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
21073068--21073107	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
21073190--21073252	30	2.1	30	93	0	108	55	14	3	26	1.54
21085273--21085308	16	2.3	15	90	4	54	66	2	30	0	1.06
21095635--21095695	30	2.1	29	96	3	113	36	19	16	27	1.93
21100578--21100610	11	3.0	11	83	16	50	18	0	18	63	1.31
21101160--21101222	29	2.2	28	78	13	65	26	9	1	61	1.36
21101129--21101243	43	2.7	43	79	6	115	26	6	2	64	1.32
21101189--21101234	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
21101309--21101362	24	2.2	24	83	9	65	24	5	0	70	1.08
21101322--21101387	24	2.8	23	79	11	62	28	7	1	62	1.32
21101371--21101451	25	3.2	24	75	15	65	32	11	1	55	1.43
21107261--21107287	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
21107283--21107326	22	2.0	22	86	4	61	29	6	2	61	1.34
21107285--21107332	22	2.2	22	81	7	53	33	6	2	58	1.35
21109578--21109628	20	2.5	21	83	6	77	23	11	11	52	1.70
21109820--21109857	15	2.5	15	83	12	51	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21111121--21111399	90	3.1	89	79	2	261	34	17	23	24	1.96
21113346--21113384	13	3.0	13	84	0	51	41	5	7	46	1.55
21115258--21115314	29	2.0	28	86	10	80	21	0	12	66	1.23
21115260--21115339	29	2.8	28	76	16	74	22	0	11	66	1.23
21116503--21116542	21	2.0	20	85	14	55	37	12	12	37	1.81
21126886--21126915	8	3.8	8	100	0	60	23	0	10	66	1.21
21133877--21133920	21	2.1	21	91	4	72	54	0	0	45	0.99
21141804--21141846	23	1.9	23	85	4	61	60	9	0	30	1.28
21143400--21143475	30	2.5	30	75	10	75	44	11	1	42	1.49
21153891--21154221	165	2.0	165	98	0	644	36	20	17	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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