genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33266141--33266272	27	4.9	27	72	3	115	40	18	9	31	1.83
33266141--33266272	53	2.4	56	77	15	134	40	18	9	31	1.83
33266174--33266295	27	4.6	27	75	4	104	43	19	6	30	1.76
33266174--33266372	54	3.7	53	74	7	168	41	18	7	32	1.78
33266198--33266351	56	2.8	54	78	2	139	44	16	6	31	1.73
33266274--33266359	27	3.1	27	73	17	77	40	16	8	34	1.78
33266411--33266475	27	2.4	27	82	5	87	35	20	23	21	1.96
33267285--33267355	26	2.8	26	89	2	99	28	23	22	25	2.00
33271523--33271639	40	2.9	41	88	3	157	39	9	16	35	1.81
33281469--33281538	35	2.0	35	88	0	104	24	17	28	30	1.97
33282714--33282751	6	6.2	6	96	3	67	50	0	15	34	1.45
33285246--33285454	38	5.0	38	70	20	148	30	15	23	30	1.95
33285276--33285414	48	2.9	48	81	1	172	33	15	20	30	1.94
33292706--33292827	43	2.9	42	80	7	156	28	24	16	30	1.96
33298909--33298956	22	2.2	22	88	0	69	64	4	16	14	1.43
33302920--33302985	20	3.2	21	72	8	64	12	25	21	40	1.88
33302904--33302991	40	2.2	40	93	2	151	13	23	22	39	1.90
33302928--33302991	20	3.2	20	73	8	67	14	21	23	40	1.90
33310779--33310843	21	3.2	21	74	12	82	9	26	21	43	1.82
33310763--33310849	39	2.2	39	97	0	165	12	24	21	41	1.88
33321304--33321337	17	1.9	17	88	5	50	61	2	14	20	1.46
33327847--33327939	11	8.5	11	75	16	77	33	0	8	58	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33327847--33327939	23	4.2	22	74	16	86	33	0	8	58	1.29
33336997--33337036	21	1.9	21	84	0	53	32	2	25	40	1.69
33339337--33339385	24	2.0	24	100	0	98	44	16	20	18	1.86
33340451--33340688	43	5.5	42	69	5	188	33	21	23	21	1.97
33340487--33340639	44	3.5	44	71	5	157	32	22	24	20	1.98
33340440--33340729	87	3.3	87	94	1	476	33	21	24	21	1.97
33340487--33340731	44	5.6	44	65	8	142	33	22	24	20	1.97
33340704--33340884	88	2.1	88	87	4	258	35	22	16	26	1.94
33342620--33342748	21	6.8	19	68	17	63	33	0	6	58	1.30
33342620--33342708	11	8.0	11	77	16	85	33	0	8	57	1.30
33344522--33344675	48	3.2	48	89	1	236	27	12	27	31	1.93
33346784--33347066	18	15.3	18	72	10	167	36	15	12	36	1.85
33346771--33347066	36	8.0	36	72	10	204	36	15	11	35	1.85
33346864--33347066	54	3.8	54	78	3	212	36	15	11	35	1.84
33346864--33347066	72	2.8	72	82	5	243	36	15	11	35	1.84
33347977--33348094	59	2.0	59	94	0	209	35	20	9	34	1.85
33349549--33349668	51	2.4	51	84	2	143	42	20	20	16	1.89
33349640--33349664	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
33349757--33349835	39	2.0	39	97	0	149	30	12	11	45	1.77
33364276--33364371	47	2.0	47	97	0	183	26	18	13	41	1.88
33368343--33368527	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
33368324--33368527	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33382722--33382799	39	2.0	39	89	0	120	33	17	7	41	1.79
33391027--33391061	15	2.3	15	90	0	52	31	11	2	54	1.51
33391205--33391265	24	2.5	24	86	0	86	16	42	3	37	1.64
33393448--33393495	9	5.3	9	78	9	53	43	0	31	25	1.55
33395454--33395512	18	3.3	18	80	4	57	37	15	11	35	1.84
33395502--33395536	18	1.9	18	88	0	52	22	17	14	45	1.84
33397913--33397971	18	3.3	18	80	4	57	37	15	11	35	1.84
33397961--33397995	18	1.9	18	88	0	52	22	17	14	45	1.84
33399190--33399230	20	2.2	19	91	8	66	0	26	0	73	0.84
33399201--33399282	16	5.3	15	72	22	55	4	24	4	65	1.32
33407060--33407232	46	3.7	46	77	13	174	21	19	30	29	1.97
33411140--33411209	19	3.8	18	75	19	56	22	8	2	65	1.34
33411138--33411217	16	4.3	20	69	24	59	21	7	2	68	1.26
33414026--33414050	10	2.5	10	100	0	50	40	12	8	40	1.72
33416808--33416855	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
33417194--33417266	18	3.9	18	73	7	56	28	4	2	64	1.26
33423079--33423126	12	4.0	12	78	10	53	47	0	8	43	1.33
33429736--33429795	29	2.1	29	96	0	111	23	20	16	40	1.91
33429736--33429784	16	3.2	16	66	16	50	22	20	18	38	1.93
33430939--33431068	55	2.4	55	92	2	208	28	33	17	20	1.96
33434992--33435023	6	5.3	6	96	0	55	40	31	12	15	1.85
33434305--33435969	832	2.0	832	98	0	3222	34	21	14	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33436089--33436369	139	2.0	139	88	2	413	34	15	10	39	1.81
33447545--33447602	22	2.5	22	80	5	62	62	6	3	27	1.37
33447765--33447828	28	2.3	27	81	7	67	68	1	3	26	1.13
33448897--33448963	9	7.4	9	87	0	98	41	22	11	23	1.87
33448976--33449036	17	3.4	17	68	12	50	50	11	3	34	1.55
33448974--33449095	37	3.3	37	89	4	185	48	13	4	33	1.63
33451505--33451549	18	2.3	20	85	14	60	60	2	0	37	1.09
33456358--33456391	13	2.6	13	90	0	50	23	0	41	35	1.55
33457563--33457759	44	4.5	44	75	8	150	29	23	20	26	1.99
33457551--33457853	133	2.3	132	84	1	383	29	22	19	28	1.98
33457765--33457850	44	2.0	44	83	0	109	32	18	18	30	1.95
33457919--33457959	21	2.0	21	95	0	73	19	36	12	31	1.89
33457941--33458056	44	2.6	44	86	0	151	29	22	19	28	1.98
33458087--33458753	44	14.5	44	66	17	148	27	19	20	33	1.96
33457935--33458478	227	2.4	226	86	3	779	27	20	20	31	1.97
33458334--33458623	145	2.0	145	88	4	433	27	19	18	34	1.95
33458107--33458846	372	2.0	372	95	0	1320	27	19	20	33	1.96
33458811--33458971	44	3.7	44	78	3	171	27	21	22	27	1.99
33459043--33459083	21	2.0	21	95	0	73	19	36	12	31	1.89
33459721--33459880	44	3.6	44	98	0	302	27	16	25	30	1.97
33459399--33459792	216	1.8	216	85	2	558	26	19	20	33	1.97
33459508--33460096	304	1.9	304	97	0	1117	26	18	22	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33459809--33460323	227	2.3	220	86	5	693	27	19	20	31	1.97
33459989--33460097	44	2.5	45	81	4	132	31	15	23	29	1.95
33460255--33460637	44	8.6	44	76	12	334	26	18	23	32	1.97
33460263--33461305	226	4.7	226	77	10	965	26	19	22	32	1.97
33460028--33460819	270	2.9	270	90	2	1196	27	19	21	31	1.97
33460613--33461002	183	2.1	182	85	3	525	27	20	21	31	1.98
33461100--33461451	44	7.6	45	69	12	162	25	21	19	33	1.97
33460869--33461300	216	2.0	216	90	0	677	25	20	20	33	1.97
33461099--33461547	133	3.3	132	69	13	386	25	21	19	33	1.97
33461085--33461594	279	1.8	279	93	0	887	25	20	19	33	1.97
33461347--33462927	227	7.0	227	90	1	2218	27	19	19	32	1.97
33468090--33468147	29	2.0	28	81	15	66	63	1	1	32	1.14
33470078--33470119	15	3.0	14	80	10	50	23	2	7	66	1.28
33470672--33470706	14	2.3	16	90	9	56	74	0	2	22	0.95
33485180--33485910	43	17.0	43	99	0	1444	18	13	39	27	1.89
33485895--33485965	29	2.4	29	86	4	90	28	16	29	25	1.97
33486276--33486511	40	5.9	40	81	2	226	24	23	27	24	2.00
33490035--33490329	147	2.0	147	95	0	527	31	8	28	30	1.87
33490033--33490388	47	7.4	47	87	5	469	32	9	29	28	1.89
33490033--33490373	96	3.5	96	88	3	488	31	9	29	29	1.89
33490507--33490585	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
33492524--33492577	26	2.1	26	100	0	108	31	35	14	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33497097--33497226	65	2.0	65	98	0	251	26	4	22	46	1.71
33500260--33500302	19	2.2	20	88	8	63	74	4	0	20	1.00
33503222--33503275	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
33503239--33503314	26	2.8	27	82	4	82	27	13	22	36	1.91
33504752--33505587	26	32.2	26	95	0	1474	35	26	6	30	1.82
33504752--33505587	78	10.7	78	99	0	1663	35	26	6	30	1.82
33508877--33509178	151	2.0	151	97	0	568	28	17	25	27	1.98
33509343--33509385	18	2.3	19	84	15	54	32	11	4	51	1.59
33509533--33509565	12	2.8	12	100	0	66	24	9	0	66	1.20
33512344--33512390	15	3.3	14	82	11	60	21	2	0	76	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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