genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98159016--98159107	40	2.3	40	87	5	125	25	23	26	25	2.00
98169751--98169975	40	5.6	40	85	5	285	24	24	27	24	2.00
98169746--98169975	83	2.9	80	86	5	288	23	23	27	24	2.00
98171965--98172030	30	2.2	30	83	0	87	24	31	22	21	1.98
98172830--98172984	42	3.7	42	80	5	152	28	22	18	30	1.97
98179239--98179359	56	2.2	56	84	10	151	34	14	15	34	1.89
98199860--98199918	21	2.7	23	72	20	63	37	8	11	42	1.72
98200012--98200044	14	2.3	15	89	5	50	48	3	6	42	1.43
98200933--98200968	19	1.9	19	88	5	56	58	5	2	33	1.36
98208138--98208218	40	2.1	39	83	2	99	24	16	29	29	1.96
98210953--98211084	50	2.6	50	84	2	158	28	17	32	21	1.96
98211057--98211199	43	3.2	43	78	7	137	26	16	27	30	1.96
98215127--98215211	40	2.2	39	86	2	116	23	17	29	29	1.97
98231931--98232059	49	2.7	49	78	7	124	26	31	10	32	1.89
98239959--98239987	14	2.1	14	100	0	58	44	20	13	20	1.85
98243835--98243866	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
98243832--98243977	50	2.9	51	85	2	186	26	13	26	33	1.94
98244173--98244202	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
98245534--98245573	21	1.9	21	89	0	62	20	22	40	17	1.92
98247027--98247055	14	2.1	14	100	0	58	34	0	13	51	1.42
98249717--98249869	50	3.1	50	86	0	218	26	15	26	31	1.96
98249659--98249869	100	2.1	100	84	4	264	26	14	25	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98277710--98277927	40	5.5	40	91	2	316	24	28	23	22	1.99
98284164--98284210	14	3.6	13	77	8	51	42	17	0	40	1.49
98284161--98284218	27	2.2	26	84	6	82	37	18	1	41	1.61
98291043--98291225	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
98291022--98291225	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
98314232--98314315	22	3.7	22	80	6	78	33	19	23	23	1.97
98323828--98324089	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
98337427--98337468	22	1.9	22	85	9	59	30	0	38	30	1.58
98338936--98338992	28	2.0	28	86	0	78	31	21	24	22	1.98
98339934--98339982	24	2.0	24	88	0	71	46	14	2	36	1.56
98339979--98340013	18	1.9	18	88	0	52	40	17	14	28	1.88
98341655--98341958	47	6.8	46	77	16	300	30	16	27	25	1.97
98341694--98341951	88	2.9	88	97	1	473	30	15	28	25	1.96
98343546--98343705	69	2.4	65	76	8	162	27	37	16	18	1.92
98348130--98348171	14	2.9	14	82	3	57	59	19	0	21	1.38
98349426--98349487	30	2.1	30	84	0	79	35	16	16	32	1.91
98351652--98351706	20	2.8	20	74	17	60	45	1	7	45	1.41
98352523--98352745	46	4.9	46	82	5	247	24	17	23	34	1.96
98352523--98352746	92	2.4	92	83	7	276	24	16	23	34	1.95
98356260--98356290	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
98356877--98356901	12	2.1	12	100	0	50	32	24	20	24	1.98
98361292--98361339	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98361288--98361343	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
98361288--98361339	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
98361579--98361714	25	5.6	25	68	17	72	56	3	5	34	1.39
98361500--98361649	25	5.6	27	71	12	96	54	5	7	32	1.51
98361945--98362030	30	2.9	30	91	0	136	17	5	50	26	1.69
98361965--98362020	18	3.4	18	63	27	52	21	7	46	25	1.76
98371020--98371151	68	1.9	69	92	1	221	50	5	3	40	1.43
98372248--98372276	7	4.1	7	100	0	58	41	44	0	13	1.44
98372959--98373044	42	2.0	42	100	0	172	38	18	4	38	1.72
98373220--98373244	11	2.3	11	100	0	50	40	24	12	24	1.88
98380707--98380756	21	2.4	21	82	0	64	26	24	34	16	1.95
98382765--98382832	31	2.2	31	89	0	100	33	10	11	44	1.75
98383233--98383258	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
98383711--98383801	29	3.3	27	74	15	71	53	6	1	38	1.34
98390893--98392894	1000	2.0	1000	100	0	4004	36	17	15	30	1.91
98394215--98394254	14	3.0	14	92	7	66	67	0	0	32	0.91
98394909--98394948	20	2.0	20	85	9	55	17	20	25	37	1.94
98404104--98404160	29	2.0	29	89	0	87	31	21	12	35	1.90
98403918--98404364	150	3.0	150	91	1	731	32	11	19	35	1.88
98404254--98404310	29	2.0	29	100	0	114	33	21	14	31	1.92
98406159--98406375	81	2.7	81	89	2	312	31	12	23	32	1.92
98406915--98406980	27	2.4	27	80	5	80	21	30	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98406581--98407112	28	19.2	28	70	6	188	28	30	14	26	1.95
98408031--98408082	26	2.0	26	85	7	70	25	15	5	53	1.63
98409549--98409585	12	3.2	12	85	11	51	37	0	0	62	0.96
98411710--98411787	38	2.1	38	97	0	147	24	11	15	48	1.78
98415710--98415781	19	3.7	19	81	7	74	56	5	1	36	1.31
98415723--98415814	46	2.0	46	83	8	116	53	3	0	43	1.17
98417702--98417746	18	2.4	19	81	7	56	46	0	8	44	1.34
98419744--98419814	36	2.0	36	83	5	90	26	22	9	40	1.85
98422443--98422582	27	5.1	27	77	11	149	29	15	15	40	1.88
98422443--98422579	57	2.5	57	84	8	183	29	16	14	40	1.88
98422897--98422931	18	1.9	18	94	0	61	17	17	17	48	1.81
98426239--98426370	27	5.0	27	80	3	151	24	15	18	41	1.89
98426239--98426370	52	2.5	54	86	5	187	24	15	18	41	1.89
98428934--98428967	6	5.7	6	92	0	59	17	44	0	38	1.49
98436650--98436682	17	1.9	17	100	0	66	66	0	6	27	1.15
98437370--98437428	23	2.5	23	88	2	91	5	28	15	50	1.65
98441492--98441525	17	2.0	17	94	0	59	14	5	35	44	1.70
98446255--98446322	34	2.0	34	88	0	100	19	22	23	35	1.96
98450341--98450639	47	6.4	46	79	9	234	23	27	18	29	1.98
98450343--98450641	94	3.2	94	77	11	287	24	27	19	29	1.98
98453946--98454016	5	13.8	5	73	5	52	38	1	18	42	1.59
98456407--98456604	87	2.3	87	82	0	234	33	14	21	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98460268--98460341	32	2.3	32	88	0	103	43	1	2	52	1.23
98462011--98462064	25	2.2	25	100	0	108	44	14	7	33	1.73
98463490--98463522	16	2.1	17	88	11	52	6	15	0	78	0.93
98463959--98464032	37	2.0	37	94	0	130	33	25	9	31	1.88
98466882--98466966	42	2.0	42	95	4	154	44	17	8	29	1.78
98467330--98467528	63	3.2	63	77	2	211	27	26	18	28	1.98
98468466--98468520	26	2.1	26	100	0	110	23	7	21	47	1.76
98470744--98470851	49	2.2	49	91	0	180	22	20	37	19	1.94
98474199--98474243	18	2.5	19	82	10	58	31	8	0	60	1.28
98474236--98474265	11	2.6	12	89	10	53	26	0	6	66	1.16
98476332--98476394	32	2.0	32	84	3	83	58	20	0	20	1.39
98476727--98476754	6	4.7	6	100	0	56	35	0	0	64	0.94
98476737--98476818	36	2.3	37	80	6	105	48	4	1	45	1.31
98476988--98477015	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
98495809--98496274	140	3.3	140	87	2	688	23	12	12	51	1.74
98497221--98497263	18	2.4	18	100	0	86	18	23	34	23	1.96
98504940--98505016	40	1.9	40	91	0	127	14	14	35	36	1.86
98505766--98505807	22	2.0	20	86	9	57	28	2	2	66	1.16
98508389--98508420	3	10.7	3	100	0	64	65	34	0	0	0.93
98512005--98512051	24	2.0	24	91	0	76	40	21	8	29	1.83
98517076--98517142	34	1.9	35	84	3	91	44	11	10	32	1.75
98517111--98517150	14	2.9	14	84	0	53	42	15	7	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98521732--98521776	22	2.1	21	83	4	54	28	28	33	8	1.87
98529679--98530044	49	7.8	48	74	9	238	27	17	29	25	1.97
98529764--98530041	142	1.9	145	84	7	372	28	17	29	25	1.97
98530025--98530098	37	2.0	37	94	0	130	22	25	28	22	1.99
98532267--98532345	40	2.0	40	85	5	106	41	21	26	10	1.85
98532409--98532458	20	2.5	19	84	12	57	36	22	32	10	1.87
98543674--98543733	25	2.5	24	75	2	66	33	18	23	25	1.97
98544589--98544626	19	2.0	19	100	0	76	26	5	10	57	1.53
98545573--98545614	18	2.3	19	80	12	52	33	4	2	59	1.31
98549148--98549188	22	1.9	22	95	5	75	17	29	43	9	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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