genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  188  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61362120--61362995	409	2.2	404	87	6	1276	34	19	17	28	1.94
61362991--61363156	86	1.9	86	89	6	255	30	19	15	34	1.93
61375446--61375512	29	2.3	30	81	2	91	49	2	20	26	1.64
61382130--61382246	57	2.1	57	86	0	162	41	14	14	29	1.86
61384182--61384259	36	2.2	36	97	0	147	52	8	11	26	1.67
61384522--61384578	27	2.1	27	83	0	69	68	7	3	21	1.29
61390629--61390666	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
61390643--61390667	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
61390692--61390732	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
61392866--61392898	16	2.1	16	94	0	57	39	12	3	45	1.57
61394440--61394471	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
61394446--61394526	37	2.2	37	97	0	153	56	0	2	40	1.12
61396458--61396536	39	2.0	39	95	0	140	21	11	15	51	1.74
61396884--61396931	2	24.0	2	86	0	69	50	6	0	43	1.27
61396884--61396931	14	3.4	14	94	0	78	50	6	0	43	1.27
61398681--61398781	9	10.6	9	74	12	85	47	20	0	30	1.57
61398698--61398757	21	3.0	21	83	7	72	46	23	0	30	1.52
61398714--61398779	30	2.2	30	91	0	105	46	22	1	28	1.61
61398692--61398781	39	2.3	40	78	5	112	45	22	1	31	1.60
61404675--61404771	43	2.3	43	85	0	131	26	18	23	30	1.98
61406226--61406380	10	15.6	10	68	18	65	59	2	2	35	1.25
61406231--61406309	30	2.7	29	79	16	92	63	1	1	34	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61406226--61406331	48	2.2	50	83	10	130	61	1	0	35	1.13
61406316--61406380	30	2.1	31	88	2	96	56	3	4	35	1.35
61406347--61406399	19	2.8	19	77	5	54	64	3	1	30	1.22
61406955--61407002	19	2.5	20	76	6	55	37	2	2	58	1.22
61410252--61410685	221	2.0	220	100	0	859	25	24	19	30	1.98
61411757--61411818	30	2.1	31	82	11	76	38	0	9	51	1.35
61414487--61414537	23	2.2	24	85	3	68	27	3	0	68	1.07
61422945--61423028	43	1.9	44	80	7	100	50	4	4	40	1.45
61426175--61426347	49	3.7	45	78	9	168	28	29	18	23	1.98
61426324--61426538	46	4.6	46	79	10	213	23	27	20	28	1.99
61426324--61426538	94	2.3	94	85	6	294	23	27	20	28	1.99
61427714--61427740	14	1.9	14	100	0	54	44	14	3	37	1.63
61432166--61432215	23	2.1	24	85	7	66	24	4	18	54	1.61
61434463--61434507	16	2.7	17	79	6	56	80	6	0	13	0.91
61436265--61436314	24	2.2	22	82	7	55	22	10	4	64	1.41
61436274--61436326	22	2.3	23	87	6	72	24	9	0	66	1.21
61436968--61437000	16	2.1	16	100	0	66	39	0	18	42	1.50
61438183--61438260	41	1.9	41	86	0	111	30	17	20	30	1.96
61439916--61439979	21	3.0	20	75	18	65	65	3	12	18	1.38
61439975--61440091	28	4.4	27	70	20	95	61	0	11	25	1.36
61439876--61440196	49	6.6	47	73	13	231	59	1	14	24	1.45
61440004--61440218	27	8.4	27	71	19	158	58	0	13	27	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61440187--61440309	21	6.0	20	71	21	78	66	1	9	21	1.29
61440175--61440289	42	2.8	40	81	10	126	66	0	7	24	1.23
61439951--61440251	77	4.1	75	82	9	347	60	1	12	25	1.41
61440505--61440546	16	2.7	16	85	14	61	61	2	4	30	1.29
61440505--61440546	15	2.7	15	85	10	50	61	2	4	30	1.29
61440571--61440627	16	3.3	16	71	17	51	63	0	8	28	1.24
61440846--61440884	17	2.3	17	90	0	60	53	2	15	28	1.55
61440988--61441021	12	2.7	13	86	9	52	17	5	2	73	1.16
61443089--61443537	3	150.7	3	65	12	88	60	2	8	28	1.40
61443475--61443524	26	1.9	26	84	8	66	60	4	2	34	1.27
61444213--61444257	22	2.0	24	82	8	58	42	20	4	33	1.72
61450026--61450309	88	3.2	88	88	1	428	23	20	25	30	1.98
61450432--61450931	44	11.5	44	63	13	165	20	22	20	36	1.95
61450482--61451068	43	13.5	43	65	12	187	22	21	20	35	1.96
61450312--61451070	87	8.7	87	88	0	1004	22	22	20	34	1.97
61450903--61451033	44	3.0	43	72	12	133	24	20	18	36	1.95
61451135--61451263	66	2.0	66	95	0	231	36	10	20	32	1.87
61459061--61459089	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
61467078--61467131	28	1.9	28	88	0	81	48	27	0	24	1.52
61467362--61467456	44	2.2	44	86	0	127	24	18	20	36	1.95
61470941--61470998	25	2.4	25	94	2	100	34	13	27	24	1.93
61471684--61471725	20	2.0	22	86	9	61	33	2	4	59	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61471748--61471928	22	7.7	23	65	21	65	44	0	2	53	1.17
61471739--61471930	59	3.2	59	94	3	314	44	0	2	53	1.16
61472108--61472159	16	3.2	16	76	10	52	28	21	5	44	1.75
61473203--61473236	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
61473296--61473508	113	1.9	113	90	1	338	41	16	18	23	1.90
61478195--61478229	5	7.0	5	86	0	52	14	0	5	80	0.89
61478198--61478226	10	2.9	10	100	0	58	10	0	6	82	0.83
61479123--61479162	19	2.1	19	100	0	80	15	10	0	75	1.05
61507152--61507236	33	2.6	33	76	10	93	29	18	28	23	1.98
61507292--61507402	45	2.5	45	83	0	141	36	17	25	21	1.95
61507377--61507542	46	3.6	46	95	0	296	39	10	24	25	1.87
61507467--61507538	21	3.2	21	64	21	56	37	9	26	26	1.87
61508042--61508218	46	3.9	45	83	5	205	19	22	14	44	1.86
61514273--61514329	4	15.0	4	85	10	84	52	0	0	47	1.00
61515879--61515909	16	1.9	16	100	0	62	58	3	0	38	1.15
61519043--61519110	11	6.2	11	69	19	52	32	4	0	63	1.14
61520757--61520872	58	2.0	58	98	0	223	43	7	6	42	1.60
61520757--61520843	29	3.0	29	65	18	81	42	9	9	39	1.69
61520774--61520877	29	3.6	30	69	16	92	45	5	4	44	1.49
61525387--61525823	216	2.0	216	98	0	847	31	21	14	32	1.94
61527306--61527349	23	1.9	23	86	9	63	45	0	6	47	1.29
61533045--61533967	44	20.5	44	70	13	409	28	20	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61533130--61533839	225	3.1	227	88	1	1036	29	20	19	30	1.97
61533816--61533917	50	2.0	50	86	3	143	29	25	13	31	1.94
61534851--61534929	5	16.0	5	74	19	60	0	17	0	82	0.67
61534858--61534930	25	3.1	23	81	14	78	0	15	0	84	0.61
61534852--61534930	32	2.5	33	84	10	103	0	16	0	83	0.65
61534856--61534927	17	4.1	17	89	7	99	0	16	0	83	0.65
61534852--61534930	6	13.3	6	75	19	53	0	16	0	83	0.65
61534856--61534927	37	2.0	37	86	7	105	0	16	0	83	0.65
61538046--61538148	32	3.2	32	85	6	122	50	5	5	37	1.51
61538218--61538260	15	2.8	15	86	10	52	55	0	0	44	0.99
61538222--61538273	19	2.8	18	80	19	54	50	0	1	48	1.12
61538127--61538340	108	2.0	110	83	6	274	50	7	6	36	1.54
61538374--61538427	28	1.9	28	96	0	99	59	3	0	37	1.15
61550328--61550371	21	2.2	21	88	8	65	50	20	20	9	1.75
61550363--61550471	21	5.2	20	73	13	78	46	16	18	18	1.84
61550342--61550493	42	3.6	42	76	4	137	44	17	20	17	1.87
61559673--61559759	43	2.0	43	97	0	165	22	26	22	27	2.00
61570858--61570926	26	2.7	24	80	14	68	18	26	20	34	1.96
61573615--61573645	7	4.3	7	95	4	53	67	0	0	32	0.91
61573615--61573663	14	3.1	15	86	13	64	67	0	0	32	0.91
61573637--61573670	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
61578917--61579018	27	3.8	27	88	7	154	19	21	36	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61581940--61582014	20	3.7	21	86	10	95	57	10	1	30	1.41
61582223--61582288	27	2.4	27	92	0	114	10	37	24	27	1.88
61582928--61582962	18	1.9	18	88	11	54	40	0	0	60	0.97
61586116--61586156	11	3.8	11	84	9	50	53	0	4	41	1.22
61586114--61586152	10	3.8	10	83	6	51	56	0	2	41	1.13
61586527--61586590	30	2.1	30	88	0	92	32	6	10	50	1.63
61587315--61587355	22	1.9	21	85	5	55	51	4	0	43	1.23
61587693--61587761	25	2.7	26	80	13	72	42	2	2	52	1.31
61594487--61594544	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
61594882--61595123	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310