genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.117.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37500041--37500148	44	2.5	44	83	7	132	33	22	19	25	1.97
37500041--37500168	44	3.0	43	75	11	118	32	22	18	25	1.97
37501597--37501710	58	2.0	58	98	0	219	35	13	20	31	1.91
37508379--37508528	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
37508403--37508585	67	2.8	64	77	8	192	30	16	30	22	1.96
37511277--37511312	16	2.3	16	90	4	56	41	22	0	36	1.54
37526949--37526985	17	2.2	17	90	0	56	37	13	13	35	1.84
37527700--37527738	11	3.5	11	82	0	51	48	7	5	38	1.54
37536778--37536823	20	2.3	19	82	17	58	32	8	10	47	1.69
37549115--37549218	55	1.9	55	85	0	145	24	26	33	15	1.95
37555441--37555473	17	1.9	17	100	0	66	24	45	12	18	1.83
37555896--37556069	48	3.6	48	90	0	285	36	7	25	30	1.84
37559956--37559981	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
37563752--37563961	28	7.5	28	96	0	341	32	28	12	25	1.93
37566375--37566829	227	2.0	227	94	0	802	30	23	19	25	1.98
37578200--37578308	43	2.6	43	82	1	139	32	17	23	26	1.97
37581377--37581450	24	3.0	25	81	15	100	28	20	20	31	1.97
37581505--37581567	20	3.2	20	88	0	99	30	17	12	39	1.87
37589505--37589578	24	3.0	26	88	11	120	31	20	16	32	1.94
37589637--37589693	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
37589633--37589695	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
37593720--37593803	28	3.1	27	80	13	102	33	16	26	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37593720--37593791	24	2.8	25	85	10	92	36	18	23	22	1.95
37593827--37593975	51	2.9	50	88	5	210	30	14	26	28	1.95
37601666--37601719	27	2.0	27	96	0	99	33	16	22	27	1.95
37602030--37602070	21	2.0	21	85	9	57	36	19	31	12	1.89
37603897--37604053	43	3.7	43	76	10	153	25	19	23	31	1.98
37604216--37604260	23	2.0	23	82	8	56	46	2	17	33	1.61
37606238--37606310	25	2.9	25	89	4	103	39	9	6	43	1.64
37608370--37608523	42	3.6	44	76	13	142	28	17	25	28	1.97
37610947--37610973	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
37611183--37611207	10	2.5	10	100	0	50	36	8	24	32	1.84
37615484--37615523	16	2.5	16	83	0	53	20	15	17	47	1.83
37620429--37620606	29	6.3	28	77	8	173	24	14	21	39	1.91
37620429--37620606	57	3.2	57	82	6	195	24	14	21	39	1.91
37623754--37624203	80	5.6	80	92	0	668	24	28	12	35	1.91
37623749--37624210	41	11.5	40	78	4	446	23	28	12	35	1.91
37625539--37625684	48	3.0	48	92	0	247	30	26	6	36	1.82
37635331--37635462	48	2.8	48	82	0	165	28	17	24	29	1.97
37635774--37635800	11	2.5	11	100	0	54	44	11	7	37	1.68
37650731--37650813	43	2.0	43	82	2	105	28	15	24	31	1.96
37655780--37655954	40	4.4	40	89	2	239	25	28	22	23	1.99
37659632--37659754	52	2.3	54	88	2	187	40	23	8	26	1.84
37659551--37659862	27	11.6	27	73	7	208	39	21	10	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37659600--37659869	81	3.4	80	79	4	303	38	21	9	30	1.85
37659874--37660132	27	9.6	27	86	1	322	30	20	8	41	1.81
37659831--37660094	81	3.3	81	85	3	237	31	20	8	39	1.83
37659874--37660132	81	3.2	81	89	0	374	30	20	8	41	1.81
37660468--37660519	27	1.9	27	84	0	68	21	25	21	32	1.98
37660638--37660694	6	9.3	6	75	17	55	19	17	14	49	1.80
37662644--37662955	27	11.6	27	75	6	186	39	20	10	29	1.87
37662693--37662962	81	3.4	80	75	6	260	39	20	10	30	1.85
37662666--37662973	54	5.7	54	73	7	209	38	19	10	30	1.86
37662959--37663225	27	9.9	27	85	1	329	30	19	7	41	1.79
37662924--37663225	81	3.7	80	81	5	308	31	21	7	40	1.81
37663442--37663600	72	2.3	69	88	5	223	22	28	18	30	1.97
37663703--37663790	6	14.3	6	75	17	83	18	18	15	47	1.83
37663703--37663781	31	2.5	31	93	0	131	17	18	15	48	1.82
37663921--37664072	76	2.0	76	93	0	259	24	22	11	41	1.87
37667995--37668110	42	2.7	42	76	5	108	29	20	21	28	1.98
37669920--37669962	18	2.4	18	88	0	59	51	16	13	18	1.77
37670354--37670496	27	5.3	27	88	3	216	39	19	14	25	1.90
37670353--37670496	54	2.7	54	95	0	252	39	20	14	25	1.90
37671669--37671702	16	2.1	16	100	0	68	17	11	23	47	1.81
37678968--37679090	48	2.6	48	94	0	210	25	17	26	30	1.97
37680607--37680724	40	3.0	40	89	0	173	30	29	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37688268--37688332	28	2.3	28	89	0	94	33	26	9	30	1.88
37688448--37688501	28	1.9	28	100	0	108	22	25	18	33	1.97
37688450--37688510	28	2.2	28	90	0	95	24	27	14	32	1.95
37699384--37699432	24	1.9	26	88	12	75	48	10	4	36	1.56
37702246--37702365	59	2.0	59	98	0	231	30	27	9	33	1.88
37706023--37706069	22	2.2	22	84	3	60	25	36	25	12	1.92
37708269--37708335	33	2.0	33	97	0	125	37	28	5	28	1.80
37717405--37717487	6	13.5	6	74	14	53	46	13	18	21	1.82
37717381--37717447	25	2.6	25	88	4	89	46	8	19	25	1.79
37717408--37717510	31	3.3	31	86	1	134	49	11	16	22	1.78
37717647--37717748	27	3.8	26	85	5	123	37	21	22	18	1.94
37717907--37717971	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
37718398--37718806	27	15.3	27	84	2	459	25	18	20	35	1.95
37718811--37718994	54	3.4	54	89	1	253	40	5	21	31	1.77
37718811--37719008	27	7.3	27	82	2	227	40	7	22	30	1.80
37719017--37719084	29	2.4	28	79	15	86	35	7	13	44	1.71
37718990--37719212	54	4.1	54	78	7	202	31	10	18	39	1.84
37718987--37719211	110	2.1	107	83	4	272	31	10	19	39	1.85
37719062--37719212	27	5.6	26	80	9	160	29	9	20	41	1.83
37719086--37719212	27	4.7	27	83	4	177	29	10	21	39	1.86
37724259--37724312	26	2.1	26	85	0	72	31	20	16	31	1.95
37724645--37724781	60	2.3	59	81	11	145	29	21	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37727502--37727651	41	3.7	41	83	1	212	28	27	23	21	1.99
37733917--37734105	48	3.9	48	87	0	270	26	17	30	24	1.98
37733920--37734135	96	2.2	97	82	6	278	26	16	31	25	1.97
37735699--37735871	46	3.7	46	76	11	165	30	26	20	23	1.98
37735747--37735890	46	3.1	45	71	18	118	29	26	20	23	1.99
37736294--37736353	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
37742874--37743358	93	5.2	95	84	9	628	30	26	18	24	1.98
37742874--37743355	46	10.4	46	84	9	658	30	26	18	24	1.98
37742874--37743355	139	3.5	139	99	0	955	30	26	18	24	1.98
37743778--37743837	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
37747232--37747365	51	2.9	44	74	15	135	23	17	27	32	1.96
37759865--37760018	48	3.3	46	83	6	163	25	23	25	25	2.00
37759908--37760040	48	2.8	48	89	0	185	25	21	25	27	2.00
37762016--37762048	4	8.2	4	100	0	66	0	24	0	75	0.80
37768299--37768403	43	2.4	43	82	3	131	37	23	13	25	1.92
37769806--37769831	7	3.7	7	100	0	52	0	42	0	57	0.98
37785005--37785092	45	2.0	45	86	0	122	25	10	25	39	1.87
37786021--37786118	27	3.7	26	80	13	101	40	25	6	27	1.79
37786102--37786325	27	8.3	27	89	3	344	34	20	20	24	1.96
37786740--37786861	6	19.8	6	69	14	79	18	16	14	50	1.79
37786740--37786850	31	3.6	31	87	0	159	18	16	15	49	1.80
37786827--37786870	18	2.4	18	81	7	54	18	9	15	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37788195--37788246	26	2.0	26	81	7	61	21	5	26	46	1.74
37800703--37800965	40	6.6	40	89	3	334	25	20	27	26	1.99
37800704--37801000	80	3.7	80	85	3	271	25	20	27	25	1.99
37807433--37807534	51	2.0	51	94	0	177	39	14	12	33	1.84
37808528--37808565	19	2.0	19	89	0	58	34	18	23	23	1.96
37809393--37809515	46	3.0	39	86	11	158	29	14	24	31	1.95
37809848--37809951	54	1.9	54	98	0	199	23	12	25	38	1.90
37810755--37810899	40	3.6	40	83	4	175	25	24	25	24	2.00
37814377--37814471	27	3.4	28	86	2	93	26	13	28	31	1.94
37814402--37814471	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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