genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16675833--16676147	158	2.0	157	93	0	531	47	15	10	26	1.78
16676495--16676579	27	3.1	27	85	8	102	37	23	22	16	1.93
16683469--16683510	19	2.2	19	87	8	59	73	0	7	19	1.05
16683487--16683540	25	2.2	24	87	9	74	74	0	5	20	1.02
16683468--16683559	27	3.5	24	80	14	76	70	0	5	23	1.08
16683467--16683559	9	10.8	8	71	24	57	70	0	5	23	1.07
16683966--16684191	28	8.1	27	71	19	80	34	2	3	59	1.27
16683984--16684032	19	2.6	18	78	15	55	36	2	2	59	1.21
16683984--16684149	9	17.6	9	65	22	56	36	2	3	57	1.27
16688425--16688461	13	2.8	14	88	8	51	40	0	0	59	0.97
16688428--16688489	32	1.9	32	83	6	81	46	1	0	51	1.10
16691837--16691997	87	1.9	87	94	0	286	38	9	16	36	1.80
16695086--16695122	13	2.8	13	87	4	56	43	0	13	43	1.44
16695137--16695195	10	5.9	10	74	7	57	23	8	0	67	1.17
16696514--16696686	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
16696511--16696681	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
16707031--16707100	21	3.3	22	82	7	92	22	2	0	74	0.95
16707053--16707100	8	5.8	8	80	9	60	25	2	0	72	0.95
16707026--16707100	13	5.6	13	77	16	73	22	2	0	74	0.94
16709258--16709443	26	7.3	26	73	14	120	61	2	5	30	1.32
16709285--16709340	25	2.1	27	87	6	80	67	0	5	26	1.11
16709359--16709408	22	2.3	22	85	0	64	60	4	4	32	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16709430--16709477	21	2.3	20	86	10	62	72	6	2	18	1.15
16709537--16709611	25	3.0	25	84	9	98	62	4	6	26	1.38
16711269--16711384	45	2.6	44	76	1	115	25	23	17	33	1.96
16711184--16711548	143	2.5	142	85	4	493	26	21	20	31	1.98
16711325--16711540	44	4.7	44	71	12	171	26	21	21	30	1.98
16716140--16716170	12	2.6	12	94	0	53	9	19	19	51	1.74
16716323--16716367	19	2.3	20	88	7	67	42	13	22	22	1.88
16720507--16720547	21	1.9	22	95	5	75	58	4	7	29	1.46
16720784--16720833	20	2.4	21	80	6	75	62	12	0	26	1.30
16720790--16721007	114	2.0	108	86	7	303	60	12	0	26	1.39
16720912--16721106	105	1.9	105	94	0	345	55	14	0	29	1.44
16720904--16721137	105	2.2	104	82	3	324	57	13	0	28	1.40
16721194--16721253	26	2.3	27	82	5	70	55	15	0	30	1.41
16721280--16721313	4	8.5	4	93	0	59	0	20	0	79	0.73
16727858--16727914	25	2.3	25	87	3	80	43	12	15	28	1.83
16737641--16737708	6	11.5	6	78	7	59	75	8	1	14	1.12
16739518--16739569	14	3.6	14	77	15	52	73	1	1	23	1.04
16749331--16749508	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
16749352--16749507	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
16754474--16754544	21	3.2	21	65	18	54	40	26	12	19	1.88
16756624--16756680	28	2.0	28	100	0	114	29	3	21	45	1.68
16756976--16757013	20	2.0	20	89	5	60	42	5	0	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16773157--16773411	128	2.0	128	98	0	492	36	6	19	38	1.77
16774465--16774595	45	3.0	45	86	2	167	24	19	29	26	1.99
16781404--16781605	99	2.0	99	97	0	377	23	27	15	33	1.95
16791569--16791736	40	4.2	40	89	0	221	25	27	21	25	1.99
16791570--16791789	80	2.8	79	81	3	217	25	27	21	25	1.99
16791721--16791798	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
16798027--16798415	45	8.8	44	73	6	178	28	23	19	28	1.98
16798075--16798454	133	2.9	132	86	2	460	28	23	18	28	1.98
16798529--16798656	64	2.0	64	95	0	229	36	13	18	31	1.89
16803852--16804036	67	2.9	64	78	8	205	28	16	30	23	1.96
16807123--16807234	43	2.6	43	88	0	170	29	31	26	12	1.93
16812235--16812493	68	3.9	64	75	8	202	29	15	29	25	1.96
16819912--16819973	26	2.4	25	78	2	61	66	9	1	22	1.30
16823902--16823933	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
16823902--16823932	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
16833216--16833387	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	21	1.98
16833208--16833383	46	3.8	46	79	10	196	28	28	20	21	1.98
16833259--16833389	47	2.8	45	76	15	133	28	29	20	21	1.98
16836092--16836138	25	1.9	25	82	4	60	40	25	19	14	1.90
16838305--16838347	22	1.9	23	85	4	61	30	2	2	65	1.18
16838501--16838548	24	2.0	25	87	4	71	62	10	4	22	1.44
16842306--16844050	667	2.6	668	89	2	2681	43	14	14	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16844497--16844525	11	2.7	11	94	5	51	41	10	0	48	1.37
16845184--16845412	23	10.3	23	71	14	104	39	20	5	35	1.75
16849150--16849258	40	2.8	40	90	1	166	28	19	25	26	1.99
16849822--16849862	21	1.9	22	95	5	75	36	12	9	41	1.76
16853230--16853269	20	2.1	19	95	4	71	67	0	20	10	1.18
16860138--16860189	21	2.5	20	84	9	68	84	1	11	1	0.78
16860145--16860189	11	4.2	11	82	5	56	86	2	11	0	0.65
16860154--16860189	16	2.2	17	90	5	56	86	0	13	0	0.58
16860138--16860189	10	5.0	10	81	13	61	84	1	11	1	0.78
16860136--16860189	6	9.0	6	79	18	51	83	1	12	1	0.81
16862897--16863205	55	5.6	55	100	0	618	40	7	20	32	1.79
16872543--16872714	43	4.0	44	76	6	174	26	13	25	34	1.93
16872746--16872959	107	2.0	107	98	0	410	41	8	23	26	1.84
16878711--16878908	50	3.9	50	84	0	252	25	18	26	29	1.98
16878711--16878897	101	1.9	100	87	1	275	25	18	26	29	1.98
16879862--16879907	17	2.5	19	82	13	60	58	6	0	34	1.24
16888323--16888368	17	2.5	19	82	13	60	58	6	0	34	1.24
16891331--16892280	49	19.5	49	97	1	1732	28	30	8	32	1.87
16896929--16897016	44	2.0	44	95	4	160	38	11	22	27	1.88
16900187--16900393	53	3.8	53	75	4	200	38	17	23	20	1.93
16903429--16903814	39	10.0	39	88	3	548	18	19	30	31	1.95
16903429--16903785	77	4.6	77	95	0	590	18	19	30	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16907403--16907531	40	3.2	40	80	4	134	35	26	15	22	1.94
16909184--16909282	28	3.5	28	74	20	107	28	17	28	26	1.97
16909184--16909307	56	2.2	56	91	0	194	26	16	30	26	1.96
16909213--16909307	28	3.4	28	76	16	106	25	15	31	27	1.96
16911417--16911504	44	2.0	44	95	0	158	35	23	17	23	1.95
16916853--16916954	28	3.7	26	76	19	100	26	14	30	28	1.95
16916853--16916976	56	2.2	56	92	0	203	24	14	33	28	1.94
16916881--16916976	28	3.4	28	74	16	108	22	15	34	27	1.95
16917299--16917789	248	2.0	248	99	0	973	32	13	16	37	1.87
16918575--16918606	16	1.9	17	93	6	57	43	9	9	37	1.69
16921280--16921323	14	2.9	15	90	10	63	45	2	11	40	1.53
16921565--16921788	40	5.5	40	78	7	202	27	15	24	32	1.95
16928717--16928750	18	1.9	18	88	5	52	29	14	17	38	1.90
16930078--16930120	8	5.4	8	80	0	50	4	23	20	51	1.66
16930078--16930120	16	2.7	16	88	0	59	4	23	20	51	1.66
16931352--16931383	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
16936923--16937010	24	3.7	24	78	4	90	39	21	22	15	1.91
16942231--16943379	47	24.3	47	96	1	1947	30	9	30	28	1.89
16943549--16943627	37	2.1	37	88	0	113	24	18	30	26	1.98
16945479--16945577	43	2.3	43	100	0	198	23	15	34	27	1.94
16945563--16945636	29	2.6	29	87	8	98	27	16	31	25	1.96
16945955--16946190	40	5.9	40	81	2	226	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16949382--16949776	47	8.4	47	92	0	610	32	9	30	28	1.89
16949895--16949973	37	2.1	37	88	0	113	24	18	30	26	1.98
16961600--16961688	29	3.1	29	88	4	128	31	26	12	29	1.93
16961901--16961951	16	3.2	16	94	0	84	11	23	17	47	1.81
16961901--16961959	16	3.7	16	93	0	82	11	22	16	49	1.78
16972730--16972785	24	2.3	25	81	12	71	32	23	21	23	1.98
16972742--16972819	24	3.2	24	81	3	77	32	17	26	23	1.97
16973929--16973997	28	2.5	28	85	0	84	27	13	27	31	1.93
16986447--16986515	29	2.4	29	80	7	79	24	24	21	28	1.99
16986841--16986939	50	2.0	50	84	4	128	21	25	21	32	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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