genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82154054--82154316	76	3.5	76	86	1	348	32	25	20	21	1.98
82154059--82154316	114	2.3	114	88	0	381	32	24	21	22	1.98
82159259--82159491	38	6.1	38	88	0	331	32	24	21	22	1.98
82162446--82162495	16	3.1	16	97	0	91	40	0	26	34	1.56
82163657--82163796	6	22.8	6	74	12	115	48	15	17	17	1.81
82163669--82163796	31	4.4	30	75	16	126	47	16	17	17	1.83
82163657--82163774	55	2.1	55	85	3	157	48	15	18	17	1.82
82163911--82163970	27	2.3	26	82	2	66	35	18	23	23	1.96
82164297--82164757	27	17.2	27	87	3	581	40	6	21	31	1.78
82164737--82164797	27	2.3	27	88	0	86	31	6	16	45	1.73
82164752--82164903	54	2.8	53	77	6	146	29	8	21	40	1.82
82164764--82164903	27	5.2	26	73	12	104	29	8	20	41	1.82
82171979--82172061	41	2.0	41	93	4	141	39	4	20	34	1.74
82174736--82174807	33	2.1	34	94	2	128	52	16	12	18	1.74
82176010--82176081	21	3.3	20	68	24	56	25	22	11	41	1.86
82175986--82176118	45	3.0	45	89	1	196	23	23	12	40	1.89
82176024--82176095	22	3.2	22	70	18	76	25	22	11	41	1.86
82190607--82190747	67	2.0	67	81	8	158	21	29	19	30	1.97
82199301--82199369	36	1.9	36	90	0	111	27	20	24	27	1.99
82202305--82202398	40	2.4	38	83	7	116	30	13	25	29	1.94
82207205--82207271	27	2.5	27	88	7	100	41	20	22	14	1.89
82207408--82207471	26	2.4	27	86	2	85	31	12	23	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82207720--82207750	16	2.0	15	93	6	53	3	19	25	51	1.62
82211024--82211058	18	1.9	18	88	0	52	31	14	17	37	1.89
82213401--82213453	21	2.5	21	81	0	61	32	9	35	22	1.86
82216613--82216909	47	6.3	47	89	4	431	27	29	8	35	1.85
82216688--82216810	22	5.3	22	63	18	70	25	31	9	33	1.88
82216640--82216913	96	2.9	96	91	3	455	27	28	8	35	1.86
82216626--82216907	143	2.0	141	89	4	433	26	29	8	35	1.86
82221412--82221451	21	1.9	21	85	10	55	55	7	10	27	1.60
82227990--82228029	20	2.1	19	85	4	53	45	17	5	32	1.70
82229673--82229799	33	3.7	33	82	8	164	32	21	19	26	1.97
82241638--82241858	40	5.6	40	81	3	241	25	23	26	24	2.00
82247019--82247088	29	2.4	29	85	4	88	27	15	17	40	1.90
82253962--82254455	47	10.5	47	96	1	875	31	8	29	29	1.87
82256585--82256616	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
82256867--82256930	28	2.3	28	83	5	85	31	28	7	32	1.85
82257036--82257125	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
82257046--82257136	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
82258216--82258249	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
82263734--82263830	49	2.0	49	97	0	185	28	30	11	28	1.91
82264818--82264881	28	2.3	28	83	5	85	31	28	7	32	1.85
82264987--82265076	27	3.2	27	79	7	101	18	24	25	31	1.98
82267489--82267564	38	2.0	38	100	0	152	42	7	21	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82271582--82271646	32	2.0	32	100	0	130	50	15	0	33	1.44
82272728--82272829	51	2.0	51	98	0	195	36	18	15	29	1.92
82282246--82282363	61	1.9	61	91	3	193	48	14	18	18	1.81
82282297--82282388	25	3.7	25	88	4	125	46	14	20	18	1.83
82282246--82282363	6	19.3	6	78	13	125	48	14	18	18	1.81
82282782--82283110	27	12.2	27	88	0	424	40	6	22	31	1.78
82283116--82283175	26	2.3	27	88	2	86	31	10	16	41	1.81
82286142--82286195	18	3.0	18	91	0	90	48	12	18	20	1.81
82286503--82286717	27	8.0	26	81	2	162	41	19	12	26	1.87
82286535--82286717	27	6.8	26	81	6	195	41	17	12	28	1.86
82286510--82286717	54	3.9	52	82	4	229	41	18	12	27	1.87
82286522--82286717	81	2.4	80	84	6	254	40	18	11	28	1.86
82290049--82290085	18	2.1	18	94	0	65	43	18	18	18	1.89
82290419--82290665	27	9.1	27	77	0	190	42	19	13	24	1.87
82290396--82290691	54	5.5	54	85	3	355	42	18	13	24	1.87
82293098--82293223	45	2.8	45	84	5	159	30	13	22	34	1.92
82297557--82297602	22	2.1	22	95	0	83	41	6	32	19	1.77
82299844--82299968	45	2.8	44	83	9	146	26	14	26	32	1.94
82318316--82318353	18	2.1	18	90	9	60	55	2	15	26	1.54
82320105--82320151	19	2.5	19	96	0	85	19	29	29	21	1.97
82321485--82321609	62	2.0	62	96	0	232	28	32	17	22	1.96
82328176--82328308	61	2.2	62	87	1	196	25	21	36	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82331113--82331423	46	6.7	46	90	5	484	30	27	19	22	1.98
82338873--82339037	46	3.6	45	76	16	169	29	28	18	23	1.98
82338874--82339043	93	1.8	92	91	6	281	29	28	20	22	1.98
82338871--82339059	46	4.1	45	71	19	131	29	28	19	22	1.98
82340009--82340125	59	2.0	59	90	6	184	32	19	7	40	1.80
82341951--82342134	67	2.8	64	76	7	183	30	17	29	22	1.97
82344897--82344959	31	2.1	31	90	3	101	28	3	9	58	1.45
82345043--82345082	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
82345084--82345116	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
82358437--82358646	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
82358384--82358646	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
82358385--82358681	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
82360043--82360071	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
82361954--82362239	62	4.6	62	84	3	371	26	28	24	20	1.99
82361959--82362239	122	2.3	122	84	5	368	26	27	24	20	1.99
82364068--82364184	46	2.5	46	84	6	139	27	29	16	27	1.97
82366473--82366675	54	3.8	53	76	5	149	38	18	23	20	1.93
82380677--82380846	40	4.3	40	83	0	198	24	29	21	24	1.99
82380719--82380899	80	2.3	80	79	3	186	24	28	22	24	1.99
82389590--82389621	13	2.3	15	89	10	50	40	9	31	18	1.83
82393411--82393587	27	6.5	27	79	3	158	25	16	29	28	1.97
82393411--82393566	82	1.9	81	82	3	197	25	17	29	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82393407--82393587	82	2.2	81	79	2	193	25	17	28	28	1.97
82397487--82397582	42	2.3	43	81	1	113	33	26	15	25	1.95
82398940--82398999	31	1.9	31	96	0	111	41	11	21	25	1.87
82400011--82400065	19	3.1	17	81	7	65	34	14	9	41	1.77
82400526--82400580	19	3.1	17	81	7	65	34	14	9	41	1.77
82399715--82400745	515	2.0	516	98	0	1983	31	9	17	41	1.82
82400965--82401019	19	3.1	17	81	7	65	34	14	9	41	1.77
82400361--82402147	439	4.0	439	78	12	2006	30	9	17	42	1.81
82401347--82401443	48	2.0	48	93	0	167	24	4	18	52	1.63
82401453--82401507	19	3.1	17	81	7	65	34	14	9	41	1.77
82401913--82401946	17	1.9	18	88	5	52	41	11	5	41	1.66
82420132--82420259	65	2.0	66	98	1	249	24	25	20	30	1.98
82425669--82425700	17	1.9	16	93	6	55	31	18	12	37	1.88
82427091--82427163	38	1.9	38	94	0	128	26	16	19	38	1.92
82430310--82430362	27	2.0	26	82	14	63	28	30	15	26	1.96
82432528--82432611	24	3.5	24	88	1	123	17	17	19	45	1.86
82434532--82434695	35	4.7	35	81	3	179	33	23	10	32	1.89
82434595--82434713	35	3.4	35	84	4	116	32	23	11	31	1.91
82439205--82439264	30	2.0	30	96	0	111	40	16	15	28	1.89
82442822--82442969	43	3.5	43	76	15	137	28	19	25	27	1.99
82452606--82452653	25	1.9	25	95	0	87	41	18	10	29	1.84
82455534--82455587	23	2.3	23	96	0	99	22	24	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82466448--82466485	19	2.0	19	94	0	67	21	7	5	65	1.38
82475404--82475520	24	4.9	24	77	11	107	30	17	24	27	1.97
82475402--82475532	46	2.8	46	83	10	158	29	18	23	28	1.98
82475405--82475531	23	5.4	23	79	10	132	30	18	23	27	1.97
82478864--82478922	27	2.2	27	84	0	82	23	33	20	22	1.97
82489378--82489525	74	2.0	74	95	0	269	17	14	18	49	1.80
82496736--82496763	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
82497364--82497401	17	2.1	19	90	9	62	0	23	0	76	0.79
82505655--82505781	27	4.7	27	83	6	161	35	20	25	18	1.95
82505662--82505781	54	2.2	54	93	0	204	35	21	25	17	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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