Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  4  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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20
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21
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1.94
818966--819113
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20
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39
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1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
A
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G
T
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(0-2)
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835400--835478
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104
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21
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44
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0
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2
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48
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8
209
28
13
27
30
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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G
T
Entropy
(0-2)
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168
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52
1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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18
18
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1
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123
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0
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21
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9
68
26
7
14
51
1.69
965705--965731
3
9.0
3
100
0
54
33
33
0
33
1.58
966531--966583
21
2.4
22
81
15
65
52
5
0
41
1.25
978831--978879
23
2.1
23
96
0
89
22
6
4
67
1.30
982924--982973
3
16.7
3
100
0
100
68
0
0
32
0.90
985719--985835
43
2.7
43
89
0
180
26
30
18
23
1.98
985843--985896
28
2.0
28
85
3
74
64
3
3
27
1.27
985960--986007
20
2.4
21
82
10
64
68
6
2
22
1.23
987470--987502
17
1.9
17
93
0
57
33
24
9
33
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
988986--989049
7
9.0
7
75
3
56
46
26
3
23
1.67
988983--989033
15
3.5
15
78
5
59
47
29
1
21
1.62
989272--989512
41
5.9
41
90
1
333
20
25
22
31
1.98
993280--993324
13
3.5
13
90
0
63
42
17
8
31
1.80
993280--993350
26
2.7
27
73
4
65
39
19
7
33
1.79
993287--993327
13
3.2
13
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0
64
36
14
7
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1.74
993639--993665
14
1.9
14
100
0
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25
0
0
74
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2.0
21
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12
63
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0
0
65
0.93
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14
2.1
14
93
0
51
13
16
10
60
1.59
999434--999474
12
3.4
12
93
0
64
78
0
17
4
0.93
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21
2.7
22
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20
56
73
1
20
5
1.11
999459--999507
12
3.8
12
82
12
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2
28
0
1.00
1000208--1000249
20
2.0
21
90
4
68
33
28
16
21
1.95
1001384--1001423
17
2.2
19
86
8
57
27
2
7
62
1.35
1001413--1001787
3
126.3
3
68
16
131
26
6
4
61
1.40
1001564--1001623
23
2.7
23
80
7
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30
5
5
60
1.40
1001821--1001910
27
3.3
26
72
17
69
32
5
4
57
1.42
1002148--1002199
25
2.0
27
85
7
72
28
1
1
67
1.12
1004711--1004758
17
2.8
16
78
12
51
37
0
16
45
1.48
1006094--1006133
14
2.9
14
81
11
55
35
5
0
60
1.19
1006093--1006145
14
3.8
13
78
9
52
39
3
0
56
1.17
1006196--1006281
43
2.0
43
100
0
172
39
23
2
34
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1008316--1008349
16
2.1
16
100
0
68
29
5
41
23
1.78
1013193--1013266
26
2.9
25
72
7
69
54
1
1
43
1.17
1014559--1014682
42
3.0
41
77
13
128
17
35
25
21
1.95
1018463--1018494
15
2.1
15
100
0
64
34
18
9
37
1.83
1023919--1023952
15
2.2
16
90
10
54
52
14
0
32
1.42
1025166--1025261
50
2.0
48
91
4
156
40
3
3
53
1.33
1031033--1031076
5
8.8
5
97
0
61
20
11
20
47
1.80
1035837--1035888
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2.6
19
74
17
52
50
3
34
11
1.57
1036469--1036513
22
2.0
22
91
0
72
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4
0
42
1.21
1050532--1050610
35
2.3
35
95
4
144
26
24
22
26
2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          305   306   307   308   309   310