genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70488616--70488723	35	3.1	34	72	10	83	22	17	24	36	1.95
70498101--70498236	18	7.6	18	79	0	137	38	11	15	34	1.83
70498101--70498248	36	4.1	36	80	0	170	38	11	14	35	1.83
70498101--70498258	18	8.8	18	79	0	129	38	12	15	34	1.84
70498101--70498243	54	2.6	54	87	0	205	38	11	15	34	1.83
70498411--70498464	28	1.9	28	88	0	81	38	3	18	38	1.69
70505582--70505615	17	2.0	17	100	0	68	41	23	5	29	1.78
70505818--70505966	42	3.5	43	76	9	135	29	26	18	26	1.98
70505810--70505930	43	2.8	43	82	5	156	28	25	19	26	1.99
70507686--70507713	8	3.5	8	100	0	56	28	10	14	46	1.78
70510918--70511567	27	24.0	27	72	8	196	35	20	9	34	1.84
70511454--70511584	54	2.4	53	81	7	131	38	19	9	32	1.83
70511573--70511627	27	2.0	27	82	6	67	50	21	12	14	1.76
70512492--70512561	25	2.8	24	93	4	113	24	25	24	25	2.00
70512707--70512798	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
70516602--70516674	36	2.0	36	100	0	146	47	5	27	19	1.71
70525157--70525450	50	5.8	50	82	2	329	25	17	25	31	1.97
70525203--70525439	101	2.4	100	85	0	321	25	16	26	31	1.97
70525203--70525485	151	1.9	151	86	0	404	26	16	26	30	1.97
70528448--70528496	25	2.0	25	83	0	62	36	20	12	30	1.89
70528527--70528582	11	5.6	10	75	12	53	37	10	17	33	1.85
70528545--70528582	20	1.9	20	94	0	67	39	10	18	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70528628--70528696	25	2.8	25	95	2	122	26	27	21	24	1.99
70530387--70530564	40	4.5	39	85	4	198	26	20	27	25	1.99
70530393--70530564	80	2.2	79	85	3	229	25	21	27	25	1.99
70530420--70530597	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
70531886--70531997	54	2.1	54	93	0	188	25	29	33	11	1.91
70532666--70532719	20	2.7	20	94	0	90	18	22	3	55	1.58
70538793--70538866	20	3.7	20	81	0	94	20	21	6	51	1.70
70549046--70549124	42	1.9	42	85	10	110	16	35	22	25	1.95
70569106--70569137	16	2.0	16	100	0	64	37	0	37	25	1.56
70570281--70570340	27	2.2	27	88	5	86	40	18	23	18	1.92
70578786--70578831	24	2.0	23	86	4	65	8	19	15	56	1.65
70578795--70578838	16	2.8	16	86	3	54	6	18	15	59	1.58
70585981--70586016	17	2.1	17	94	0	63	41	13	5	38	1.68
70596804--70596869	24	2.7	24	97	2	123	30	50	3	16	1.61
70605881--70605922	19	2.2	19	87	8	59	66	2	2	28	1.16
70625713--70625770	23	2.6	22	78	5	71	37	15	18	27	1.92
70628316--70628400	45	1.9	44	85	2	116	28	14	21	36	1.92
70630559--70630600	21	2.0	21	90	4	68	21	11	4	61	1.48
70634545--70634806	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
70639763--70639947	40	4.7	40	79	10	193	24	27	22	25	2.00
70639763--70639947	79	2.3	81	80	8	209	24	27	22	25	2.00
70641078--70641290	56	3.8	56	98	0	408	23	21	8	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70660240--70660473	57	4.1	57	97	0	427	23	22	8	45	1.80
70660240--70660472	113	2.1	113	95	1	423	23	22	9	45	1.81
70664268--70664820	184	3.0	184	97	0	1034	32	17	15	35	1.91
70677670--70677729	29	2.1	29	100	0	120	23	20	23	33	1.97
70687474--70687528	27	2.0	27	100	0	110	45	7	29	18	1.76
70687647--70688725	301	3.6	301	95	0	1816	36	9	19	34	1.85
70688822--70688846	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
70689913--70690088	52	3.5	50	84	7	205	27	15	29	26	1.96
70691018--70691043	10	2.6	10	100	0	52	23	15	42	19	1.89
70700628--70700715	16	5.4	16	72	17	65	57	1	3	37	1.23
70701306--70701345	20	2.0	21	85	5	55	27	0	7	65	1.20
70708297--70708330	17	2.0	17	88	0	50	41	11	11	35	1.78
70721740--70721791	26	2.0	26	100	0	104	26	26	11	34	1.91
70726131--70726272	24	5.9	24	99	0	275	25	21	27	26	1.99
70726324--70726388	20	3.2	20	93	0	112	32	21	12	33	1.90
70726324--70726377	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
70731925--70732089	35	4.7	35	83	1	206	32	12	23	31	1.92
70734436--70734516	40	2.1	38	86	8	112	40	17	16	25	1.89
70737236--70737303	16	4.2	16	90	0	109	26	2	33	36	1.72
70737539--70737573	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
70737433--70737741	157	2.0	156	96	0	573	44	2	4	47	1.39
70737676--70737717	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70737685--70737723	15	2.7	15	88	7	55	53	0	0	46	1.00
70737794--70737845	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
70737674--70737969	120	2.5	121	92	5	496	50	5	2	42	1.37
70737930--70737968	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24
70737935--70737968	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
70742017--70742047	16	1.9	16	93	0	53	32	6	6	54	1.51
70742152--70742184	17	1.9	17	93	0	57	27	6	9	57	1.53
70742505--70742547	12	3.7	12	78	6	52	25	2	4	67	1.22
70742505--70742553	23	2.1	23	96	0	89	24	4	6	65	1.33
70743960--70744009	24	2.1	24	100	0	100	36	16	12	36	1.85
70746698--70747084	131	2.9	128	83	4	427	26	18	18	36	1.94
70755701--70755821	64	1.9	64	82	0	152	30	19	16	33	1.94
70759222--70759607	131	2.9	130	83	3	443	26	17	18	36	1.94
70763237--70763597	179	2.0	179	98	0	704	31	25	13	29	1.93
70769383--70769426	22	2.0	21	83	12	54	25	15	20	38	1.92
70773344--70773472	48	2.7	47	89	3	195	27	32	17	22	1.97
70777045--70777074	15	2.0	15	93	0	51	40	36	0	23	1.55
70784992--70785026	18	1.9	18	94	0	61	0	37	0	62	0.95
70785761--70785832	22	3.3	21	79	9	72	44	1	4	50	1.30
70785761--70785884	21	6.1	21	72	19	93	41	0	4	54	1.25
70785799--70785867	36	1.9	36	88	2	104	37	1	1	59	1.15
70785939--70785998	10	6.4	9	73	19	52	36	0	1	61	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70786048--70786136	30	2.9	29	75	18	74	41	2	2	53	1.25
70787510--70787554	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
70787599--70787632	12	2.8	12	86	0	50	76	0	23	0	0.79
70789747--70789805	30	1.9	30	86	3	82	28	23	0	47	1.52
70789747--70789815	30	2.3	31	82	7	79	28	21	2	46	1.66
70790016--70790054	18	2.1	19	85	4	53	46	0	23	30	1.53
70791535--70791584	19	2.4	23	68	28	56	40	0	4	56	1.18
70792173--70792198	12	2.2	12	100	0	52	65	0	0	34	0.93
70795598--70795639	22	1.9	22	90	0	66	14	7	11	66	1.43
70795999--70796098	30	3.3	30	83	6	105	29	20	24	27	1.99
70799041--70799092	21	2.5	21	84	6	70	53	0	0	46	1.00
70799054--70799127	21	3.9	21	67	26	65	58	0	0	41	0.98
70799084--70799141	22	2.6	22	86	8	73	55	3	1	39	1.27
70800950--70801043	27	3.5	26	85	7	125	37	22	23	17	1.94
70807440--70807523	26	3.2	26	94	0	141	35	23	4	35	1.76
70808486--70808534	11	4.6	11	80	10	57	8	14	6	71	1.29
70808485--70808534	20	2.4	21	83	10	66	8	14	6	72	1.27
70808495--70808537	19	2.2	20	83	4	52	6	11	9	72	1.29
70825681--70825720	19	2.1	19	85	4	53	37	2	5	55	1.35
70826413--70826450	5	7.8	5	83	16	53	42	0	0	57	0.98
70829489--70829525	12	3.1	13	81	18	53	43	0	0	56	0.99
70840435--70840498	22	2.8	22	90	7	92	46	10	3	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70842165--70842211	19	2.5	19	77	16	62	46	0	0	53	1.00
70842900--70842995	10	9.9	10	69	18	60	33	3	2	61	1.23
70842894--70842986	9	9.9	9	71	21	66	33	3	2	61	1.24
70842935--70842986	19	2.9	17	81	13	52	32	1	1	63	1.16
70843058--70843091	10	3.5	10	96	4	61	44	0	5	50	1.26
70847945--70847989	23	2.0	23	95	0	81	46	20	0	33	1.51
70847947--70848000	13	4.4	13	81	13	69	48	16	0	35	1.47
70848561--70848587	14	1.9	14	100	0	54	18	0	0	81	0.69
70854955--70855082	55	2.3	55	81	2	141	23	27	30	18	1.98
70859569--70859749	96	1.9	96	87	0	263	37	17	32	13	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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