genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28596232--28596292	28	2.2	28	85	5	88	39	22	0	37	1.55
28603959--28603983	13	1.9	13	100	0	50	32	28	40	0	1.57
28604583--28604730	74	2.0	74	100	0	296	22	25	13	37	1.91
28604855--28604906	25	2.1	25	100	0	104	53	7	19	19	1.68
28623107--28626111	47	63.6	47	99	0	5767	29	29	8	32	1.87
28630165--28630596	40	10.8	40	97	0	783	24	29	22	23	1.99
28631811--28631889	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
28632008--28632691	47	14.6	47	98	0	1287	29	29	8	32	1.87
28635824--28635862	6	6.5	6	87	0	60	15	5	0	79	0.90
28635830--28635870	18	2.3	19	79	12	50	14	7	0	78	0.96
28656224--28656254	16	1.9	16	93	0	53	19	32	22	25	1.97
28657580--28657630	26	2.0	26	96	0	93	17	23	21	37	1.94
28660940--28660970	16	1.9	16	93	0	53	19	32	22	25	1.97
28664519--28664570	2	26.0	2	96	0	95	50	48	0	1	1.12
28666859--28666897	19	2.1	19	100	0	78	30	25	15	28	1.96
28667968--28668010	22	2.0	22	85	0	59	18	0	6	74	1.04
28667978--28668027	22	2.3	23	79	10	59	22	0	8	70	1.13
28668351--28668401	25	2.0	25	100	0	102	60	15	3	19	1.50
28669264--28669307	22	2.0	22	100	0	88	40	18	0	40	1.50
28669980--28670017	20	1.9	20	94	0	67	47	28	5	18	1.70
28671792--28671830	20	2.0	20	94	0	69	84	0	15	0	0.62
28671792--28671830	12	3.2	12	85	3	51	84	0	15	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28671911--28671943	7	4.6	7	96	3	57	0	69	0	30	0.88
28671909--28671943	14	2.4	15	90	9	63	0	68	0	31	0.90
28672354--28672386	3	11.0	3	93	0	57	33	0	3	63	1.10
28672382--28672410	14	2.0	15	93	6	51	27	0	10	62	1.28
28672516--28672563	26	1.9	26	87	8	73	35	2	2	60	1.20
28672542--28672579	18	2.1	18	90	9	60	31	0	0	68	0.90
28672543--28672579	17	2.2	16	90	9	56	29	0	0	70	0.88
28672480--28672685	24	8.8	24	69	24	93	35	3	3	57	1.32
28672567--28672674	23	4.7	22	72	20	78	35	4	2	57	1.34
28672555--28672685	47	2.8	47	82	13	153	35	3	2	58	1.29
28672748--28673232	23	21.4	22	64	23	90	34	5	5	54	1.48
28672761--28672843	24	3.5	22	78	15	78	34	2	4	57	1.33
28672973--28673029	24	2.4	24	82	8	71	40	7	3	49	1.47
28672989--28673035	24	2.0	24	83	8	60	40	8	2	48	1.45
28673165--28673208	21	2.1	21	87	4	63	34	9	6	50	1.61
28681524--28681572	24	2.0	24	84	8	62	26	14	24	34	1.94
28685515--28685655	72	2.0	72	98	0	273	27	21	17	33	1.96
28688099--28688452	78	4.6	75	87	6	448	28	16	20	34	1.95
28688099--28688452	154	2.3	151	85	8	450	28	16	20	34	1.95
28688467--28688516	14	3.6	14	73	13	50	26	8	4	62	1.41
28688388--28688663	102	2.7	103	86	5	360	27	14	18	39	1.90
28688570--28688601	14	2.3	14	100	0	64	25	12	6	56	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28688612--28688842	79	3.1	74	83	7	270	27	17	22	32	1.97
28688238--28689558	344	3.8	343	87	6	1668	26	16	19	37	1.93
28688913--28688961	13	3.6	14	83	10	66	24	10	6	59	1.53
28688826--28689016	101	1.9	100	84	4	258	28	14	17	39	1.89
28688940--28689529	88	7.0	80	76	15	448	26	16	20	36	1.94
28689093--28689122	15	2.0	15	100	0	60	13	13	6	66	1.43
28689095--28689128	15	2.3	15	90	5	52	17	17	5	58	1.57
28689183--28689213	13	2.4	13	94	0	53	16	6	6	70	1.29
28689018--28689544	88	6.1	87	83	9	659	26	16	19	36	1.93
28689035--28689713	256	2.5	260	84	12	806	26	16	20	35	1.94
28689527--28689575	13	3.6	14	78	10	57	24	10	4	61	1.45
28688940--28689639	344	2.0	332	82	11	890	27	16	19	37	1.93
28689439--28689634	102	1.9	102	88	3	297	26	15	17	39	1.90
28689362--28689713	189	1.8	192	86	6	511	26	17	19	36	1.94
28689754--28689804	21	2.4	21	77	9	59	25	9	33	31	1.88
28691358--28691406	3	16.3	3	83	8	64	30	0	4	65	1.11
28691359--28691418	18	3.2	19	83	9	70	33	0	5	61	1.17
28691501--28691562	27	2.3	27	83	8	83	33	3	4	58	1.36
28691548--28691581	15	2.2	16	94	5	61	32	0	0	67	0.91
28691484--28691650	24	7.3	24	70	21	101	34	2	4	58	1.33
28691484--28691640	23	6.9	22	70	21	92	34	2	4	58	1.32
28691575--28691687	22	4.8	23	75	22	92	35	5	3	55	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28691750--28691847	22	4.3	22	75	18	78	33	3	5	58	1.36
28691971--28692036	24	2.8	24	81	6	80	39	6	4	50	1.48
28692045--28692148	45	2.3	45	75	18	108	32	5	4	56	1.44
28692160--28692203	21	2.1	21	87	4	63	34	9	6	50	1.61
28702716--28702800	6	14.0	6	84	7	100	77	1	3	17	0.97
28704386--28704435	7	7.0	7	80	13	57	70	2	4	24	1.15
28705323--28705533	93	2.3	94	92	0	361	21	27	28	22	1.99
28717363--28717417	29	1.9	29	92	3	94	32	29	18	20	1.96
28718393--28718450	29	2.0	29	86	3	80	18	46	0	34	1.50
28718765--28718822	29	2.0	29	86	3	80	18	46	0	34	1.50
28718351--28719102	372	2.0	372	99	0	1495	25	37	0	37	1.56
28719678--28719704	5	5.4	5	100	0	54	22	18	18	40	1.91
28719907--28719935	13	2.1	14	93	6	51	34	20	3	41	1.69
28721708--28721751	10	4.5	10	85	5	54	54	0	0	45	0.99
28721784--28721808	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
28722634--28722678	22	2.0	22	95	0	81	17	0	24	57	1.40
28724332--28724368	19	1.9	19	94	0	65	32	27	8	32	1.86
28724913--28724956	20	2.2	20	87	4	61	43	2	34	20	1.64
28726912--28726976	33	2.0	33	93	0	112	32	32	7	27	1.85
28734315--28734437	63	2.0	63	95	0	219	30	22	13	33	1.92
28740869--28741032	40	4.1	39	79	9	154	25	27	22	25	2.00
28749064--28749179	58	2.0	58	98	0	223	31	6	26	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28751877--28752309	220	2.0	220	100	0	866	27	22	18	32	1.97
28752277--28752368	39	2.3	40	86	1	132	22	28	23	25	2.00
28752277--28752421	40	3.7	39	80	8	159	24	27	22	25	2.00
28752353--28752430	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
28758506--28758539	13	2.5	13	90	9	50	35	2	14	47	1.60
28759454--28759728	138	2.0	138	100	0	550	29	12	23	35	1.91
28759691--28759856	40	4.2	40	85	2	210	25	22	26	25	2.00
28759691--28759856	80	2.1	79	88	1	242	25	22	26	25	2.00
28763864--28763898	18	2.0	18	88	5	54	51	5	11	31	1.61
28777433--28777616	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
28777433--28777613	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
28785352--28785561	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
28785299--28785561	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
28785300--28785596	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
28789626--28789745	42	2.8	42	80	9	129	28	15	23	33	1.94
28797306--28797384	41	1.9	42	84	7	108	21	31	22	24	1.98
28798135--28798186	6	8.7	6	86	0	68	48	11	17	23	1.79
28804116--28804220	53	2.0	53	98	0	201	21	6	9	61	1.49
28806418--28806633	108	2.0	108	100	0	432	34	16	25	23	1.95
28808604--28808643	19	2.1	19	86	9	55	25	20	12	42	1.86
28817202--28817471	88	3.1	87	68	10	242	31	21	22	24	1.98
28817035--28818009	176	5.5	176	81	4	1054	31	18	23	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28825129--28825160	16	2.0	16	100	0	64	0	18	0	81	0.70
28825130--28825177	21	2.2	21	85	3	60	2	20	2	75	1.02
28834162--28834227	28	2.4	28	89	0	96	19	16	33	30	1.94
28834162--28834227	15	4.8	13	75	14	60	19	16	33	30	1.94
28835647--28835743	42	2.3	42	89	0	149	30	16	22	29	1.96
28843013--28843043	16	1.9	16	93	0	53	29	6	3	61	1.37
28847187--28847214	12	2.3	12	100	0	56	57	14	7	21	1.61
28848185--28848218	16	2.2	16	89	5	52	35	17	17	29	1.93
28849318--28849349	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
28857937--28858004	33	2.1	33	97	0	127	27	5	19	47	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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