genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22957842--22957904	30	2.2	28	82	5	72	39	7	19	33	1.80
22972935--22973050	43	2.7	42	77	2	133	32	17	22	27	1.96
22976605--22976643	21	1.9	21	89	5	62	25	30	33	10	1.89
22977793--22978052	46	5.6	47	77	11	218	24	28	18	28	1.98
22977889--22978058	94	1.8	92	87	7	254	24	29	18	27	1.98
22980979--22981121	27	5.4	25	74	9	88	31	10	18	39	1.85
22983196--22983287	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
22983423--22983480	25	2.4	24	83	11	73	29	22	18	29	1.98
22984435--22984542	27	3.9	27	76	15	96	32	7	18	41	1.78
22984523--22984596	27	2.7	28	87	4	98	22	6	24	45	1.76
22984497--22984610	27	4.2	26	79	9	97	25	6	24	43	1.77
22984589--22984934	27	12.8	27	87	1	433	40	7	23	29	1.82
22984912--22985086	27	6.5	26	77	6	154	31	9	20	38	1.85
22984912--22985109	54	3.7	53	81	5	188	30	9	20	39	1.84
22984626--22985028	81	5.0	81	82	2	319	37	7	22	31	1.83
22984911--22985109	80	2.5	81	81	2	222	30	10	20	39	1.85
22984940--22985118	27	6.6	27	72	9	96	32	10	18	38	1.85
22987939--22987977	21	1.9	21	89	5	62	25	30	33	10	1.89
22989065--22989186	48	2.5	49	84	4	140	28	27	15	27	1.96
22989163--22989370	46	4.5	46	80	8	219	23	30	18	27	1.98
22989013--22989333	46	6.8	48	76	11	247	24	29	18	27	1.98
22989163--22989570	97	4.3	90	86	7	272	27	28	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22989357--22989518	51	3.3	50	63	18	131	33	25	14	25	1.94
22989310--22989600	97	3.0	97	98	0	564	32	26	16	25	1.96
22989407--22989564	46	3.3	47	63	18	119	29	25	17	27	1.97
22992166--22992301	29	4.7	29	77	3	130	37	22	13	27	1.91
22992166--22992301	58	2.3	58	77	6	150	37	22	13	27	1.91
23007452--23007492	6	6.8	6	94	0	64	70	2	0	26	0.99
23010324--23010367	19	2.3	19	84	7	54	27	22	15	34	1.95
23018020--23018190	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
23018015--23018187	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
23018610--23018669	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
23025206--23025380	46	3.8	46	95	1	298	29	28	20	21	1.98
23027747--23027784	20	2.1	18	85	14	51	31	0	13	55	1.38
23032798--23032858	30	2.0	30	87	0	86	29	24	4	40	1.76
23037799--23037910	27	4.2	26	84	7	134	34	24	25	16	1.95
23037799--23037910	54	2.1	54	86	3	154	34	24	25	16	1.95
23041522--23041704	92	2.0	92	97	0	348	33	19	10	36	1.87
23046735--23046800	27	2.4	27	84	0	78	25	18	16	39	1.91
23046800--23047024	27	8.4	27	85	5	244	31	9	19	40	1.83
23046800--23047024	54	4.2	54	85	3	276	31	9	19	40	1.83
23046805--23047024	81	2.7	81	85	1	291	31	9	19	40	1.82
23052523--23052572	20	2.5	21	84	15	70	54	0	22	24	1.45
23066105--23066154	3	16.7	3	87	0	64	62	0	6	32	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23066109--23066149	21	2.0	21	95	0	73	60	0	7	31	1.24
23066825--23066854	14	2.2	13	94	5	51	80	0	13	6	0.91
23067537--23067676	46	2.8	51	72	14	139	32	21	12	33	1.90
23067536--23067686	51	3.1	50	68	19	127	31	21	11	35	1.89
23067519--23067815	97	3.1	96	80	6	305	30	23	15	30	1.95
23067639--23067861	45	4.8	45	73	9	162	29	25	16	28	1.97
23067685--23068149	143	3.3	142	86	2	621	27	23	20	29	1.99
23068019--23068149	44	3.0	44	78	1	136	25	21	22	31	1.98
23070937--23071114	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23070958--23071113	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
23079124--23079300	27	6.5	27	78	6	144	29	28	15	25	1.96
23084275--23084374	42	2.4	42	81	10	123	34	26	17	23	1.96
23084260--23084378	43	2.8	44	76	14	131	34	27	15	21	1.94
23084260--23084413	43	3.6	42	75	15	120	33	26	17	22	1.96
23103037--23103098	33	1.9	32	86	3	88	48	19	3	29	1.64
23112596--23113304	354	2.0	354	100	0	1418	29	19	23	26	1.98
23114835--23114893	12	5.0	12	71	8	50	44	3	1	50	1.28
23114908--23114940	13	2.5	13	90	0	57	81	0	12	6	0.85
23115487--23115534	23	2.1	23	84	0	60	20	29	18	31	1.97
23123793--23123866	37	2.0	37	91	0	121	63	8	6	21	1.45
23124696--23124734	18	2.1	18	85	9	51	41	7	5	46	1.55
23124797--23124865	5	13.8	5	98	0	129	42	0	17	40	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23134913--23134972	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
23135619--23135864	49	4.9	50	83	2	316	25	18	27	28	1.98
23135724--23135807	28	3.2	27	65	25	72	23	15	29	30	1.95
23139760--23139787	14	2.0	14	100	0	56	28	7	21	42	1.79
23141999--23142108	6	18.3	6	89	2	150	48	16	3	31	1.63
23145147--23145319	46	3.8	46	91	0	265	23	26	19	30	1.98
23146655--23146706	18	2.9	18	80	13	63	21	34	0	44	1.52
23159686--23159759	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
23168167--23168213	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
23172804--23173093	41	7.1	41	88	5	308	37	23	21	18	1.94
23172834--23173093	82	3.2	81	90	3	380	36	23	21	17	1.94
23172833--23173093	123	2.1	121	88	4	373	37	23	21	17	1.94
23173255--23173303	21	2.3	21	75	0	53	20	4	28	46	1.68
23173328--23173520	21	8.7	21	67	20	63	22	0	37	38	1.59
23173392--23173520	7	18.1	7	71	10	75	20	0	41	37	1.53
23174799--23174829	15	2.1	15	100	0	62	6	29	12	51	1.65
23176015--23176064	12	4.2	12	73	14	50	34	0	24	42	1.55
23176023--23176068	23	2.0	23	87	8	67	30	0	23	45	1.53
23176446--23176891	23	19.4	23	77	9	378	33	6	23	36	1.80
23176456--23176891	46	9.5	45	82	5	446	33	6	23	36	1.80
23176462--23176889	92	4.7	92	85	6	510	33	6	23	36	1.81
23176884--23176926	13	3.2	13	74	6	50	27	2	30	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23176871--23176926	27	2.1	27	100	0	112	28	3	28	39	1.73
23176871--23176916	14	3.4	14	75	6	58	32	4	26	36	1.76
23178534--23178580	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
23178904--23178928	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
23180367--23180400	12	2.8	12	95	0	59	41	20	8	29	1.82
23181943--23182004	21	3.0	21	81	6	74	8	16	0	75	1.02
23182227--23182278	27	1.9	27	85	14	72	65	1	30	1	1.14
23184468--23184616	40	3.7	40	88	3	228	23	26	23	26	2.00
23201901--23201981	42	1.9	42	94	0	144	38	14	18	28	1.90
23205154--23205201	23	2.1	23	84	0	60	45	0	8	45	1.33
23208045--23208084	21	1.9	21	90	10	64	17	15	10	57	1.64
23210975--23211007	16	1.9	18	88	11	52	36	0	9	54	1.32
23212303--23212341	18	2.2	18	100	0	78	30	23	0	46	1.53
23212637--23212669	18	1.9	17	88	11	50	27	21	12	39	1.88
23215928--23215975	25	2.0	24	92	8	80	39	22	4	33	1.74
23232501--23232607	37	2.9	37	84	0	124	38	14	16	30	1.88
23235136--23235236	44	2.3	44	81	6	118	33	22	18	24	1.97
23235086--23235230	43	3.4	43	77	13	122	31	22	19	26	1.98
23243756--23243932	27	6.5	27	80	3	167	26	15	29	28	1.96
23243756--23243911	82	1.9	81	85	3	215	26	16	29	27	1.96
23250214--23250422	46	4.5	46	79	12	198	24	30	18	26	1.98
23250160--23250422	94	2.8	91	75	14	241	25	30	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23251706--23251841	52	2.7	49	82	7	130	41	13	14	30	1.85
23251723--23251841	50	2.3	52	91	2	188	37	14	15	31	1.88
23254136--23254179	22	2.0	22	90	0	70	40	0	4	54	1.21
23258433--23258494	30	2.1	30	82	11	74	51	0	17	30	1.46
23264743--23264829	31	2.9	30	91	3	147	54	2	9	34	1.45
23267003--23267132	25	5.0	26	69	19	74	43	2	1	52	1.23
23267060--23267175	57	2.1	56	80	9	130	41	1	4	52	1.31
23271712--23271832	40	3.0	40	83	4	136	37	23	22	17	1.94
23272193--23272248	7	7.7	7	80	4	58	19	1	35	42	1.62
23288295--23288352	29	2.0	29	100	0	116	34	24	13	27	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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