genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16201303--16201336	13	2.5	14	90	4	52	67	5	0	26	1.13
16208893--16209198	168	1.8	166	85	4	436	34	16	15	33	1.90
16215083--16215163	41	2.0	41	100	0	162	44	2	2	50	1.28
16215175--16215223	21	2.3	21	86	6	64	44	4	2	48	1.33
16218517--16218559	18	2.4	18	88	7	61	65	0	0	34	0.93
16224693--16224733	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
16231998--16232051	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
16232209--16232338	25	5.5	23	73	10	86	35	6	3	55	1.40
16232274--16232349	25	3.0	25	79	9	91	38	6	2	52	1.41
16232361--16232468	22	4.9	22	70	15	71	30	5	6	57	1.47
16232367--16232453	24	3.5	24	77	12	70	31	4	6	57	1.45
16232333--16232453	48	2.5	49	81	8	122	31	4	5	57	1.43
16232410--16232468	23	2.8	20	73	24	59	32	5	6	55	1.48
16232422--16232470	23	2.1	23	85	7	64	30	4	6	59	1.41
16236364--16236391	14	2.0	14	100	0	56	28	0	14	57	1.38
16239873--16240692	158	5.4	155	84	7	838	26	16	21	34	1.95
16239978--16240721	73	9.9	73	83	8	804	26	17	22	33	1.96
16239886--16240727	295	2.8	304	83	7	948	26	17	21	34	1.95
16240799--16240831	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
16240696--16241177	91	5.3	91	80	7	491	27	17	17	37	1.92
16240982--16241014	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
16240655--16241222	91	6.4	86	77	11	400	28	16	18	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16241858--16241956	30	3.3	30	92	0	171	26	49	6	18	1.70
16241898--16241951	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
16242531--16242565	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
16248937--16249064	43	3.0	43	83	10	156	27	13	26	32	1.93
16263845--16263880	18	2.0	18	100	0	72	50	11	5	33	1.61
16264222--16264346	44	2.9	43	75	12	130	30	28	18	23	1.97
16274660--16274690	14	2.2	14	94	0	53	32	32	25	9	1.88
16274782--16274807	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
16282359--16282392	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
16286773--16286950	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
16286794--16286949	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
16306739--16306823	40	2.1	40	89	4	127	32	16	14	36	1.89
16306752--16306830	40	2.0	40	100	0	158	32	15	12	39	1.85
16316663--16316932	134	2.0	134	94	0	477	32	27	10	28	1.90
16317831--16317891	30	2.0	30	90	0	95	29	24	6	39	1.80
16318888--16318951	27	2.3	27	86	2	83	26	21	23	28	1.99
16334854--16334963	43	2.6	42	83	9	127	31	24	18	25	1.97
16337168--16337277	43	2.6	42	83	9	127	31	24	18	25	1.97
16343853--16343904	26	2.0	26	85	7	70	34	7	3	53	1.48
16354602--16354632	15	2.1	15	100	0	62	48	19	12	19	1.81
16356205--16356236	14	2.3	14	94	0	55	65	0	3	31	1.08
16366401--16366511	42	2.7	42	87	4	163	20	35	23	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16371560--16371628	31	2.2	31	97	0	129	39	7	21	31	1.81
16378369--16378400	15	2.1	15	94	0	55	21	3	6	68	1.26
16384217--16384378	40	4.1	39	83	7	159	25	25	19	29	1.99
16384250--16384434	40	4.7	40	83	5	205	25	27	21	25	2.00
16384256--16384434	79	2.2	80	81	7	204	24	27	21	26	1.99
16386718--16387007	40	7.3	40	88	0	402	25	30	21	23	1.99
16386718--16386995	80	3.5	80	94	0	459	25	30	20	23	1.98
16394110--16394372	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
16394110--16394372	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
16394304--16394381	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
16402099--16402442	40	8.6	40	92	1	530	28	27	20	23	1.99
16403949--16406670	663	4.1	666	90	1	4073	43	14	14	28	1.84
16408335--16408420	43	2.0	43	100	0	172	37	20	16	25	1.93
16408466--16408516	25	2.0	25	88	0	75	27	19	23	29	1.98
16416288--16416338	25	2.0	25	88	0	75	27	19	23	29	1.98
16419240--16419272	16	2.1	16	94	0	57	75	0	3	21	0.93
16419338--16419370	17	1.9	17	93	0	57	72	0	0	27	0.85
16422060--16422092	12	2.8	12	100	0	66	48	27	0	24	1.51
16426634--16426664	16	1.9	16	93	0	53	74	3	0	22	0.96
16431658--16431891	118	2.0	118	93	5	402	32	13	12	41	1.82
16444217--16444354	40	3.5	40	91	3	208	23	26	27	22	2.00
16458695--16458732	16	2.4	16	86	8	51	73	2	5	18	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16477883--16477915	6	5.5	6	92	0	57	57	0	27	15	1.38
16486090--16486687	69	8.7	69	88	1	860	42	19	11	26	1.85
16486268--16486444	35	5.1	35	60	20	84	40	23	11	24	1.87
16486090--16486687	275	2.2	276	87	1	878	42	19	11	26	1.85
16486683--16486745	32	2.0	32	90	0	99	26	17	15	39	1.90
16487239--16487275	19	2.0	19	94	5	67	35	21	5	37	1.77
16496522--16496570	24	2.0	24	92	7	82	51	16	8	24	1.71
16500325--16500361	15	2.3	17	90	9	60	70	0	24	5	1.08
16509718--16509756	16	2.4	16	86	0	51	10	12	20	56	1.65
16513194--16513336	28	5.0	28	72	13	103	25	30	17	27	1.97
16513217--16513339	29	4.3	29	78	3	115	26	30	15	27	1.96
16513552--16513594	16	2.7	16	85	0	68	11	13	16	58	1.64
16520880--16521052	94	1.9	92	84	9	235	27	20	30	22	1.98
16523377--16523454	27	2.9	26	79	9	93	15	23	20	41	1.90
16532470--16532544	27	2.8	26	82	9	87	16	22	20	41	1.90
16538477--16538545	24	2.9	24	93	0	111	36	1	36	26	1.66
16539961--16540072	27	4.1	26	84	8	134	16	22	23	37	1.94
16541140--16541185	15	3.1	15	84	6	58	19	8	0	71	1.11
16541139--16541228	16	5.4	16	76	17	85	22	6	0	71	1.09
16541187--16541226	19	2.1	19	95	0	71	27	5	0	67	1.11
16541187--16541248	31	2.0	32	87	3	90	24	6	0	69	1.12
16544793--16544837	23	2.0	21	91	8	72	28	0	6	64	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16544798--16544862	34	1.9	34	84	6	87	32	3	4	60	1.33
16547545--16547601	23	2.5	23	97	0	105	36	1	8	52	1.43
16551252--16551291	21	2.0	20	85	14	55	25	20	32	22	1.98
16552516--16552648	49	2.7	49	80	4	153	23	27	19	30	1.98
16552573--16552783	46	4.5	46	72	9	124	25	27	18	28	1.98
16557906--16557961	24	2.4	23	81	3	67	28	3	3	64	1.27
16570115--16570156	22	1.9	22	100	0	84	45	26	4	23	1.73
16585924--16585961	17	2.1	19	90	9	62	0	23	0	76	0.79
16597668--16597721	26	2.0	27	89	3	83	46	22	20	11	1.82
16598401--16598436	17	2.1	17	89	0	54	63	2	0	33	1.08
16599945--16599996	26	2.0	26	100	0	104	46	3	15	34	1.64
16600954--16600987	15	2.2	16	89	5	52	85	0	11	2	0.71
16601536--16601754	74	3.0	73	89	2	327	48	15	13	22	1.79
16603768--16603843	11	6.8	11	70	24	52	55	2	2	39	1.28
16607892--16607966	11	6.7	11	68	24	50	53	2	1	42	1.23
16611626--16611672	24	1.9	24	86	4	67	51	0	10	38	1.37
16617558--16617626	36	1.9	36	93	0	120	26	10	18	44	1.81
16624735--16624790	29	2.0	28	89	10	87	23	21	37	17	1.94
16630729--16630910	40	4.6	40	95	2	314	23	23	27	25	2.00
16632451--16632582	49	2.6	51	85	2	178	29	24	19	26	1.98
16632906--16632965	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
16641804--16642355	272	2.0	272	88	0	827	31	16	15	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16642561--16642606	20	2.4	19	85	7	58	23	15	2	58	1.48
16642595--16642702	51	2.1	51	81	5	128	28	19	8	43	1.80
16646032--16646230	92	2.2	93	94	0	346	36	22	15	26	1.93
16648981--16649143	46	3.5	48	79	8	142	31	20	25	23	1.98
16661968--16662126	5	31.8	5	100	0	318	40	0	0	59	0.97
16662156--16662211	20	2.8	19	73	7	58	66	1	28	3	1.19
16662384--16662554	78	2.2	78	100	0	342	42	0	19	38	1.51
16668802--16668898	27	3.7	26	80	15	103	38	20	22	18	1.94
16670328--16670378	24	2.1	24	92	0	84	23	39	1	35	1.66
16674050--16674075	6	4.3	6	100	0	52	15	53	15	15	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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