genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57597797--57597853	30	1.9	30	85	0	78	19	40	24	15	1.90
57604852--57604900	26	2.0	24	88	8	71	63	6	0	30	1.19
57614460--57614498	14	3.0	13	82	10	53	17	12	7	61	1.54
57615038--57615099	27	2.3	27	94	0	106	29	17	16	37	1.92
57624450--57624497	21	2.3	21	88	0	69	16	25	16	41	1.89
57627679--57627749	31	2.4	31	88	4	110	39	19	14	26	1.90
57646554--57646657	41	2.6	41	84	1	129	31	21	19	27	1.97
57647564--57647618	6	9.2	6	76	7	58	1	21	0	76	0.88
57647566--57647628	12	5.1	12	82	9	74	1	23	0	74	0.90
57647591--57647654	17	3.4	18	75	14	58	3	17	3	76	1.04
57647563--57647668	37	2.7	40	80	19	114	2	19	1	75	1.02
57647563--57647668	12	9.0	12	73	19	57	2	19	1	75	1.02
57647619--57647662	22	2.0	23	86	4	63	4	15	4	75	1.14
57647568--57647669	17	6.5	16	72	11	52	2	18	1	76	1.01
57653142--57653184	21	2.0	21	82	13	52	30	2	9	58	1.42
57657514--57657545	14	2.3	14	94	0	55	31	46	18	3	1.65
57661779--57661810	14	2.3	14	94	0	55	31	46	18	3	1.65
57662317--57662391	18	4.2	17	74	19	64	73	10	5	10	1.24
57673779--57673857	39	2.0	39	95	0	140	43	12	12	31	1.80
57678693--57678756	30	2.2	28	81	10	74	34	7	12	45	1.71
57681526--57681587	32	1.9	32	90	6	99	62	3	12	20	1.43
57682303--57682341	19	2.1	19	85	0	51	53	5	0	41	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57691830--57691987	82	1.9	82	94	2	282	29	16	15	38	1.90
57700482--57700626	27	5.0	31	84	11	134	26	22	28	23	1.99
57700471--57700600	27	4.8	27	89	3	172	26	21	29	23	1.99
57707649--57707826	96	1.8	97	86	1	259	41	14	31	12	1.84
57710781--57710846	24	2.8	24	76	0	69	30	24	21	24	1.99
57712011--57712082	32	2.2	32	87	4	101	45	11	6	36	1.67
57717384--57717427	23	2.0	23	86	4	63	52	6	9	31	1.59
57718268--57718312	5	8.6	5	85	5	54	35	0	22	42	1.54
57718266--57718320	15	3.7	15	81	18	62	34	0	21	43	1.53
57718538--57718629	46	2.0	46	97	0	175	11	19	33	34	1.89
57720407--57720441	18	2.1	18	89	10	56	77	5	5	11	1.12
57720879--57720914	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
57724338--57724381	22	2.0	22	90	0	70	59	0	0	40	0.98
57724332--57724389	25	2.5	22	75	10	55	58	0	0	41	0.98
57724473--57724529	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
57728336--57728389	27	2.0	28	85	10	76	29	0	24	46	1.53
57730452--57730508	28	2.0	28	93	0	96	64	3	29	1	1.20
57734015--57734279	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
57734607--57734671	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
57734614--57734671	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
57737170--57737214	21	2.1	21	87	0	63	53	2	26	17	1.56
57745694--57745725	6	5.3	6	100	0	64	50	34	15	0	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57746257--57746290	3	11.3	3	93	0	59	35	32	32	0	1.58
57749844--57749892	18	2.7	19	84	6	57	42	32	24	0	1.55
57749842--57749892	9	5.7	9	75	9	50	45	31	23	0	1.53
57757712--57757758	19	2.4	20	82	7	60	12	4	34	48	1.61
57759059--57759108	26	1.9	26	87	0	73	38	20	22	20	1.94
57759081--57759190	43	2.6	43	94	1	186	39	17	20	22	1.93
57759378--57759489	36	3.1	36	89	7	176	37	10	16	35	1.83
57759378--57759482	17	5.8	19	86	10	166	37	11	15	36	1.83
57759378--57759505	17	6.7	22	84	12	80	36	10	15	37	1.81
57766280--57766336	14	3.7	15	80	17	64	85	0	12	1	0.66
57766280--57766336	5	9.8	6	78	16	50	85	0	12	1	0.66
57766280--57766335	18	3.2	18	80	12	64	85	0	12	1	0.67
57766296--57766337	7	5.6	7	84	15	57	85	0	14	0	0.59
57766280--57766330	17	3.1	16	89	10	77	86	0	11	1	0.66
57767305--57767472	44	3.8	44	92	0	273	30	16	27	26	1.96
57767438--57767910	87	5.4	87	91	1	759	25	15	26	32	1.95
57769255--57769371	61	1.9	61	87	3	173	42	2	4	50	1.35
57770251--57770276	12	2.2	12	100	0	52	38	0	7	53	1.30
57771241--57771272	3	10.3	3	93	6	55	68	0	31	0	0.90
57775324--57775385	2	31.0	2	100	0	124	50	50	0	0	1.00
57781407--57781456	26	1.9	26	91	0	82	42	10	22	26	1.84
57781654--57781718	20	3.5	19	77	8	71	38	1	0	60	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57781710--57781773	18	3.3	19	74	14	51	42	1	3	53	1.26
57786053--57786098	18	2.4	20	82	7	60	56	6	0	36	1.25
57792698--57792728	12	2.6	12	100	0	62	45	12	0	41	1.42
57804906--57804940	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
57810130--57810298	37	4.6	37	84	0	212	44	12	15	27	1.82
57810119--57810325	37	5.6	35	78	10	148	43	12	14	28	1.82
57810130--57810322	74	2.6	75	81	4	196	43	12	15	29	1.83
57832082--57832146	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
57832108--57832146	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
57832126--57832211	41	2.1	42	80	10	97	65	3	2	29	1.22
57843796--57843840	19	2.4	19	100	0	90	37	31	4	26	1.76
57857663--57857710	15	3.1	15	78	21	62	64	2	0	33	1.05
57857663--57857717	18	3.2	18	80	19	57	65	3	0	30	1.10
57861189--57861369	96	1.9	96	98	0	353	39	14	12	33	1.84
57861434--57861468	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
57864819--57864874	16	3.5	16	90	0	85	39	5	26	28	1.78
57864915--57864956	20	2.1	20	90	0	66	21	4	21	52	1.65
57865078--57865196	58	2.1	58	85	6	161	52	2	0	44	1.14
57867418--57867519	13	7.2	14	79	20	115	29	4	0	65	1.13
57867371--57867519	43	3.4	43	92	3	237	30	6	0	63	1.20
57867409--57867551	58	2.4	61	77	22	144	30	6	0	62	1.21
57867410--57867545	15	9.2	15	75	23	121	29	7	0	63	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57867647--57867696	3	17.3	3	75	8	50	36	6	0	58	1.23
57867797--57867853	23	2.7	20	70	17	51	28	10	0	61	1.29
57876233--57876321	31	2.9	31	67	18	76	44	11	3	40	1.57
57876422--57876463	20	2.1	20	95	0	75	26	19	23	30	1.98
57877999--57878029	4	7.8	4	92	0	53	74	0	3	22	0.96
57879759--57879860	44	2.3	44	81	3	116	27	23	16	32	1.96
57882428--57882481	19	2.8	20	83	5	67	44	7	18	29	1.77
57884033--57884191	47	3.2	47	84	7	192	25	13	27	33	1.94
57884106--57884207	47	2.2	46	89	1	150	28	14	25	31	1.95
57889197--57889302	24	4.6	22	76	16	99	36	18	19	24	1.94
57889198--57889301	23	4.5	23	74	12	79	37	19	19	24	1.94
57893370--57893477	26	4.2	26	95	0	198	31	6	25	36	1.82
57898938--57899061	46	2.7	46	79	14	130	36	18	20	25	1.95
57898947--57899061	23	5.0	22	74	14	99	36	19	20	24	1.95
57900900--57900951	25	2.1	25	100	0	104	42	15	3	38	1.65
57900899--57900957	25	2.4	24	91	5	100	42	15	5	37	1.69
57902123--57902280	60	2.6	57	79	14	142	56	3	10	29	1.49
57903542--57903595	27	2.0	27	81	0	63	46	12	7	33	1.70
57904167--57904196	16	1.9	15	93	6	51	76	0	6	16	0.99
57905920--57906029	34	3.1	34	66	16	89	43	4	12	39	1.63
57905891--57906033	71	2.0	71	97	0	268	44	3	11	39	1.58
57906253--57906289	18	2.1	18	94	0	65	32	0	13	54	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57909825--57909935	54	2.1	54	100	0	222	21	12	21	44	1.85
57911632--57911696	33	1.9	33	81	12	78	44	6	3	46	1.44
57918127--57918395	47	5.6	48	79	10	259	26	19	29	24	1.98
57918127--57918395	98	2.8	97	83	7	295	26	19	29	24	1.98
57926521--57926563	22	2.0	22	82	13	54	16	6	0	76	0.99
57930030--57930072	21	2.0	21	100	0	86	65	0	20	13	1.27
57933763--57933816	15	3.5	16	71	14	51	64	0	3	31	1.11
57933783--57933840	27	2.2	26	84	9	73	63	0	6	29	1.20
57936888--57936997	43	2.6	42	81	2	130	30	21	15	32	1.94
57938673--57938725	21	2.5	21	81	0	70	26	5	33	33	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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