genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86160685--86160753	25	2.5	28	77	11	72	59	2	5	31	1.36
86187248--86187279	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
86187490--86188071	50	11.5	50	77	6	519	31	25	15	26	1.96
86187591--86188073	101	4.8	101	80	3	528	32	26	15	25	1.96
86187591--86188071	203	2.4	202	89	3	702	32	26	15	25	1.95
86188426--86188472	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
86208423--86208455	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
86210348--86210469	28	4.4	28	90	2	174	33	27	12	26	1.92
86214675--86214737	31	2.0	31	87	0	90	39	22	20	17	1.92
86215804--86215837	13	2.5	13	90	9	50	35	2	14	47	1.60
86217141--86217384	40	6.1	40	89	1	357	24	20	25	29	1.99
86220383--86220429	6	7.8	6	87	0	67	14	6	0	78	0.93
86220384--86220449	24	2.7	25	81	13	75	18	6	0	75	1.00
86223352--86223384	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
86226914--86226940	14	1.9	14	100	0	54	37	7	37	18	1.79
86227384--86227556	46	3.7	46	74	10	181	23	20	26	30	1.99
86227381--86227551	93	1.8	93	91	0	279	22	21	26	29	1.99
86234621--86234684	28	2.3	28	88	0	92	18	15	37	28	1.92
86235001--86235259	27	9.7	27	81	6	285	38	17	10	33	1.83
86235001--86235259	53	4.8	54	80	5	276	38	17	10	33	1.83
86235001--86235259	80	3.2	80	85	2	342	38	17	10	33	1.83
86235237--86235326	27	3.3	28	75	4	85	38	15	15	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86242522--86242574	26	2.0	26	100	0	106	32	22	18	26	1.97
86242554--86242707	56	2.8	56	83	0	200	35	24	14	25	1.93
86247023--86247207	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
86247024--86247207	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
86247076--86247240	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
86258979--86259237	120	2.2	120	80	8	280	27	21	26	25	1.99
86258979--86259204	40	5.7	40	88	6	282	26	22	26	25	2.00
86269735--86269809	38	2.0	38	97	0	141	29	21	13	36	1.91
86271264--86271314	24	2.1	24	100	0	102	33	13	23	29	1.93
86275782--86275839	26	2.2	26	84	9	73	55	3	8	32	1.47
86277059--86277102	22	2.0	22	86	0	61	52	9	4	34	1.54
86279745--86279774	12	2.5	12	100	0	60	40	0	10	50	1.36
86286974--86287026	26	2.0	26	89	7	81	32	7	3	56	1.45
86299893--86300642	137	5.5	137	91	0	1180	33	19	19	27	1.96
86299923--86300546	45	13.7	45	67	13	247	33	19	19	27	1.96
86300584--86300704	62	2.0	62	88	0	179	33	22	23	20	1.97
86300447--86300828	199	1.9	199	86	0	539	33	20	20	26	1.97
86302470--86302522	26	2.0	26	89	7	81	32	7	3	56	1.45
86304700--86304724	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
86310499--86310549	24	2.1	25	92	3	86	49	3	1	45	1.32
86310828--86310864	19	1.9	19	88	0	56	45	13	0	40	1.43
86312621--86312687	28	2.4	28	87	0	98	11	40	22	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86313678--86313846	46	3.7	43	77	12	133	23	29	20	26	1.99
86315117--86315185	31	2.2	31	87	10	97	44	4	18	31	1.69
86323902--86324006	43	2.5	43	80	1	122	27	18	25	28	1.98
86324556--86324613	24	2.4	23	91	8	98	20	8	32	37	1.83
86326829--86326866	13	2.9	13	100	0	76	15	23	39	21	1.92
86336047--86336084	16	2.3	17	81	9	51	21	5	10	63	1.46
86342935--86342987	26	2.0	26	96	0	97	28	18	0	52	1.46
86347039--86347140	24	4.2	24	87	2	125	17	17	21	43	1.88
86347039--86347140	48	2.1	48	87	0	141	17	17	21	43	1.88
86348368--86348401	16	2.1	16	100	0	68	41	5	47	5	1.52
86353245--86353289	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
86375325--86375405	23	3.6	23	80	8	103	14	27	19	38	1.91
86375582--86375636	9	6.3	9	74	16	53	40	9	12	38	1.75
86375607--86375646	18	2.2	18	86	0	53	40	7	15	37	1.75
86382867--86382910	18	2.4	18	84	0	61	40	4	13	40	1.65
86387216--86387584	187	2.0	187	98	0	720	42	13	20	22	1.88
86392727--86392914	49	3.8	48	81	6	241	28	25	19	27	1.98
86392732--86392913	100	1.8	100	96	0	337	28	25	19	26	1.99
86396445--86396469	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
86397032--86397083	25	2.1	24	82	13	61	57	1	0	40	1.10
86404347--86404392	18	2.5	18	85	3	65	32	15	17	34	1.91
86404669--86404725	30	1.9	29	85	3	78	19	40	0	40	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86414967--86415479	255	2.0	255	99	0	1017	38	15	19	26	1.91
86416436--86416605	40	4.3	39	86	5	198	25	21	27	25	2.00
86419184--86419390	103	2.0	103	99	0	405	27	10	24	38	1.87
86420186--86420423	41	5.8	41	94	3	399	28	21	22	27	1.99
86420638--86420701	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
86420645--86420718	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
86427708--86427732	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
86427920--86428444	41	12.8	41	97	2	957	29	21	22	27	1.99
86428659--86428722	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
86428666--86428739	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
86435922--86436033	41	2.7	42	85	9	149	29	19	21	29	1.98
86436248--86436311	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
86436255--86436328	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
86437079--86437276	40	5.0	40	86	3	258	24	21	25	27	1.99
86440455--86440516	20	3.0	21	74	9	65	16	32	16	35	1.91
86443596--86443639	21	2.1	21	83	8	54	54	2	0	43	1.12
86452657--86453452	6	132.7	6	100	0	1592	33	16	33	16	1.92
86456223--86456290	16	4.4	15	83	5	82	54	5	0	39	1.25
86456233--86456306	16	4.6	16	81	5	87	56	5	0	37	1.22
86456223--86456290	31	2.2	31	94	0	118	54	5	0	39	1.25
86456226--86456323	16	5.9	18	72	22	81	55	5	0	39	1.22
86463720--86463863	27	5.4	26	83	3	171	21	17	24	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86463720--86463924	80	2.5	80	80	7	211	23	15	25	35	1.94
86472839--86472992	79	1.9	80	83	6	197	24	26	20	27	1.99
86472811--86472942	40	3.3	40	87	3	160	25	27	21	26	1.99
86475036--86476610	785	2.0	786	99	0	3107	29	23	17	29	1.97
86481810--86481977	47	3.6	47	93	0	273	32	7	31	27	1.85
86486679--86486730	26	2.0	26	85	7	70	46	15	3	34	1.64
86487887--86487993	28	3.7	27	71	21	74	25	27	20	27	1.99
86488022--86488077	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
86500470--86500566	48	2.0	48	97	0	185	36	29	13	20	1.91
86500908--86501085	40	4.5	40	86	6	213	25	28	23	22	1.99
86501228--86501290	32	2.0	32	96	0	117	25	28	12	33	1.92
86505881--86505979	49	2.0	49	100	0	198	22	29	14	34	1.93
86509082--86509263	40	4.6	40	83	6	201	26	26	20	25	1.99
86515709--86515816	43	2.5	43	89	3	164	35	24	14	25	1.94
86521297--86521335	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
86521297--86521343	21	2.3	21	85	10	62	31	2	21	44	1.64
86522463--86522501	20	2.0	20	94	0	69	17	25	35	20	1.95
86524647--86525003	179	2.0	179	98	0	687	27	19	21	31	1.97
86532127--86532196	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
86532127--86532224	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
86533527--86533640	57	2.0	57	98	0	219	21	26	14	37	1.92
86536093--86536200	55	2.0	55	92	0	180	22	25	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86541039--86541108	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
86541039--86541136	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
86544471--86544594	27	4.6	27	78	7	128	41	22	8	27	1.82
86544471--86544595	54	2.3	55	84	2	155	41	22	8	28	1.82
86544606--86544657	27	1.9	28	88	7	81	42	13	9	34	1.77
86544698--86544775	27	2.9	27	74	11	79	37	21	21	19	1.95
86545585--86545679	25	3.8	25	94	0	136	27	24	23	25	2.00
86545635--86545706	25	3.0	24	80	13	76	29	22	22	26	1.99
86545583--86545704	50	2.5	51	78	8	135	27	23	22	25	2.00
86545899--86545981	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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