genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78986011--78986036	13	2.0	13	100	0	52	38	15	30	15	1.88
78986885--78986982	51	2.0	50	89	4	153	29	4	9	57	1.49
78986888--78986994	51	2.1	49	83	6	126	31	5	9	53	1.56
78994052--78994223	79	2.2	79	82	3	211	24	21	28	25	1.99
78993999--78994221	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	25	1.99
78994079--78994256	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
78997780--78998207	214	2.0	214	99	0	847	30	28	17	23	1.97
78998145--78998459	27	11.6	27	79	4	202	29	27	15	27	1.96
78998171--78998458	82	3.5	82	82	8	390	28	27	16	28	1.97
78998144--78998473	164	2.0	164	95	0	597	29	27	15	27	1.96
79004757--79004888	50	2.6	50	79	8	151	40	12	13	33	1.83
79013740--79014630	50	17.8	49	97	1	1507	43	12	14	29	1.81
79013792--79014630	100	8.4	100	99	0	1660	43	12	14	29	1.81
79013792--79014630	150	5.6	150	99	0	1660	43	12	14	29	1.81
79018243--79018290	18	2.6	19	77	9	55	29	39	20	10	1.86
79018760--79018837	40	2.0	39	97	0	138	33	19	21	24	1.96
79032029--79032107	29	2.8	28	78	5	86	25	30	13	30	1.94
79032312--79032347	8	4.5	8	85	0	54	11	25	13	50	1.75
79035885--79035909	13	1.9	13	100	0	50	48	24	4	24	1.68
79037083--79037114	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
79037329--79037913	51	11.6	50	91	1	316	32	24	16	25	1.96
79037418--79037807	51	7.6	51	99	0	771	35	23	15	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79043675--79043742	29	2.3	29	89	0	100	30	14	27	26	1.95
79043615--79044027	174	2.4	174	97	0	763	30	14	24	30	1.94
79045391--79045476	43	2.0	43	90	0	136	6	27	36	29	1.83
79045507--79045552	22	2.1	22	100	0	92	26	28	23	21	1.99
79051872--79051949	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
79052051--79052118	29	2.3	29	89	0	100	30	14	27	26	1.95
79051902--79052403	174	2.9	174	98	0	950	30	14	24	30	1.95
79058796--79058849	28	1.9	28	88	7	83	27	9	11	51	1.67
79062335--79062393	27	2.1	27	82	14	68	67	1	22	8	1.26
79063587--79063641	28	2.0	28	85	7	76	32	7	10	49	1.65
79071352--79071523	40	4.3	40	85	2	186	26	27	20	24	1.99
79071319--79071523	40	5.2	40	80	2	173	25	27	20	25	1.99
79076319--79076393	33	2.2	34	92	2	125	44	12	6	37	1.68
79078151--79078189	18	2.2	17	82	13	51	5	17	2	74	1.12
79081627--79081666	18	2.2	18	95	0	71	22	30	7	40	1.81
79096356--79096533	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
79096357--79096512	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
79096354--79096533	82	2.2	81	83	3	227	27	15	27	29	1.96
79099230--79099351	41	3.0	41	63	15	110	31	14	13	39	1.86
79099198--79099351	79	1.9	79	100	0	308	31	15	14	37	1.88
79101969--79102005	18	2.0	19	89	5	58	75	2	16	5	1.10
79108034--79108108	33	2.2	33	88	6	107	41	13	6	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79109842--79109880	18	2.2	17	82	13	51	5	17	2	74	1.12
79114113--79114174	31	2.0	31	100	0	124	29	19	16	35	1.93
79117444--79117518	33	2.2	34	83	6	100	38	5	12	44	1.64
79120430--79120466	8	4.9	8	87	12	51	56	29	0	13	1.37
79121472--79121510	20	1.9	21	84	5	53	46	0	12	41	1.42
79121927--79121972	20	2.2	21	96	3	85	34	17	8	39	1.80
79130366--79130415	21	2.4	20	80	9	64	76	0	22	2	0.89
79130373--79130413	21	1.9	22	90	5	66	75	0	21	2	0.92
79136632--79136707	25	3.1	25	74	9	66	50	6	17	26	1.70
79143320--79143369	18	2.5	20	87	9	68	74	2	20	4	1.08
79145048--79145128	33	2.5	34	86	6	114	38	7	12	41	1.71
79154303--79154344	22	2.0	22	85	4	59	69	4	11	14	1.34
79156223--79156252	13	2.3	13	94	0	51	33	3	13	50	1.58
79156347--79156538	50	3.8	50	88	4	282	26	23	30	19	1.98
79159137--79159215	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
79159389--79159740	51	7.1	51	92	3	567	30	28	8	32	1.86
79159334--79159752	98	4.3	98	90	3	630	29	29	8	32	1.87
79159334--79159739	149	2.8	147	87	5	572	29	29	8	32	1.87
79159334--79159752	51	8.6	47	89	5	559	29	29	8	32	1.87
79159389--79159752	149	2.5	146	90	5	586	30	28	7	32	1.86
79168105--79168134	13	2.3	13	94	0	51	33	3	13	50	1.58
79168229--79168471	50	4.8	50	91	0	369	25	23	30	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79197605--79197649	20	2.2	20	92	0	72	37	17	22	22	1.94
79197634--79197689	20	2.8	19	81	5	58	33	14	32	19	1.92
79200713--79200762	18	2.6	19	87	9	66	4	20	2	74	1.08
79200719--79200762	19	2.4	17	82	14	52	4	18	2	75	1.09
79209405--79209694	145	2.0	146	99	0	573	31	14	22	31	1.94
79213308--79213708	40	10.1	40	91	0	615	24	20	28	26	1.99
79219894--79219986	47	2.0	47	97	0	177	11	6	19	62	1.50
79223686--79223721	18	2.0	18	88	0	54	47	8	2	41	1.48
79224204--79224381	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
79224205--79224360	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	29	1.96
79224201--79224381	82	2.2	81	82	2	220	26	15	28	29	1.96
79230221--79230262	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
79232480--79232540	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
79236369--79236400	16	2.0	16	93	0	55	40	15	31	12	1.85
79245228--79245425	27	7.3	27	87	2	263	28	24	7	38	1.83
79245228--79245425	81	2.4	81	90	1	299	28	24	7	38	1.83
79245438--79245579	27	5.3	27	84	5	189	40	22	8	28	1.83
79248056--79248153	49	2.0	49	97	0	187	32	11	15	40	1.82
79256150--79256229	40	2.0	40	95	0	142	23	22	27	26	2.00
79259643--79259687	22	2.0	22	95	0	81	37	13	26	22	1.91
79272877--79272903	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
79277165--79277260	48	2.0	47	90	6	149	38	22	19	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79278848--79278882	16	2.2	16	100	0	70	22	40	5	31	1.78
79284869--79284988	63	1.9	63	98	0	231	30	20	17	31	1.95
79285279--79285396	59	2.0	59	100	0	236	20	11	22	45	1.83
79286152--79286336	79	2.3	81	81	9	211	25	22	27	25	2.00
79286153--79286336	40	4.6	40	80	9	189	25	22	27	25	2.00
79286205--79286369	79	2.1	79	82	6	192	27	20	26	25	1.99
79294018--79294201	40	4.7	40	82	8	209	25	22	27	24	2.00
79294018--79294201	79	2.3	81	82	10	220	25	22	27	24	2.00
79294070--79294234	79	2.1	79	82	6	192	26	21	27	24	1.99
79305957--79306138	40	4.6	40	88	2	251	29	25	21	23	1.99
79309314--79309408	46	2.1	45	86	2	127	30	18	23	27	1.98
79309446--79309845	88	4.5	88	77	7	342	33	20	24	21	1.97
79309534--79309859	182	1.8	175	82	5	411	32	20	24	23	1.98
79309805--79310685	132	6.7	132	99	0	1699	31	19	23	25	1.98
79321349--79321402	27	2.0	27	96	0	99	31	14	31	22	1.94
79331703--79331908	40	5.2	40	77	9	199	25	20	26	26	1.99
79331761--79331912	79	1.9	79	82	7	193	26	20	26	26	1.99
79332640--79333029	195	2.0	195	100	0	780	35	10	22	31	1.88
79341458--79341761	47	6.4	47	91	1	428	27	29	8	34	1.86
79344147--79344340	40	4.8	40	80	5	196	24	20	28	26	1.99
79344204--79344366	79	2.1	79	82	6	197	25	19	28	26	1.99
79353746--79353912	48	3.5	48	74	11	153	35	28	17	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79360303--79360506	40	5.1	40	86	3	277	23	22	28	25	1.99
79368254--79368438	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
79368255--79368438	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
79368307--79368471	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
79370778--79370948	43	4.0	43	78	6	195	26	19	24	29	1.98
79371102--79371132	16	1.9	16	93	0	53	48	6	9	35	1.62
79373878--79373912	18	2.0	17	88	5	52	71	14	0	14	1.15
79380584--79380619	14	2.5	15	91	8	58	52	0	2	44	1.15
79382657--79382911	55	4.8	53	79	8	245	34	17	25	22	1.96
79382664--79382864	108	1.8	110	87	4	300	32	18	25	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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