genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76791879--76792106	46	5.0	46	92	1	332	38	14	24	22	1.91
76793249--76793312	23	2.8	23	87	0	92	39	18	20	21	1.93
76797040--76797078	16	2.4	17	95	4	71	48	33	5	12	1.63
76797669--76797696	14	2.0	14	100	0	56	28	21	21	28	1.99
76798919--76799025	28	3.8	28	92	0	160	30	25	10	33	1.89
76801582--76801693	29	3.9	29	87	2	156	28	12	28	30	1.93
76801590--76801705	57	2.0	57	88	3	171	27	13	30	28	1.94
76817150--76817301	54	2.8	54	80	2	171	24	20	30	24	1.98
76819529--76819580	20	2.6	19	88	8	77	42	19	11	26	1.85
76819925--76819990	32	2.0	33	91	2	107	34	21	6	37	1.78
76821414--76821551	53	2.6	53	81	2	150	37	19	21	21	1.94
76827054--76827084	3	10.3	3	100	0	62	32	0	35	32	1.58
76833690--76833800	38	3.1	38	64	19	94	45	6	3	44	1.46
76833639--76833800	68	2.4	68	88	2	227	44	6	5	43	1.54
76833773--76833807	18	1.9	18	88	0	52	51	2	0	45	1.16
76842470--76842495	13	2.0	13	100	0	52	30	15	0	53	1.42
76844954--76844984	11	2.8	11	100	0	62	16	35	19	29	1.93
76848855--76848925	21	3.5	20	82	3	81	47	16	19	15	1.82
76848866--76848975	53	2.1	53	87	0	157	50	15	18	15	1.78
76850475--76850553	24	3.5	22	81	11	88	24	21	21	32	1.98
76851652--76851699	24	2.0	24	95	0	87	29	29	27	14	1.95
76860483--76860539	24	2.5	22	76	20	71	24	21	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76860497--76860562	24	2.7	24	86	6	80	28	22	16	31	1.96
76861056--76861095	18	2.2	18	90	0	71	37	5	27	30	1.78
76869460--76869516	24	2.5	22	76	20	71	24	21	17	36	1.94
76869474--76869539	24	2.7	24	86	6	80	28	22	16	31	1.96
76870033--76870072	18	2.2	18	90	0	71	37	5	27	30	1.78
76875757--76875931	47	3.7	48	80	10	157	27	18	29	24	1.98
76875709--76875882	94	1.9	94	84	4	235	27	18	29	24	1.98
76875757--76875931	94	1.9	95	83	6	230	27	18	29	24	1.98
76879382--76879551	47	3.7	45	82	12	186	28	18	30	22	1.97
76879379--76879551	94	1.8	94	90	2	276	28	18	30	23	1.98
76894127--76894447	94	3.4	94	81	7	346	29	20	28	21	1.98
76894126--76894450	47	6.8	48	74	11	231	29	20	28	21	1.98
76894171--76894446	146	1.9	144	82	5	351	29	20	28	21	1.98
76894652--76894693	22	1.9	22	100	0	84	19	14	16	50	1.79
76901041--76901065	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
76901734--76902054	47	6.7	48	75	13	254	28	20	28	21	1.98
76901734--76902054	94	3.4	95	81	8	332	28	20	28	21	1.98
76901778--76902053	146	1.9	144	82	5	351	28	20	28	21	1.98
76902258--76902299	22	1.9	22	100	0	84	19	14	16	50	1.79
76907972--76908297	33	9.7	34	68	12	190	35	14	22	27	1.93
76907940--76908332	101	3.9	101	95	2	675	34	15	22	28	1.94
76908622--76908655	16	2.1	16	88	5	50	52	0	14	32	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76912403--76912753	47	7.4	47	90	1	522	27	28	8	34	1.87
76912406--76912485	25	3.3	24	67	18	67	31	28	5	35	1.79
76916408--76916572	43	3.9	41	68	12	109	33	25	15	25	1.95
76921604--76921915	33	9.3	33	75	10	238	33	15	24	27	1.95
76921638--76921915	68	4.2	66	73	10	163	33	15	24	26	1.95
76921604--76921916	101	3.1	101	96	0	554	32	15	24	27	1.95
76926972--76927018	14	3.3	14	72	16	51	46	12	0	40	1.42
76930005--76930093	40	2.2	39	82	11	101	30	15	25	28	1.96
76958263--76958331	19	3.7	19	71	9	52	59	2	1	36	1.21
76958246--76958300	19	2.8	20	81	10	60	63	5	0	30	1.17
76958454--76958534	34	2.4	34	75	6	85	29	0	3	66	1.09
76963946--76963996	26	2.0	26	96	0	93	33	23	23	19	1.97
76966721--76967197	48	9.9	48	78	0	434	26	27	16	28	1.97
76966721--76967197	96	5.0	96	84	0	551	26	27	16	28	1.97
76967193--76967288	48	2.0	48	97	0	183	29	19	14	36	1.92
76968753--76968808	25	2.2	25	83	0	67	35	17	25	21	1.95
76969606--76969651	21	2.1	23	84	15	62	67	0	26	6	1.15
76969895--76969938	22	2.0	22	82	8	54	34	6	22	36	1.81
76972152--76972227	26	2.9	25	75	7	71	17	22	22	38	1.93
76972167--76972234	26	2.7	26	83	2	84	17	20	23	38	1.93
76972246--76972291	24	2.0	23	86	4	65	15	19	21	43	1.87
76977245--76977386	68	2.1	69	87	1	205	54	9	6	29	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76978848--76978902	25	2.0	28	83	13	71	45	5	0	49	1.25
76978864--76978919	29	1.9	29	85	0	76	50	0	0	50	1.00
76978881--76978944	15	4.3	15	76	7	60	59	0	0	40	0.97
76989175--76989304	49	2.7	49	88	0	188	26	26	19	27	1.99
76989330--76989443	48	2.4	48	92	0	192	24	26	19	29	1.98
76990003--76990041	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
76997861--76998058	99	2.0	99	100	0	396	27	28	19	25	1.98
76998000--76998093	37	2.5	37	92	0	152	28	29	17	24	1.97
76998306--76998492	47	3.9	47	83	5	239	26	29	11	32	1.91
76998306--76998492	98	1.9	94	88	4	275	26	29	11	32	1.91
77000675--77000853	85	2.1	85	96	0	331	25	27	8	37	1.86
77001801--77002012	46	4.6	45	73	15	143	24	30	18	26	1.98
77001838--77002012	46	3.8	45	76	13	162	22	30	19	26	1.98
77001801--77002012	90	2.3	93	80	10	231	24	30	18	26	1.98
77009891--77009948	10	5.8	10	86	8	73	24	6	1	67	1.25
77009895--77009948	20	2.7	19	86	8	81	24	7	1	66	1.27
77011218--77011435	49	4.6	48	75	11	191	26	27	19	26	1.99
77011218--77011435	93	2.3	94	80	9	230	26	27	19	26	1.99
77012783--77012897	49	2.3	49	82	8	128	28	20	25	25	1.99
77014381--77014501	48	2.6	47	79	11	142	21	23	22	33	1.98
77017673--77017722	26	1.9	26	95	0	91	16	24	12	48	1.79
77025872--77025950	27	2.9	27	80	0	95	20	29	13	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77026027--77026189	45	3.7	44	78	9	156	20	23	16	39	1.92
77030950--77030994	22	2.0	22	87	8	65	31	4	26	37	1.76
77041589--77042121	49	10.9	49	98	0	1039	30	27	8	33	1.86
77047071--77047162	39	2.3	39	85	5	123	25	28	21	25	1.99
77047052--77047212	40	4.1	40	78	10	143	24	27	21	26	1.99
77049658--77049751	48	2.0	47	95	2	170	34	18	17	30	1.93
77057240--77057346	28	3.8	28	89	0	142	35	10	23	30	1.88
77059321--77059475	28	5.5	28	68	3	121	17	20	34	28	1.95
77059349--77059446	29	3.4	29	77	2	126	15	17	37	29	1.90
77059319--77059506	57	3.3	57	91	0	304	18	18	35	28	1.94
77063828--77063929	28	3.6	28	91	0	150	37	10	22	29	1.88
77065897--77066051	28	5.5	28	68	3	112	18	19	34	27	1.95
77065925--77066026	29	3.6	29	75	7	118	17	15	38	28	1.91
77065895--77066081	57	3.2	57	88	3	277	19	17	35	27	1.94
77066255--77066391	46	3.0	46	87	0	193	25	30	8	35	1.86
77066365--77066649	47	6.0	47	88	4	383	26	28	11	33	1.91
77073276--77073328	28	1.9	28	88	3	81	24	24	22	28	2.00
77073303--77073382	34	2.4	34	93	0	133	22	25	26	26	2.00
77085547--77085582	18	2.0	18	88	0	54	69	5	5	19	1.29
77090594--77090657	32	2.0	32	100	0	128	31	21	15	31	1.95
77093865--77093889	13	1.9	13	100	0	50	16	36	24	24	1.94
77094935--77095160	48	4.7	48	80	5	224	23	28	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77094932--77095166	96	2.4	94	80	5	247	23	28	19	28	1.98
77098836--77098998	45	3.6	44	79	4	146	22	19	13	44	1.86
77102243--77102727	47	10.3	47	94	0	808	30	32	7	29	1.84
77107708--77107932	40	5.6	39	87	4	306	23	27	24	25	2.00
77107708--77107929	120	1.9	120	90	1	356	23	27	23	24	2.00
77115860--77116056	40	4.9	40	94	0	340	24	28	22	24	1.99
77117272--77117363	45	2.0	45	83	8	116	36	10	18	33	1.86
77122312--77122386	38	2.0	38	91	0	123	21	22	26	29	1.99
77122384--77122625	43	5.6	43	93	1	394	12	24	31	30	1.92
77129895--77129966	37	1.9	37	94	0	126	27	30	19	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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