genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  193  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63015764--63015842	30	2.6	30	80	13	90	36	2	2	58	1.25
63021510--63021565	14	4.1	14	72	9	62	44	1	17	35	1.60
63021510--63021598	42	2.2	42	89	4	137	41	4	19	34	1.71
63022428--63022487	18	3.3	18	78	0	66	38	11	16	33	1.85
63029775--63029808	15	2.3	15	100	0	68	61	5	0	32	1.20
63036653--63036712	21	2.9	21	75	5	59	56	3	1	38	1.26
63037638--63037680	23	1.9	23	86	13	63	25	4	6	62	1.40
63049020--63049063	22	2.0	21	91	4	70	34	0	0	65	0.93
63050374--63050405	16	2.0	16	100	0	64	12	18	31	37	1.88
63059762--63059813	20	2.5	21	81	6	61	28	7	1	61	1.34
63060941--63060976	18	2.1	17	94	5	63	25	16	5	52	1.65
63080065--63080158	39	2.4	39	87	0	125	32	14	20	31	1.93
63081333--63081390	28	2.1	28	96	0	107	20	1	22	55	1.53
63081870--63081928	31	1.9	31	83	13	77	35	15	10	38	1.81
63083120--63083158	21	2.0	21	85	10	55	28	5	5	61	1.39
63085381--63085414	11	3.2	11	91	4	52	17	5	5	70	1.28
63088084--63088109	6	4.3	6	100	0	52	34	15	34	15	1.89
63093981--63094034	23	2.4	22	79	17	65	22	9	3	64	1.38
63094038--63094114	36	2.3	34	81	14	97	25	3	7	62	1.40
63103088--63103137	22	2.3	22	82	10	66	50	0	4	46	1.20
63103424--63103453	15	2.0	15	100	0	60	26	26	13	33	1.93
63103876--63103925	22	2.3	22	82	10	66	50	0	4	46	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63104212--63104241	15	2.0	15	100	0	60	26	26	13	33	1.93
63102941--63105297	788	3.0	788	90	5	3466	44	5	17	32	1.72
63104998--63105027	15	2.0	15	100	0	60	26	26	13	33	1.93
63103984--63105557	786	2.0	786	100	0	3148	42	6	20	30	1.77
63106802--63106917	23	5.0	23	71	14	94	16	26	23	33	1.95
63107303--63107484	46	4.0	46	89	1	213	41	15	22	20	1.89
63107308--63107484	92	1.9	92	84	2	239	41	15	22	20	1.89
63107572--63107641	13	5.3	13	66	1	50	35	2	24	37	1.70
63112020--63112150	46	2.8	46	88	2	174	41	14	22	21	1.89
63112238--63112307	13	5.3	13	66	1	50	35	2	24	37	1.70
63128203--63128323	27	4.5	27	78	6	93	21	19	15	42	1.88
63128231--63128346	27	4.3	27	73	6	83	21	18	15	44	1.86
63128375--63128511	45	3.0	45	84	6	154	24	25	12	37	1.90
63128446--63128515	22	3.1	22	69	18	72	24	27	12	35	1.92
63128407--63128538	45	2.9	45	94	0	219	23	24	13	38	1.91
63130831--63131049	75	2.9	75	85	5	291	26	21	21	31	1.98
63132697--63132739	18	2.4	18	84	0	59	34	16	11	37	1.85
63132684--63132967	36	7.7	36	69	11	146	36	15	12	34	1.86
63132777--63132979	18	11.3	18	76	9	155	37	14	11	35	1.82
63132796--63132843	19	2.6	19	87	6	64	43	10	12	33	1.77
63132842--63132885	22	2.0	22	82	8	54	34	15	13	36	1.87
63132778--63132979	72	2.8	72	79	8	189	38	14	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63133143--63133182	6	6.7	6	100	0	80	52	17	15	15	1.75
63142324--63142604	86	3.2	85	79	10	275	36	21	22	19	1.95
63142323--63142643	89	3.7	88	78	11	311	35	22	21	20	1.96
63147505--63147553	22	2.2	22	81	0	62	4	16	2	77	1.01
63147495--63147545	17	3.1	16	78	10	50	5	17	1	74	1.11
63147500--63147553	11	4.9	11	79	0	54	3	16	3	75	1.08
63147651--63147713	31	2.0	32	84	9	85	47	4	0	47	1.23
63149155--63149245	3	30.3	3	71	18	57	32	4	2	60	1.29
63149402--63149448	3	15.7	3	81	0	58	31	6	0	61	1.21
63149762--63149797	16	2.2	16	90	9	56	22	11	8	58	1.59
63149879--63150283	217	1.8	217	82	5	510	33	13	15	37	1.86
63157838--63157869	16	2.0	16	100	0	64	37	31	12	18	1.88
63174427--63174463	16	2.3	16	90	9	58	45	0	16	37	1.47
63178860--63178895	18	2.1	18	94	5	65	22	19	16	41	1.90
63183535--63183560	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
63184185--63184224	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
63184872--63184931	21	2.9	21	84	0	66	40	13	28	18	1.88
63184896--63184935	21	1.9	21	100	0	80	32	10	35	22	1.87
63201834--63201866	12	2.9	12	86	13	52	9	6	9	75	1.18
63202641--63202684	21	2.1	21	95	0	79	34	6	18	40	1.77
63203475--63203534	25	2.2	28	82	11	81	56	3	0	40	1.16
63203485--63203538	5	11.4	5	78	11	60	59	1	0	38	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63209996--63210046	20	2.5	20	83	0	66	54	11	9	23	1.66
63210644--63210688	15	2.9	15	87	9	56	28	6	0	64	1.19
63210644--63210688	14	2.9	15	83	9	56	28	6	0	64	1.19
63210681--63210725	15	2.9	15	86	6	54	26	8	0	64	1.23
63212646--63212701	27	2.1	27	96	0	103	35	28	10	25	1.89
63221717--63221784	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
63223852--63224125	46	6.0	46	92	0	406	41	14	23	20	1.89
63225174--63225274	50	2.0	50	98	0	193	37	17	4	39	1.72
63227216--63227355	46	3.0	46	91	2	210	40	13	23	22	1.90
63240107--63240309	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
63240041--63240309	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
63240273--63240418	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
63242526--63242559	13	2.7	12	86	13	50	47	17	5	29	1.71
63245206--63245233	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
63245723--63245748	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
63246108--63246148	19	2.2	20	83	12	52	36	4	0	58	1.20
63250382--63250450	21	3.1	24	76	21	78	60	0	8	30	1.26
63250415--63250460	15	2.9	15	87	6	56	65	0	6	28	1.17
63254922--63254961	19	2.1	19	85	4	53	52	7	0	40	1.30
63258450--63258487	6	6.5	6	87	6	60	55	0	0	44	0.99
63258983--63259039	23	2.5	22	78	13	62	31	0	5	63	1.17
63258991--63259040	22	2.3	22	83	10	59	34	0	4	62	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63258992--63259040	21	2.3	21	83	13	57	34	0	4	61	1.15
63259537--63259577	16	2.6	16	88	3	57	41	7	0	51	1.30
63263850--63263892	5	8.6	5	78	0	50	9	18	51	20	1.74
63273475--63273527	25	2.1	25	82	6	63	58	1	1	37	1.20
63273539--63273575	19	1.9	19	88	0	56	48	0	18	32	1.49
63277522--63277550	14	2.1	14	93	6	51	48	3	0	48	1.18
63285442--63285489	23	2.1	23	100	0	96	58	20	4	16	1.55
63286067--63286118	17	3.2	16	74	17	54	51	0	1	46	1.12
63286274--63286475	83	2.4	85	87	5	284	35	9	7	47	1.65
63286836--63286890	26	2.2	25	80	9	58	21	5	5	67	1.32
63297086--63297155	30	2.3	30	95	0	131	41	2	0	55	1.14
63297111--63297155	19	2.3	21	75	21	53	44	2	0	53	1.13
63297349--63297391	21	2.0	21	100	0	86	55	0	4	39	1.20
63297353--63297401	21	2.3	21	89	3	71	59	2	4	34	1.28
63299547--63299763	107	2.0	107	92	0	362	38	18	10	32	1.85
63316216--63316272	29	1.9	30	85	3	80	14	5	7	73	1.21
63317097--63317122	8	3.2	8	100	0	52	46	0	0	53	1.00
63327208--63327426	45	4.9	45	93	0	339	25	19	15	39	1.91
63328677--63328727	20	2.5	20	83	0	66	37	1	1	58	1.20
63328822--63328866	17	2.6	18	82	13	58	35	0	2	62	1.08
63332083--63332107	10	2.5	10	100	0	50	24	12	0	64	1.27
63336915--63336939	10	2.5	10	100	0	50	24	12	0	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63342933--63343069	59	2.3	61	81	7	156	43	3	1	51	1.28
63345435--63345492	18	3.3	18	80	9	66	53	0	3	43	1.17
63350352--63350387	17	2.1	18	89	5	56	30	2	25	41	1.69
63364771--63364807	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
63366124--63366164	13	3.1	13	82	6	55	41	4	12	41	1.64
63366122--63366162	14	3.0	14	85	3	57	46	4	9	39	1.58
63371431--63371479	19	2.7	18	77	17	57	65	4	4	26	1.29
63371735--63371781	23	2.0	25	88	12	73	27	4	0	68	1.08
63371767--63371829	19	3.2	20	73	8	58	28	1	3	66	1.16
63371745--63371823	30	2.5	31	76	13	90	29	2	2	65	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310