genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91839136--91839432	120	2.5	120	87	5	399	26	27	20	25	1.99
91839136--91839439	80	3.8	79	89	5	402	25	27	21	25	1.99
91840118--91840205	42	2.1	42	91	0	140	23	10	17	48	1.77
91841341--91841525	79	2.3	80	82	7	207	26	27	21	24	1.99
91841341--91841525	40	4.7	40	81	7	216	26	27	21	24	1.99
91848342--91848436	29	3.3	29	86	1	129	26	28	14	30	1.95
91848648--91848690	16	2.7	16	85	0	50	9	18	18	53	1.70
91856070--91856136	28	2.4	27	87	4	98	16	35	22	25	1.94
91861288--91861516	40	5.8	40	89	1	320	24	20	27	27	1.99
91861288--91861542	80	3.2	80	87	5	342	25	21	26	27	1.99
91868564--91868664	49	2.1	49	83	3	123	25	21	19	32	1.97
91870814--91871076	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
91870814--91871076	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
91871008--91871085	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
91878321--91878407	44	1.9	47	83	6	117	32	19	22	25	1.98
91878803--91878900	40	2.5	40	89	0	142	20	28	20	30	1.98
91878717--91879062	188	1.8	188	99	0	683	28	25	17	28	1.97
91882206--91882256	26	2.0	26	88	0	75	17	31	23	27	1.97
91886704--91887156	226	2.0	226	100	0	906	32	11	22	33	1.90
91896045--91896204	26	6.4	26	65	15	68	40	20	18	21	1.92
91906589--91906766	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
91906590--91906745	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91906586--91906766	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
91913747--91913921	27	6.4	27	83	3	199	27	14	27	30	1.95
91913748--91913903	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
91913744--91913921	82	2.2	81	82	3	223	27	15	26	30	1.96
91916750--91916814	33	2.0	33	93	0	112	35	33	16	13	1.89
91922193--91922238	19	2.3	20	85	10	60	36	0	8	54	1.32
91922578--91922632	23	2.4	22	90	6	83	45	21	0	32	1.52
91924595--91924657	31	2.0	31	84	6	83	28	22	14	34	1.93
91924866--91924922	24	2.3	24	90	3	87	28	21	19	31	1.97
91929815--91929948	43	3.1	43	84	0	178	27	31	17	23	1.97
91930731--91930864	69	1.9	70	89	1	207	35	18	14	32	1.91
91931154--91931217	31	2.1	31	100	0	128	48	12	12	26	1.76
91934249--91934279	15	2.1	15	100	0	62	25	29	19	25	1.99
91938077--91938254	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
91938098--91938253	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
91945822--91946028	27	7.6	27	91	3	324	30	28	13	28	1.94
91945822--91946028	55	3.8	55	96	0	369	30	28	13	28	1.94
91952653--91952728	36	2.1	36	97	0	143	26	23	9	40	1.84
91969833--91969894	27	2.3	27	82	0	70	46	8	22	22	1.78
91975378--91975411	17	2.0	17	100	0	68	11	23	11	52	1.70
91978199--91978326	46	2.8	46	96	0	229	18	22	31	27	1.97
91985715--91985890	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91985712--91985883	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
91993289--91993464	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
91993286--91993457	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
91998380--91998429	25	2.0	25	100	0	100	28	24	8	40	1.83
92001987--92002016	13	2.3	13	94	0	51	56	13	6	23	1.60
92011693--92011744	25	2.0	28	85	11	74	50	1	19	28	1.58
92012122--92012276	10	15.9	10	68	18	60	63	1	5	29	1.28
92019516--92019625	54	2.0	54	91	0	175	27	11	11	49	1.74
92022657--92022877	104	2.1	104	86	0	316	28	23	14	32	1.95
92022843--92022917	36	2.1	36	89	0	114	26	21	16	36	1.94
92022739--92023017	140	2.0	140	87	1	398	29	23	13	32	1.93
92023305--92023339	18	1.9	18	88	0	52	22	14	31	31	1.94
92026218--92026255	18	2.0	20	90	10	62	31	2	7	57	1.41
92026244--92026314	33	2.2	31	77	18	74	30	0	5	63	1.17
92026228--92026353	51	2.5	48	81	12	128	32	0	6	61	1.21
92026280--92026333	21	2.7	20	83	8	74	31	0	3	64	1.11
92029440--92029582	76	1.9	76	86	5	209	44	13	6	34	1.71
92029437--92029578	39	3.7	40	70	20	113	43	14	7	35	1.72
92030243--92030297	21	2.6	22	77	8	60	56	25	1	16	1.50
92032943--92032983	9	4.9	9	82	11	52	39	0	0	60	0.96
92034750--92035075	50	6.5	48	77	6	251	25	17	27	29	1.98
92034742--92035075	150	2.2	150	99	0	659	25	17	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92034742--92035137	101	4.0	100	77	4	345	25	18	26	28	1.98
92034742--92035137	150	2.6	149	93	1	641	25	18	26	28	1.98
92058502--92058731	114	2.0	114	96	0	424	30	14	16	37	1.89
92065918--92065982	32	2.0	32	96	0	121	30	6	26	36	1.81
92067464--92067516	26	2.0	26	89	7	81	35	22	15	26	1.93
92070026--92070061	15	2.4	15	90	0	54	41	2	5	50	1.40
92070384--92070428	19	2.3	20	84	3	56	26	8	6	57	1.54
92070417--92070480	27	2.5	26	82	5	67	23	4	12	59	1.52
92075188--92075283	28	3.5	28	73	8	97	40	19	23	15	1.90
92079194--92079306	23	5.0	23	84	5	115	22	19	19	38	1.93
92079199--92079306	46	2.4	44	83	4	128	21	19	19	39	1.92
92079478--92079517	18	2.2	19	86	4	55	47	0	22	30	1.52
92080173--92080241	22	3.1	22	77	8	77	20	23	15	40	1.91
92083169--92083529	178	2.0	178	98	0	704	34	9	17	39	1.81
92083774--92083821	20	2.5	20	86	10	64	25	6	2	66	1.26
92087211--92087680	241	2.0	241	96	0	859	39	20	19	20	1.93
92087733--92087779	15	3.3	14	76	11	51	21	4	0	74	0.99
92088671--92088705	9	3.7	9	85	14	52	85	2	11	0	0.69
92090494--92090669	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
92090491--92090661	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
92091872--92091899	10	2.8	10	100	0	56	32	7	0	60	1.24
92095541--92095697	46	3.5	44	74	20	132	29	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92095635--92095745	46	2.5	44	85	7	143	28	19	27	24	1.99
92097638--92097883	27	9.1	28	76	12	196	38	19	10	31	1.85
92097638--92097883	80	3.0	81	80	8	286	38	19	10	31	1.85
92097638--92097890	54	4.7	53	79	5	233	38	20	9	31	1.85
92097995--92098306	27	11.6	27	80	7	271	38	20	11	29	1.87
92097995--92098252	81	3.2	81	83	6	319	39	21	9	29	1.85
92098237--92098593	27	13.3	27	87	0	464	31	19	23	25	1.98
92099001--92099126	6	20.3	6	66	18	53	19	14	15	50	1.79
92104506--92104707	43	4.9	40	80	5	163	23	31	20	24	1.98
92104586--92104709	43	2.9	43	89	1	178	22	32	21	23	1.98
92106630--92106659	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
92111037--92111139	40	2.5	40	81	4	118	26	28	16	29	1.97
92111133--92111241	43	2.5	43	84	0	128	25	31	19	23	1.98
92113165--92113194	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
92116068--92116210	44	3.3	44	77	8	152	27	25	19	26	1.99
92118897--92118930	17	2.0	17	100	0	68	11	29	5	52	1.61
92119274--92119418	50	2.9	50	85	1	184	28	28	17	24	1.98
92120182--92120519	168	2.0	168	98	0	658	31	14	21	32	1.93
92122712--92122845	50	2.8	49	82	5	139	36	8	26	29	1.85
92130030--92130128	44	2.3	43	80	5	101	27	25	18	29	1.98
92132961--92133093	47	2.8	47	82	10	182	27	21	28	21	1.99
92132963--92133172	94	2.2	93	85	8	273	27	18	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92134768--92134914	25	5.9	25	78	9	140	18	27	21	32	1.96
92134733--92134893	50	3.2	48	81	6	146	18	26	21	34	1.96
92134806--92134914	49	2.2	51	85	9	154	20	30	20	29	1.97
92134806--92134928	25	5.0	25	80	7	83	19	29	20	30	1.97
92134797--92134938	74	1.9	74	80	5	162	20	28	20	30	1.97
92136939--92137026	40	2.2	40	91	0	140	25	13	11	50	1.75
92137309--92137370	22	2.8	22	72	18	56	40	16	16	27	1.89
92145010--92145092	43	1.9	43	85	0	112	18	15	31	34	1.92
92149258--92149400	25	5.8	25	74	11	98	17	27	20	34	1.95
92149248--92149400	50	3.1	48	82	7	180	18	27	18	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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