genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13589381--13589489	40	2.7	41	75	10	100	27	21	20	31	1.98
13592107--13592141	16	2.2	16	95	5	63	71	0	11	17	1.14
13592321--13592349	9	3.2	9	100	0	58	20	24	0	55	1.44
13607216--13607285	35	2.0	35	97	0	131	37	15	14	32	1.88
13607487--13607533	23	2.0	24	88	12	71	29	21	2	46	1.63
13611497--13611535	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
13611974--13612088	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
13611999--13612088	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
13612194--13612258	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
13613996--13614043	3	16.3	3	84	4	53	37	2	4	56	1.30
13614258--13614316	25	2.5	24	81	13	68	44	5	11	38	1.63
13615190--13615227	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
13627420--13627552	43	3.1	43	69	10	126	32	24	18	24	1.97
13627385--13627554	87	1.9	88	89	1	261	32	24	18	24	1.97
13631373--13631410	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
13632844--13633013	48	3.6	47	88	4	243	27	28	18	26	1.98
13635846--13635991	43	3.4	44	80	3	163	26	15	23	34	1.94
13641721--13641768	16	3.0	16	78	0	51	45	18	22	12	1.83
13642011--13642093	29	2.9	29	87	7	116	24	15	28	31	1.96
13645511--13645569	8	7.4	8	76	0	55	45	23	18	11	1.83
13645802--13645870	28	2.4	29	95	2	122	26	15	30	27	1.96
13650402--13650566	43	3.8	43	86	1	197	23	16	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13652278--13652330	21	2.3	23	75	21	58	43	0	3	52	1.19
13652449--13652495	16	2.9	16	80	3	58	38	2	2	57	1.23
13652453--13652497	12	3.8	12	83	16	51	40	2	2	55	1.24
13657164--13657514	47	7.4	47	95	1	603	29	29	7	32	1.86
13658667--13658845	85	2.1	85	98	0	349	26	26	8	38	1.85
13667278--13667313	16	2.2	16	90	0	54	50	19	22	8	1.74
13667523--13667647	29	4.3	29	89	1	180	24	16	32	28	1.96
13667547--13667656	57	1.9	58	81	5	136	23	16	32	27	1.96
13669021--13669088	27	2.5	27	90	0	100	20	23	17	38	1.93
13669021--13669096	27	2.8	26	78	11	73	21	21	21	36	1.95
13669088--13669256	27	6.3	27	88	0	230	36	15	17	30	1.91
13669088--13669256	81	2.1	81	89	0	257	36	15	17	30	1.91
13672492--13672621	43	3.0	42	76	5	118	26	15	26	31	1.96
13681496--13681557	29	2.2	28	82	5	72	32	22	22	22	1.98
13683061--13683102	21	2.1	21	86	8	61	21	23	40	14	1.90
13683862--13683899	20	1.9	20	88	0	58	55	13	2	28	1.51
13683937--13683980	20	2.2	20	83	4	52	45	11	9	34	1.72
13689383--13689445	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
13689568--13689599	11	2.8	12	86	13	50	65	0	0	34	0.93
13692039--13692136	49	2.0	50	89	2	153	54	9	7	29	1.59
13694036--13694220	79	2.3	81	83	7	227	24	27	22	24	2.00
13694036--13694220	40	4.7	40	82	7	225	24	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13709378--13709581	40	5.1	39	81	7	198	25	22	26	25	2.00
13709378--13709595	79	2.7	79	81	8	230	26	21	26	25	1.99
13712805--13713114	92	3.3	92	81	11	303	24	27	19	28	1.99
13712805--13713114	46	6.6	46	79	9	256	24	27	19	28	1.99
13716347--13716482	49	2.7	50	81	8	170	24	31	19	25	1.98
13716465--13716572	46	2.4	44	87	4	144	25	30	19	25	1.98
13719951--13720023	27	2.7	27	80	4	85	35	12	26	26	1.91
13725289--13725330	21	2.0	21	90	0	66	16	7	23	52	1.68
13728368--13728543	46	3.8	45	76	12	187	20	21	30	28	1.98
13728364--13728536	93	1.9	93	92	2	294	20	21	30	27	1.98
13731509--13731573	15	4.4	15	81	9	80	9	15	13	61	1.56
13731505--13731573	30	2.3	30	85	7	97	8	14	17	59	1.60
13733265--13733440	46	3.8	45	77	10	185	19	20	30	28	1.97
13733261--13733433	93	1.9	93	92	0	292	20	20	31	27	1.98
13739202--13739389	94	2.0	94	96	0	349	30	13	14	41	1.84
13742656--13743120	40	11.6	40	93	0	770	24	27	20	27	1.99
13757014--13757093	39	2.1	39	97	0	151	17	20	20	42	1.89
13774307--13774331	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
13782851--13782918	30	2.3	30	82	5	75	47	5	19	27	1.72
13783131--13783194	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
13783172--13783196	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
13783298--13783322	12	2.1	12	100	0	50	52	0	16	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13784329--13784447	47	2.6	47	89	1	168	43	15	24	16	1.86
13786897--13786965	30	2.3	30	80	5	77	44	7	20	27	1.77
13787175--13787238	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
13787216--13787240	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
13790343--13790417	30	2.5	30	91	0	114	20	37	32	10	1.87
13829208--13829312	53	2.0	53	82	0	129	39	14	25	20	1.91
13833931--13834200	48	5.6	48	83	1	290	30	19	25	24	1.98
13833931--13834200	144	1.9	144	83	1	353	30	19	25	24	1.98
13836883--13837261	39	9.6	39	92	3	561	25	22	27	23	2.00
13847651--13847915	40	6.7	40	88	5	335	25	21	27	25	2.00
13847651--13847948	80	3.8	80	83	9	285	26	21	27	24	1.99
13847651--13847948	120	2.5	119	80	10	326	26	21	27	24	1.99
13857584--13857643	30	2.0	30	96	0	111	23	5	20	51	1.66
13861515--13861540	12	2.2	12	100	0	52	42	0	15	42	1.47
13875314--13875389	28	2.6	29	87	4	100	26	13	21	39	1.89
13875527--13875595	29	2.3	29	87	2	93	18	17	24	39	1.92
13876585--13876642	27	2.1	27	93	0	98	34	18	17	29	1.94
13881558--13881824	46	5.7	47	72	13	151	31	18	27	22	1.97
13884528--13884820	37	7.9	37	97	0	505	22	20	32	25	1.98
13884794--13885094	150	2.0	150	97	0	566	33	16	21	28	1.95
13886239--13886390	40	3.8	40	81	3	198	25	22	26	25	2.00
13888288--13889278	47	21.3	47	96	2	1758	24	28	11	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13889176--13889247	36	2.0	36	100	0	144	25	30	11	33	1.90
13890659--13890778	56	2.1	56	96	0	222	23	23	8	45	1.80
13894136--13894328	47	4.1	47	89	2	264	33	10	29	26	1.90
13894165--13894283	22	5.1	22	62	28	59	31	13	30	24	1.93
13894286--13894382	50	1.9	50	89	4	151	37	8	25	28	1.85
13894533--13894641	37	2.9	37	91	0	173	22	18	31	28	1.97
13894538--13894654	37	3.1	37	90	1	171	23	17	30	28	1.97
13898974--13899020	14	3.3	14	76	11	51	25	6	4	63	1.36
13902446--13902533	44	2.0	44	95	0	158	36	17	23	22	1.94
13909066--13909104	6	6.5	6	93	0	51	61	0	23	15	1.33
13909066--13909104	12	3.2	12	88	0	60	61	0	23	15	1.33
13912333--13912378	23	2.0	23	88	12	69	47	10	4	36	1.58
13912339--13912391	23	2.2	24	83	9	65	43	15	5	35	1.70
13915627--13915724	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
13915655--13915737	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
13922130--13922175	23	2.0	23	88	12	69	47	10	4	36	1.58
13922136--13922188	23	2.2	24	83	9	65	43	15	5	35	1.70
13928924--13928964	17	2.4	17	100	0	82	31	12	24	31	1.92
13934178--13934320	41	3.5	40	88	2	205	22	19	39	18	1.93
13965267--13965303	18	2.1	18	94	0	65	40	45	0	13	1.43
13965329--13965393	6	10.5	6	90	6	94	78	4	0	16	0.91
13965332--13965393	32	1.9	32	93	0	106	77	4	0	17	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13965329--13965402	18	4.0	18	77	16	64	77	5	0	17	0.96
13965414--13965463	9	5.6	9	92	0	82	26	8	18	48	1.75
13967750--13967786	16	2.3	16	100	0	74	35	5	13	45	1.66
13973484--13973556	38	2.1	33	76	23	94	32	19	10	36	1.86
13985164--13985320	43	3.7	42	77	13	128	27	25	17	29	1.97
13985159--13985320	84	1.9	83	81	8	195	28	25	16	29	1.97
13990437--13990523	45	1.9	45	90	0	138	33	25	16	25	1.96
13999998--14000030	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
14002919--14002950	13	2.5	13	89	0	55	71	18	0	9	1.12
14007391--14007436	20	2.4	19	81	3	56	39	2	58	0	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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