genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38436227--38436287	20	3.0	20	83	9	63	27	14	27	29	1.95
38436251--38436288	20	1.9	20	94	0	67	18	18	34	28	1.95
38436408--38436575	46	3.6	45	79	4	183	23	30	19	26	1.98
38438613--38438660	20	2.4	20	85	0	60	22	14	31	31	1.94
38439258--38439318	12	5.1	12	83	0	77	59	0	24	16	1.37
38439247--38439330	36	2.5	33	79	11	96	63	0	23	13	1.30
38439247--38439318	24	3.1	24	78	5	78	61	0	23	15	1.34
38440011--38440050	14	2.9	14	88	0	53	50	10	32	7	1.64
38443131--38443353	111	2.0	112	97	0	421	32	6	15	45	1.71
38443969--38444115	71	2.1	71	97	0	276	21	19	19	39	1.93
38447548--38447644	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
38448294--38448336	20	2.0	22	82	8	54	4	27	0	67	1.10
38451967--38452019	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
38465393--38465459	34	2.0	34	100	0	134	26	19	23	29	1.98
38466656--38466704	16	3.0	16	77	13	55	59	4	28	8	1.45
38470799--38470832	16	2.1	17	89	10	54	58	0	11	29	1.33
38471721--38471850	43	3.1	42	77	9	131	25	19	25	30	1.98
38471735--38471850	41	2.7	42	80	9	119	26	19	25	28	1.99
38475594--38475627	16	2.1	17	89	10	54	58	0	11	29	1.33
38476516--38476645	43	3.1	42	77	9	131	25	19	25	30	1.98
38476530--38476645	41	2.7	42	80	9	119	26	19	25	28	1.99
38479776--38479923	72	2.0	73	84	3	192	29	29	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38480110--38480141	16	2.0	16	100	0	64	50	25	12	12	1.75
38484657--38484708	11	4.5	11	81	11	52	65	7	7	19	1.43
38484655--38484710	24	2.3	24	93	0	94	67	7	7	17	1.37
38484669--38484713	12	3.8	12	82	11	56	68	6	4	20	1.29
38488925--38488966	17	2.4	18	84	11	52	23	0	33	42	1.55
38489757--38489956	100	2.0	100	100	0	400	26	24	20	30	1.98
38490632--38490673	17	2.4	18	84	11	52	23	0	33	42	1.55
38496607--38496666	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
38514235--38514384	55	2.8	54	80	4	149	26	15	29	28	1.96
38514207--38514384	27	6.6	27	77	6	146	25	15	28	30	1.96
38514208--38514363	82	1.9	81	81	6	190	25	16	28	30	1.96
38522260--38522334	37	1.9	37	82	12	89	33	8	1	57	1.36
38522549--38522599	21	2.5	22	76	20	56	27	5	5	60	1.43
38528301--38528402	43	2.4	43	93	6	174	38	3	8	49	1.53
38541532--38541556	13	1.9	13	100	0	50	8	4	0	88	0.64
38542533--38542605	6	12.0	6	85	2	83	73	2	2	20	1.08
38587389--38587421	13	2.6	13	90	4	50	27	0	18	54	1.44
38590946--38590997	6	8.7	6	93	0	77	15	1	1	80	0.88
38593917--38593949	13	2.6	13	95	4	59	30	0	15	54	1.41
38603554--38603673	60	2.0	60	93	0	204	25	16	33	25	1.96
38620645--38620698	23	2.3	23	77	0	72	20	33	22	24	1.97
38626162--38626306	75	1.9	75	97	0	272	31	2	18	46	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38627385--38627434	26	1.9	26	95	0	91	38	14	2	46	1.56
38629384--38629686	40	7.6	39	93	2	426	26	28	23	21	1.99
38635791--38636088	40	7.5	40	94	1	485	25	28	23	22	1.99
38642675--38642723	23	2.1	23	81	7	55	22	53	2	22	1.57
38645608--38645789	46	4.0	46	100	0	364	21	19	28	30	1.98
38654027--38654061	17	2.0	18	88	5	54	20	45	22	11	1.82
38667393--38667591	40	5.0	40	90	3	287	29	19	24	27	1.98
38679497--38679528	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
38683552--38683597	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
38683559--38683603	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
38687783--38687857	27	2.8	27	82	13	77	26	18	16	38	1.91
38688175--38688216	19	2.2	19	91	0	66	28	28	9	33	1.88
38693777--38693856	24	3.3	24	74	8	72	20	30	18	31	1.96
38693725--38693868	24	5.8	24	66	11	67	20	28	18	32	1.96
38694617--38694662	22	2.1	22	91	0	74	13	6	13	67	1.41
38705571--38705913	50	6.8	50	76	6	327	29	25	18	27	1.98
38705520--38705951	150	2.9	149	88	2	594	30	25	18	26	1.98
38716215--38716555	168	2.0	168	99	0	673	37	22	8	31	1.84
38727849--38727902	23	2.4	21	77	17	54	64	0	27	7	1.20
38745517--38745580	32	2.0	32	90	0	101	34	23	14	28	1.93
38746456--38746514	16	3.6	16	75	11	57	32	11	13	42	1.81
38751081--38751124	3	14.7	3	95	0	79	2	0	29	68	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38753585--38753633	25	2.0	25	91	0	80	36	22	14	26	1.92
38753746--38753840	25	3.8	25	92	0	154	25	24	23	27	2.00
38753745--38753853	25	4.4	25	85	8	111	27	22	22	26	1.99
38754061--38754143	30	2.7	31	87	3	125	31	18	26	24	1.97
38754061--38754138	31	2.6	30	89	2	120	30	19	26	23	1.98
38755781--38755861	35	2.3	35	86	0	117	33	25	18	22	1.97
38755845--38755874	6	5.0	6	91	0	51	53	16	13	16	1.73
38757429--38757591	43	3.8	43	78	9	172	31	23	18	25	1.97
38757429--38757587	86	1.9	85	82	6	205	31	24	18	25	1.97
38762908--38763046	25	5.6	25	75	3	145	38	25	17	18	1.92
38762880--38763055	50	3.5	50	88	1	255	39	23	17	19	1.92
38763197--38763317	41	3.0	41	86	0	161	30	28	19	21	1.98
38763568--38763619	27	1.9	27	84	0	68	36	15	15	32	1.89
38763577--38763797	27	8.2	27	85	3	203	31	9	18	41	1.81
38763555--38763791	54	4.4	54	79	2	226	30	8	18	41	1.82
38766846--38766968	41	3.0	41	86	0	183	26	27	21	23	1.99
38767194--38767249	26	2.1	27	86	3	78	32	12	16	39	1.85
38767187--38767519	27	12.4	27	78	8	225	30	8	19	41	1.81
38767216--38767519	81	3.8	81	79	8	298	29	7	19	42	1.79
38767469--38767527	26	2.2	27	90	3	93	33	10	18	37	1.85
38767516--38767619	27	3.9	27	87	0	145	27	20	17	34	1.95
38772679--38772728	25	2.0	25	88	0	73	28	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38772764--38772810	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
38772860--38773009	27	5.8	26	92	4	243	26	19	23	30	1.98
38772860--38773009	53	2.9	52	92	3	243	26	19	23	30	1.98
38775634--38775733	39	2.4	40	81	9	112	28	26	16	30	1.96
38779304--38779346	10	4.1	10	80	11	50	53	27	2	16	1.55
38785052--38785236	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
38785053--38785236	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
38785105--38785269	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
38792635--38792739	40	2.6	41	80	8	126	23	23	27	24	2.00
38795419--38795456	19	2.0	19	90	10	60	60	15	5	18	1.53
38795650--38795699	26	1.9	26	95	0	91	34	10	4	52	1.54
38796850--38796880	11	2.9	11	95	4	55	83	0	16	0	0.64
38805338--38806123	393	2.0	393	99	0	1563	34	8	19	38	1.81
38806086--38806674	294	2.0	294	98	0	1133	34	17	22	24	1.95
38806674--38806867	55	3.6	54	81	4	221	36	18	23	22	1.95
38806674--38806881	53	3.9	54	82	4	213	36	17	23	22	1.95
38810451--38810510	30	2.0	30	83	0	75	30	23	8	38	1.84
38811982--38812062	41	2.0	41	97	0	153	43	22	3	30	1.70
38813446--38813576	65	2.0	65	93	0	226	43	16	14	25	1.85
38820678--38820876	43	4.6	43	83	5	258	24	16	29	30	1.96
38827206--38827314	40	2.7	41	83	5	116	29	16	24	29	1.97
38830838--38831022	40	4.7	40	82	7	200	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38830891--38831055	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	26	1.99
38838851--38839035	40	4.6	39	82	6	194	24	22	28	25	1.99
38838851--38839035	79	2.3	80	83	7	216	24	22	28	25	1.99
38838904--38839068	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	24	1.99
38840982--38841190	77	2.7	77	90	0	319	32	28	18	20	1.96
38842833--38842926	28	3.3	28	82	7	102	28	32	13	24	1.94
38843146--38843177	16	2.0	16	100	0	64	12	25	18	43	1.85
38853623--38853665	18	2.4	18	92	0	68	20	27	20	30	1.98
38854190--38854245	28	2.0	28	92	0	94	30	8	30	30	1.88
38857828--38857940	6	18.3	6	74	15	97	52	15	14	17	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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