genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5810620--5810876	47	5.4	47	75	10	213	27	19	29	24	1.98
5810566--5810876	94	3.3	92	75	11	265	28	19	27	25	1.99
5811643--5811777	55	2.5	55	90	3	202	20	20	31	28	1.97
5815328--5815373	19	2.4	19	81	3	56	67	6	0	26	1.15
5815456--5815527	31	2.3	30	75	15	74	30	9	15	44	1.78
5816762--5816796	5	6.6	5	96	3	52	17	0	0	82	0.66
5819139--5819166	14	2.0	14	100	0	56	57	0	21	21	1.41
5823162--5823235	36	2.0	36	85	12	98	21	5	4	68	1.26
5823189--5823236	18	2.7	17	75	9	51	27	4	2	66	1.21
5823223--5823312	22	4.1	21	72	18	69	42	0	2	55	1.12
5823238--5823310	21	3.4	21	78	10	67	41	0	2	56	1.14
5823333--5823423	24	3.8	23	70	21	71	38	0	6	54	1.26
5823793--5823857	26	2.4	28	80	15	82	50	1	1	46	1.20
5823792--5823857	27	2.4	27	85	5	89	51	1	1	45	1.19
5823858--5823926	35	1.9	36	82	8	88	14	7	4	73	1.20
5823982--5824025	21	2.1	22	84	16	58	36	2	2	59	1.23
5824133--5824180	18	2.8	18	81	15	66	62	0	0	37	0.95
5827174--5827296	30	4.1	30	88	0	174	22	21	28	27	1.99
5830773--5830844	31	2.2	34	83	14	98	43	1	0	55	1.08
5830850--5830912	29	2.2	29	85	0	90	41	1	3	53	1.26
5830798--5830902	19	5.4	19	70	13	70	41	2	1	53	1.26
5830992--5831018	8	3.4	8	100	0	54	44	0	11	44	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5831016--5831055	18	2.1	20	86	9	57	32	2	0	65	1.06
5831539--5831609	37	1.9	36	88	2	106	50	4	1	43	1.30
5831629--5831715	22	3.9	24	70	19	71	56	2	0	41	1.12
5831622--5831679	22	2.6	22	83	10	64	60	1	0	37	1.07
5831627--5831717	23	4.1	22	72	13	62	54	2	0	42	1.12
5831705--5831778	37	2.0	37	85	12	100	68	4	5	21	1.26
5831700--5831751	18	2.9	18	74	5	52	67	1	3	26	1.18
5831794--5831836	9	4.8	9	94	0	77	79	0	9	11	0.95
5833854--5833899	23	2.1	21	84	11	58	30	2	6	60	1.34
5837984--5838159	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
5837981--5838152	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
5845565--5845877	46	6.8	46	98	0	583	20	20	28	30	1.98
5856756--5856807	20	2.6	20	100	0	104	15	32	32	19	1.93
5861890--5861944	26	2.1	26	82	0	65	36	12	10	40	1.79
5862236--5862263	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
5864438--5864692	39	6.5	39	90	0	384	22	29	23	25	1.99
5865632--5865666	6	5.7	6	96	3	61	85	0	0	14	0.59
5872136--5872345	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
5872083--5872345	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
5872136--5872380	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
5880032--5880374	40	8.6	40	91	2	467	24	20	28	27	1.99
5887313--5887354	16	2.6	16	88	3	57	50	2	2	45	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5888791--5888830	18	2.2	19	86	13	57	40	2	0	57	1.12
5888873--5888919	14	3.2	15	82	11	53	55	2	0	42	1.12
5888879--5888922	14	3.1	14	83	9	54	61	0	0	38	0.96
5890541--5890570	3	10.0	3	92	0	51	33	0	30	36	1.58
5894367--5894418	16	3.2	16	86	0	77	28	1	32	36	1.69
5894654--5894688	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
5894637--5895030	120	3.3	120	98	0	761	48	4	2	44	1.37
5894895--5894929	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
5899048--5899138	46	2.0	46	89	2	139	35	1	15	48	1.52
5899153--5899201	25	1.9	26	87	4	73	38	6	4	51	1.46
5899445--5899490	23	2.0	23	100	0	92	39	17	21	21	1.93
5901783--5901833	24	2.1	24	82	7	59	37	3	3	54	1.37
5901844--5901911	25	2.7	25	79	4	75	36	7	2	52	1.44
5901872--5901983	25	4.7	23	73	12	73	30	7	6	56	1.51
5901927--5902009	24	3.5	24	77	9	71	30	6	6	57	1.47
5901966--5902024	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
5902139--5902173	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
5903198--5903236	18	2.2	17	86	13	53	38	0	0	61	0.96
5905598--5905636	17	2.4	17	86	4	53	71	2	2	23	1.10
5905809--5905838	6	5.0	6	95	0	51	33	53	0	13	1.40
5905841--5905884	3	14.7	3	95	0	79	31	2	0	65	1.05
5908536--5908569	13	2.6	13	100	0	68	29	38	23	8	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5912898--5913080	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
5912899--5913082	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
5912951--5913115	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
5931493--5931522	13	2.3	13	94	0	51	20	30	26	23	1.98
5940280--5940337	21	2.8	21	84	5	73	34	15	18	31	1.93
5940388--5940470	25	3.4	24	85	8	105	27	22	25	24	2.00
5947514--5947580	21	3.3	21	79	8	68	32	13	19	34	1.91
5947628--5947692	25	2.6	24	80	4	67	30	21	21	26	1.98
5962711--5962928	46	4.7	46	95	1	366	28	28	21	21	1.98
5967440--5967466	13	2.1	13	100	0	54	14	29	25	29	1.95
5972994--5973373	48	8.0	48	79	5	342	25	18	28	26	1.98
5973003--5973228	47	4.8	47	78	7	206	25	18	28	27	1.98
5976760--5976803	14	2.9	16	83	12	58	11	15	13	59	1.62
5978295--5978444	47	3.2	47	91	0	237	24	21	28	26	1.99
5978360--5978593	48	4.9	49	78	7	185	26	19	28	25	1.98
5978361--5978585	96	2.4	96	80	3	231	26	19	29	24	1.98
5986701--5986741	21	2.0	21	85	9	57	26	9	31	31	1.89
5990483--5990549	34	2.0	34	100	0	134	50	5	8	34	1.58
5993424--5993481	30	1.9	30	82	10	73	43	3	29	24	1.70
5995690--5995832	27	5.3	27	79	5	121	28	13	18	38	1.90
5995730--5996076	27	12.9	27	80	6	314	31	8	20	39	1.83
5996063--5996094	16	2.0	16	100	0	64	37	12	12	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5996430--5996493	28	2.3	28	86	0	92	29	37	14	18	1.90
5997907--5998044	48	2.9	48	80	6	147	28	23	19	28	1.98
6005648--6005739	48	1.9	48	88	4	141	27	26	20	26	1.99
6007869--6007912	22	2.0	22	91	4	72	27	13	2	56	1.49
6011349--6011433	43	2.0	43	92	0	143	24	31	20	23	1.98
6014667--6014758	41	2.2	43	82	7	109	23	29	17	29	1.97
6017793--6017923	43	3.0	43	83	5	165	26	29	19	24	1.98
6019358--6019384	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
6028824--6029706	441	2.0	441	84	3	1141	33	13	16	37	1.87
6030324--6030597	137	2.0	138	87	3	401	46	6	8	39	1.59
6034067--6034240	48	3.7	47	79	3	179	28	18	27	25	1.98
6034023--6034240	94	2.3	94	85	5	280	27	18	28	25	1.98
6034023--6034296	46	5.8	46	74	9	194	28	19	28	23	1.98
6034023--6034381	49	7.5	48	71	10	170	28	18	28	24	1.98
6038392--6038434	18	2.6	16	79	13	50	48	0	2	48	1.14
6038397--6038439	18	2.4	18	92	0	68	48	0	4	46	1.22
6039258--6039395	40	3.5	40	73	6	129	28	23	18	28	1.98
6040301--6040343	20	2.2	20	87	8	61	9	11	4	74	1.20
6040294--6040323	15	1.9	16	93	6	53	10	13	10	66	1.44
6040277--6040341	35	2.0	34	82	11	82	6	16	6	70	1.28
6040346--6040405	7	8.6	7	79	17	63	53	1	1	43	1.20
6043511--6043588	35	2.2	35	86	4	104	46	32	10	11	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6050018--6050323	138	2.2	138	82	1	353	30	18	19	30	1.96
6050222--6050457	125	1.9	126	82	4	298	28	19	18	34	1.95
6050560--6050594	17	2.0	18	88	5	54	51	11	0	37	1.38
6052545--6052656	35	3.2	35	97	0	206	28	23	11	36	1.90
6052545--6052779	70	3.3	71	80	5	212	29	20	11	38	1.88
6053873--6053936	26	2.5	25	77	7	65	32	15	9	42	1.79
6062425--6062458	17	2.0	17	100	0	68	29	23	17	29	1.97
6064932--6064983	27	1.9	27	96	0	95	25	21	19	34	1.96
6070066--6070228	34	4.8	34	85	2	177	28	22	25	23	2.00
6078902--6078974	26	2.8	26	80	2	65	23	17	8	50	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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