genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.293.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96527483--96528394	80	11.4	80	98	0	1743	27	26	20	26	1.99
96530230--96530469	119	2.0	119	95	0	426	36	17	9	37	1.82
96534026--96534251	40	5.7	40	91	1	337	26	30	20	22	1.98
96535034--96535161	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
96535034--96535161	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
96536701--96536994	40	7.3	40	89	0	462	26	28	22	22	1.99
96536701--96536994	120	2.5	120	95	0	534	26	28	22	22	1.99
96538324--96538438	37	3.1	37	91	2	169	26	28	17	26	1.98
96556600--96556803	63	3.2	63	79	2	187	31	24	18	25	1.98
96559914--96560039	46	2.7	46	83	4	155	29	17	29	23	1.97
96560897--96560939	20	2.2	20	100	0	86	39	20	25	13	1.90
96562096--96562221	46	2.7	46	83	4	155	29	17	29	23	1.97
96563079--96563121	20	2.2	20	100	0	86	39	20	25	13	1.90
96563366--96563525	74	2.2	74	91	0	257	20	23	30	25	1.98
96569632--96569692	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
96569847--96569885	20	2.0	20	100	0	78	30	23	25	20	1.98
96584860--96585080	40	5.5	40	83	3	264	24	23	26	26	2.00
96584861--96585076	83	2.7	80	84	5	258	24	23	25	26	2.00
96587967--96588000	13	2.6	13	85	0	50	11	26	29	32	1.92
96588817--96588877	31	1.9	33	83	6	81	42	0	1	55	1.09
96588836--96588890	22	2.6	21	78	13	60	47	0	0	52	1.00
96588868--96588908	12	3.1	14	76	20	52	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96588868--96588908	14	3.2	13	80	20	50	53	0	0	46	1.00
96593449--96593492	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
96593514--96593583	13	5.3	14	68	23	53	51	0	1	47	1.09
96593686--96593728	23	1.9	22	95	4	77	32	0	2	65	1.06
96594054--96594092	14	2.8	14	88	11	62	30	5	7	56	1.49
96621297--96621514	44	4.8	44	85	7	289	25	29	16	27	1.97
96624321--96624364	21	2.1	21	95	0	79	20	9	13	56	1.64
96625277--96625332	21	2.6	21	80	5	58	76	3	8	10	1.12
96625337--96625474	66	2.1	66	91	4	226	33	24	5	36	1.78
96628499--96628529	9	3.3	9	95	4	53	58	0	0	41	0.98
96635116--96635268	77	2.0	77	94	2	272	33	15	7	43	1.75
96635827--96635944	39	3.0	39	91	2	193	23	32	22	21	1.98
96640489--96640515	6	4.5	6	100	0	54	14	14	0	70	1.17
96643985--96644046	30	2.1	30	90	0	97	38	4	24	32	1.76
96646208--96646383	46	3.8	46	80	10	214	21	21	28	28	1.99
96646204--96646375	93	1.8	93	93	0	299	21	22	29	27	1.99
96660415--96660509	46	2.1	46	89	0	145	47	21	6	25	1.74
96665818--96665859	15	2.9	15	86	10	52	73	7	2	16	1.15
96665843--96666112	75	3.6	75	90	2	393	58	9	17	14	1.62
96680183--96680234	27	2.0	26	84	3	68	34	0	3	61	1.14
96682014--96682052	20	2.1	19	90	9	62	56	5	5	33	1.43
96682486--96682548	3	21.0	3	83	6	83	61	1	4	31	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96683579--96683647	30	2.3	29	80	9	75	4	7	46	42	1.51
96684857--96684900	23	1.9	23	90	9	72	36	4	4	54	1.41
96689864--96690011	3	49.3	3	100	0	296	0	33	0	66	0.92
96693596--96693625	9	3.3	9	90	0	51	10	3	33	53	1.51
96694025--96694089	7	8.6	7	73	26	53	24	3	1	70	1.10
96694025--96694058	15	2.3	15	90	10	52	26	5	0	67	1.13
96706758--96706949	45	4.3	46	81	7	209	21	17	13	47	1.81
96706774--96706951	90	2.0	90	87	4	261	21	16	13	47	1.81
96709013--96709043	10	3.2	10	95	4	55	19	6	0	74	1.03
96709644--96709745	42	2.4	42	84	9	145	21	31	28	18	1.97
96712321--96712449	20	6.5	19	81	5	114	13	31	19	35	1.90
96712323--96712449	60	2.1	60	82	2	157	13	32	18	35	1.90
96715739--96715789	21	2.4	21	93	0	84	33	13	27	25	1.94
96726631--96726659	12	2.3	13	94	5	51	20	3	6	68	1.27
96728239--96728278	15	2.7	15	88	7	55	57	17	10	15	1.64
96730159--96730365	53	3.8	53	78	3	216	37	17	24	20	1.94
96740049--96740102	27	2.0	27	100	0	108	51	18	3	25	1.62
96742770--96742875	20	5.3	20	69	13	65	19	33	17	29	1.95
96742840--96742924	20	4.3	19	72	8	62	11	32	18	36	1.88
96742840--96742924	40	2.1	40	82	8	102	11	32	18	36	1.88
96743704--96743766	10	6.3	10	83	10	60	7	1	15	74	1.12
96743740--96743766	5	5.4	5	100	0	54	0	0	18	81	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96746992--96747124	66	2.0	66	86	2	187	26	12	24	37	1.90
96752195--96752760	280	2.0	280	98	0	1096	37	3	30	28	1.74
96753051--96753075	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
96753028--96753069	22	1.9	22	90	0	66	57	4	0	38	1.20
96753263--96753291	12	2.5	12	94	5	51	20	0	0	79	0.74
96756496--96756563	21	3.2	21	78	12	77	32	22	30	14	1.94
96758033--96758192	26	6.2	26	98	0	302	31	7	25	35	1.84
96759676--96759728	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
96761782--96761865	35	2.4	36	80	9	111	46	16	15	21	1.84
96761782--96762039	36	7.2	34	73	15	155	45	15	13	24	1.83
96761781--96762052	108	2.5	107	75	8	273	45	15	14	25	1.84
96761803--96762052	107	2.3	106	77	8	254	44	16	14	24	1.84
96761805--96762052	35	6.9	34	70	16	128	45	15	14	25	1.84
96761785--96762060	72	3.9	70	75	10	238	45	15	14	24	1.83
96768754--96768810	10	5.5	10	78	15	53	57	5	1	35	1.31
96772530--96772557	5	5.6	5	100	0	56	42	0	0	57	0.99
96784655--96784916	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
96790623--96790680	29	2.0	30	82	3	73	22	32	27	17	1.96
96794645--96794672	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
96794819--96794846	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
96794593--96794941	174	2.0	174	100	0	698	41	14	16	28	1.87
96795058--96795229	46	3.7	46	83	8	170	28	17	31	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96797302--96797354	23	2.3	22	84	12	63	30	7	1	60	1.35
96812656--96812701	24	1.9	24	81	0	56	41	4	36	17	1.69
96814211--96814370	27	5.9	27	78	7	164	40	19	9	31	1.83
96814206--96814369	54	3.1	54	87	7	228	39	19	9	31	1.83
96814213--96814394	81	2.2	80	84	5	224	40	17	9	32	1.82
96814213--96814399	27	6.9	27	76	10	159	39	18	9	32	1.82
96814207--96814394	54	3.5	53	84	10	222	39	18	9	32	1.83
96815142--96815201	27	2.2	27	79	5	68	21	20	26	31	1.98
96818158--96818256	27	3.7	27	90	2	155	41	23	8	27	1.82
96818158--96818297	27	5.2	26	86	3	118	39	20	11	28	1.87
96818158--96818284	54	2.4	54	83	2	157	39	22	10	27	1.87
96818723--96818787	27	2.4	27	79	5	69	16	15	21	46	1.84
96819996--96820173	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
96819997--96820152	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
96819993--96820173	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
96824495--96824819	140	2.3	140	85	2	438	31	19	21	28	1.97
96828216--96828248	17	1.9	17	100	0	66	30	0	0	69	0.88
96828212--96828252	9	4.8	9	85	8	59	34	0	0	65	0.93
96832726--96832833	32	3.3	32	78	11	103	42	10	7	39	1.67
96834979--96835011	17	1.9	17	93	0	57	60	0	9	30	1.27
96839356--96839586	96	2.4	96	86	2	304	28	20	28	22	1.99
96839356--96839582	48	4.7	48	78	6	228	27	21	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96841748--96841778	14	2.2	14	100	0	62	41	6	12	38	1.69
96844569--96844797	48	4.8	47	75	15	202	27	22	29	20	1.99
96844563--96844799	96	2.5	96	85	5	318	27	21	28	21	1.99
96849718--96849815	42	2.3	42	78	0	106	24	24	18	32	1.97
96849794--96849889	41	2.4	40	87	1	138	23	17	20	37	1.94
96855251--96855396	27	5.4	27	81	0	166	35	19	21	23	1.96
96855252--96855395	54	2.7	55	85	2	193	36	19	20	23	1.95
96855383--96855434	27	1.9	27	84	0	68	25	21	19	34	1.96
96861073--96861162	27	3.3	27	84	0	108	36	21	20	22	1.95
96863746--96863924	29	6.1	29	78	3	171	37	12	25	24	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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