genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24926111--24926283	46	3.7	46	76	14	185	22	20	27	29	1.98
24926108--24926278	93	1.8	93	91	2	281	22	20	28	28	1.98
24928820--24928849	14	2.1	14	100	0	60	36	0	50	13	1.42
24930426--24930572	46	3.2	45	75	16	147	30	19	27	21	1.98
24930426--24930738	92	3.3	93	77	7	289	27	19	28	24	1.98
24930517--24930738	48	4.7	46	77	7	164	26	18	28	26	1.98
24934048--24934145	24	4.0	24	90	1	151	36	4	37	21	1.73
24934054--24934148	12	7.9	12	64	9	50	35	5	36	22	1.77
24935764--24935844	33	2.4	34	75	8	85	28	17	23	30	1.97
24942357--24942412	29	1.9	29	92	0	94	19	25	7	48	1.74
24942384--24942493	46	2.4	46	93	0	184	19	25	14	40	1.89
24942554--24942707	33	4.7	33	72	12	120	24	25	18	31	1.98
24961257--24961358	40	2.6	40	92	4	163	23	23	27	25	2.00
24979634--24979681	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
24981301--24981334	17	2.0	17	94	0	59	35	20	17	26	1.95
24981388--24981509	47	2.6	46	82	7	140	32	16	27	23	1.96
24981525--24981750	98	2.4	94	84	6	287	26	19	29	24	1.98
24981525--24981728	49	4.3	47	78	9	184	26	20	28	24	1.99
24987399--24987506	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
24994494--24994601	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
24996082--24996134	26	2.0	25	82	13	63	35	24	13	26	1.92
25000029--25000062	11	3.1	11	95	0	59	38	2	17	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25000029--25000072	22	2.0	22	81	0	52	36	6	15	40	1.74
25003807--25003831	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
25010027--25010067	19	2.2	19	100	0	82	39	31	9	19	1.84
25010441--25010474	8	4.4	8	96	3	61	29	14	23	32	1.94
25016377--25016443	25	2.7	25	80	0	71	25	25	17	31	1.97
25018721--25018748	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
25026225--25026369	49	3.0	49	81	4	175	27	17	26	28	1.97
25029408--25029437	13	2.2	14	94	5	53	83	0	3	13	0.77
25041176--25041211	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
25044992--25045017	13	2.0	13	100	0	52	15	15	38	30	1.88
25049427--25049470	23	2.0	23	86	4	63	52	0	9	38	1.33
25063304--25063338	15	2.3	15	90	0	61	5	2	5	85	0.81
25063318--25063389	24	3.0	23	81	6	81	12	4	6	76	1.13
25063309--25063397	24	3.7	24	77	14	76	12	3	8	75	1.16
25063329--25063397	11	5.8	12	73	19	56	13	2	10	73	1.19
25063383--25063455	22	3.1	22	70	16	58	36	0	5	57	1.22
25064193--25064595	136	3.0	136	99	0	797	34	15	13	35	1.88
25067684--25067772	44	2.0	44	95	0	160	39	6	8	44	1.62
25068390--25068716	178	1.8	178	100	0	654	35	11	16	35	1.86
25068610--25068824	108	2.0	108	100	0	430	36	14	15	33	1.88
25068717--25068984	136	2.0	136	99	0	527	34	16	13	35	1.88
25072069--25072121	20	2.7	21	88	11	85	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25072069--25072133	20	3.1	21	82	12	73	46	0	0	53	1.00
25072177--25072265	22	3.8	23	76	11	74	39	0	3	57	1.15
25072238--25072268	15	2.0	16	93	6	55	41	0	0	58	0.98
25072218--25072310	12	7.8	12	67	14	59	39	2	0	58	1.10
25072251--25072312	22	2.7	23	80	5	72	38	3	0	58	1.15
25078569--25078621	8	6.1	8	81	12	52	81	3	1	13	0.92
25078561--25078595	10	3.4	10	92	4	52	77	0	0	22	0.78
25078718--25078766	23	2.2	22	88	3	71	57	0	0	42	0.99
25078718--25078762	24	1.9	23	90	4	72	53	0	0	46	1.00
25078737--25078779	22	2.0	22	81	9	52	58	2	0	39	1.11
25078835--25078889	21	2.5	22	85	8	67	56	0	0	43	0.99
25078843--25078926	35	2.4	35	86	4	125	60	0	0	39	0.97
25078869--25078903	14	2.6	13	90	4	52	57	0	0	42	0.99
25078883--25078949	21	3.0	21	79	12	80	56	2	0	40	1.14
25078926--25078951	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
25078953--25078990	13	2.6	15	88	12	53	73	7	2	15	1.17
25078968--25079014	24	2.0	23	84	12	60	74	8	6	10	1.22
25083444--25083468	13	1.9	13	100	0	50	24	16	20	40	1.91
25091016--25091115	29	3.5	29	90	1	148	28	15	27	30	1.96
25104923--25105118	47	4.2	47	91	2	297	33	9	31	26	1.88
25104969--25105090	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
25109852--25109886	18	1.9	18	88	0	52	74	0	11	14	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25117187--25117224	16	2.3	16	86	13	51	18	0	5	76	0.97
25119977--25120060	28	3.0	28	87	1	123	21	3	27	47	1.67
25120004--25120072	28	2.8	23	74	19	66	20	4	27	47	1.68
25120265--25120351	21	4.0	23	75	13	85	14	22	26	35	1.94
25122326--25122391	33	2.0	33	96	0	123	30	13	27	28	1.94
25127666--25127695	15	2.0	15	100	0	60	6	20	0	73	1.05
25127738--25127775	11	3.4	11	92	3	58	21	2	5	71	1.19
25132380--25132404	13	1.9	13	100	0	50	40	12	0	48	1.40
25134814--25134844	16	1.9	16	93	0	53	35	25	9	29	1.88
25137622--25137658	16	2.3	16	90	0	56	62	27	0	10	1.28
25143015--25143065	9	5.7	9	78	0	57	5	35	11	47	1.65
25152390--25152547	43	3.7	43	81	8	196	32	25	13	28	1.93
25152390--25152547	86	1.8	86	86	5	230	32	25	13	28	1.93
25153611--25153720	36	3.1	36	90	0	175	43	18	9	29	1.80
25168038--25168095	17	3.2	16	79	16	53	50	0	25	24	1.50
25170481--25170527	18	2.6	18	82	0	58	4	29	40	25	1.75
25170476--25170531	6	9.5	6	84	1	51	3	28	42	25	1.71
25170898--25170987	45	2.0	45	97	0	171	38	15	27	17	1.90
25172846--25172878	17	1.9	17	100	0	66	12	9	6	72	1.26
25172845--25172913	16	4.2	16	75	3	66	17	5	5	71	1.27
25173405--25173464	14	4.1	15	79	14	63	0	33	0	66	0.92
25175112--25175146	17	2.1	17	88	0	52	28	5	0	65	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25179375--25179419	19	2.4	19	85	7	56	24	24	11	40	1.87
25181279--25181363	32	2.7	30	80	8	73	32	10	3	52	1.53
25181310--25181391	31	2.6	31	79	11	87	40	9	1	48	1.44
25181629--25181741	58	1.9	58	90	0	181	38	14	12	35	1.83
25189958--25189984	12	2.2	12	100	0	54	40	7	29	22	1.81
25192341--25192386	24	1.9	24	90	0	74	36	4	8	50	1.53
25194545--25194619	22	3.1	24	74	18	84	6	20	17	56	1.63
25195589--25195667	39	2.0	39	95	0	140	30	18	12	37	1.89
25197987--25198013	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
25199330--25199403	34	2.2	34	100	0	148	44	8	8	39	1.64
25199547--25199579	16	2.0	17	88	5	50	45	3	12	39	1.57
25206937--25206983	17	2.9	17	78	12	55	42	0	8	48	1.33
25206937--25206986	16	3.2	16	78	13	59	44	0	8	48	1.32
25209036--25209063	13	2.2	13	100	0	56	71	0	14	14	1.15
25210084--25210136	26	2.1	26	82	3	63	24	16	20	37	1.93
25212474--25212585	29	3.9	29	75	5	84	27	27	14	30	1.95
25212471--25212567	29	3.4	28	73	9	88	25	29	15	28	1.96
25212667--25212704	19	2.0	19	94	0	67	18	31	18	31	1.95
25214049--25214080	16	2.0	16	100	0	64	25	6	18	50	1.70
25216926--25216990	29	2.2	30	83	5	80	26	32	15	26	1.95
25217081--25217117	19	1.9	19	94	0	65	21	32	13	32	1.92
25219294--25219567	152	1.8	152	85	0	386	38	21	10	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25220719--25220784	25	2.9	20	72	25	51	39	18	3	39	1.66
25220723--25220774	25	2.0	26	82	17	65	40	17	3	38	1.68
25222656--25222737	41	2.0	40	88	2	119	36	8	15	39	1.78
25222927--25223042	45	2.8	39	76	17	110	21	20	19	37	1.94
25222948--25223048	45	2.2	45	89	3	150	21	18	18	40	1.91
25223028--25223065	6	6.3	6	87	0	58	21	18	13	47	1.82
25223790--25223815	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
25226110--25226273	43	3.8	43	72	12	131	26	17	26	29	1.98
25233860--25234022	43	3.8	42	80	9	170	23	16	28	31	1.96
25237744--25237791	20	2.3	20	92	3	78	25	2	20	52	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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