Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  60  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18878598--18878645
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2.0
25
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4
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14
16
14
1.72
18886378--18886434
28
2.0
28
100
0
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28
14
12
1.80
18900325--18900512
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2.1
89
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1
313
26
20
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40
1.87
18901329--18901365
18
2.1
18
100
0
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10
16
10
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1.55
18902387--18902448
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18
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13
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3
0
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1.11
18902593--18902617
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3.6
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100
0
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12
0
0
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0.53
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19
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53
50
0
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1.15
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4
90
9
50
23
0
2
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0.97
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22
2.7
22
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19
61
26
0
6
66
1.16
18912977--18913010
4
8.0
4
90
9
50
23
0
2
73
0.97
18912960--18913019
22
2.7
22
73
19
61
26
0
6
66
1.16
18915163--18915217
16
3.4
16
76
14
58
41
1
3
52
1.29
18915153--18915219
33
2.0
33
97
0
125
44
2
2
49
1.32
18915153--18915207
16
3.4
16
74
16
60
49
3
1
45
1.30
18915163--18915215
15
3.3
15
77
12
61
41
1
3
52
1.30
18916608--18916659
15
3.2
15
73
19
50
44
0
1
53
1.11
18916692--18916728
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2.3
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40
0
0
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2.0
22
90
0
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45
0
0
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0.99
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2.0
157
96
0
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20
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26
1.90
18921835--18921884
26
2.0
24
88
7
73
64
6
0
30
1.18
18921855--18921913
21
2.8
21
78
12
59
69
8
0
22
1.15
18921960--18921992
15
2.1
16
88
11
50
69
0
0
30
0.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18933255--18933448
48
4.0
48
96
0
343
35
6
26
31
1.81
18933588--18933699
37
3.0
37
94
3
199
22
18
31
27
1.97
18937217--18937247
15
2.1
15
93
0
53
45
3
12
38
1.59
18938606--18938833
112
2.0
112
91
0
366
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25
16
28
1.97
18938759--18939089
50
6.6
50
80
3
337
29
26
17
25
1.98
18938759--18939089
101
3.3
101
87
2
438
29
26
17
25
1.98
18939730--18939763
13
2.6
13
100
0
68
35
14
14
35
1.87
18943753--18943990
122
2.0
122
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424
28
25
19
25
1.99
18943876--18944060
49
3.7
49
81
3
226
30
26
17
25
1.97
18961249--18961283
13
2.7
13
86
0
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31
25
0
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1.55
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13
1.9
13
100
0
50
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20
16
32
1.94
18964039--18964217
27
6.6
27
82
7
184
27
15
27
29
1.96
18964041--18964196
82
1.9
81
86
3
224
27
15
28
28
1.96
18964037--18964217
82
2.2
81
81
2
220
27
14
27
29
1.96
18972104--18972281
27
6.6
27
83
3
205
26
15
28
29
1.96
18972105--18972260
82
1.9
81
88
3
233
26
15
28
29
1.96
18972101--18972281
82
2.2
81
83
2
229
27
15
27
29
1.96
18974704--18974749
17
2.9
16
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18
51
71
2
26
0
0.97
18974734--18974829
45
2.1
45
96
0
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50
4
30
15
1.63
18977217--18977394
27
6.6
27
83
3
205
26
15
28
29
1.96
18977218--18977373
82
1.9
81
88
3
233
26
15
28
29
1.96
18977214--18977394
82
2.2
81
83
2
229
27
15
27
29
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18980250--18980427
27
6.6
27
83
3
205
26
15
28
29
1.96
18980251--18980406
82
1.9
81
88
3
233
26
15
28
29
1.96
18980247--18980427
82
2.2
81
83
2
229
27
15
27
29
1.96
18987529--18987570
18
2.3
18
84
12
59
11
47
26
14
1.78
18988143--18988183
16
2.6
16
82
17
50
75
0
21
2
0.92
18996129--18996232
40
2.6
40
83
3
120
25
17
23
33
1.96
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28
2.2
28
90
0
95
36
9
24
29
1.88
18996259--18996320
28
2.2
28
85
0
88
41
9
22
25
1.84
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47
2.8
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142
26
13
25
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1.92
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17
1.9
18
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52
26
8
38
26
1.85
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48
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1.40
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21
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0
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14
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1.87
19026039--19026131
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90
0
150
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15
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1.87
19030581--19030610
13
2.3
13
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0
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13
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33
20
1.91
19038835--19038886
27
2.0
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52
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17
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43
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1.97
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2.0
235
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15
42
1.84
19071136--19071162
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2.1
13
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0
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37
33
14
1.88
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26
22
27
1.99
19079846--19080158
48
6.5
48
76
7
231
23
28
19
28
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19079845--19080074
96
2.4
95
81
5
257
24
29
19
26
1.98
19079848--19080170
144
2.2
144
84
2
407
24
28
19
27
1.98
19088859--19089131
48
5.7
48
80
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300
24
30
19
26
1.98
19088857--19089131
96
2.9
96
86
2
365
24
30
19
26
1.98
19092812--19092989
27
6.6
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3
205
29
28
15
26
1.96
19092833--19092988
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1.9
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233
29
28
15
26
1.96
19101002--19101179
27
6.6
27
84
3
205
29
28
15
26
1.96
19101023--19101178
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1.9
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3
233
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28
15
26
1.96
19112018--19112090
36
2.0
36
97
0
137
60
2
6
30
1.37
19114973--19114998
7
3.7
7
100
0
52
11
11
30
46
1.76
19129204--19129270
32
2.1
32
100
0
134
29
2
26
40
1.71
19132046--19132187
58
2.4
58
82
4
162
43
0
3
52
1.18
19132146--19132186
14
3.1
14
79
10
50
41
0
0
58
0.98
19132351--19132381
16
1.9
16
100
0
62
25
25
6
41
1.79
19134886--19134916
6
5.2
6
92
0
53
77
0
3
19
0.90
19136127--19136198
36
2.0
36
97
0
135
44
18
11
26
1.83
19138380--19138518
2
69.5
2
100
0
278
0
50
0
49
1.00
19143032--19143655
210
3.0
209
90
0
951
42
16
9
31
1.81
19155365--19155408
13
3.5
13
84
6
56
38
0
2
59
1.10
19155362--19155417
13
4.7
12
79
12
53
35
0
1
62
1.06
19158658--19158785
63
2.0
63
80
5
143
35
14
10
38
1.82
19162045--19162112
9
7.4
10
76
12
58
69
1
4
25
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19162045--19162095
19
2.7
18
74
20
50
68
1
5
23
1.22
19162055--19162113
27
2.2
27
87
6
84
66
1
3
28
1.18
19162202--19162254
10
5.4
10
78
8
56
22
3
1
71
1.12
19162202--19162255
20
2.7
19
80
8
63
22
3
1
72
1.10
19162357--19162401
19
2.4
19
84
0
54
28
2
8
60
1.39
19162423--19162476
21
2.6
21
77
11
58
48
3
0
48
1.19
19162435--19162489
19
2.9
19
81
10
67
41
3
0
54
1.18
19162418--19162476
19
2.9
21
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12
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45
5
0
49
1.24
19162777--19162844
23
2.7
26
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25
72
60
0
36
2
1.12
19162786--19162843
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2.7
22
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10
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62
0
36
1
1.06
19164074--19164195
50
2.4
51
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5
131
16
22
26
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1.95
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13
3.2
14
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17
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2
13
10
1.17
19169489--19169739
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2.6
97
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8
307
49
1
7
40
1.42
19169915--19169969
6
9.3
6
78
4
58
14
0
7
78
0.96
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22
2.0
22
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18
4
4
72
1.20
19169917--19169968
18
2.9
18
82
2
70
15
0
7
76
0.99
19169893--19169969
12
6.7
11
74
16
59
15
1
7
75
1.09
19169978--19170007
15
2.0
15
93
0
51
20
0
10
70
1.16
19169983--19170043
28
2.2
28
82
5
70
16
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70
1.29
19170881--19170934
6
8.7
6
78
15
56
74
3
0
22
0.98
19170881--19170934
19
2.9
18
79
15
58
74
3
0
22
0.98
19175484--19175515
7
4.6
7
100
0
64
59
0
0
40
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
19175523--19175563
7
5.9
7
100
0
82
12
0
0
87
0.53
19175514--19175563
21
2.3
22
93
3
84
16
0
2
82
0.77
19176792--19176969
41
4.2
41
81
9
198
21
23
22
32
1.98
19176792--19176969
86
2.1
81
83
8
207
21
23
22
32
1.98
19179021--19179073
26
2.0
26
100
0
106
37
3
26
32
1.74
19181025--19181082
30
1.9
30
89
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20
36
29
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1.91
19184376--19184419
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2.0
22
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22
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0
50
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1.76
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100
0
50
32
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16
36
1.90
19188990--19190365
47
28.6
47
98
0
2284
33
8
27
29
1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          305   306   307   308   309   310