genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95108180--95108219	19	2.0	20	85	4	55	47	0	15	37	1.45
95111069--95111278	71	3.0	71	99	0	411	35	16	22	25	1.95
95114266--95114321	25	2.2	25	87	0	76	25	28	16	30	1.96
95114207--95114303	50	2.0	50	81	2	115	22	31	15	29	1.95
95114266--95114336	25	2.8	24	79	8	70	22	28	16	32	1.96
95115446--95115551	56	1.9	56	86	0	149	24	26	24	24	2.00
95116440--95116508	36	1.9	36	96	0	129	28	15	15	39	1.89
95134716--95135358	129	5.0	129	79	1	518	41	21	13	23	1.88
95134716--95135358	43	15.0	43	77	2	439	41	21	13	23	1.88
95144596--95144883	146	2.0	143	89	3	434	46	11	10	31	1.74
95145035--95145203	90	1.9	90	86	6	243	34	20	13	31	1.91
95145262--95145309	19	2.6	19	76	3	62	68	4	2	25	1.18
95145315--95145354	17	2.3	17	84	16	55	65	0	2	32	1.06
95145477--95145521	21	2.1	21	84	8	56	60	8	0	31	1.28
95145497--95145542	20	2.2	22	84	7	60	60	13	0	26	1.32
95145365--95145668	9	32.0	9	68	20	90	62	4	2	30	1.29
95145606--95145668	28	2.3	27	88	2	90	74	1	0	23	0.90
95145845--95145886	15	2.7	16	85	7	59	40	9	2	47	1.49
95162577--95162837	132	2.0	129	80	3	290	23	15	15	45	1.83
95170068--95170133	35	1.9	34	90	6	107	45	13	7	33	1.72
95173105--95173371	39	7.0	39	86	5	339	30	13	22	34	1.92
95173105--95173371	117	2.4	111	88	3	381	30	13	22	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95180044--95180099	19	2.9	19	80	15	53	41	12	5	41	1.66
95197037--95197080	22	2.0	21	82	4	52	40	0	2	56	1.11
95200796--95200839	14	3.0	14	83	6	52	40	0	6	52	1.28
95206954--95207104	69	2.2	69	85	2	205	19	14	29	36	1.91
95212048--95212083	18	2.1	18	89	5	56	16	27	11	44	1.82
95212222--95212262	20	2.0	20	85	4	55	51	14	2	31	1.56
95212884--95212967	30	2.9	30	92	3	136	25	22	26	26	2.00
95213071--95213153	26	3.2	26	80	0	103	44	24	14	16	1.85
95213331--95213522	27	7.1	27	82	10	214	19	19	18	42	1.90
95220153--95220198	19	2.5	18	85	3	56	13	0	4	82	0.81
95220153--95220198	9	5.0	9	84	5	56	13	0	4	82	0.81
95220574--95220623	17	2.8	18	85	8	59	74	2	4	20	1.08
95248542--95248600	29	2.0	29	100	0	118	33	18	13	33	1.90
95250873--95251127	80	3.1	81	77	6	228	43	11	13	30	1.80
95251008--95251172	85	2.0	84	80	3	188	46	10	12	30	1.76
95252189--95252239	23	2.2	23	92	0	84	41	21	9	27	1.84
95254094--95254144	23	2.2	23	85	0	66	41	17	9	31	1.82
95254844--95254961	61	1.9	61	98	0	227	42	7	30	19	1.79
95254851--95254982	61	2.2	61	86	1	176	46	6	24	21	1.75
95258149--95258245	48	2.0	48	93	0	167	53	5	22	18	1.64
95260512--95260800	50	5.7	50	85	5	357	26	20	29	23	1.98
95262330--95262380	23	2.2	23	85	0	66	41	17	9	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95264124--95264245	59	2.1	59	95	0	217	45	7	11	35	1.68
95273865--95273893	15	1.9	15	100	0	58	31	20	20	27	1.98
95275108--95275160	22	2.4	20	77	20	52	28	1	11	58	1.43
95275102--95275158	23	2.4	25	80	14	66	31	1	10	56	1.44
95278982--95279013	16	2.0	16	100	0	64	31	31	6	31	1.82
95282840--95282883	20	2.2	20	87	0	61	54	6	9	29	1.58
95285542--95285568	4	6.8	4	100	0	54	25	0	25	48	1.52
95301337--95301375	20	2.0	20	84	0	51	61	20	15	2	1.45
95321404--95321497	9	10.4	9	74	4	82	43	20	9	26	1.82
95321410--95321499	36	2.5	36	87	3	137	42	21	11	25	1.85
95323667--95323851	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
95323648--95323851	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
95325866--95325914	20	2.5	20	86	0	62	28	6	10	55	1.57
95326362--95326405	22	2.0	23	86	4	63	34	6	2	56	1.38
95326519--95326990	81	5.6	83	80	8	446	30	12	11	45	1.78
95333886--95333933	18	2.7	18	100	0	96	39	20	12	27	1.89
95337458--95337491	17	2.0	17	94	0	59	29	14	17	38	1.90
95342420--95342481	28	2.2	28	91	5	99	29	8	29	33	1.86
95343275--95343312	12	3.1	13	81	11	53	47	0	44	7	1.32
95349793--95349939	28	5.2	28	96	0	258	31	21	27	19	1.98
95349912--95350044	65	2.1	64	95	1	239	30	30	16	21	1.95
95350110--95350171	28	2.2	28	85	0	79	30	9	29	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95350681--95350718	12	3.1	13	81	11	53	47	0	44	7	1.32
95353261--95353310	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
95357171--95357201	13	2.3	14	94	5	55	45	0	6	48	1.28
95364239--95364284	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
95372854--95372919	34	1.9	35	90	3	107	27	21	22	28	1.99
95382161--95382210	26	1.9	26	88	8	75	42	16	26	16	1.88
95385189--95385226	12	3.2	12	88	0	58	13	26	2	57	1.49
95385340--95385381	14	3.1	13	86	10	57	4	21	0	73	1.01
95385345--95385381	13	2.7	14	91	4	58	5	18	0	75	0.99
95386226--95386272	16	2.9	16	76	14	51	14	10	2	72	1.21
95390067--95390110	21	2.1	21	91	8	72	0	52	22	25	1.48
95395635--95395801	9	17.6	9	76	10	154	31	0	21	46	1.56
95395639--95395801	39	4.2	40	86	9	168	30	0	21	47	1.56
95395650--95395789	39	3.4	44	87	10	183	30	0	22	45	1.58
95395635--95395801	57	2.9	57	81	7	196	31	0	21	46	1.56
95395635--95395790	48	3.2	48	80	3	188	31	0	22	45	1.57
95395971--95396458	244	2.0	243	97	0	931	32	14	18	34	1.91
95398795--95398819	13	1.9	13	100	0	50	24	28	16	32	1.96
95400111--95400185	26	2.9	26	86	4	98	46	4	6	42	1.48
95400466--95400505	21	1.9	21	89	0	62	42	42	0	15	1.46
95400493--95400547	21	2.5	22	77	8	60	52	25	0	21	1.47
95400421--95400547	7	17.6	7	68	14	53	48	31	0	19	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95400617--95400696	14	5.6	14	72	8	72	35	36	2	26	1.70
95400607--95400713	28	3.8	28	87	8	128	33	36	1	28	1.68
95400618--95400713	28	3.4	28	88	7	133	32	38	2	27	1.68
95400618--95400724	28	3.8	28	86	6	110	33	36	1	28	1.68
95401067--95401121	28	1.9	29	82	10	69	58	7	0	34	1.26
95401415--95401546	40	3.3	39	73	16	119	24	18	23	33	1.97
95402834--95402941	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
95403408--95403466	14	4.1	15	72	12	52	45	35	0	18	1.50
95403408--95403447	21	1.9	21	89	0	62	42	42	0	15	1.46
95403435--95403490	21	2.6	22	77	8	62	51	26	0	21	1.48
95403546--95403614	29	2.4	28	85	7	93	34	34	1	28	1.67
95403980--95404034	28	1.9	29	82	10	69	58	5	0	36	1.21
95412048--95412200	74	2.1	74	83	3	191	36	13	20	28	1.91
95413546--95413583	19	2.0	19	94	0	67	47	2	10	39	1.52
95418206--95418403	40	4.9	40	84	0	234	31	17	25	25	1.97
95418430--95418504	37	2.1	37	85	7	100	28	17	16	38	1.91
95420340--95420519	57	3.1	57	86	7	258	46	6	18	28	1.74
95436102--95436236	69	2.0	69	95	0	243	55	5	5	34	1.44
95445827--95445934	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
95448519--95448562	23	1.9	23	90	0	70	50	11	6	31	1.65
95450693--95450768	35	2.1	36	87	2	109	35	15	22	26	1.94
95454243--95454354	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95454243--95454354	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
95461853--95461937	27	3.1	27	76	5	82	40	22	22	15	1.91
95463882--95463920	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
95463884--95463928	21	2.2	21	84	11	58	31	2	22	44	1.65
95466182--95466254	38	1.9	38	97	0	137	56	4	20	19	1.58
95468587--95468628	22	1.9	22	85	9	59	14	40	2	42	1.58
95473218--95473255	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
95476343--95476494	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
95476343--95476519	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
95483242--95483268	11	2.5	11	100	0	54	33	18	18	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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