genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12554261--12554384	59	2.1	59	83	7	153	36	8	19	36	1.81
12556536--12556584	22	2.2	23	79	17	59	38	0	0	61	0.96
12556547--12556602	26	2.1	28	83	6	71	44	0	0	55	0.99
12559076--12559132	29	2.0	29	96	0	105	24	19	24	31	1.98
12564412--12564540	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
12564516--12564664	31	4.8	31	91	1	228	28	20	26	24	1.99
12567556--12567757	39	5.2	39	96	0	368	13	26	23	36	1.92
12568531--12568591	30	2.0	30	100	0	122	47	3	6	42	1.45
12571656--12571885	93	2.5	93	89	0	352	20	20	29	29	1.98
12571716--12571874	47	3.4	47	71	14	157	20	18	30	30	1.96
12580005--12580073	34	2.0	34	94	0	120	36	15	10	37	1.82
12581399--12581448	23	2.2	23	85	7	66	26	8	8	58	1.54
12582327--12582364	18	2.2	18	90	4	60	55	7	0	36	1.29
12582378--12582442	27	2.4	27	75	14	71	32	3	1	63	1.19
12583798--12583917	60	2.1	57	87	4	168	30	15	14	40	1.86
12589883--12589928	23	2.0	22	84	12	58	60	4	0	34	1.16
12593342--12593374	16	2.0	17	88	5	50	48	0	9	42	1.35
12596667--12596691	12	2.1	12	100	0	50	0	8	0	92	0.40
12606898--12606952	22	2.5	22	100	0	110	40	10	7	41	1.68
12607195--12607233	17	2.3	17	86	8	53	25	5	0	69	1.09
12607897--12608458	295	1.9	292	79	9	635	40	10	13	35	1.79
12608293--12608979	293	2.3	293	78	8	680	39	10	13	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12613599--12613627	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
12615272--12615362	40	2.3	38	83	7	119	36	34	16	13	1.87
12615282--12615359	40	2.0	40	89	0	120	37	34	15	12	1.86
12615775--12615814	18	2.3	18	86	4	55	17	45	27	10	1.80
12622481--12622559	40	2.0	40	90	5	124	34	35	15	15	1.89
12623044--12623087	21	2.1	21	95	0	79	15	31	25	27	1.96
12625666--12625691	12	2.2	12	100	0	52	50	0	7	42	1.31
12632746--12632794	21	2.4	20	83	12	64	28	4	22	44	1.71
12633344--12633533	48	4.0	48	82	4	213	20	17	27	33	1.96
12633339--12633527	96	2.0	95	87	6	274	20	17	28	33	1.95
12639436--12639494	6	9.7	6	98	1	109	84	0	0	15	0.62
12642067--12642629	282	2.0	282	95	0	1018	32	20	18	28	1.96
12647837--12647879	6	7.3	6	84	5	61	18	2	0	79	0.85
12649367--12649400	15	2.3	15	100	0	68	29	11	5	52	1.61
12663198--12663464	26	10.3	25	72	12	166	60	4	4	30	1.36
12663198--12663508	52	6.2	51	76	11	225	60	4	4	30	1.35
12663410--12663535	44	2.9	44	94	3	211	62	1	3	31	1.23
12663410--12663526	19	5.4	20	72	20	85	61	1	4	32	1.25
12663456--12663508	25	2.1	26	85	3	72	64	1	3	30	1.22
12667677--12667734	30	1.9	30	100	0	116	10	13	20	55	1.68
12671403--12671527	29	4.3	29	88	1	180	31	30	12	25	1.93
12688727--12688770	22	1.9	22	86	9	61	45	0	13	40	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12695056--12695213	77	2.1	77	96	0	289	37	24	16	21	1.93
12700528--12700569	22	2.0	20	86	9	57	42	4	19	33	1.72
12701339--12701406	30	2.3	31	84	5	86	44	4	19	32	1.70
12711013--12711091	39	2.0	39	100	0	158	35	20	17	26	1.95
12714826--12714954	49	2.7	47	82	11	151	25	21	29	23	1.99
12726880--12727194	47	6.6	48	71	12	143	28	17	28	25	1.98
12742023--12742050	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
12750231--12750783	4	138.2	4	87	0	719	26	6	24	43	1.77
12753131--12753162	14	2.2	15	94	5	57	65	9	12	12	1.47
12753420--12753454	18	2.0	17	88	5	52	74	5	8	11	1.22
12758296--12758379	30	2.8	30	83	3	107	9	23	35	30	1.87
12760147--12760367	47	4.7	49	77	7	176	23	30	18	28	1.97
12760196--12760318	46	2.6	46	83	10	135	23	30	17	28	1.97
12760149--12760412	140	1.9	141	82	5	338	23	30	18	28	1.97
12766267--12766304	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
12776595--12776632	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
12779445--12779669	93	2.4	94	80	8	235	21	31	21	26	1.98
12779444--12779713	94	2.9	92	79	7	251	21	29	21	27	1.98
12779445--12779710	47	5.7	46	79	7	225	21	29	21	27	1.98
12779445--12779710	140	1.9	141	84	2	356	21	29	21	27	1.98
12783085--12783299	84	2.6	84	84	3	272	29	29	25	14	1.95
12783086--12783303	42	5.2	42	79	5	226	29	30	25	14	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12784025--12784292	47	5.7	45	79	9	243	23	29	17	29	1.97
12784076--12784333	140	1.8	140	81	4	324	22	29	18	29	1.97
12784163--12784337	46	3.7	48	76	14	161	20	28	21	30	1.98
12786589--12786811	39	5.6	39	83	6	238	25	27	22	25	2.00
12786589--12786812	40	5.7	40	85	6	262	25	27	22	25	2.00
12786589--12786812	79	2.8	80	82	8	260	25	27	22	25	2.00
12786583--12786812	118	1.9	120	83	6	299	24	27	22	25	2.00
12795009--12795253	47	5.2	46	80	8	239	22	30	18	28	1.97
12794986--12795305	140	2.3	140	82	4	367	22	29	19	28	1.98
12802951--12803049	3	33.0	3	100	0	198	66	0	0	33	0.92
12805895--12806098	40	5.1	40	89	1	309	35	27	19	16	1.94
12805895--12806098	81	2.5	80	89	1	309	35	27	19	16	1.94
12813948--12814146	40	4.9	40	91	1	326	35	29	20	15	1.93
12813948--12814146	81	2.5	80	90	1	326	35	29	20	15	1.93
12822690--12822773	41	2.0	41	100	0	168	23	15	11	48	1.78
12825527--12825573	23	2.0	23	95	0	85	34	21	6	38	1.79
12826322--12826371	25	2.0	26	84	4	66	42	8	0	50	1.32
12838223--12838314	45	2.0	45	97	0	175	42	2	31	23	1.66
12849764--12849807	20	2.1	22	83	8	56	31	4	0	63	1.14
12858258--12858506	106	2.3	106	99	0	489	37	14	17	30	1.89
12874142--12874186	20	2.2	20	80	7	56	24	8	2	64	1.34
12874543--12874642	47	2.2	46	85	8	132	33	9	12	46	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12878864--12878895	12	2.7	12	100	0	64	28	0	12	59	1.34
12881353--12881397	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
12881428--12881520	28	3.1	28	70	24	73	25	19	27	26	1.99
12883544--12883606	12	5.2	12	78	17	69	22	3	0	74	0.96
12883551--12883606	25	2.3	24	93	3	94	23	3	0	73	0.99
12884947--12884971	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
12885645--12885734	40	2.2	40	84	3	110	30	23	22	24	1.99
12885657--12885775	40	3.0	41	83	4	136	29	22	20	27	1.98
12885859--12885951	39	2.4	40	89	5	145	37	17	15	30	1.90
12886291--12886345	7	7.6	7	76	8	56	27	0	23	49	1.51
12886290--12886351	15	4.1	15	79	6	72	24	0	25	50	1.50
12886291--12886358	22	3.1	22	75	12	59	25	0	26	48	1.51
12886322--12886414	7	13.0	7	72	8	53	24	0	39	35	1.56
12886362--12886429	15	4.7	15	85	3	77	25	1	50	23	1.58
12886566--12886627	7	8.9	7	77	13	56	22	0	38	38	1.54
12887074--12887109	18	1.9	18	94	5	63	27	38	0	33	1.57
12889491--12889525	16	2.2	16	89	0	52	28	8	22	40	1.84
12890664--12890697	15	2.3	15	89	0	50	14	8	20	55	1.65
12895678--12895806	66	2.0	66	90	3	206	32	20	21	25	1.97
12911127--12911163	19	1.9	19	88	0	56	37	2	0	59	1.12
12915130--12915193	22	2.8	22	78	4	65	54	6	3	35	1.41
12919026--12919077	19	2.7	19	79	5	61	48	1	0	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12919136--12919174	21	2.0	20	90	10	62	51	0	0	48	1.00
12919197--12919227	13	2.5	12	90	10	53	58	0	0	41	0.98
12919184--12919246	33	2.0	34	84	12	89	57	0	3	39	1.15
12926792--12927209	47	9.0	47	84	2	542	32	10	31	25	1.90
12926787--12927203	137	3.0	137	91	1	636	32	10	31	24	1.90
12927340--12927420	37	2.2	38	86	2	110	24	18	30	25	1.98
12931407--12931449	15	2.9	15	79	6	52	62	4	0	32	1.15
12944559--12944592	12	2.8	12	81	0	50	2	23	44	29	1.68
12945402--12945443	18	2.3	18	95	0	75	47	16	14	21	1.82
12963443--12963482	20	2.0	20	85	9	55	42	10	0	47	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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